HHsearch 1.5 NAME c9nxoC_ FAM FILE c9nxoC_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9nxoC_.a3m DATE Sat Aug 9 15:51:16 2025 LENG 146 match states, 146 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4280 -0.3661 SEQ >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9135776554310110018999978760045532454899988864134432653488898756679999999854356899999998754578988864 2320002345688887578872112246320578767556553149 >Consensus PxxASxxxxAxADEExxxxqVxQxGxxxGxxxxxvSxxxmxQAvxxaDAqxxGxxLKxxxlkxrxNxelTqmxxxxxDDxsxxVSxxxxxTxxxxsAiDx xxKAxxxxxAxYxrQLDxxlQxGIxxxxxxaxAxxrxxxxxxxxxx >c9nxoC_ PEVASEAGAAVADEEEANRQVIQQGAAEGLRTGAVSRPEMAQAVVEADAQREGVELKPQELKNRVNEELTQMRTMDNDDLSRYVSYALIGTGLLASAIDK TGKAGDMFAASYERQLDRNLQAGINQQKMAAAAADRQIKEKDLERK >UniRef50_A2RL18(38-170:1243) Cell surface antigen I/II n=2 Tax=Lactococcus lactis RepID=A2RL18_LACLM E=0.0007 s/c=0.34 id=31% cov=89% PNLASSVSRASADEEGNAPKVTQAGERSGKLALNISHSALDQAI--SDAKAAGLSLKEGAIQDKGNAQgtdaITKLQKAISDDYASQVSTIKKQTSDYKT ALDAYNKA----EADYKKQLD-DIQNGIDNNTPGSPAVAK---------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1573 0 0 E 2 * * * 928 * * * * * * * 1076 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1573 0 0 V 3 * * * * * * * * * 1076 * * * * * * * 928 * * 3 0 * * * * * * 1573 0 0 A 4 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1573 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1573 0 0 E 6 * * * 928 * * * * * * * * * * * 1076 * * * * 6 0 * * * * * * 1573 0 0 A 7 928 * * * * * * * * * * * * * * * * 1076 * * 7 0 * * * * * * 1573 0 0 G 8 * * * * * 928 * * * * * * * * * 1076 * * * * 8 0 * * * * * * 1573 0 0 A 9 928 * * * * * * * * * * * * * 1076 * * * * * 9 0 * * * * * * 1573 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1573 0 0 V 11 * * * * * * * * * * * * * * * 1076 * 928 * * 11 0 * * * * * * 1573 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1573 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1573 0 0 E 14 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1573 0 0 E 15 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1573 0 0 E 16 * * * 928 * 1076 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1573 0 0 A 17 928 * * * * * * * * * * 1076 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1573 0 0 N 18 1076 * * * * * * * * * * 928 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1573 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * 1076 * 928 * * * * * 19 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 20 * * * * * * * * 1076 * * * * 928 * * * * * * 20 0 * * * * * * 1573 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1573 0 0 I 22 * * * * * * * 928 * * * * * * * * 1076 * * * 22 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 24 1076 * * * * * * * * * * * * 928 * * * * * * 24 0 * * * * * * 1573 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1573 0 0 A 26 928 * * 1076 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1573 0 0 A 27 928 * * * * * * * * * * * * * 1076 * * * * * 27 0 * * * * * * 1573 0 0 E 28 * * * 928 * * * * * * * * * * * 1076 * * * * 28 0 * * * * * * 1573 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1573 0 0 L 30 * * * * * * * * 1076 928 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1573 0 0 R 31 * * * * * * * * * 1076 * * * * 928 * * * * * 31 0 * * * * * * 1573 0 0 T 32 1076 * * * * * * * * * * * * * * * 928 * * * 32 0 * * * * * * 1573 0 0 G 33 * * * * * 928 * * * 1076 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1573 0 0 A 34 928 * * * * * * * * * * 1076 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1573 0 0 V 35 * * * * * * * 1076 * * * * * * * * * 928 * * 35 0 * * * * * * 1573 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 36 0 * * * * * * 1573 0 0 R 37 * * * * * * 1076 * * * * * * * 928 * * * * * 37 0 * * * * * * 1573 0 0 P 38 * * * * * * * * * * * * 928 * * 1076 * * * * 38 0 * * * * * * 1573 0 0 E 39 1076 * * 928 * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1573 0 0 M 40 * * * * * * * * * 1076 928 * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1573 0 0 A 41 928 * 1076 * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 42 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1573 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1573 0 0 V 44 * * * * * * * 1076 * * * * * * * * * 928 * * 44 928 * 1076 * * * * 1573 0 0 V 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 45 0 * * * * * 0 1000 0 1000 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 A 47 928 * * * * * * * * * * * * * * 1076 * * * * 47 0 * * * * * * 1573 0 0 D 48 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1573 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 50 * * * * * * * * 1076 * * * * 928 * * * * * * 50 0 * * * * * * 1573 0 0 R 51 1076 * * * * * * * * * * * * * 928 * * * * * 51 0 * * * * * * 1573 0 0 E 52 1076 * * 928 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1573 0 0 G 53 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1573 0 0 V 54 * * * * * * * * * 1076 * * * * * * * 928 * * 54 0 * * * * * * 1573 0 0 E 55 * * * 928 * * * * * * * * * * * 1076 * * * * 55 0 * * * * * * 1573 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1573 0 0 K 57 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1573 0 0 P 58 * * * 1076 * * * * * * * * 928 * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 59 * * * * * 1076 * * * * * * * 928 * * * * * * 59 0 * * * * * * 1573 0 0 E 60 1076 * * 928 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1573 0 0 L 61 * * * * * * * 1076 * 928 * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1573 0 0 K 62 * * * * * * * * 928 * * * * 1076 * * * * * * 62 0 * * * * * * 1573 0 0 N 63 * * 1076 * * * * * * * * 928 * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1573 0 0 R 64 * * * * * * * * 1076 * * * * * 928 * * * * * 64 0 * * * * * * 1573 0 0 V 65 * * * * * 1076 * * * * * * * * * * * 928 * * 65 0 * * * * * * 1573 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1573 0 0 E 67 1076 * * 928 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1573 0 0 E 68 * * * 928 * * * * * * * * * 1076 * * * * * * 68 928 1076 * 2000 415 * * 1573 1000 0 L 69 * * * * * * * 1076 * 928 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1573 0 0 T 70 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 70 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 71 * * * * * * * * 1076 * * * * 928 * * * * * * 71 0 * * * * * * 1573 0 0 M 72 * * * * * * * * * 1076 928 * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1573 0 0 R 73 * * * * * * * * * * * * * 1076 928 * * * * * 73 0 * * * * * * 1573 0 0 T 74 * * * * * * * * 1076 * * * * * * * 928 * * * 74 0 * * * * * * 1573 0 0 M 75 1076 * * * * * * * * * 928 * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1573 0 0 D 76 * * 928 * * * * 1076 * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1573 0 0 N 77 * * * * * * * * * * * 928 * * * 1076 * * * * 77 0 * * * * * * 1573 0 0 D 78 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1573 0 0 D 79 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1573 0 0 L 80 * * * * * * * * * 928 * * * * * * * * * 1076 80 0 * * * * * * 1573 0 0 S 81 1076 * * * * * * * * * * * * * * 928 * * * * 81 0 * * * * * * 1573 0 0 R 82 * * * * * * * * * * * * * * 928 1076 * * * * 82 0 * * * * * * 1573 0 0 Y 83 * * * * * * * * * * * * * 1076 * * * * * 928 83 0 * * * * * * 1573 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1573 0 0 S 85 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 85 0 * * * * * * 1573 0 0 Y 86 * * * * * * * * * * * * * * * * 1076 * * 928 86 0 * * * * * * 1573 0 0 A 87 928 * * * * * * 1076 * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1573 0 0 L 88 * * * * * * * * 1076 928 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1573 0 0 I 89 * * * * * * * 928 1076 * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1573 0 0 G 90 * * * * * 928 * * * * * * * 1076 * * * * * * 90 0 * * * * * * 1573 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 91 0 * * * * * * 1573 0 0 G 92 * * * * * 928 * * * * * * * * * 1076 * * * * 92 0 * * * * * * 1573 0 0 L 93 * * 1076 * * * * * * 928 * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1573 0 0 L 94 * * * * * * * * * 928 * * * * * * * * * 1076 94 0 * * * * * * 1573 0 0 A 95 928 * * * * * * * 1076 * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1573 0 0 S 96 * * * * * * * * * * * * * * * 928 1076 * * * 96 0 * * * * * * 1573 0 0 A 97 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1573 0 0 I 98 * * * * * * * 928 * 1076 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1573 0 0 D 99 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1573 0 0 K 100 1076 * * * * * * * 928 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1573 0 0 T 101 * * * * * * * * * * * * * * * * 928 * * 1076 101 0 * * * * * * 1573 0 0 G 102 * * * * * 928 * * * * * 1076 * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1573 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1573 0 0 A 104 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 104 928 * 1076 * * * * 1573 0 0 G 105 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * 0 1000 0 1000 D 106 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * 0 1000 0 1000 M 107 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 107 0 * * * * * 0 1000 0 1000 F 108 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 A 109 928 * * 1076 * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1573 0 0 A 110 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1573 0 0 S 111 * * 1076 * * * * * * * * * * * * 928 * * * * 111 0 * * * * * * 1573 0 0 Y 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 112 0 * * * * * * 1573 0 0 E 113 * * * 928 * * * * 1076 * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1573 0 0 R 114 * * * * * * * * 1076 * * * * * 928 * * * * * 114 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 115 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 115 0 * * * * * * 1573 0 0 L 116 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1573 0 0 D 117 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 928 * 1076 * * * * 1573 0 0 R 118 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 118 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 N 119 * * 1076 * * * * * * * * 928 * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1573 0 0 L 120 * * * * * * * 1076 * 928 * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 121 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 121 0 * * * * * * 1573 0 0 A 122 928 * * * * * * * * * * 1076 * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1573 0 0 G 123 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1573 0 0 I 124 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1573 0 0 N 125 * * 1076 * * * * * * * * 928 * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 126 * * * * * * * * * * * 1076 * 928 * * * * * * 126 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 127 * * * * * * * * * * * 1076 * 928 * * * * * * 127 0 * * * * * * 1573 0 0 K 128 * * * * * * * * 928 * * * * * * * 1076 * * * 128 0 * * * * * * 1573 0 0 M 129 * * * * * * * * * * 928 * 1076 * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1573 0 0 A 130 928 * * * * 1076 * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1573 0 0 A 131 928 * * * * * * * * * * * * * * 1076 * * * * 131 0 * * * * * * 1573 0 0 A 132 928 * * * * * * * * * * * 1076 * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1573 0 0 A 133 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1573 0 0 A 134 928 * * * * * * * * * * * * * * * * 1076 * * 134 0 * * * * * * 1573 0 0 D 135 1076 * 928 * * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1573 0 0 R 136 * * * * * * * * 1076 * * * * * 928 * * * * * 136 0 * * * * * * 1573 0 0 Q 137 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 I 138 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 K 139 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 E 140 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 K 141 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 D 142 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 L 143 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 E 144 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 R 145 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 K 146 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 146 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //