HHsearch 1.5 NAME c9rbrJ_ FAM FILE c9rbrJ_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9rbrJ_.a3m DATE Sat Jan 17 10:00:15 2026 LENG 162 match states, 162 columns in multiple alignment FILT 6 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.3615 -3.2981 SEQ >ss_pred CCCEEEEEEECCCCEEEEEECCCEEEEEEEECCEEECEEEEEEEECCHHHHHHHEEECCEEECCHHHCCHHHHHHHCCCHHCCCCEEECCCEEEEEECCC EEEEECCCCCCCCCCCCEECCCCCEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCCEEECCCCCCCC >ss_conf 9613789885165402122157301159997464500013223226576743200000001010654043544421331000755343140001687160 47762124688888872142798399999727888874168999874673067556554049 >Consensus gkrxRmxxKxexdxtFxvxxeGxixGyAxxxgxkvxkPxHVkGxiDhpxLaxlkfxkssxyDlExAxxPxxMrsdaxxytxexpegxYnwhhGavQxxxg rftipxgxgxxGDSGRPixDNsGrVVaIVLGGxxegxrTaLSVvxwnkkxxxkxtpexxxew >c9rbrJ_ GKRERMCMKIENDCIFEVKHEGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGVIDNADLAKLAFKKSSKYDLECAQIPVHMRSDASKYTHEKPEGHYNWHHGAVQYSGG RFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGSRTALSVVTWNKDMVTRVTPEGSEEW >UniRef50_P36329(115-275:1255) E1 envelope glycoprotein n=477 Tax=root RepID=POLS_EEVV3 E=2e-75 s/c=1.76 id=65% cov=99% --RQRMVMKLESDKTFPIMLEGKINGYACVVGGKLFRPMHVEGKIDNDVLAALKTKKASKYDLEYADVPQNMRADTFKYTHEKPQGYYSWHHGAVQYENG RFTVPKGVGAKGDSGRPILDNQGRVVAIVLGGVNEGSRTALSVVMWNEKGVTvKYTPENCEQW >UniRef50_P03316(103-264:1245) E1 envelope glycoprotein n=116 Tax=WEEV complex RepID=POLS_SINDV E=3e-75 s/c=1.74 id=68% cov=99% --RQRMALKLEADRLFDVKNEdGDVIGHALAMEGKVMKPLHVKGTIDHPVLSKLKFTKSSAYDMEFAQLPVNMRSEAFTYTSEHPEGFYNWHHGAVQYSG GRFTIPRGVGGRGDSGRPIMDNSGRVVAIVLGGADEGTRTALSVVTWNSKGKTiKTTPEGTEEW >UniRef50_Q86925(108-267:1244) E1 envelope glycoprotein n=959 Tax=Alphavirus RepID=POLS_AURAV E=2e-71 s/c=1.68 id=63% cov=98% ----RTALKFEADRTFVGKNEdGKIMGYAVAMEGKVIKPLHVKGTIDHPALAKLKFTKSSSYDMEFAKLPTEMKSDAFGYTTEHPEVFYNWHHGAVQFSG GRFTIPTGVGGPGDSGRPILDNSGKVVAIVLGGANEVPGTALSVVTWNKKGaAIKTTHEDTVEW >UniRef50_Q8QL52(121-273:1322) E1 envelope glycoprotein n=104 Tax=Alphavirus RepID=POLS_SLDV E=1e-60 s/c=1.52 id=41% cov=94% GKEVRISVKRARQSTFPVYHDGAISGYAVLIGSRVFKPAHVKGKFDHPELADIKFQVAEVMDLEAAAYPKCMRDQAAEPATMM-DGVYNGEYGNIQeWRT ILYSMRAAEASRGDSGRPFTDNSGKVVGIVLGGGPDGRRTRLSVIGFDKKLKAR--------- >UniRef50_Q993S2(1-36:661) Structural polyprotein (Fragment) n=1 Tax=Seal louse virus RepID=Q993S2_9VIRU E=5e-10 s/c=1.83 id=76% cov=23% ---------------------------------------------------------------------------------------------------- --------------------------AIVLGGANEGERTALSVVTWNKNTVVKVTPEETVEW # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1503 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1503 0 0 R 3 * * * 1679 * * * * * * * * * * 540 * * * * * 3 0 * * * * * * 1817 0 0 E 4 * * * 2180 * * * * * * * * * 1099 * * * 1679 * * 4 0 * * * * * * 1817 0 0 R 5 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 5 0 * * * * * * 1862 0 0 M 6 * * * * * * * 1863 * * 868 * * * * * 2495 * * * 6 0 * * * * * * 1862 0 0 C 7 1520 2489 * * * * * * * * * * * * * 1863 * 2334 * * 7 0 * * * * * * 1862 0 0 M 8 * * * * * * * * * 1520 1409 * * * * * * 1863 * * 8 0 * * * * * * 1862 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1862 0 0 I 10 * * * * 2495 * * 2489 * 1436 * * * * 1863 * * * * * 10 0 * * * * * * 1862 0 0 E 11 1863 * * 464 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1862 0 0 N 12 1520 * * * * * * * * * * 2489 * * 1863 2334 * * * * 12 0 * * * * * * 1862 0 0 D 13 * * 464 * * * * * * * * * * 1863 * * * * * * 13 0 * * * * * * 1862 0 0 C 14 * 2489 * * * * * * 2334 * * * * * 1520 1863 * * * * 14 0 * * * * * * 1862 0 0 I 15 * * * * * * * 2489 * 2546 * * * * * * 620 * * * 15 0 * * * * * * 1862 0 0 F 16 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1862 0 0 E 17 * * 2546 2489 * * * * * * * * 1079 * * * * 2495 * * 17 0 * * * * * * 1862 0 0 V 18 * * * * * 2495 * 2334 * * * * * * * * * 680 * * 18 0 * * * * * * 1862 0 0 K 19 * * * * * * * * 925 * 2334 * * * * * * * * 1863 19 0 * * * * * * 1862 0 0 H 20 * * * * * * 1142 * * 2334 * 1520 * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1862 0 0 E 21 * * 1863 464 * * * * * * * * * * * * * * * * 21 618 1520 * 0 * * * 1862 1176 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1862 0 0 K 23 1863 * 2546 * * * * * 853 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1862 0 0 V 24 * * * * * * * 620 * * * * * * * * * 1517 * * 24 0 * * * * * * 1862 0 0 T 25 * * * * * * * 2546 * * 2495 2334 * * * 1863 2489 * * * 25 0 * * * * * * 1862 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1862 0 0 Y 27 * * * * * * 2546 * * * * * * * * * * * * 271 27 0 * * * * * * 1862 0 0 A 28 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1862 0 0 C 29 * 1409 * * * * * * * 2546 * * * * * * * 1145 * * 29 0 * * * * * * 1862 0 0 L 30 1520 * * * * * * * * 1142 * * * * * * * 2334 * * 30 0 * * * * * * 1862 0 0 V 31 * * * * * * * 1863 * * 1520 * * * * * * 1409 * * 31 0 * * * * * * 1862 0 0 G 32 * * * 1520 * 618 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1862 0 0 D 33 * * 2489 * * 871 * * * * * * * * * 1863 * * * * 33 0 * * * * * * 1862 0 0 K 34 * * * * * * * * 464 * * * * * 1863 * * * * * 34 0 * * * * * * 1862 0 0 V 35 * * * * * * * * * 2334 * * * * * * * 319 * * 35 0 * * * * * * 1862 0 0 M 36 * * * * 1079 * * 2495 * * 1517 * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1862 0 0 K 37 * * * * * * * * 319 * * * * * 2334 * * * * * 37 0 * * * * * * 1862 0 0 P 38 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1862 0 0 A 39 1142 * * * * * * * * 1520 2334 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1862 0 0 H 40 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1862 0 0 V 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 41 0 * * * * * * 1862 0 0 K 42 * * * 2334 * * * * 319 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1862 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1862 0 0 V 44 * * * * * * * * 1079 * * * * * * * 1520 2489 * * 44 0 * * * * * * 1862 0 0 I 45 * * * * 1863 * * 464 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1862 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1862 0 0 N 47 * * * * * * 681 * * * * 1409 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1862 0 0 A 48 2489 * 2334 * * * * * * * * * 681 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1862 0 0 D 49 2495 * 2489 1863 * * * * * * * * * * * * * 1436 * * 49 0 * * * * * * 1862 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1862 0 0 A 51 271 * * * * * * * * * * * * * * 2546 * * * * 51 0 * * * * * * 1862 0 0 K 52 2334 * 1863 * * * * * 925 * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1862 0 0 L 53 * * * * * * * 1863 * 464 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1862 0 0 A 54 2489 * * * * * * * 283 * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1862 0 0 F 55 * * * * 319 * * * * * * * * * * * 2334 * * * 55 0 * * * * * * 1862 0 0 K 56 * * * * * * * * 1409 * * * * 1863 * * 1520 * * * 56 0 * * * * * * 1862 0 0 K 57 * * * * * * * * 464 * * * * * * * * 1863 * * 57 0 * * * * * * 1862 0 0 S 58 1079 * * * * * * * * * * * * * * 925 * * * * 58 0 * * * * * * 1862 0 0 S 59 * * * 1863 * * * * * * * * * * * 464 * * * * 59 0 * * * * * * 1862 0 0 K 60 2546 * * * * * * * 1409 * * * * * * 2495 * 1863 * * 60 0 * * * * * * 1862 0 0 Y 61 * * * * * * * * * * 1863 * * * * * * * * 464 61 0 * * * * * * 1862 0 0 D 62 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1862 0 0 L 63 * * * * * * * * * 618 1520 * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1862 0 0 E 64 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1862 0 0 C 65 1863 2489 * * 1520 * * * * * * * * * * * * * * 2334 65 0 * * * * * * 1862 0 0 A 66 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1862 0 0 Q 67 1863 * 2334 * * * * * 2495 * * * * 1517 * * * * * * 67 0 * * * * * * 1862 0 0 I 68 * * * * * * * 2489 * 1520 * * * * * * * 2334 * 1863 68 0 * * * * * * 1862 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1862 0 0 V 70 * * * * * * * * 1863 * * * * 2334 * * 2495 1517 * * 70 0 * * * * * * 1862 0 0 H 71 * 1863 * 2495 * * 2489 * * * * 1436 * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1862 0 0 M 72 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1862 0 0 R 73 * * * * * * * * 2495 * * * * * 282 * * * * * 73 0 * * * * * * 1862 0 0 S 74 2334 * 1863 * * * * * * * * * * * * 925 * * * * 74 0 * * * * * * 1862 0 0 D 75 * * 853 2546 * * * * * * * * * 1863 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1862 0 0 A 76 319 * * * * * * * * * * * * * * * 2334 * * * 76 0 * * * * * * 1862 0 0 S 77 1863 * * * 871 * * * * * * * * * * 2489 * * * * 77 0 * * * * * * 1862 0 0 K 78 * * * 1863 * 2495 * * 1409 * * * * * * * 2546 * * * 78 0 * * * * * * 1862 0 0 Y 79 * * * * * * * * * * * * 1863 * * * * * * 464 79 0 * * * * * * 1862 0 0 T 80 1863 * * * * * * * * * * * * * * * 464 * * * 80 0 * * * * * * 1862 0 0 H 81 * * * * * * 1409 * * * * * * * * 2546 1145 * * * 81 0 * * * * * * 1862 0 0 E 82 * * * 464 * * * * * * 1863 * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1862 0 0 K 83 * * * * * * 1520 * 1409 * 1863 * * * * * * * * * 83 464 * 1863 * * * * 1862 0 0 P 84 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 84 0 * * * * 0 * 1518 0 1000 E 85 * * 1863 925 * * * * * * * * * 2334 * * * * * * 85 0 * * * * * * 1862 0 0 G 86 * * * * * 282 * * * * * * * * * * * 2495 * * 86 0 * * * * * * 1862 0 0 H 87 * * * * 1520 * 2489 * * * * * * * * * * 1863 * 2334 87 0 * * * * * * 1862 0 0 Y 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 88 0 * * * * * * 1862 0 0 N 89 * * * * * * * * * * * 319 * * * 2334 * * * * 89 0 * * * * * * 1862 0 0 W 90 * * * * * 1863 * * * * * * * * * * * * 464 * 90 0 * * * * * * 1862 0 0 H 91 * * * 1863 * * 464 * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1862 0 0 H 92 * * * * * * 464 * * * * * * * * * * * * 1863 92 0 * * * * * * 1862 0 0 G 93 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1862 0 0 A 94 464 * * * * * * * * * * 1863 * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1862 0 0 V 95 * * * * * * * 1863 * * * * * * * * * 464 * * 95 0 * * * * * * 1862 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 96 464 1863 * 0 * * * 1862 1000 0 Y 97 * * * * 2495 * * * * * * * * * * * * * 1863 868 97 0 * * * * * * 1862 0 0 S 98 * * * 2334 * * * * * * * * * * 1863 925 * * * * 98 0 * * * * * * 1862 0 0 G 99 * * * * * 925 * * * * * 2334 * * * * 1863 * * * 99 0 * * * * * * 1862 0 0 G 100 * * * * * 464 * 1863 * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1862 0 0 R 101 * * * * * * * * * 1863 * * * * 464 * * * * * 101 0 * * * * * * 1862 0 0 F 102 * * * * 464 * * * * * * * * * * * * * * 1863 102 0 * * * * * * 1862 0 0 T 103 * * * * * * * * * * * * * * * 1863 464 * * * 103 0 * * * * * * 1862 0 0 I 104 * * * * * * * 925 * * 1863 * * * * * * 2334 * * 104 0 * * * * * * 1862 0 0 P 105 * * * * * * * * * * * * 464 * 1863 * * * * * 105 0 * * * * * * 1862 0 0 T 106 1863 * * * * * * * 2334 * * * * * 2546 * 1492 * * * 106 0 * * * * * * 1862 0 0 G 107 1863 * * * * 464 * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1862 0 0 A 108 2489 * * 1863 * * * * * * * * * * * * * 871 * * 108 0 * * * * * * 1862 0 0 G 109 1863 * * * * 464 * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1862 0 0 K 110 2334 * * * * 1520 * * 2489 * * * * * * 1863 * * * * 110 0 * * * * * * 1862 0 0 P 111 * * * * * * * * 2334 * * * 1492 * 1164 * * * * * 111 0 * * * * * * 1862 0 0 G 112 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1862 0 0 D 113 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1862 0 0 S 114 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 114 0 * * * * * * 1862 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1862 0 0 R 116 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 116 0 * * * * * * 1862 0 0 P 117 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1862 0 0 I 118 * * * * 1863 * * 464 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1862 0 0 F 119 * * * * 2489 * * * * 1413 2546 * * * * * 1863 * * * 119 0 * * * * * * 1862 0 0 D 120 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1862 0 0 N 121 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1862 0 0 K 122 * * * * * * * * 2489 * * * * 2334 * 681 * * * * 122 0 * * * * * * 1862 0 0 G 123 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1862 0 0 R 124 * * * * * * * * 1145 * * * * * 868 * * * * * 124 0 * * * * * * 1862 0 0 V 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 125 0 * * * * * * 1862 0 0 V 126 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 126 0 * * * * * * 1862 0 0 A 127 432 * * * * 1951 * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1715 0 0 I 128 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1715 0 0 V 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 129 0 * * * * * * 1715 0 0 L 130 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1715 0 0 G 131 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1715 0 0 G 132 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1715 0 0 A 133 751 * * * * 1951 * * * * * * * * * * * 2766 * * 133 0 * * * * * * 1715 0 0 N 134 * * 2801 * * * * * * * * 742 1951 * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1715 0 0 E 135 * * 1951 432 * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1715 0 0 G 136 * * * * * 264 * * * * * * * * * * * 2582 * * 136 0 * * * * * * 1715 0 0 S 137 * * * 2790 * * * * * * * * 2582 * 1951 1804 2801 * * * 137 0 * * * * * * 1715 0 0 R 138 * * * * * 2582 * * * * * * * * 264 * * * * * 138 0 * * * * * * 1715 0 0 T 139 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 139 0 * * * * * * 1715 0 0 A 140 432 * * * * * * * * * * * * * 1951 * * * * * 140 0 * * * * * * 1715 0 0 L 141 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1715 0 0 S 142 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 142 0 * * * * * * 1715 0 0 V 143 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 143 0 * * * * * * 1715 0 0 V 144 * * * * * * * 1951 * * * * * * * * * 432 * * 144 0 * * * * * * 1715 0 0 T 145 * * * * * 1951 * * * * 2766 * * * * * 751 * * * 145 0 * * * * * * 1715 0 0 W 146 * * * * 1951 * * * * * * * * * * * * * 432 * 146 0 * * * * * * 1715 0 0 N 147 * * 1951 * * * * * * * * 432 * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1715 0 0 K 148 * * * 2766 * * * * 495 * * * * * * 2801 * * * * 148 0 * * * * * * 1715 0 0 D 149 * * 2844 * * * * * 482 * * 2790 * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1715 0 0 M 150 * * * * * 1128 * * * 1951 2844 * * * * * 2790 * * * 150 264 2582 * 0 * * * 1715 1000 0 V 151 2582 * * * * * * * 1314 * * * * * * * * 1215 * * 151 0 * * * * * * 1715 0 0 T 152 1951 * * * * * * 2582 * * * * * * * * 1218 2790 * * 152 495 1783 * 0 * * * 1715 1312 0 R 153 * * * * * * * * 732 * * * * * 1329 * * * * * 153 0 * * * * * * 1715 0 0 V 154 * * * * * * * * * * * * * * * * 1307 1389 * 2223 154 0 * * * * * * 1483 0 0 T 155 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 155 0 * * * * * * 1483 0 0 P 156 * * * * * * 2215 * * * * * 350 * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1483 0 0 E 157 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1483 0 0 G 158 * * 2215 2394 * 1395 * * * * * 2223 * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1483 0 0 S 159 * 2223 * * * * * * * * * * * * * 2385 751 * * * 159 0 * * * * * * 1483 0 0 E 160 * * * 751 * * * * * * * * * * * * * 1302 * * 160 0 * * * * * * 1483 0 0 E 161 * * * 348 * * * * * * * * * 2223 * * * * * * 161 0 * * * * * * 1483 0 0 W 162 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 162 0 * * 0 * * * 1483 0 0 //