HHsearch 1.5 NAME c9jieA_ FAM FILE c9jieA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9jieA_.a3m DATE Sat Jul 26 11:01:45 2025 LENG 152 match states, 152 columns in multiple alignment FILT 3 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4041 -0.9266 SEQ >ss_pred CCCCCCCEECCCCEEEEEECHHHHCHHHHCCCCCCEEECCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEECCCCCCCEEEEEECCCCCCEECCCCCCCC EEEECCCCCCCEEEEEECCCCEEEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEECCCCC >ss_conf 9754431011586899993214303122115676324206513888620432101123210578536033101456705897102576300015875566 1442056665248999779977999973200003677401456541057889 >Consensus APxRpxxxlRsgDVlwitltxAEyxqxxxxxgxxpxYxsxxxTxiNvaTGxraxxsSidWxkvTldGkxlxxxxxsxxxfyxLPlxGKxxfWxxGttkAG YxYnYNtTxsdxxwixxxxGsxxxxyistYTtmLGxgpvxixxxgxxxpxxx >c9jieA_ APARPITNWRSGDVVWVTLPSAEYAQSQSAMGSHPAYWSEEATIINVATGQRAAVSSIKWDQVTLNGKALHKETHSGLVYYQLPLMGKINFWQQGTTKAG YTYNYNTTDSDSLWVWWDGGSKAYLYISTYTTMLGAGPVNITGLGAVGPNPV >UniRef50_Q9IVZ8(469-616:672) Capsid protein n=2685 Tax=Viruses RepID=CAPSD_HEVCT E=2e-31 s/c=0.92 id=44% cov=98% APSRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQTTYGSSTNPMYVSDTVTFVNVATGAQGVSRSLDWSKVTLDGRPLTTIQQYSKTFYVLPLRGKLSFWEAGTTKAG YPYNYNTTASDQILIENAAGHR--VCISTYTTNLGSGPVSVSAVGVLAPH-- >UniRef50_Q913Y7(402-536:606) Capsid protein n=4 Tax=Avian hepatitis E virus RepID=CAPSD_AHEV E=5e-06 s/c=0.39 id=38% cov=82% APKRALGTLRSGDVLRITgsmqyVTNAELLPQSVSQG----YFGAGSTMMvhNLITGVRAPASSVDWTKATVDGvqvKTVDASSGSNR-FAALPAFGKPA VW--GPQGAGYFYQYNSTHQE--WIYFlQNGSSVVWY--AYTNMLG----------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1837 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1837 0 0 A 3 1569 * * * * * * * 1626 * * * * * * 1561 * * * * 3 0 * * * * * * 1837 0 0 R 4 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 4 0 * * * * * * 1837 0 0 P 5 1626 * * * * * * * * * * * 565 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1837 0 0 I 6 * * * * 1561 * * 1569 * 1626 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1837 0 0 T 7 * * * * * 1626 * * * * * * * * * 1561 1569 * * * 7 0 * * * * * * 1837 0 0 N 8 * * * * * * * * * * * 1569 * * * * 1626 1561 * * 8 0 * * * * * * 1837 0 0 W 9 * * * * * * * * * 593 * * * * * * * * 1569 * 9 0 * * * * * * 1837 0 0 R 10 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 10 0 * * * * * * 1837 0 0 S 11 1561 * * * * * * * * * * * * * * 597 * * * * 11 0 * * * * * * 1837 0 0 G 12 * * * * * 597 * * * * * 1561 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1837 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1837 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1837 0 0 V 15 * * * * * * * * * 593 * * * * * * * 1569 * * 15 0 * * * * * * 1837 0 0 W 16 * * * * * * * * * * * * * * 1626 * * * 565 * 16 0 * * * * * * 1837 0 0 V 17 * * * * * * * 1626 * 1561 * * * * * * * 1569 * * 17 0 * * * * * * 1837 0 0 T 18 * * * * * * * * * * * * * * * 1561 597 * * * 18 565 1626 * 2322 322 * * 1837 1000 0 L 19 * * * * * * * * * 565 * * * * * * * 1626 * * 19 0 * * * * * * 1837 0 0 P 20 * * * * * * * * * * * * 1569 * * * 593 * * * 20 0 * * * * * * 1837 0 0 S 21 1561 * * * * * * * * * * 1626 * * * 1569 * * * * 21 0 * * * * * * 1837 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1837 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1837 0 0 Y 24 * * * * * * * * * 1626 * * * * * * * * * 565 24 0 * * * * * * 1837 0 0 A 25 1569 * 1561 * * * * * * 1626 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1837 0 0 Q 26 * * * * * * * * * * * * 1626 565 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1837 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * 1626 * 1569 1561 * * * 27 0 * * * * * * 1837 0 0 Q 28 * * * * * * * * * * * * * 1569 * 1626 1561 * * * 28 0 * * * * * * 1837 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 1569 * 1626 * 1561 29 0 * * * * * * 1837 0 0 A 30 1569 * * * * 1561 * * * * * * * * * 1626 * * * * 30 0 * * * * * * 1837 0 0 M 31 * * * * * * * * * * 1569 * * 1626 * 1561 * * * * 31 0 * * * * * * 1837 0 0 G 32 * * * * * 597 * * * * * * * * * 1561 * * * * 32 565 * 1626 * * * * 1837 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 981 1019 * * * 33 0 * * * * * 0 1461 0 1000 H 34 * * * * * * 981 * * * * 1019 * * * * * * * * 34 0 * * * * * 0 1461 0 1000 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * 0 1461 0 1000 A 36 981 * * * * * * * * * 1019 * * * * * * * * * 36 0 * * * * 0 * 1461 0 1000 Y 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 37 0 * * * * * * 1837 0 0 W 38 * * * * 1626 * * * * * * * * * * * * 1561 1569 * 38 0 * * * * * * 1837 0 0 S 39 * * * * * 1626 * * * * * * * * * 565 * * * * 39 0 * * * * * * 1837 0 0 E 40 1626 * 1561 1569 * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1837 0 0 E 41 * * * 1569 * 1626 * * * * * * * * * * 1561 * * * 41 0 * * * * * * 1837 0 0 A 42 1569 * * * * * * * * * * * * * * 1626 * 1561 * * 42 0 * * * * * * 1837 0 0 T 43 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 43 0 * * * * * * 1837 0 0 I 44 * * * * 1561 * * 1569 * * 1626 * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1837 0 0 I 45 * * * * * * * 1569 * * 1626 * * * * * * 1561 * * 45 565 1626 * 1000 1000 * * 1837 1000 0 N 46 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1837 0 0 V 47 * * * * * * * * * 1626 * * * * * * * 565 * * 47 0 * * * * * * 1837 0 0 A 48 565 * * * * * * 1626 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1837 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1837 0 0 G 50 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1837 0 0 Q 51 1561 * * * * * * * * * * * * 1569 * * * 1626 * * 51 0 * * * * * * 1837 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * 1561 597 * * * * * 52 0 * * * * * * 1837 0 0 A 53 597 * * * * 1561 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1837 0 0 A 54 1569 * * * * * * * * * * * 1626 * * * * 1561 * * 54 0 * * * * * * 1837 0 0 V 55 1626 * * * * * * * * * * * * * * 1561 * 1569 * * 55 0 * * * * * * 1837 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * * * 1561 597 * * * * 56 0 * * * * * * 1837 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1837 0 0 I 58 * * * * * * * 1569 * 1561 * * * * * * * 1626 * * 58 0 * * * * * * 1837 0 0 K 59 * * 593 * * * * * 1569 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1837 0 0 W 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 60 0 * * * * * * 1837 0 0 D 61 * * 1569 * * * * * * * * * * * * 1561 1626 * * * 61 0 * * * * * * 1837 0 0 Q 62 * * * * * * * * 593 * * * * 1569 * * * * * * 62 0 * * * * * * 1837 0 0 V 63 1626 * * * * * * * * * * * * * * * * 565 * * 63 0 * * * * * * 1837 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 64 0 * * * * * * 1837 0 0 L 65 * * * * * * * * * 565 * * * * * * * 1626 * * 65 0 * * * * * * 1837 0 0 N 66 * * 593 * * * * * * * * 1569 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1837 0 0 G 67 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 67 565 1626 * 1585 585 * * 1837 1000 0 K 68 * * * * * * * * 597 * * * * * 1561 * * * * * 68 0 * * * * * * 1837 0 0 A 69 1569 * * * * * * * * * * * 1561 * * * 1626 * * * 69 0 * * * * * * 1837 0 0 L 70 * * * * * * * * * 565 * * * * * * * 1626 * * 70 0 * * * * * * 1837 0 0 H 71 * * 1626 * * * 1569 * * * * * * * * * 1561 * * * 71 0 * * * * * * 1837 0 0 K 72 1626 * * * * * * * 1569 * * * * * * * 1561 * * * 72 0 * * * * * * 1837 0 0 E 73 * * * 1569 * * * 1561 * * * * * * * 1626 * * * * 73 0 * * * * * * 1837 0 0 T 74 * * * * * * * * * * * * * 1561 * 1626 1569 * * * 74 0 * * * * * * 1837 0 0 H 75 * * * * * 1626 1569 * * * * * * 1561 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1837 0 0 S 76 * * * * * * * * * * * * * * * 597 * * * 1561 76 0 * * * * * * 1837 0 0 G 77 * * * * * 1569 * * * * * 1626 * * * 1561 * * * * 77 0 * * * * * * 1837 0 0 L 78 * * * * * * * * 1561 1569 * * * * 1626 * * * * * 78 565 * 1626 * * * * 1837 0 0 V 79 * * * * * * * * * * * * * * * * 1019 981 * * 79 0 * * * * 0 * 1461 0 1000 Y 80 * * * * 593 * * * * * * * * * * * * * * 1569 80 0 * * * * * * 1837 0 0 Y 81 1626 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 565 81 0 * * * * * * 1837 0 0 Q 82 1626 * * * * * * * * * * * * 1569 * * * 1561 * * 82 0 * * * * * * 1837 0 0 L 83 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1837 0 0 P 84 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1837 0 0 L 85 1626 * * * * * * * * 565 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1837 0 0 M 86 * * * * 1626 * * * * * 1569 * * * 1561 * * * * * 86 0 * * * * * * 1837 0 0 G 87 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1837 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1837 0 0 I 89 * * * * * * * 1569 * 1561 * * 1626 * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1837 0 0 N 90 1626 * * * * * * * * * * 1569 * * * 1561 * * * * 90 0 * * * * * * 1837 0 0 F 91 * * * * 565 * * * * * * * * * * * * 1626 * * 91 0 * * * * * * 1837 0 0 W 92 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 92 565 * 1626 * * * * 1837 0 0 Q 93 * * * 1019 * * * * * * * * * 981 * * * * * * 93 0 * * * * * 0 1461 0 1000 Q 94 1019 * * * * * * * * * * * * 981 * * * * * * 94 0 * * * * 0 * 1461 0 1000 G 95 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1837 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * 1626 * * * 565 * * * 96 0 * * * * * * 1837 0 0 T 97 * * * * * * * * * * * * * 1626 * * 565 * * * 97 0 * * * * * * 1837 0 0 K 98 * * * * * 1626 * * 565 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1837 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1837 0 0 G 100 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1837 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 101 0 * * * * * * 1837 0 0 T 102 * * * * 1626 * * * * * * * 1561 * * * 1569 * * * 102 0 * * * * * * 1837 0 0 Y 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 103 0 * * * * * * 1837 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 565 * 1626 * * * * * * 104 0 * * * * * * 1837 0 0 Y 105 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 105 0 * * * * * * 1837 0 0 N 106 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1837 0 0 T 107 * * * * * * * * * * * * * * * 1626 565 * * * 107 0 * * * * * * 1837 0 0 T 108 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 108 0 * * * * * * 1837 0 0 D 109 1561 * 1569 * * * 1626 * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1837 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * * * 1626 * 565 * * * * 110 0 * * * * * * 1837 0 0 D 111 * * 565 1626 * * * * * * * * * * * * * * * * 111 565 * 1626 * * * * 1837 0 0 S 112 * * * * * * * * * * * * * 1019 * 981 * * * * 112 0 * * * * * 0 1461 0 1000 L 113 * * * * * * * 1019 * 981 * * * * * * * * * * 113 0 * * * * 0 * 1461 0 1000 W 114 * * * * * * * * * 1561 * * * * * * * * 597 * 114 0 * * * * * * 1837 0 0 V 115 * * * * * * * 593 * * * * * * * * * 1569 * * 115 0 * * * * * * 1837 0 0 W 116 * * * 1561 * * * * * * * * * * * * * * 1569 1626 116 0 * * * * * * 1837 0 0 W 117 * * * * 1626 * * * * * * 1561 * * * * * * 1569 * 117 565 1626 * 0 * * * 1837 1000 0 D 118 1561 * 1569 * * * * * * * * * * 1626 * * * * * * 118 0 * * * * * * 1837 0 0 G 119 1561 * * * * 1569 * * * * * 1626 * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1837 0 0 G 120 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1837 0 0 S 121 * * * * * * 1561 * * * * * * * * 597 * * * * 121 0 * * * * * * 1837 0 0 K 122 * * * * * * * * 1569 * * * * * 1561 1626 * * * * 122 597 * 1561 * * * * 1837 0 0 A 123 887 * * * * * * * * * * * * * * * * 1123 * * 123 0 * * * * * 0 1475 0 1000 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1123 * 887 124 0 * * * * 0 * 1475 0 1000 L 125 * * * * * * * * * 1569 * * * * * * * 1561 1626 * 125 0 * * * * * * 1837 0 0 Y 126 * 1561 * * * * * * * * * * * * * * * * * 597 126 565 * 1626 * * * * 1837 0 0 I 127 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * 0 1461 0 1000 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 128 0 * * * * 0 * 1461 0 1000 T 129 1626 * * * * * * * * * * * * * * * 565 * * * 129 0 * * * * * * 1837 0 0 Y 130 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 130 0 * * * * * * 1837 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 131 0 * * * * * * 1837 0 0 T 132 * * * * * * * * * * * 1626 * * * * 565 * * * 132 0 * * * * * * 1837 0 0 M 133 * * * * * * * * * * 597 1561 * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1837 0 0 L 134 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1837 0 0 G 135 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1837 0 0 A 136 981 * * * * * * * * * * * * * * 1019 * * * * 136 0 * * * * * * 1461 0 0 G 137 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1461 0 0 P 138 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1461 0 0 V 139 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 139 0 * * * * * * 1461 0 0 N 140 * * * * * * * * * * * 981 * * * 1019 * * * * 140 0 * * * * * * 1461 0 0 I 141 * * * * * * * 981 * * * * * * * * * 1019 * * 141 0 * * * * * * 1461 0 0 T 142 * * * * * * * * * * * * * * * 1019 981 * * * 142 0 * * * * * * 1461 0 0 G 143 1019 * * * * 981 * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1461 0 0 L 144 * * * * * * * * * 981 * * * * * * * 1019 * * 144 0 * * * * * * 1461 0 0 G 145 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1461 0 0 A 146 981 * * * * * * * * * * * * * * * * 1019 * * 146 0 * * * * * * 1461 0 0 V 147 * * * * * * * * * 1019 * * * * * * * 981 * * 147 0 * * * * * * 1461 0 0 G 148 1019 * * * * 981 * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1461 0 0 P 149 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1461 0 0 N 150 * * * * * * 1019 * * * * 981 * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1461 0 0 P 151 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 V 152 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 152 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //