HHsearch 1.5 NAME c9prcF_ FAM FILE c9prcF_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9prcF_.a3m DATE Sat Jan 31 15:02:21 2026 LENG 49 match states, 49 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4445 1.5566 SEQ >ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHCC >ss_conf 9668999998215889999999999999999854208424567865359 >Consensus grexileqwvxgrkklexlxrxxrkikkkixxledehpwlgxixgilgk >c9prcF_ GREEVLEQWVSGRKKLEELERDLRKVKKKIKKLEDEHPWLGNIKGILGK >UniRef50_Q9PZV3(12-60:62) Delta antigen n=1 Tax=Hepatitis delta virus RepID=Q9PZV3_HDV E=3e-09 s/c=1.29 id=72% cov=102% GREGILEQWVNGRKKLEDLKREARKIKKKVERLEDEHPWLGHIQGILGK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1202 0 0 R 2 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 2 0 * * * * * * 1202 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1202 0 0 E 4 * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1202 0 0 V 5 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 5 0 * * * * * * 1202 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1202 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1202 0 0 Q 8 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 8 0 * * * * * * 1202 0 0 W 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 9 0 * * * * * * 1202 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1202 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 11 0 * * * * * * 1202 0 0 G 12 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1202 0 0 R 13 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 13 0 * * * * * * 1202 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1202 0 0 K 15 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1202 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1202 0 0 E 17 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1202 0 0 E 18 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1202 0 0 L 19 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1202 0 0 E 20 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1202 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 21 0 * * * * * * 1202 0 0 D 22 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1202 0 0 L 23 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1202 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 24 0 * * * * * * 1202 0 0 K 25 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1202 0 0 V 26 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 26 0 * * * * * * 1202 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1202 0 0 K 28 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1202 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1202 0 0 I 30 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 30 0 * * * * * * 1202 0 0 K 31 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1202 0 0 K 32 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 32 0 * * * * * * 1202 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1202 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1202 0 0 D 35 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1202 0 0 E 36 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1202 0 0 H 37 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1202 0 0 P 38 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1202 0 0 W 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 39 0 * * * * * * 1202 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1202 0 0 G 41 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1202 0 0 N 42 * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1202 0 0 I 43 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1202 0 0 K 44 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 44 0 * * * * * * 1202 0 0 G 45 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1202 0 0 I 46 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1202 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1202 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1202 0 0 K 49 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 49 0 * * 0 * * * 1202 0 0 //