HHsearch 1.5 NAME c9khhD_ FAM FILE c9khhD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9khhD_.a3m DATE Sat Jul 19 11:48:55 2025 LENG 109 match states, 109 columns in multiple alignment FILT 100 out of 751 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 7.7 EVD 0.4145 -1.8796 SEQ >ss_pred CEEEEEEEEEECCCCCCEEEEEEECCCCCCEEEEEEECCCCCEECCCCCCCEEEEEECCCCEEEEEECCCCHHHCEEEEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEE CCCEEEEEC >ss_conf 9089999862021578669999958998757999984577621046777728999867885699998347823168898566506765456653012565 497288989 >Consensus gtvxLxCxxsxxxxxxxxixWyrqxxgxxxxxixxxxxxxxxxxxxxxxxrxxxxxxxxxxxxxLxIxxxxxxDsgxYyCaxxxxxxxxxxxxxxxxxxf GxGTxlxVs >c9khhD_ GSLRLSCAASGYTYSPYCMGWFRQAPGKAREGVATVDLDGSTIYADSVKGRFTISQDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAMYYCASRTRAGVTCGLNWAIFSYW GQGTQVTVS >UniRef50_P03979(36-136:136) T-cell receptor gamma chain V region PT-gamma-1/2 n=11 Tax=Eutheria RepID=TVC_HUMAN E=2e-09 s/c=0.63 id=19% cov=93% -SAEITCDLT--VTNTFYIHWYLHQEGKAPQRLLYYDvSTARDVLESGLSPGKYYTHTPRRWSWILRLQNLIENDSGVYYCATWDR------XKNYYKKL FGSGTTLVVT >UniRef50_UPI00015536D0(34-130:264) PREDICTED: similar to TRADV21 n=1 Tax=Mus musculus RepID=UPI00015536D0 E=3e-06 s/c=0.54 id=20% cov=88% -TVHLPCSHATIS-GNEYIYWYRQVPLQGPEYVTHGLQQNTTN------SMAFLAIASDRKSSTLILTHVSLRDAAVYHCILRVAHCDRQGCTCTKSARW GRG------ >UniRef50_C3ZLD7(615-719:810) Putative uncharacterized protein n=1 Tax=Branchiostoma floridae RepID=C3ZLD7_BRAFL E=6e-07 s/c=0.52 id=17% cov=95% -SVTLNCAFDGLSPND-VVNWHWYNPETEAK-LHHISS--GSNVAPEFP-RFSVVGNSQSGEFNLLVRTARPEDEGNYRCSVFSVRETKDAklTVVGRPD VLSESSTVAVT >UniRef50_A5D7C3(48-157:234) Myelin protein zero-like protein 3 n=18 Tax=Tetrapoda RepID=MPZL3_BOVIN E=3e-06 s/c=0.48 id=16% cov=97% --IKLRCTFksSSSITDKLTIDWtYRPPSSSRTESIFHYQSFQYPTTAGTFRDRISWVGDVYKGDASISISNPTMKDNGTFSCAVKNPPDVHHNIPATEL TVteRGFGTMLS-- >UniRef50_Q50EU4(45-136:237) T cell antigen CD8 alpha chain n=5 Tax=Anatidae RepID=Q50EU4_CAIMO E=0.0001 s/c=0.52 id=16% cov=85% -SLELECTNSQDSG----VSWIRQDKAGTLHFIVYISALSKPTFEGNQMTSSRYGVSKSGRSYRLTVTSFKAQDEGIYFCTVNYNQVLYFSSGLPAF--- --------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 5021 0 0 S 2 5341 * * 5161 * * * * 5316 * 4829 5303 * * * 1261 1170 * * * 2 33 5480 * 0 * * * 6835 1000 0 L 3 3796 * * * 5112 * * 2910 * 2541 5347 * * * * * * 812 * * 3 0 * * * * * * 7506 0 0 R 4 6193 * * 4123 * * 3792 5403 3022 * 6070 3739 * 4064 3410 4929 1321 5511 * 6469 4 0 * * * * * * 7562 0 0 L 5 * 5195 * * 4583 * * 2136 * 691 5080 * * * * * 6176 4622 * * 5 0 * * * * * * 7562 0 0 S 6 * * * 3414 * 6072 5272 * 4987 6163 * 3533 2957 3899 4108 2377 1867 6257 * * 6 0 * * * * * * 7562 0 0 C 7 * 40 * * * * 6124 * * * * * * * * * * * * 6270 7 39 * 5226 * * * * 7562 0 0 A 8 4642 * 4376 4149 4115 4351 4255 5100 3075 4838 6392 4600 6053 4540 6189 2803 2259 5449 * 6205 8 87 5436 4816 0 * * 0 7519 1000 1660 A 9 4375 * * * 3033 5775 3931 3718 * 2748 4975 5153 * 5124 5251 4787 3379 3144 * 2637 9 167 3658 5070 305 2393 1174 845 7501 2715 2816 S 10 4987 * 4461 4692 * 6202 5528 5767 4065 * * * 4663 5218 6416 1055 2450 * * 5119 10 186 4962 3497 1336 728 2058 396 7507 1699 2729 G 11 * * 3821 4708 * 1450 6093 * 4615 6024 5935 4100 4990 4468 * 2637 3070 5438 * * 11 178 4107 4103 1195 828 889 1120 7450 2398 4374 Y 12 6064 5346 3185 3834 4160 3843 * 4223 4739 3546 * 4926 4160 3782 * 2527 4455 5325 * 3784 12 78 6182 4687 1000 1000 540 1680 7472 1000 3778 T 13 4172 5809 2350 4249 * 5224 * 3660 * 3977 5346 5064 4702 * * 2569 3263 3233 * 4771 13 142 6618 3579 0 * 2378 308 7505 1000 3245 Y 14 5066 6459 * 6392 2924 2892 * 3871 5951 2578 6437 5229 4518 6187 5169 3628 3854 3403 * 4049 14 137 * 3468 * * 569 1618 7566 0 4555 S 15 4150 * 3905 * * 2407 6569 * 6603 5232 * 2773 4359 4457 * 1936 3119 * * 5386 15 44 5054 * 0 * 1404 685 7856 2211 4304 P 16 6168 * 3475 5095 * 3794 3360 4653 3887 * 6343 2096 6376 6126 4351 2431 4081 6164 * 6660 16 70 * 4405 * * 2586 263 7662 0 3400 Y 17 5066 5677 4168 4651 3190 4345 4677 * * 4780 6188 3109 4290 * 6438 3923 2686 5232 * 2469 17 106 6373 4092 2000 415 2012 411 7806 1000 4112 C 18 3017 5579 5005 * 3937 4934 4175 5512 * 4241 * 4367 * 4586 6263 3672 4656 4298 4531 1832 18 63 5055 6307 1728 519 583 1589 7857 1706 4599 M 19 * * * * * * 5638 1783 * 2207 2578 * 5131 * * * 4758 2139 * 6295 19 25 * 5874 * * 1324 736 7884 0 2934 G 20 5823 6655 5107 4420 3416 6368 2495 5402 * 5441 * 3129 * 5529 6721 2677 * 6578 5225 2134 20 15 * 6615 * * 661 1444 7926 0 2851 W 21 * 5628 * * 5893 * * * * 6003 * * * * * * * * 78 * 21 46 4984 * 0 * * 0 7852 1557 1843 F 22 * * * 6443 2591 6744 5421 3850 * 4247 * * * * * 5261 4836 4740 * 813 22 0 * * * * 1518 620 7852 0 1843 R 23 * * * * 5407 * 5145 * 2099 4343 * * * 2501 1239 * * 6108 6183 4759 23 14 * 6737 * * * 0 7876 0 1326 Q 24 * * * 6347 5527 * 3972 4067 4214 4144 * * 5720 678 6245 6417 * 4833 6236 6081 24 14 6702 * 0 * 1665 547 7866 1000 1862 A 25 4624 * 3396 5325 * 6453 6337 5160 2716 4293 6527 3669 4016 3326 4381 3694 3244 3843 * 4921 25 43 5779 6451 1547 604 * 0 7884 1566 1572 P 26 3652 * 4594 4460 4940 6151 6420 5176 4328 3209 * 5450 1520 6097 6012 3083 4366 6563 * 6510 26 0 * * * * * 0 7861 0 2212 G 27 4665 * 4682 4842 * 796 6344 * 5011 4953 * 3506 * 4017 6638 4002 6285 * * * 27 16 6515 * 1000 1000 * 0 7861 1000 2212 K 28 * * 6337 3256 6709 3452 5015 * 1868 * * 4122 5427 2332 4441 3096 6063 * * 5648 28 0 * * * * 1654 552 7861 0 2212 A 29 2538 * 6982 4045 * 2473 6592 6989 3669 5262 5609 6651 3282 3597 4788 3240 3851 5107 * * 29 0 * * * * 983 1017 7871 0 1685 R 30 4917 * 6533 * 4612 * 4641 4537 * 1920 5384 6353 1184 5675 6628 * 4561 5685 * * 30 27 6987 6594 1000 1000 0 * 7873 1000 1000 E 31 * * 5454 1938 * * 4882 6358 3230 5029 * 6753 5974 1775 3648 4361 4253 4851 * * 31 76 6983 4519 1000 1000 * 0 7882 1000 1000 G 32 6309 * 6217 5216 2447 4784 6339 4283 * 2229 5523 * * 6213 3245 5171 3867 5543 3578 3211 32 0 * * * * 690 1396 7826 0 3150 V 33 * 6362 * * 5123 * * 1698 6252 1406 3516 * * * * 6114 * 2740 6818 * 33 95 6636 4213 0 * 914 1091 7879 1000 1582 A 34 3295 * * * 3146 3510 4699 3002 6425 1681 5623 * * * 6405 4286 5040 3558 * 6408 34 58 * 4670 * * * 0 7850 0 3198 T 35 * * * * 5564 5257 3644 5496 4048 3712 4743 4662 6038 4987 4183 2841 3383 4862 * 1914 35 64 5569 5491 663 1440 1507 626 7839 1681 3739 V 36 5770 5361 5608 * 3677 4826 5814 2436 6663 2630 6123 * 6457 6792 5584 4282 4528 3319 5444 2506 36 46 5471 6868 635 1490 * 0 7839 1614 3718 D 37 4280 * 3892 6205 4602 3720 3531 5463 5605 5380 * 3301 * 4055 5028 2665 4014 6452 6645 2613 37 17 6445 * 0 * 1010 990 7839 1000 3848 L 38 3754 6399 5395 4966 5022 3370 3779 6655 4549 4762 6748 3716 5132 4585 * 2105 3476 4698 * 4263 38 51 * 4853 * * 1459 652 7886 0 2820 D 39 4112 * 3127 4904 3881 3332 5770 5514 5156 4396 * 3068 5089 5024 3790 3498 3404 5487 * 4198 39 60 5763 5507 0 * 1022 979 7857 1593 3448 G 40 4308 * 3808 4441 5463 2721 * * 3252 4468 * 4436 6202 3840 3605 2695 4160 4415 6571 5154 40 49 5560 6381 0 * 1278 767 7849 1455 3087 S 41 4624 * 4437 4633 * 3681 6314 5613 3920 5835 * 2853 4694 5000 4220 2229 2980 4977 * 4484 41 65 4914 6548 1061 942 1013 988 7865 2161 2716 T 42 4128 * 4327 4508 6382 4676 5014 4851 2984 4573 5670 5215 3191 5441 4501 4509 2636 3279 6509 5516 42 55 4751 * 1520 619 1606 575 7875 2129 2140 I 43 4807 * 6691 4416 4399 4434 4602 4210 4520 5578 5674 3819 6788 4459 3431 3583 2391 3442 * 4304 43 69 6489 4824 1585 585 967 1034 7870 1000 1622 Y 44 5031 5176 4943 3872 3098 6524 4923 5835 3319 4830 * 4138 6478 4837 4554 6153 3799 3933 6576 2185 44 81 5190 5191 588 1578 316 2347 7881 2070 2924 A 45 3384 * 4110 3091 6568 2092 5908 * 3373 5448 6425 4324 4218 5263 5801 3237 6703 5059 * 4544 45 26 * 5814 * * 1831 476 7892 0 2419 D 46 4187 * 2695 3130 5071 3199 6373 6499 4018 * * 4268 2913 3907 6259 2638 5168 * * * 46 67 6512 4857 0 * * 0 7892 1000 2869 S 47 4480 * 3385 3456 3847 2131 6420 6820 4055 4615 6974 3971 6210 * 4400 3287 3467 6903 * 6041 47 43 5625 6739 0 * 1836 474 7857 1522 3702 V 48 6972 * 5358 * 1760 3907 6230 4427 4538 4617 6469 4415 3925 4995 6294 5131 5472 2392 * 4256 48 76 5133 5440 0 * 2879 211 7864 2151 3299 K 49 4185 * 4057 3527 5418 4613 5677 5411 2617 * 6365 4413 2660 4314 2891 2994 * * * * 49 91 5097 4957 0 * 1117 891 7864 2144 3664 G 50 3475 * 2653 3723 * 2463 * 6697 4741 * * 3113 4009 3982 * 2372 6293 * * * 50 41 5168 * 0 * 1099 908 7833 1568 3445 R 51 6683 6323 4695 5362 * 4181 3412 * 3144 * 5273 4162 5572 6458 1144 4091 5195 * * * 51 15 * 6624 * * 1403 686 7881 0 2218 F 52 4840 * * 6651 1427 5884 6161 3187 3561 4626 6306 4324 5466 6813 6696 5346 * 4150 6430 3047 52 81 * 4201 * * 685 1404 7869 0 2260 T 53 4297 * 3869 3988 4472 5794 * 4845 5570 4204 5504 5809 6866 4411 3206 1786 2939 6770 * 6478 53 52 5343 6503 1104 903 480 1821 7813 1599 3567 I 54 2763 5998 * 6820 2566 3989 * 3440 * 3266 5676 * 4930 * 5676 4171 4384 2632 5740 4479 54 33 6504 6469 0 * 662 1442 7873 1000 2096 S 55 3816 * 3682 3947 5288 5189 * 5713 4178 5022 * 5579 5889 4930 4460 1862 2427 4561 6858 * 55 40 * 5199 * * 881 1129 7862 0 1589 Q 56 4295 5475 * 5204 4745 3157 5652 3352 3586 3665 5232 6780 * 6586 2782 3709 5564 2703 5924 6521 56 153 6098 3535 1585 585 1943 434 7869 1000 2623 D 57 4181 6726 2190 3097 6236 * 5628 5644 4822 * * 2375 3768 5475 4966 4157 3791 4328 6395 * 57 40 * 5203 * * 2089 387 7768 0 3812 N 58 4739 * 3852 4671 6444 6333 5569 3600 2519 4171 6235 5315 3310 4640 5439 3083 2796 4956 * * 58 79 5902 4764 0 * 661 1444 7830 1000 4190 A 59 3395 * 3408 4299 * 3097 * 6474 5537 6388 * 3898 5771 3815 4593 1805 3400 * * 5679 59 90 * 4044 * * 529 1703 7924 0 3584 K 60 5781 * 3693 4013 6715 2681 * * 2605 5657 6506 3001 4927 3277 3997 3010 5676 6091 * * 60 73 * 4345 * * 807 1223 7843 0 3732 N 61 5581 4926 4121 6268 * 2398 * 6525 2842 5686 * 2313 4928 * 5543 2807 3233 * 6432 * 61 66 6344 4952 0 * 629 1500 7827 1000 4025 T 62 4504 5650 2749 4161 * 5507 4460 * 3626 4476 * 4905 4923 3680 5009 2504 3584 3582 * 5687 62 36 6495 6187 0 * 229 2769 7864 1000 3258 L 63 3400 4096 * * 1856 5105 4631 5593 * 3029 6453 5569 * * * 3260 4572 3808 6539 3368 63 11 * 6980 * * * 0 7899 0 1598 Y 64 6425 6503 4998 4863 3985 6500 3594 3418 * 4894 6554 3487 * 6693 4629 2418 2592 4090 * 3922 64 0 * * * * 0 * 7904 0 2234 L 65 * * * * 5072 * 6260 3593 * 257 5831 * * * * 5659 * * * * 65 0 * * * * * * 7899 0 0 Q 66 6553 * * 4645 * * 4004 3258 3001 6207 * 4164 6012 4159 3517 4095 1691 4245 * 6900 66 0 * * * * * * 7899 0 0 M 67 * * * * * 6741 * 778 4647 2483 5451 * * 6544 * * 6737 2778 * * 67 0 * * * * * * 7899 0 0 N 68 4320 * * 5276 5420 * 5552 5743 3177 4074 * 3628 4319 4439 3068 2009 3004 6963 * 6215 68 0 * * * * * * 7899 0 0 S 69 4061 * 2718 3986 * 3659 4923 * 4521 5746 * 2126 5892 4435 4772 2997 4007 5397 * 6555 69 0 * * * * * * 7899 0 0 L 70 2461 * * * 4707 * * 4283 * 1908 4424 * 4959 * * 4400 3123 2176 * * 70 16 * 6544 * * * * 7899 0 0 K 71 * * 4451 3445 6881 4507 4701 5732 3313 4586 6745 4891 5655 2523 3225 3339 2755 7030 6369 * 71 0 * * * * * 0 7893 0 1000 P 72 5444 * 6480 3785 6986 6759 * 4577 3930 2289 4585 * 1862 5584 4982 4468 3754 4153 5696 * 72 0 * * * * 0 * 7893 0 1000 E 73 6887 * 4808 1746 * 3826 6575 * 4227 * * 4380 * 4820 4003 1651 4649 * * 5706 73 0 * * * * * * 7899 0 0 D 74 * * 154 5563 * * 5523 * * * * 6046 * 5095 6145 * * * * * 74 0 * * * * * * 7899 0 0 T 75 2995 * 4888 2697 5857 4101 * * 4844 * 5273 5807 * 6215 * 1595 2412 * * * 75 0 * * * * * * 7899 0 0 A 76 1257 * 5953 * * 1135 * * * 6145 * * * * 5357 4061 6442 * * * 76 21 * 6145 * * * * 7899 0 0 M 77 5721 * 3843 4886 5647 5656 * 3386 6836 4254 4125 5453 * 5705 5678 4386 1741 2308 * 6244 77 0 * * * * * 0 7873 0 1000 Y 78 * 6493 5895 * 5804 * * 5290 * 5904 * * * * * * * * * 133 78 17 6392 * 0 * 0 * 7873 1000 1000 Y 79 * * * * 2246 5706 3765 5659 * 3680 * 5379 * * 5491 5807 5371 * * 970 79 0 * * * * * * 7899 0 0 C 80 * 24 * * * * * * * * * * * * * 5898 * * * * 80 44 5063 * 1697 532 * * 7842 1766 0 A 81 1041 6540 * * * 3649 * 4153 5371 6461 6305 * * 4436 6945 4012 4135 2963 * 5823 81 0 * * * * * * 7723 0 0 S 82 2826 3901 * 6197 6342 4963 4951 5234 3179 4897 * * * 6228 4337 2715 4086 2214 * 4583 82 110 * 3769 * * * * 7942 0 0 R 83 6106 * 4311 4360 4534 5223 4161 6276 4262 6075 * 5908 * 5421 3135 2067 4290 4233 2720 4955 83 76 6047 4779 1000 1000 1496 632 7941 1000 3558 T 84 3706 5143 2361 4004 6294 5188 4405 * 5183 5057 4877 3257 4639 4557 6434 3534 3983 4466 6346 4233 84 39 6274 6171 3700 115 * 0 7880 1000 3711 R 85 3760 6301 5023 * 4938 3714 5213 6062 5959 5205 * 4046 4050 5808 3055 2611 3500 4133 5584 3325 85 42 6195 6024 1000 1000 * 0 7929 1000 3963 A 86 5053 6311 4356 5220 5884 3204 4535 4325 6132 4968 * 5023 2933 3855 5039 3459 3027 * 4068 3600 86 67 6171 4996 2585 263 * 0 7915 1000 3995 G 87 3001 5223 2924 3876 * 1763 5988 * 5827 5196 6138 4308 5801 4660 5043 3322 * 4621 * * 87 18 6363 * 1000 1000 3439 140 7851 1000 4409 V 88 3978 4570 3334 6232 4534 4934 * 3462 4533 2230 4310 6008 5586 * 3808 5697 4806 2946 * 5962 88 45 * 5025 * * 2617 257 7915 0 4274 T 89 5876 4934 4799 3849 * 4235 5318 3900 4372 5178 * 4133 3058 5933 3754 5996 1977 4480 * 4583 89 91 6173 4394 2322 322 1844 471 7847 1000 4293 C 90 6150 4086 3272 * 2219 3003 3823 5736 4537 3309 4909 * 5926 4727 * 5808 3413 6069 * 4777 90 49 * 4894 * * 3186 168 7832 0 4197 G 91 3799 * 4215 5529 4826 1782 3997 4059 4996 4173 * 3428 5956 4880 5865 4156 * 4912 5791 4331 91 58 5424 5941 1000 1000 3523 131 7976 1000 4451 L 92 6092 4876 3633 4696 * 3358 4339 3731 3611 4755 5439 4694 5590 4142 4004 4007 3019 3931 * 4701 92 66 * 4494 * * 2387 306 7882 0 4459 N 93 4304 5636 4854 5853 5489 1906 5583 5855 5557 3570 * 3830 3219 4848 * 4069 4627 3256 5183 * 93 135 * 3481 * * 2450 292 7861 0 4406 W 94 3743 4727 * 5702 3791 3696 3920 3812 * 3920 * 3734 * 4964 4146 4540 2948 3442 5575 3913 94 0 * * * * 2404 302 7759 0 4661 A 95 3823 5519 4634 * 3879 4557 3558 5175 3814 5621 * 4838 2904 4733 * 4665 2343 5028 * 3653 95 0 * * * * 3408 143 7888 0 4178 I 96 4584 * 4353 3877 4557 5001 5580 4672 3143 2639 5311 4677 5522 5209 4077 3112 4676 5719 4373 4663 96 59 5708 5580 0 * 3321 152 7966 1000 4059 F 97 5531 * * 5939 3112 * 5300 3733 4266 2768 4106 5571 3322 * 3482 4621 3893 3346 * 3794 97 28 * 5718 * * 3547 129 7926 0 4002 S 98 3606 * 3646 5518 4110 * * 4400 3649 2295 5507 5514 4558 3910 5361 2987 4190 3853 * * 98 73 * 4338 * * 882 1128 7656 0 4266 Y 99 3946 * * * 4801 3757 * 3660 5096 4624 5619 * * * 4117 5600 5027 1855 5433 2014 99 154 3733 5249 1666 546 1978 423 7706 2062 3496 W 100 5337 5583 4823 * 1011 4864 * * 3629 4287 * * * * 3254 * * * 2964 5398 100 35 * 5378 * * 974 1027 7630 0 3470 G 101 4543 * * * * 367 * * * 4515 * * * * 4878 3268 * * * * 101 0 * * * * 0 * 7505 0 2688 Q 102 * * 5802 2756 5076 4928 * * 3500 * * * 3054 2761 3406 2060 4359 4953 * * 102 0 * * * * * * 7660 0 0 G 103 * * * * * 46 * * * * * * * * * 5005 * * * * 103 0 * * * * * * 7452 0 0 T 104 5298 * * 4594 * * 5273 5679 * * * * 5395 * * 3387 427 * 5358 * 104 40 5200 * 3170 170 * * 7284 1000 0 Q 105 3983 * * 4445 4361 * 5308 4527 2746 4265 3536 4338 * 3831 2471 4921 2934 5491 * * 105 0 * * * * * * 7161 0 0 V 106 * * * * * * * * * 754 * * * * * * * 1296 * * 106 0 * * * * * * 7129 0 0 T 107 3977 * * 5450 * * * 2823 * 3874 * * 5051 5557 * 2468 1416 3364 * * 107 0 * * * * * * 6963 0 0 V 108 * * * * * * * 4285 * 4244 * * * 4801 * * * 218 * * 108 0 * * * * * * 6712 0 0 S 109 * * * * * * * * * * * * * * * 843 1176 * * * 109 0 * * 0 * * * 5165 0 0 //