HHsearch 1.5 NAME d1qvpa_ FAM FILE d1qvpa_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i d1qvpa_.a3m DATE Tue Mar 9 05:48:15 2010 LENG 87 match states, 87 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4283 1.0055 SEQ >ss_dssp CCCCCSSCSSBCTTTSSSSSCCEEEEEECCCCSSCCSGGGTHHHHSCCCTTCEEEEEECSSCEEEEETTEEECCSSSSSSSCEEECC >sa_dssp EEEEDEECDCEEADDCBEEEDEDBDADDDDDEEEDEEDAEEEBEEBEBEEDDCBDADDEEEDBCACCEEEDBCCEBBAADDBCADDE >ss_pred CCCCCCCCCCCEEEECCCCCCCEEEEEEEEEEEEEEHHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEECCCEEEEEECCCEEHHHHHHHHHEEEECC >ss_conf 965333377413453002587137999841147741377787531112225525788117819996379700044433411032019 >Consensus gshmdaaapgtrvidaatsmprkvrivqineifqvetdqftqlldadirvGsEVdIixxxGxixisHNGxxVELiDDLAHxiRiExx >d1qvpa_ GSHMDAAAPGTRVIDAATSMPRKVRIVQINEIFQVETDQFTQLLDADIRVGSEVEIVDRDGHITLSHNGKDVELLDDLAHTIRIEEL >UniRef50_Q45290(1-37:39) Diphtheria toxin regulatory protein (Fragment) n=1 Tax=Corynebacterium glutamicum RepID=Q45290_CORGL E=0.0006 s/c=1.23 id=47% cov=44% --------------------------------------------------GTEVDIINEQGRVVITHNGSSVELIDDLAHAVRVEKV # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 M 4 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 A 6 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 A 7 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 P 9 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 G 10 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 T 11 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 R 12 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 D 15 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 A 16 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 T 18 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 M 20 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 P 21 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 R 22 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 I 26 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 V 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 28 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 N 30 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 I 32 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 F 33 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 34 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 E 36 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 D 38 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 F 40 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 T 41 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 42 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 L 44 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 D 45 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 A 46 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 D 47 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 I 48 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 V 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 G 51 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1428 0 0 S 52 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 52 0 * * * * * * 1428 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1428 0 0 V 54 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 54 0 * * * * * * 1428 0 0 E 55 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1428 0 0 I 56 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1428 0 0 V 57 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 57 0 * * * * * * 1428 0 0 D 58 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1428 0 0 R 59 * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 59 0 * * * * * * 1428 0 0 D 60 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1428 0 0 G 61 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1428 0 0 H 62 * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * 62 0 * * * * * * 1428 0 0 I 63 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 63 0 * * * * * * 1428 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 64 0 * * * * * * 1428 0 0 L 65 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1428 0 0 S 66 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 66 0 * * * * * * 1428 0 0 H 67 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1428 0 0 N 68 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1428 0 0 G 69 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1428 0 0 K 70 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 70 0 * * * * * * 1428 0 0 D 71 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 71 0 * * * * * * 1428 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 72 0 * * * * * * 1428 0 0 E 73 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1428 0 0 L 74 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1428 0 0 L 75 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1428 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1428 0 0 D 77 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1428 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1428 0 0 A 79 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1428 0 0 H 80 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1428 0 0 T 81 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 81 0 * * * * * * 1428 0 0 I 82 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 82 0 * * * * * * 1428 0 0 R 83 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 83 0 * * * * * * 1428 0 0 I 84 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 84 0 * * * * * * 1428 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1428 0 0 E 86 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1428 0 0 L 87 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 87 0 * * 0 * * * 1428 0 0 //