HHsearch 1.5 NAME c9w77A_ FAM FILE c9w77A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9w77A_.a3m DATE Sat Nov 1 09:32:15 2025 LENG 150 match states, 150 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4192 -0.2047 SEQ >ss_pred CHHHHHCCCCCCEEEEECCEEEEEEEECCCEEEEEEEEEEEEEEEEECCCEEEECCCCCEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCEEEEEE ECCCCCCHHHHCCCCCCCCCCEECCCCCCCEEEEECCCCCCCEEEEEEEC >ss_conf 9243102223320245404047899713200037765443013787143024536876205631133487433002888404563323335630699997 52774501210133643579734364001400111178757648999839 >Consensus pfxevfnatxfxsvyawxrkxysvlynstxfstfxcynvyadsfvvxgdxvrqiapgqtgviadynyklpddfxgcvlawnsrnxdasssgnxnyxyrxx rxxklrpferdixxxxxxxxxxxxsxlxxygfyssxgxxxqpyrvvvlsf >c9w77A_ PFSEVFNATTFASVYAWNRKRYSVLYNSTSFSTFQCYNVYADSFVVRGDEVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFTGCVLAWNSRNQDASTSGNFNYYYRIW RSEKLRPFERDIAHYDYQVGTQFKSSLKNYGFYSSAGDSHQPYRVVVLSF >UniRef50_P59594(324-501:1255) Spike protein S2 n=151 Tax=Betacoronavirus RepID=SPIKE_CVHSA E=3e-52 s/c=1.15 id=71% cov=101% PFGEVFNATKFPSVYAWERKKisncvadYSVLYNSTFFSTFKCYgvsatklndlcfsNVYADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAW NTRNIDATSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDISNVPFSPDGKPCTppalncywPLNDYGFYTTTGIGYQPYRVVVLSF # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1220 0 0 F 2 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1220 0 0 S 3 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 3 0 * * * * * * 1220 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1220 0 0 V 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 5 0 * * * * * * 1220 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1220 0 0 N 7 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1220 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1220 0 0 T 9 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 9 0 * * * * * * 1220 0 0 T 10 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 10 0 * * * * * * 1220 0 0 F 11 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1220 0 0 A 12 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1220 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1220 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 15 0 * * * * * * 1220 0 0 A 16 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1220 0 0 W 17 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 17 0 * * * * * * 1220 0 0 N 18 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1220 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1220 0 0 K 20 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1220 0 0 R 21 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 21 1000 1000 * 2807 222 * * 1220 1000 0 Y 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 22 0 * * * * * * 1220 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 23 0 * * * * * * 1220 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1220 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1220 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1220 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 28 0 * * * * * * 1220 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 29 0 * * * * * * 1220 0 0 S 30 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * 30 0 * * * * * * 1220 0 0 F 31 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1220 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1220 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 33 0 * * * * * * 1220 0 0 F 34 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1220 0 0 Q 35 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 35 0 * * * * * * 1220 0 0 C 36 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 37 1000 1000 * 3700 115 * * 1220 1000 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1220 0 0 V 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 39 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1220 0 0 A 41 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1220 0 0 D 42 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1220 0 0 S 43 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 43 0 * * * * * * 1220 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1220 0 0 V 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 45 0 * * * * * * 1220 0 0 V 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 46 0 * * * * * * 1220 0 0 R 47 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 47 0 * * * * * * 1220 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1220 0 0 D 49 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1220 0 0 E 50 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1220 0 0 V 51 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 51 0 * * * * * * 1220 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 0 * * * * * * 1220 0 0 Q 53 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 53 0 * * * * * * 1220 0 0 I 54 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1220 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1220 0 0 P 56 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1220 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1220 0 0 Q 58 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 58 0 * * * * * * 1220 0 0 T 59 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 59 0 * * * * * * 1220 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1220 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1220 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1220 0 0 A 63 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1220 0 0 D 64 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 65 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 65 0 * * * * * * 1220 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 67 0 * * * * * * 1220 0 0 K 68 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1220 0 0 L 69 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1220 0 0 P 70 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1220 0 0 D 71 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1220 0 0 D 72 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1220 0 0 F 73 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1220 0 0 T 74 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * 74 0 * * * * * * 1220 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1220 0 0 C 76 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1220 0 0 V 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 77 0 * * * * * * 1220 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1220 0 0 A 79 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1220 0 0 W 80 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 80 0 * * * * * * 1220 0 0 N 81 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1220 0 0 S 82 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 82 0 * * * * * * 1220 0 0 R 83 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 83 0 * * * * * * 1220 0 0 N 84 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1220 0 0 Q 85 * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * 85 0 * * * * * * 1220 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1220 0 0 A 87 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1220 0 0 S 88 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 88 0 * * * * * * 1220 0 0 T 89 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 89 0 * * * * * * 1220 0 0 S 90 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 90 0 * * * * * * 1220 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1220 0 0 N 92 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1220 0 0 F 93 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 93 0 * * * * * * 1220 0 0 N 94 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 95 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 96 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 96 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 97 0 * * * * * * 1220 0 0 R 98 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 98 0 * * * * * * 1220 0 0 I 99 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 99 0 * * * * * * 1220 0 0 W 100 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * 100 0 * * * * * * 1220 0 0 R 101 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 101 0 * * * * * * 1220 0 0 S 102 * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * 102 0 * * * * * * 1220 0 0 E 103 * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1220 0 0 K 104 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1220 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1220 0 0 R 106 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 106 0 * * * * * * 1220 0 0 P 107 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1220 0 0 F 108 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1220 0 0 E 109 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1220 0 0 R 110 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 110 0 * * * * * * 1220 0 0 D 111 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1220 0 0 I 112 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1220 0 0 A 113 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 113 0 * * * * * * 1220 0 0 H 114 * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 115 0 * * * * * * 1220 0 0 D 116 * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 117 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 117 0 * * * * * * 1220 0 0 Q 118 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 118 0 * * * * * * 1220 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * 119 0 * * * * * * 1220 0 0 G 120 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1220 0 0 T 121 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * 121 0 * * * * * * 1220 0 0 Q 122 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 122 0 * * * * * * 1220 0 0 F 123 * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1220 0 0 K 124 * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1220 0 0 S 125 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 125 1000 1000 * 3000 193 * * 1220 1000 0 S 126 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 126 0 * * * * * * 1220 0 0 L 127 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1220 0 0 K 128 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1220 0 0 N 129 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 130 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 130 0 * * * * * * 1220 0 0 G 131 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1220 0 0 F 132 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 133 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 133 0 * * * * * * 1220 0 0 S 134 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 134 0 * * * * * * 1220 0 0 S 135 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 135 0 * * * * * * 1220 0 0 A 136 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 136 0 * * * * * * 1220 0 0 G 137 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1220 0 0 D 138 * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1220 0 0 S 139 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 139 0 * * * * * * 1220 0 0 H 140 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 140 0 * * * * * * 1220 0 0 Q 141 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 141 0 * * * * * * 1220 0 0 P 142 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1220 0 0 Y 143 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 143 0 * * * * * * 1220 0 0 R 144 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 144 0 * * * * * * 1220 0 0 V 145 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 145 0 * * * * * * 1220 0 0 V 146 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 146 0 * * * * * * 1220 0 0 V 147 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 147 0 * * * * * * 1220 0 0 L 148 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1220 0 0 S 149 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 149 0 * * * * * * 1220 0 0 F 150 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * 0 * * * 1220 0 0 //