HHsearch 1.5 NAME c9jikD_ FAM FILE c9jikD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9jikD_.a3m DATE Sat Jul 26 11:51:47 2025 LENG 151 match states, 151 columns in multiple alignment FILT 3 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4028 -1.1418 SEQ >ss_pred CCCCCCEECCCCEEEEEECHHHHCHHHHCCCCCCEEECCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCEECCCCCCCCE EEECCCCCCCEEEEEECCCCEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEECCCCC >ss_conf 9765320115868999932143031221156763243065138886304321011232105785361331014567058971025763000158755661 442056665248999779977999973200003677401456541057889 >Consensus PxRpxxxlRsgDVlwitltxAEyxqxxxxxgxxpxYxsxxxTxiNvaTGxraxxsSidWxkvTldGkxlxxxxxsxxxfyxLPlxGKxxfWxxGttkAGY xYnYNtTxsdxxwixxxxGsxxxxyistYTtmLGxgpvxixxxgxxxpxxx >c9jikD_ PARPITNWRSGDVVWVTLPSAEYAQSQSAMGSHPAYWSEEATIINVATGQRAAVSSIKWDQVTLNGKALHKETHSGLVYYQLPLMGKINFWQQGTTKAGY TYNYNTTDSDSLWVWWDGGSKAYLYISTYTTMLGAGPVNITGLGAVGPNPV >UniRef50_Q9IVZ8(470-616:672) Capsid protein n=2685 Tax=Viruses RepID=CAPSD_HEVCT E=7e-31 s/c=0.91 id=44% cov=98% PSRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQTTYGSSTNPMYVSDTVTFVNVATGAQGVSRSLDWSKVTLDGRPLTTIQQYSKTFYVLPLRGKLSFWEAGTTKAGY PYNYNTTASDQILIENAAGHR--VCISTYTTNLGSGPVSVSAVGVLAPH-- >UniRef50_Q913Y7(403-536:606) Capsid protein n=4 Tax=Avian hepatitis E virus RepID=CAPSD_AHEV E=1e-05 s/c=0.38 id=38% cov=82% PKRALGTLRSGDVLRITgsmqyVTNAELLPQSVSQG----YFGAGSTMMvhNLITGVRAPASSVDWTKATVDGvqvKTVDASSGSNR-FAALPAFGKPAV W--GPQGAGYFYQYNSTHQE--WIYFlQNGSSVVWY--AYTNMLG----------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1845 0 0 A 2 1569 * * * * * * * 1626 * * * * * * 1561 * * * * 2 0 * * * * * * 1845 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1845 0 0 P 4 1626 * * * * * * * * * * * 565 * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1845 0 0 I 5 * * * * 1561 * * 1569 * 1626 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1845 0 0 T 6 * * * * * 1626 * * * * * * * * * 1561 1569 * * * 6 0 * * * * * * 1845 0 0 N 7 * * * * * * * * * * * 1569 * * * * 1626 1561 * * 7 0 * * * * * * 1845 0 0 W 8 * * * * * * * * * 593 * * * * * * * * 1569 * 8 0 * * * * * * 1845 0 0 R 9 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 9 0 * * * * * * 1845 0 0 S 10 1561 * * * * * * * * * * * * * * 597 * * * * 10 0 * * * * * * 1845 0 0 G 11 * * * * * 597 * * * * * 1561 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1845 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1845 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1845 0 0 V 14 * * * * * * * * * 593 * * * * * * * 1569 * * 14 0 * * * * * * 1845 0 0 W 15 * * * * * * * * * * * * * * 1626 * * * 565 * 15 0 * * * * * * 1845 0 0 V 16 * * * * * * * 1626 * 1561 * * * * * * * 1569 * * 16 0 * * * * * * 1845 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * 1561 597 * * * 17 565 1626 * 2322 322 * * 1845 1000 0 L 18 * * * * * * * * * 565 * * * * * * * 1626 * * 18 0 * * * * * * 1845 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 1569 * * * 593 * * * 19 0 * * * * * * 1845 0 0 S 20 1561 * * * * * * * * * * 1626 * * * 1569 * * * * 20 0 * * * * * * 1845 0 0 A 21 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1845 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1845 0 0 Y 23 * * * * * * * * * 1626 * * * * * * * * * 565 23 0 * * * * * * 1845 0 0 A 24 1569 * 1561 * * * * * * 1626 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1845 0 0 Q 25 * * * * * * * * * * * * 1626 565 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1845 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * 1626 * 1569 1561 * * * 26 0 * * * * * * 1845 0 0 Q 27 * * * * * * * * * * * * * 1569 * 1626 1561 * * * 27 0 * * * * * * 1845 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 1569 * 1626 * 1561 28 0 * * * * * * 1845 0 0 A 29 1569 * * * * 1561 * * * * * * * * * 1626 * * * * 29 0 * * * * * * 1845 0 0 M 30 * * * * * * * * * * 1569 * * 1626 * 1561 * * * * 30 0 * * * * * * 1845 0 0 G 31 * * * * * 597 * * * * * * * * * 1561 * * * * 31 565 * 1626 * * * * 1845 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 981 1019 * * * 32 0 * * * * * 0 1464 0 1000 H 33 * * * * * * 981 * * * * 1019 * * * * * * * * 33 0 * * * * * 0 1464 0 1000 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * 0 1464 0 1000 A 35 981 * * * * * * * * * 1019 * * * * * * * * * 35 0 * * * * 0 * 1464 0 1000 Y 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 36 0 * * * * * * 1845 0 0 W 37 * * * * 1626 * * * * * * * * * * * * 1561 1569 * 37 0 * * * * * * 1845 0 0 S 38 * * * * * 1626 * * * * * * * * * 565 * * * * 38 0 * * * * * * 1845 0 0 E 39 1626 * 1561 1569 * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1845 0 0 E 40 * * * 1569 * 1626 * * * * * * * * * * 1561 * * * 40 0 * * * * * * 1845 0 0 A 41 1569 * * * * * * * * * * * * * * 1626 * 1561 * * 41 0 * * * * * * 1845 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 42 0 * * * * * * 1845 0 0 I 43 * * * * 1561 * * 1569 * * 1626 * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1845 0 0 I 44 * * * * * * * 1569 * * 1626 * * * * * * 1561 * * 44 565 1626 * 1000 1000 * * 1845 1000 0 N 45 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1845 0 0 V 46 * * * * * * * * * 1626 * * * * * * * 565 * * 46 0 * * * * * * 1845 0 0 A 47 565 * * * * * * 1626 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1845 0 0 T 48 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 48 0 * * * * * * 1845 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1845 0 0 Q 50 1561 * * * * * * * * * * * * 1569 * * * 1626 * * 50 0 * * * * * * 1845 0 0 R 51 * * * * * * * * * * * * * 1561 597 * * * * * 51 0 * * * * * * 1845 0 0 A 52 597 * * * * 1561 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1845 0 0 A 53 1569 * * * * * * * * * * * 1626 * * * * 1561 * * 53 0 * * * * * * 1845 0 0 V 54 1626 * * * * * * * * * * * * * * 1561 * 1569 * * 54 0 * * * * * * 1845 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * 1561 597 * * * * 55 0 * * * * * * 1845 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 56 0 * * * * * * 1845 0 0 I 57 * * * * * * * 1569 * 1561 * * * * * * * 1626 * * 57 0 * * * * * * 1845 0 0 K 58 * * 593 * * * * * 1569 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1845 0 0 W 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 59 0 * * * * * * 1845 0 0 D 60 * * 1569 * * * * * * * * * * * * 1561 1626 * * * 60 0 * * * * * * 1845 0 0 Q 61 * * * * * * * * 593 * * * * 1569 * * * * * * 61 0 * * * * * * 1845 0 0 V 62 1626 * * * * * * * * * * * * * * * * 565 * * 62 0 * * * * * * 1845 0 0 T 63 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 63 0 * * * * * * 1845 0 0 L 64 * * * * * * * * * 565 * * * * * * * 1626 * * 64 0 * * * * * * 1845 0 0 N 65 * * 593 * * * * * * * * 1569 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1845 0 0 G 66 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 66 565 1626 * 1585 585 * * 1845 1000 0 K 67 * * * * * * * * 597 * * * * * 1561 * * * * * 67 0 * * * * * * 1845 0 0 A 68 1569 * * * * * * * * * * * 1561 * * * 1626 * * * 68 0 * * * * * * 1845 0 0 L 69 * * * * * * * * * 565 * * * * * * * 1626 * * 69 0 * * * * * * 1845 0 0 H 70 * * 1626 * * * 1569 * * * * * * * * * 1561 * * * 70 0 * * * * * * 1845 0 0 K 71 1626 * * * * * * * 1569 * * * * * * * 1561 * * * 71 0 * * * * * * 1845 0 0 E 72 * * * 1569 * * * 1561 * * * * * * * 1626 * * * * 72 0 * * * * * * 1845 0 0 T 73 * * * * * * * * * * * * * 1561 * 1626 1569 * * * 73 0 * * * * * * 1845 0 0 H 74 * * * * * 1626 1569 * * * * * * 1561 * * * * * * 74 0 * * * * * * 1845 0 0 S 75 * * * * * * * * * * * * * * * 597 * * * 1561 75 0 * * * * * * 1845 0 0 G 76 * * * * * 1569 * * * * * 1626 * * * 1561 * * * * 76 0 * * * * * * 1845 0 0 L 77 * * * * * * * * 1561 1569 * * * * 1626 * * * * * 77 565 * 1626 * * * * 1845 0 0 V 78 * * * * * * * * * * * * * * * * 1019 981 * * 78 0 * * * * 0 * 1464 0 1000 Y 79 * * * * 593 * * * * * * * * * * * * * * 1569 79 0 * * * * * * 1845 0 0 Y 80 1626 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 565 80 0 * * * * * * 1845 0 0 Q 81 1626 * * * * * * * * * * * * 1569 * * * 1561 * * 81 0 * * * * * * 1845 0 0 L 82 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1845 0 0 P 83 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1845 0 0 L 84 1626 * * * * * * * * 565 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1845 0 0 M 85 * * * * 1626 * * * * * 1569 * * * 1561 * * * * * 85 0 * * * * * * 1845 0 0 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1845 0 0 K 87 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1845 0 0 I 88 * * * * * * * 1569 * 1561 * * 1626 * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1845 0 0 N 89 1626 * * * * * * * * * * 1569 * * * 1561 * * * * 89 0 * * * * * * 1845 0 0 F 90 * * * * 565 * * * * * * * * * * * * 1626 * * 90 0 * * * * * * 1845 0 0 W 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 91 565 * 1626 * * * * 1845 0 0 Q 92 * * * 1019 * * * * * * * * * 981 * * * * * * 92 0 * * * * * 0 1464 0 1000 Q 93 1019 * * * * * * * * * * * * 981 * * * * * * 93 0 * * * * 0 * 1464 0 1000 G 94 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1845 0 0 T 95 * * * * * * * * * * * * 1626 * * * 565 * * * 95 0 * * * * * * 1845 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * * 1626 * * 565 * * * 96 0 * * * * * * 1845 0 0 K 97 * * * * * 1626 * * 565 * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1845 0 0 A 98 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1845 0 0 G 99 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1845 0 0 Y 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 100 0 * * * * * * 1845 0 0 T 101 * * * * 1626 * * * * * * * 1561 * * * 1569 * * * 101 0 * * * * * * 1845 0 0 Y 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 102 0 * * * * * * 1845 0 0 N 103 * * * * * * * * * * * 565 * 1626 * * * * * * 103 0 * * * * * * 1845 0 0 Y 104 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 104 0 * * * * * * 1845 0 0 N 105 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1845 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * 1626 565 * * * 106 0 * * * * * * 1845 0 0 T 107 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 107 0 * * * * * * 1845 0 0 D 108 1561 * 1569 * * * 1626 * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1845 0 0 S 109 * * * * * * * * * * * * * 1626 * 565 * * * * 109 0 * * * * * * 1845 0 0 D 110 * * 565 1626 * * * * * * * * * * * * * * * * 110 565 * 1626 * * * * 1845 0 0 S 111 * * * * * * * * * * * * * 1019 * 981 * * * * 111 0 * * * * * 0 1464 0 1000 L 112 * * * * * * * 1019 * 981 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * 0 * 1464 0 1000 W 113 * * * * * * * * * 1561 * * * * * * * * 597 * 113 0 * * * * * * 1845 0 0 V 114 * * * * * * * 593 * * * * * * * * * 1569 * * 114 0 * * * * * * 1845 0 0 W 115 * * * 1561 * * * * * * * * * * * * * * 1569 1626 115 0 * * * * * * 1845 0 0 W 116 * * * * 1626 * * * * * * 1561 * * * * * * 1569 * 116 565 1626 * 0 * * * 1845 1000 0 D 117 1561 * 1569 * * * * * * * * * * 1626 * * * * * * 117 0 * * * * * * 1845 0 0 G 118 1561 * * * * 1569 * * * * * 1626 * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1845 0 0 G 119 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1845 0 0 S 120 * * * * * * 1561 * * * * * * * * 597 * * * * 120 0 * * * * * * 1845 0 0 K 121 * * * * * * * * 1569 * * * * * 1561 1626 * * * * 121 597 * 1561 * * * * 1845 0 0 A 122 886 * * * * * * * * * * * * * * * * 1124 * * 122 0 * * * * * 0 1479 0 1000 Y 123 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1124 * 886 123 0 * * * * 0 * 1479 0 1000 L 124 * * * * * * * * * 1569 * * * * * * * 1561 1626 * 124 0 * * * * * * 1845 0 0 Y 125 * 1561 * * * * * * * * * * * * * * * * * 597 125 565 * 1626 * * * * 1845 0 0 I 126 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * 0 1464 0 1000 S 127 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 127 0 * * * * 0 * 1464 0 1000 T 128 1626 * * * * * * * * * * * * * * * 565 * * * 128 0 * * * * * * 1845 0 0 Y 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 129 0 * * * * * * 1845 0 0 T 130 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 130 0 * * * * * * 1845 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * 1626 * * * * 565 * * * 131 0 * * * * * * 1845 0 0 M 132 * * * * * * * * * * 597 1561 * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1845 0 0 L 133 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1845 0 0 G 134 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1845 0 0 A 135 981 * * * * * * * * * * * * * * 1019 * * * * 135 0 * * * * * * 1464 0 0 G 136 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1464 0 0 P 137 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1464 0 0 V 138 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 138 0 * * * * * * 1464 0 0 N 139 * * * * * * * * * * * 981 * * * 1019 * * * * 139 0 * * * * * * 1464 0 0 I 140 * * * * * * * 981 * * * * * * * * * 1019 * * 140 0 * * * * * * 1464 0 0 T 141 * * * * * * * * * * * * * * * 1019 981 * * * 141 0 * * * * * * 1464 0 0 G 142 1019 * * * * 981 * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1464 0 0 L 143 * * * * * * * * * 981 * * * * * * * 1019 * * 143 0 * * * * * * 1464 0 0 G 144 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1464 0 0 A 145 981 * * * * * * * * * * * * * * * * 1019 * * 145 0 * * * * * * 1464 0 0 V 146 * * * * * * * * * 1019 * * * * * * * 981 * * 146 0 * * * * * * 1464 0 0 G 147 1019 * * * * 981 * * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1464 0 0 P 148 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1464 0 0 N 149 * * * * * * 1019 * * * * 981 * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1464 0 0 P 150 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 V 151 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 151 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //