HHsearch 1.5 NAME d1szha_ FAM FILE d1szha_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1szha_.a3m DATE Mon Mar 8 18:50:10 2010 LENG 147 match states, 147 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4119 -0.9477 SEQ >ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHSCGGGHHHHHHHHHHTCCCCTTCCSCTTHHHHHHHHHHHHHTSSCGGGCCCGGGGGGGGGGGGSCSHHHHHHHHHHHHHTTCTTS CHHHHHHHHHHHTTTCHHHHHHHHHHHHHHHTTCCGGGSCGGGTCCC >sa_dssp ECDDEECBDCAADECBDEECCECACDBAEECDCBEBDBEEDEEDCCEBBDDABECBAEEDEECDADCDACDAADAACDBEEEDAEEBCDDADDBACAABC BBDDACECADEDAEECDECBEBACDACDCCEEEDEBDECECEEBBEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCC CHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9607899999999972102799999997414520002222786626999999998610163323377401112344167413677999987887644030 11356677763232102689999999999751650366506776259 >Consensus xxxTxExixxxxxxCCtrxxxECCxExxxFxxPiRCGxxxxxklxxxVxxClQxxLxxxExxxxiNLxDsVCCxVFxxDxxDxxxxCxxxCxxxMxxPsi xxxxrLxxIKxCxxxxNxLYKCFxkCxxxxxxxxxxExxxFExxCxx >d1szha_ STLTKELIKDAAEKCCTRNRQECCIEIMKFGTPIRCGYDRDPKLPGYVYKCLQNVLFAKEPKKKINLDDSVCCSVFGNDQEDSGRRCENRCKNLMTSPSI DAATRLDSIKSCSLLDNVLYKCFEKCRSLRKDGIKIEVLQFEEYCEA >UniRef50_O02422(10-170:184) Her-1 n=2 Tax=Brugia malayi RepID=O02422_BRUMA E=7e-13 s/c=0.52 id=33% cov=96% IPTTNEVV---VALCCSKEYAECCTESVNFAKPLRCdGMKLGARIN--VTLCIQKELHG-EYQPMLNLTDTVCCDVFADDDNDEKEYCLTECITVMQIPA LRNDRKLKRIKECR-RTNPLYKCFNRCLQWLHSRTEDEAFDFEQECSI # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * 1070 * * * * * * * 933 * * * * 1 0 * * * * * * 1549 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * 1070 * * * 933 * * * 2 0 * * * * * * 1549 0 0 L 3 * * * * * * * * * 933 * * * * * * 1070 * * * 3 0 * * * * * * 1549 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1549 0 0 K 5 * * * * * * * * 933 * * 1070 * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1549 0 0 E 6 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1549 0 0 L 7 * * * * * * * * * 933 * * * * * * * 1070 * * 7 0 * * * * * * 1549 0 0 I 8 * * * * * * * 933 * * * * * * * * * 1070 * * 8 933 * 1070 * * * * 1549 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * 0 1000 0 1000 D 10 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * 0 1000 0 1000 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 A 12 933 * * * * * * * * * * * * * * * * 1070 * * 12 0 * * * * * * 1549 0 0 E 13 1070 * * 933 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1549 0 0 K 14 * * * * * * * * 933 1070 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1549 0 0 C 15 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1549 0 0 C 16 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1549 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * 1070 933 * * * 17 0 * * * * * * 1549 0 0 R 18 * * * * * * * * 1070 * * * * * 933 * * * * * 18 0 * * * * * * 1549 0 0 N 19 * * * 1070 * * * * * * * 933 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1549 0 0 R 20 * * * * * * * * * * * * * * 933 * * * * 1070 20 0 * * * * * * 1549 0 0 Q 21 1070 * * * * * * * * * * * * 933 * * * * * * 21 0 * * * * * * 1549 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1549 0 0 C 23 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1549 0 0 C 24 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1549 0 0 I 25 * * * * * * * 933 * * * * * * * * 1070 * * * 25 0 * * * * * * 1549 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1549 0 0 I 27 * * * * * * * 933 * * * * * * * 1070 * * * * 27 0 * * * * * * 1549 0 0 M 28 * * * * * * * * * * 933 * * * * * * 1070 * * 28 0 * * * * * * 1549 0 0 K 29 * * * * * * * * 933 * * 1070 * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1549 0 0 F 30 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1549 0 0 G 31 1070 * * * * 933 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1549 0 0 T 32 * * * * * * * * 1070 * * * * * * * 933 * * * 32 0 * * * * * * 1549 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1549 0 0 I 34 * * * * * * * 933 * 1070 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1549 0 0 R 35 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 35 0 * * * * * * 1549 0 0 C 36 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 933 1070 * 0 * * * 1549 1000 0 G 37 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1549 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * 1070 * * * * * * * * 933 38 0 * * * * * * 1549 0 0 D 39 * * 933 * * * * * 1070 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1549 0 0 R 40 * * * * * * * * * 1070 * * * * 933 * * * * * 40 0 * * * * * * 1549 0 0 D 41 * * 933 * * 1070 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1549 0 0 P 42 1070 * * * * * * * * * * * 933 * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1549 0 0 K 43 * * * * * * * * 933 * * * * * 1070 * * * * * 43 0 * * * * * * 1549 0 0 L 44 * * * * * * * 1070 * 933 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1549 0 0 P 45 * * * * * * * * * * * 1070 933 * * * * * * * 45 933 * 1070 * * * * 1549 0 0 G 46 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * 0 1000 0 1000 Y 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 47 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1549 0 0 Y 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 1070 * * 933 49 0 * * * * * * 1549 0 0 K 50 * * * * * * * * 933 1070 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1549 0 0 C 51 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1549 0 0 L 52 * * * * * * * 1070 * 933 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1549 0 0 Q 53 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 53 0 * * * * * * 1549 0 0 N 54 * * * * * * * * 1070 * * 933 * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1549 0 0 V 55 * * * 1070 * * * * * * * * * * * * * 933 * * 55 0 * * * * * * 1549 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1549 0 0 F 57 * * * * 933 * 1070 * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1549 0 0 A 58 933 * * * * 1070 * * * * * * * * * * * * * * 58 933 * 1070 * * * * 1549 0 0 K 59 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 E 60 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1549 0 0 P 61 * * * * * * * * * * * * 933 * * * * * * 1070 61 0 * * * * * * 1549 0 0 K 62 * * * * * * * * 933 * * * * 1070 * * * * * * 62 0 * * * * * * 1549 0 0 K 63 * * * * * * * * 933 * * * 1070 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1549 0 0 K 64 * * * * * * * * 933 * 1070 * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1549 0 0 I 65 * * * * * * * 933 * 1070 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1549 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1549 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1549 0 0 D 68 * * 933 * * * * * * * * * * * * * 1070 * * * 68 0 * * * * * * 1549 0 0 D 69 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1549 0 0 S 70 * * * * * * * * * * * * * * * 933 1070 * * * 70 0 * * * * * * 1549 0 0 V 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 71 0 * * * * * * 1549 0 0 C 72 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1549 0 0 C 73 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1549 0 0 S 74 * * 1070 * * * * * * * * * * * * 933 * * * * 74 0 * * * * * * 1549 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1549 0 0 F 76 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1549 0 0 G 77 1070 * * * * 933 * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1549 0 0 N 78 * * 1070 * * * * * * * * 933 * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1549 0 0 D 79 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1549 0 0 Q 80 * * 1070 * * * * * * * * * * 933 * * * * * * 80 0 * * * * * * 1549 0 0 E 81 * * * 933 * * * * * * * 1070 * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1549 0 0 D 82 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1549 0 0 S 83 * * * 1070 * * * * * * * * * * * 933 * * * * 83 0 * * * * * * 1549 0 0 G 84 * * * * * 933 * * 1070 * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1549 0 0 R 85 * * * 1070 * * * * * * * * * * 933 * * * * * 85 0 * * * * * * 1549 0 0 R 86 * * * * * * * * * * * * * * 933 * * * * 1070 86 0 * * * * * * 1549 0 0 C 87 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1549 0 0 E 88 * * * 933 * * * * * 1070 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1549 0 0 N 89 * * * * * * * * * * * 933 * * * * 1070 * * * 89 0 * * * * * * 1549 0 0 R 90 * * * 1070 * * * * * * * * * * 933 * * * * * 90 0 * * * * * * 1549 0 0 C 91 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1549 0 0 K 92 * * * * * * * 1070 933 * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1549 0 0 N 93 * * * * * * * * * * * 933 * * * * 1070 * * * 93 0 * * * * * * 1549 0 0 L 94 * * * * * * * * * 933 * * * * * * * 1070 * * 94 0 * * * * * * 1549 0 0 M 95 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1549 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * * 1070 * * 933 * * * 96 0 * * * * * * 1549 0 0 S 97 * * * * * * * 1070 * * * * * * * 933 * * * * 97 0 * * * * * * 1549 0 0 P 98 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1549 0 0 S 99 1070 * * * * * * * * * * * * * * 933 * * * * 99 0 * * * * * * 1549 0 0 I 100 * * * * * * * 933 * 1070 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1549 0 0 D 101 * * 933 * * * * * * * * * * * 1070 * * * * * 101 0 * * * * * * 1549 0 0 A 102 933 * * * * * * * * * * 1070 * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1549 0 0 A 103 933 * 1070 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1549 0 0 T 104 * * * * * * * * * * * * * * 1070 * 933 * * * 104 0 * * * * * * 1549 0 0 R 105 * * * * * * * * 1070 * * * * * 933 * * * * * 105 0 * * * * * * 1549 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1549 0 0 D 107 * * 933 * * * * * 1070 * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1549 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * * 1070 933 * * * * 108 0 * * * * * * 1549 0 0 I 109 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1549 0 0 K 110 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1549 0 0 S 111 * * * 1070 * * * * * * * * * * * 933 * * * * 111 0 * * * * * * 1549 0 0 C 112 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1549 0 0 S 113 * * * * * * * * * * * * * * 1070 933 * * * * 113 933 * 1070 * * * * 1549 0 0 L 114 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 114 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 L 115 * * * * * * * * * 933 * * * * 1070 * * * * * 115 0 * * * * * * 1549 0 0 D 116 * * 933 * * * * * * * * * * * * * 1070 * * * 116 0 * * * * * * 1549 0 0 N 117 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1549 0 0 V 118 * * * * * * * * * * * * 1070 * * * * 933 * * 118 0 * * * * * * 1549 0 0 L 119 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1549 0 0 Y 120 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 120 0 * * * * * * 1549 0 0 K 121 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1549 0 0 C 122 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1549 0 0 F 123 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1549 0 0 E 124 * * * 933 * * * * * * * 1070 * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1549 0 0 K 125 * * * * * * * * 933 * * * * * 1070 * * * * * 125 0 * * * * * * 1549 0 0 C 126 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1549 0 0 R 127 * * * * * * * * * 1070 * * * * 933 * * * * * 127 0 * * * * * * 1549 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * 1070 * 933 * * * * 128 0 * * * * * * 1549 0 0 L 129 * * * * * * * * * 933 * * * * * * * * 1070 * 129 0 * * * * * * 1549 0 0 R 130 * * * * * * * * * 1070 * * * * 933 * * * * * 130 0 * * * * * * 1549 0 0 K 131 * * * * * * 1070 * 933 * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1549 0 0 D 132 * * 933 * * * * * * * * * * * * 1070 * * * * 132 0 * * * * * * 1549 0 0 G 133 * * * * * 933 * * * * * * * * 1070 * * * * * 133 0 * * * * * * 1549 0 0 I 134 * * * * * * * 933 * * * * * * * * 1070 * * * 134 0 * * * * * * 1549 0 0 K 135 * * * 1070 * * * * 933 * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1549 0 0 I 136 * * 1070 * * * * 933 * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1549 0 0 E 137 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1549 0 0 V 138 1070 * * * * * * * * * * * * * * * * 933 * * 138 0 * * * * * * 1549 0 0 L 139 * * * * 1070 * * * * 933 * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1549 0 0 Q 140 * * 1070 * * * * * * * * * * 933 * * * * * * 140 0 * * * * * * 1549 0 0 F 141 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1549 0 0 E 142 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1549 0 0 E 143 * * * 933 * * * * * * * * * 1070 * * * * * * 143 0 * * * * * * 1549 0 0 Y 144 * * * 1070 * * * * * * * * * * * * * * * 933 144 0 * * * * * * 1549 0 0 C 145 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1549 0 0 E 146 * * * 933 * * * * * * * * * * * 1070 * * * * 146 0 * * * * * * 1549 0 0 A 147 933 * * * * * * 1070 * * * * * * * * * * * * 147 0 * * 0 * * * 1549 0 0 //