HHsearch 1.5 NAME d1u3ma_ FAM FILE d1u3ma_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1u3ma_.a3m DATE Mon Mar 8 16:16:21 2010 LENG 117 match states, 117 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.6 EVD 0.4483 1.1060 SEQ >ss_dssp CCSSSCSSCCEECCCCCCCSCCCCSHHHHHHHHHHHTTCCCCCEECCCCSCSCHHHHHHHHHHHHHHHHTCTTCSSTTCCCCSCSSCHHHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHCC >sa_dssp EEEEEEEDEDDDBEEADECECECEEEECEDBDCBBDEDEBCDACCDEBEEEDDCEECABCABDCAAEECEBBDBDEEEEEEEEEEDEEEDDDDBCDAACD BADDAACCCCEDEEEEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHCCCCHHHHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 9510102678888763253113688203567666776457110045200235610023334555888887314567664200221286214578999999 99999998776421379 >Consensus xxxxxxxxxYmlGxamsrmnxHFdxpxExRyyxenxxryPnrVYyrxyxsxvxqdxFVxDCxNitvteyxixpxxkknxsxxxxxxnqxxxexdxkvxxk vireMCitqYrxxxxxx >d1u3ma_ GSVVGGLGGYAMGRVMSGMNYHFDRPDEYRWWSENSARYPNRVYYRDYSSPVPQDVFVADCFNITVTEYSIGPAAKKNTSEAVAAANQTEVEMENKVVTK VIREMCVQQYREYRLAS >UniRef50_Q6GLY6(114-209:235) Major prion protein n=6 Tax=Xenopus RepID=Q6GLY6_XENLA E=1e-36 s/c=1.59 id=45% cov=81% ---------YMLGNAVGRMNHHFDNPMESRYYNDYYNQMPDRVYRPMYRSEeyVSEDRFVTDCYNMSVTEYIIKPSEGKNGSD----VNQ----LDTVVK SKIIREMCITEYR------ >UniRef50_P04156(128-218:253) Major prion protein n=533 Tax=Amniota RepID=PRIO_HUMAN E=1e-12 s/c=0.81 id=37% cov=79% ---------YMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTK----------GENFTETDVKMMER VVEQMCITQY------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 V 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 G 5 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 G 6 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 G 8 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 G 9 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 10 0 * * * * * * 1795 0 0 A 11 1475 * * * * * * * * * 643 * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1795 0 0 M 12 * * * * * * * * * 643 1475 * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1795 0 0 G 13 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1795 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * 1654 * * 1475 1632 * * * * 14 0 * * * * * * 1795 0 0 V 15 643 * * * * * * * * * * * * * * * * 1475 * * 15 0 * * * * * * 1795 0 0 M 16 * * * * * * * * * * 551 * * * * * * 1654 * * 16 0 * * * * * * 1795 0 0 S 17 * * * * * 1654 * * * * * * * * * 551 * * * * 17 0 * * * * * * 1795 0 0 G 18 * * * * * 1475 * * * * * * * * 643 * * * * * 18 0 * * * * * * 1795 0 0 M 19 * * * * * * * * * * 562 * 1632 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1795 0 0 N 20 * * * * * * * 1632 * * * 562 * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1795 0 0 Y 21 * * * * * * 1654 1632 * * * * * * * * * * * 1475 21 0 * * * * * * 1795 0 0 H 22 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1795 0 0 F 23 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1795 0 0 D 24 * * 562 * * 1632 * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1795 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * 1654 * * 1475 1632 * * * * 25 0 * * * * * * 1795 0 0 P 26 * * 1632 * * * * * * * * * 562 * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1795 0 0 D 27 * * 1475 * * * * * * * 1654 * * * * * * * * 1632 27 0 * * * * * * 1795 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1795 0 0 Y 29 * * 1632 * * * * * * * * * * * * 1654 * * * 1475 29 0 * * * * * * 1795 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1795 0 0 W 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1475 643 31 0 * * * * * * 1795 0 0 W 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1475 643 32 0 * * * * * * 1795 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * 1654 * * 1632 1475 * * * * 33 0 * * * * * * 1795 0 0 E 34 * * 1654 551 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1795 0 0 N 35 * * * * * * * * * * * 551 * * * * * * * 1654 35 0 * * * * * * 1795 0 0 S 36 * * * * * * * * * * 1632 * * * * 1475 * * * 1654 36 0 * * * * * * 1795 0 0 A 37 1475 * * * * * 1632 * * * * 1654 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1795 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * 1654 551 * * * * * 38 0 * * * * * * 1795 0 0 Y 39 * * * * * * * * * * 1654 * * * * * * * * 551 39 0 * * * * * * 1795 0 0 P 40 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1795 0 0 N 41 * * 1654 * * * * * * * * 551 * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1795 0 0 R 42 * * * * * * * * * * * * * 1632 562 * * * * * 42 0 * * * * * * 1795 0 0 V 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 43 0 * * * * * * 1795 0 0 Y 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 44 0 * * * * * * 1795 0 0 Y 45 * * * * * * * * * * * * * * 1654 * * * * 551 45 0 * * * * * * 1795 0 0 R 46 * * * * * * * * * * * * 1654 * 551 * * * * * 46 0 * * * * * * 1795 0 0 D 47 * * 1475 * * * * * * * 1654 * 1632 * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1795 0 0 Y 48 * * * * * * * * * * 1632 * * * * * * * * 562 48 0 * * * * * * 1795 0 0 S 49 * * 1632 * * * * * * * * * * * 1654 1475 * * * * 49 0 * * * * * * 1795 0 0 S 50 * * * 1632 * * * * * * * * * * * 562 * * * * 50 0 * * * * * * 1795 0 0 P 51 * * * 1654 * * * * * * * * 1475 * * * * * * 1632 51 551 1654 * 1000 1000 * * 1795 1000 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * * * 1632 * 562 * * 52 0 * * * * * * 1795 0 0 P 53 * * * * * * * * * * * 1632 1475 * * 1654 * * * * 53 0 * * * * * * 1795 0 0 Q 54 * * * 1654 * * * * * * * * * 551 * * * * * * 54 0 * * * * * * 1795 0 0 D 55 * * 562 * * * * * * * * 1632 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1795 0 0 V 56 * * * * * * * * * * * 1632 * * 1654 * * 1475 * * 56 0 * * * * * * 1795 0 0 F 57 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1795 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1795 0 0 A 59 1475 * * * * * 1632 * * * * * * * * * 1654 * * * 59 0 * * * * * * 1795 0 0 D 60 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1795 0 0 C 61 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1795 0 0 F 62 * * * * 1475 * * * * * * * * * * * * 1632 * 1654 62 0 * * * * * * 1795 0 0 N 63 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1795 0 0 I 64 * * * * * * * 551 * * 1654 * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1795 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * 1654 551 * * * 65 0 * * * * * * 1795 0 0 V 66 * * * * * * * 1632 * * * * * * * * * 562 * * 66 0 * * * * * * 1795 0 0 T 67 * * * * * * * * 1632 * * * * * * * 562 * * * 67 0 * * * * * * 1795 0 0 E 68 * * * 562 * * * * * * * * * 1632 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1795 0 0 Y 69 * * * * * * 1632 * * * * * * * * * * * * 562 69 0 * * * * * * 1795 0 0 S 70 * * * * * * * 1654 * * * * * * * 1475 1632 * * * 70 0 * * * * * * 1795 0 0 I 71 * * * * * * * 562 * * * * * * * * * 1632 * * 71 0 * * * * * * 1795 0 0 G 72 * * * * * 1475 * * 1654 * * * * * * * 1632 * * * 72 0 * * * * * * 1795 0 0 P 73 * * * * * * * * * * * * 562 * * * 1632 * * * 73 0 * * * * * * 1795 0 0 A 74 1475 * * * * * * * * * * * * * * 1654 1632 * * * 74 0 * * * * * * 1795 0 0 A 75 1475 * * 1654 * * * * * * * * * * * * 1632 * * * 75 0 * * * * * * 1795 0 0 K 76 * * * * * 1654 * * 551 * * * * * * * * * * * 76 562 * 1632 * * * * 1795 0 0 K 77 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * 0 1412 0 1000 N 78 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 78 0 * * * * * 0 1412 0 1000 T 79 * * * * * 1118 * * * * * * * * * * 891 * * * 79 0 * * * * * 0 1412 0 1000 S 80 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 80 0 * * * * * 0 1412 0 1000 E 81 * * 1118 891 * * * * * * * * * * * * * * * * 81 891 * 1118 * * * 0 1412 0 1000 A 82 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * 0 1000 0 1546 V 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 83 0 * * * * * 0 1000 0 1546 A 84 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * 0 1000 0 1546 A 85 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * 971 1030 1000 0 1546 A 86 891 * * * * * * * * * * * * * * * * 1118 * * 86 0 * * * * 0 * 1412 0 1000 N 87 * * * * * 1632 * * * * * 562 * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1795 0 0 Q 88 * * * 1632 * * * * * * * * * 562 * * * * * * 88 551 * 1654 * * * * 1795 0 0 T 89 * * * * * * * * * * * 1150 * * * * 864 * * * 89 0 * * * * * 0 1475 0 1000 E 90 * * * 864 1150 * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * 0 1475 0 1000 V 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 1150 864 * * 91 0 * * * * * 0 1475 0 1000 E 92 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * 0 * 1475 0 1000 M 93 * * * * * * * * * 1654 1475 * * * * * 1632 * * * 93 0 * * * * * * 1795 0 0 E 94 * * 643 1475 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1795 0 0 N 95 * * * * * * * * * * * 1475 * * * * 1654 1632 * * 95 0 * * * * * * 1795 0 0 K 96 * * * * * * * * 551 * * * * * * * * 1654 * * 96 0 * * * * * * 1795 0 0 V 97 * * * * * * * * * * 1632 * * * * * * 562 * * 97 0 * * * * * * 1795 0 0 V 98 * * * * * * * * 1654 * 1632 * * * * * * 1475 * * 98 0 * * * * * * 1795 0 0 T 99 * * * 1632 * * * * * * * * * * * 1654 1475 * * * 99 0 * * * * * * 1795 0 0 K 100 * * * * * * * * 562 * * * * * 1632 * * * * * 100 0 * * * * * * 1795 0 0 V 101 * * * * * * * 1654 * * * * * * * * * 551 * * 101 0 * * * * * * 1795 0 0 I 102 * * * * * * * 562 * * * * * * * * * 1632 * * 102 0 * * * * * * 1795 0 0 R 103 * * * 1632 * * * * * * * * * * 562 * * * * * 103 0 * * * * * * 1795 0 0 E 104 * * * 562 * * * * * * * * * 1632 * * * * * * 104 0 * * * * * * 1795 0 0 M 105 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1795 0 0 C 106 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1795 0 0 V 107 * * * * * * * 643 * * * * * * * * * 1475 * * 107 0 * * * * * * 1795 0 0 Q 108 * * * * * * * * * * * * * 1475 * * 643 * * * 108 0 * * * * * * 1795 0 0 Q 109 * * * 1654 * * * * * * * * * 551 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1795 0 0 Y 110 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 110 0 * * * * * * 1795 0 0 R 111 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 111 0 * * * * * * 1412 0 0 E 112 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 113 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 113 0 * * * * * * 1000 0 0 R 114 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 L 115 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 A 116 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 S 117 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 117 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //