HHsearch 1.5 NAME c9q1dA_ FAM FILE c9q1dA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9q1dA_.a3m DATE Sat Aug 30 12:10:41 2025 LENG 129 match states, 129 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.3945 -1.1324 SEQ >ss_pred CCCCEEEEEEECCCCCCEEEEEECCCCHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEECHHHHHHHCCCEECCHHHHHHEEEEEEEEEEEECCCC HHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHCCCCCC >ss_conf 9840489997338854079986044313777740776523799998775066644148999854476643308555207773421210467678860784 31357788767522880012231035769 >Consensus axxxxxfvlvdnggtgdvtvxpxxxangvaewxsxnsrsqayxvtxsxrxsxaxxrkytikxevpkixtqxvxgvelpvxawxxyxxxxltipifaxxxd xxxixkxxxglxkxgnpixxaixxxsgxy >c9q1dA_ ASNFTQFVLVDNGGTGDVTVAPSNFANGVAEWISSNSRSQAYKVTCSVRQSSAQNRKYTIKVEVPKVATQTVGGVELPVAAWRSYLNMELTIPIFATNSD CELIVKAMQGLLKDGNPIPSAIAANSGIY >UniRef50_P34700(2-129:130) Coat protein n=87 Tax=Levivirus RepID=COAT_BPJP3 E=1e-51 s/c=1.59 id=62% cov=100% -ATLRSFVLVDNGGTGDVTVVPVSNANGVAEWLSNNSRSQAYRVTASYRASGADKRKYTIKLEVPKIVTQVVNGVELPVSAWKAYASIDLTIPIFAATDD VTVISKSLAGLFKVGNPIADAISSQSGFY # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 2 0 * * * * * * 1297 0 0 N 3 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 3 0 * * * * * * 1297 0 0 F 4 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1297 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * 5 0 * * * * * * 1297 0 0 Q 6 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 6 0 * * * * * * 1297 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1297 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1297 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1297 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1297 0 0 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1297 0 0 N 12 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1297 0 0 G 13 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1297 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1297 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1297 0 0 G 16 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1297 0 0 D 17 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1297 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1297 0 0 T 19 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 19 0 * * * * * * 1297 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1297 0 0 A 21 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 21 0 * * * * * * 1297 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1297 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * 23 0 * * * * * * 1297 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 24 0 * * * * * * 1297 0 0 F 25 * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1297 0 0 A 26 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1297 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1297 0 0 G 28 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1297 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 29 0 * * * * * * 1297 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1297 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1297 0 0 W 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 32 0 * * * * * * 1297 0 0 I 33 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1297 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1297 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 35 0 * * * * * * 1297 0 0 N 36 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1297 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1297 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1297 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1297 0 0 Q 40 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1297 0 0 A 41 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1297 0 0 Y 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 42 0 * * * * * * 1297 0 0 K 43 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 43 0 * * * * * * 1297 0 0 V 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 44 0 * * * * * * 1297 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1297 0 0 C 46 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1297 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1297 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 48 0 * * * * * * 1297 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1297 0 0 Q 50 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 50 0 * * * * * * 1297 0 0 S 51 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 51 0 * * * * * * 1297 0 0 S 52 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 52 0 * * * * * * 1297 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1297 0 0 Q 54 * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 54 0 * * * * * * 1297 0 0 N 55 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1297 0 0 R 56 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 56 0 * * * * * * 1297 0 0 K 57 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1297 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1297 0 0 T 59 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 59 0 * * * * * * 1297 0 0 I 60 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1297 0 0 K 61 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1297 0 0 V 62 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 62 0 * * * * * * 1297 0 0 E 63 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1297 0 0 V 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 64 0 * * * * * * 1297 0 0 P 65 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1297 0 0 K 66 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1297 0 0 V 67 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 67 0 * * * * * * 1297 0 0 A 68 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 68 0 * * * * * * 1297 0 0 T 69 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 69 0 * * * * * * 1297 0 0 Q 70 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 70 0 * * * * * * 1297 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 71 0 * * * * * * 1297 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 72 0 * * * * * * 1297 0 0 G 73 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1297 0 0 G 74 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1297 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1297 0 0 E 76 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1297 0 0 L 77 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1297 0 0 P 78 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1297 0 0 V 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 79 0 * * * * * * 1297 0 0 A 80 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 80 0 * * * * * * 1297 0 0 A 81 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1297 0 0 W 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 82 0 * * * * * * 1297 0 0 R 83 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 83 0 * * * * * * 1297 0 0 S 84 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 84 0 * * * * * * 1297 0 0 Y 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 85 0 * * * * * * 1297 0 0 L 86 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1297 0 0 N 87 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 87 0 * * * * * * 1297 0 0 M 88 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1297 0 0 E 89 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1297 0 0 L 90 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1297 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 91 0 * * * * * * 1297 0 0 I 92 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1297 0 0 P 93 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1297 0 0 I 94 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1297 0 0 F 95 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1297 0 0 A 96 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1297 0 0 T 97 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 97 0 * * * * * * 1297 0 0 N 98 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 98 0 * * * * * * 1297 0 0 S 99 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 99 0 * * * * * * 1297 0 0 D 100 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1297 0 0 C 101 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 101 0 * * * * * * 1297 0 0 E 102 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 102 0 * * * * * * 1297 0 0 L 103 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 103 0 * * * * * * 1297 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1297 0 0 V 105 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * 105 0 * * * * * * 1297 0 0 K 106 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1297 0 0 A 107 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 107 0 * * * * * * 1297 0 0 M 108 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1297 0 0 Q 109 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1297 0 0 G 110 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1297 0 0 L 111 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1297 0 0 L 112 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1297 0 0 K 113 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1297 0 0 D 114 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 114 0 * * * * * * 1297 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1297 0 0 N 116 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1297 0 0 P 117 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1297 0 0 I 118 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1297 0 0 P 119 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1297 0 0 S 120 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 120 0 * * * * * * 1297 0 0 A 121 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1297 0 0 I 122 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1297 0 0 A 123 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 123 0 * * * * * * 1297 0 0 A 124 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 124 0 * * * * * * 1297 0 0 N 125 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 125 0 * * * * * * 1297 0 0 S 126 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 126 0 * * * * * * 1297 0 0 G 127 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1297 0 0 I 128 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1297 0 0 Y 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 129 0 * * 0 * * * 1297 0 0 //