HHsearch 1.5 NAME c9lb3A_ FAM FILE c9lb3A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9lb3A_.a3m DATE Sat Jan 17 11:15:17 2026 LENG 148 match states, 148 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4135 -0.8256 SEQ >ss_pred CCCCEEEECCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCEEECCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCEEECCCCCCCCCE EECCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEECCCCC >ss_conf 9741022138789999602101410014542324513338988752032232223430146664667776430476089863057610220577655600 211666402899963898769999652235787423556664313569 >Consensus sRxxxxLRaxDVLxlsxTxAExxxxtxgsSxGxxxxxxTxxxxNxxTGxxxxsxSxDWsKxTxDGxxxxTixxxSxtFxxLPxxGKxsxWeaGxxxAGYx YxYNtTxxdxIxieNapGxxVxxxxYTxxLGsgpvsisavgvlaphsa >c9lb3A_ SRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQTTYGSSTGPVYVSDTVTFVNVATGAQGVSRSLDWSKVTLDGRPLTTIQQYSKTFFVLPLRGKLSFWEAGTTKAGYP YNYNTTASDQILIENAPGHRVCISTYTTNLGSGPVSISAVGVLAPHSA >UniRef50_Q913Y7(405-536:606) Capsid protein n=4 Tax=Avian hepatitis E virus RepID=CAPSD_AHEV E=2e-05 s/c=0.38 id=37% cov=84% -RALGTLRSGDVLRITgsmqyVTNAELLPQSV--SQGYFGAGSTMMVHNLITGVRAPASSVDWTKATVDGVQVKTVDASSGSnrFAALPAFGKPAVW--G PQGAGYFYQYNSTHQEWIyFLQN--GSSVVWYAYTNMLG----------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 R 2 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 2 0 * * * * * * 1515 0 0 P 3 1068 * * * * * * * * * * * 935 * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1515 0 0 F 4 * * * * 935 * * * * 1068 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1515 0 0 S 5 * * * * * 1068 * * * * * * * * * 935 * * * * 5 0 * * * * * * 1515 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 1068 935 * * 6 0 * * * * * * 1515 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1515 0 0 R 8 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 8 0 * * * * * * 1515 0 0 A 9 935 * * * * * * * * * * * * * * 1068 * * * * 9 0 * * * * * * 1515 0 0 N 10 * * * * * 1068 * * * * * 935 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1515 0 0 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1515 0 0 V 12 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 12 0 * * * * * * 1515 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1515 0 0 W 14 * * * * * * * * * * * * * * 1068 * * * 935 * 14 0 * * * * * * 1515 0 0 L 15 * * * * * * * 1068 * 935 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1515 0 0 S 16 * * * * * * * * * * * * * * * 935 1068 * * * 16 935 1068 * 2322 322 * * 1515 1000 0 L 17 * * * * * * * * * 935 * * * * * * * 1068 * * 17 0 * * * * * * 1515 0 0 T 18 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 18 0 * * * * * * 1515 0 0 A 19 935 * * * * * * * * * * 1068 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1515 0 0 A 20 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1515 0 0 E 21 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1515 0 0 Y 22 * * * * * * * * * 1068 * * * * * * * * * 935 22 0 * * * * * * 1515 0 0 D 23 * * 935 * * * * * * 1068 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1515 0 0 Q 24 * * * * * * * * * * * * 1068 935 * * * * * * 24 0 * * * * * * 1515 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * 1068 * * 935 * * * 25 0 * * * * * * 1515 0 0 T 26 * * * * * * * * * * * * * * * 1068 935 * * * 26 0 * * * * * * 1515 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1068 * 935 27 935 * 1068 * * * * 1515 0 0 G 28 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * 0 1000 0 1000 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 29 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 S 30 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 30 0 * * * * * * 1515 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * 1068 * * 935 * * * 31 0 * * * * * * 1515 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1515 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 935 * * * * * * 1068 33 0 * * * * * * 1515 0 0 V 34 * * * * 1068 * * * * * * * * * * * * 935 * * 34 0 * * * * * * 1515 0 0 Y 35 * * * * * 1068 * * * * * * * * * * * * * 935 35 0 * * * * * * 1515 0 0 V 36 1068 * * * * * * * * * * * * * * * * 935 * * 36 0 * * * * * * 1515 0 0 S 37 * * * * * 1068 * * * * * * * * * 935 * * * * 37 0 * * * * * * 1515 0 0 D 38 * * 935 * * * * * * * * * * * * 1068 * * * * 38 0 * * * * * * 1515 0 0 T 39 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 39 0 * * * * * * 1515 0 0 V 40 * * * * * * * * * * 1068 * * * * * * 935 * * 40 0 * * * * * * 1515 0 0 T 41 * * * * * * * * * * 1068 * * * * * 935 * * * 41 0 * * * * * * 1515 0 0 F 42 * * * * 935 * * * * * * * * * * * * 1068 * * 42 0 * * * * * * 1515 0 0 V 43 * * * * * * 1068 * * * * * * * * * * 935 * * 43 0 * * * * * * 1515 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1515 0 0 V 45 * * * * * * * * * 1068 * * * * * * * 935 * * 45 0 * * * * * * 1515 0 0 A 46 935 * * * * * * 1068 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1515 0 0 T 47 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 47 0 * * * * * * 1515 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1515 0 0 A 49 935 * * * * * * * * * * * * * * * * 1068 * * 49 0 * * * * * * 1515 0 0 Q 50 * * * * * * * * * * * * * 935 1068 * * * * * 50 0 * * * * * * 1515 0 0 G 51 1068 * * * * 935 * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1515 0 0 V 52 * * * * * * * * * * * * 1068 * * * * 935 * * 52 0 * * * * * * 1515 0 0 S 53 1068 * * * * * * * * * * * * * * 935 * * * * 53 0 * * * * * * 1515 0 0 R 54 * * * * * * * * * * * * * * 935 1068 * * * * 54 0 * * * * * * 1515 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1515 0 0 L 56 * * * * * * * * * 935 * * * * * * * 1068 * * 56 0 * * * * * * 1515 0 0 D 57 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1515 0 0 W 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 58 0 * * * * * * 1515 0 0 S 59 * * * * * * * * * * * * * * * 935 1068 * * * 59 0 * * * * * * 1515 0 0 K 60 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1515 0 0 V 61 1068 * * * * * * * * * * * * * * * * 935 * * 61 0 * * * * * * 1515 0 0 T 62 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 62 0 * * * * * * 1515 0 0 L 63 * * * * * * * * * 935 * * * * * * * 1068 * * 63 0 * * * * * * 1515 0 0 D 64 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1515 0 0 G 65 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1515 0 0 R 66 * * * * * * * * * * * * * * 935 * * 1068 * * 66 0 * * * * * * 1515 0 0 P 67 * * * * * * * * * * * * 935 1068 * * * * * * 67 0 * * * * * * 1515 0 0 L 68 * * * * * * * * * 935 * * * * * * * 1068 * * 68 0 * * * * * * 1515 0 0 T 69 * * * * * * * * 1068 * * * * * * * 935 * * * 69 0 * * * * * * 1515 0 0 T 70 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 70 0 * * * * * * 1515 0 0 I 71 * * * * * * * 935 * * * * * * * * * 1068 * * 71 0 * * * * * * 1515 0 0 Q 72 * * 1068 * * * * * * * * * * 935 * * * * * * 72 0 * * * * * * 1515 0 0 Q 73 1068 * * * * * * * * * * * * 935 * * * * * * 73 0 * * * * * * 1515 0 0 Y 74 * * * * * * * * * * * * * * * 1068 * * * 935 74 0 * * * * * * 1515 0 0 S 75 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 75 0 * * * * * * 1515 0 0 K 76 * * * * * 1068 * * 935 * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1515 0 0 T 77 * * * * * * * * * * * * * * * 1068 935 * * * 77 935 1068 * 1000 1000 * * 1515 1000 0 F 78 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1515 0 0 F 79 1068 * * * 935 * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1515 0 0 V 80 1068 * * * * * * * * * * * * * * * * 935 * * 80 0 * * * * * * 1515 0 0 L 81 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1515 0 0 P 82 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1515 0 0 L 83 1068 * * * * * * * * 935 * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1515 0 0 R 84 * * * * 1068 * * * * * * * * * 935 * * * * * 84 0 * * * * * * 1515 0 0 G 85 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1515 0 0 K 86 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1515 0 0 L 87 * * * * * * * * * 935 * * 1068 * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1515 0 0 S 88 1068 * * * * * * * * * * * * * * 935 * * * * 88 0 * * * * * * 1515 0 0 F 89 * * * * 935 * * * * * * * * * * * * 1068 * * 89 0 * * * * * * 1515 0 0 W 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 90 935 * 1068 * * * * 1515 0 0 E 91 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * 0 1000 0 1000 A 92 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 G 93 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1515 0 0 T 94 * * * * * * * * * * * * 1068 * * * 935 * * * 94 0 * * * * * * 1515 0 0 T 95 * * * * * * * * * * * * * 1068 * * 935 * * * 95 0 * * * * * * 1515 0 0 K 96 * * * * * 1068 * * 935 * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1515 0 0 A 97 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1515 0 0 G 98 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1515 0 0 Y 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 99 0 * * * * * * 1515 0 0 P 100 * * * * 1068 * * * * * * * 935 * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1515 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 101 0 * * * * * * 1515 0 0 N 102 * * * * * * * * * * * 935 * 1068 * * * * * * 102 0 * * * * * * 1515 0 0 Y 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 103 0 * * * * * * 1515 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1515 0 0 T 105 * * * * * * * * * * * * * * * 1068 935 * * * 105 0 * * * * * * 1515 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 106 0 * * * * * * 1515 0 0 A 107 935 * * * * * 1068 * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1515 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * 1068 * 935 * * * * 108 0 * * * * * * 1515 0 0 D 109 * * 935 1068 * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1515 0 0 Q 110 * * * * * * * * * * * * * 935 * * * * 1068 * 110 0 * * * * * * 1515 0 0 I 111 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 111 935 1068 * 0 * * * 1515 1000 0 L 112 * * * * 1068 * * * * 935 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1515 0 0 I 113 * * * * * * * 935 * 1068 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1515 0 0 E 114 * * * 935 * * * * * * * * * 1068 * * * * * * 114 0 * * * * * * 1515 0 0 N 115 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 115 935 * 1068 * * * * 1515 0 0 A 116 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * 0 1000 0 1000 P 117 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 117 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 G 118 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1515 0 0 H 119 * * * * * * 935 * * * * * * * * 1068 * * * * 119 0 * * * * * * 1515 0 0 R 120 * * * * * * * * * * * * * * 935 1068 * * * * 120 0 * * * * * * 1515 0 0 V 121 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 121 0 * * * * * * 1515 0 0 C 122 * 935 * * * * * * * * * * * * * * * 1068 * * 122 0 * * * * * * 1515 0 0 I 123 * * * * * * * 935 * * * * * * * * * * 1068 * 123 0 * * * * * * 1515 0 0 S 124 * * * * * * * * * * * * * * * 935 * * * 1068 124 0 * * * * * * 1515 0 0 T 125 1068 * * * * * * * * * * * * * * * 935 * * * 125 0 * * * * * * 1515 0 0 Y 126 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 126 0 * * * * * * 1515 0 0 T 127 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 127 0 * * * * * * 1515 0 0 T 128 * * * * * * * * * * * 1068 * * * * 935 * * * 128 0 * * * * * * 1515 0 0 N 129 * * * * * * * * * * 1068 935 * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1515 0 0 L 130 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1515 0 0 G 131 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1515 0 0 S 132 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 G 133 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 P 134 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 V 135 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 S 136 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 I 137 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 S 138 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 A 139 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 V 140 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 G 141 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 V 142 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 L 143 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 A 144 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 P 145 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 H 146 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 S 147 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 A 148 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //