HHsearch 1.5 NAME c9imxE_ FAM FILE c9imxE_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9imxE_.a3m DATE Sat Sep 6 10:43:18 2025 LENG 146 match states, 146 columns in multiple alignment FILT 3 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4153 -0.7724 SEQ >ss_pred CCCCCCEEEECCCEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCEEECCEEEEEEEECCCCCCCCCCCEEEEEECCEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCEEECCCCCCCC CCEECCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEEC >ss_conf 9754311230487899997234476310156456344123289887520322211234302577657675421203760899740476113205776556 1010166640189997278877999975223577730244555409 >Consensus APxRxxxxLRaxDVLxlslTxAExxQsxygsSxgxxxxxxtvxxxNvxTGxqaxaxSlDWtKxTlDGxxlxTixxxSxtFxxLPxxGKxsxWeaGxxxAG YxYxYNtTxsdxixxeNaaGxxVxxxtYTxxLGxgpvsxsavxvla >c9imxE_ APSRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQSTYGSSTGPVYVSDSVTLVNVATGAQAVARSLDWTKVTLDGRPLSTIQQYSKTFFVLPLRGKLSFWEAGTTKAG YPYNYNTTASDQLLVENAAGHRVAISTYTTSLGAGPVSISAVAVLA >UniRef50_Q9IVZ8(469-614:672) Capsid protein n=2685 Tax=Viruses RepID=CAPSD_HEVCT E=8e-65 s/c=1.69 id=88% cov=101% APSRPFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQTTYGSSTNPMYVSDTVTFVNVATGAQGVSRSLDWSKVTLDGRPLTTIQQYSKTFYVLPLRGKLSFWEAGTTKAG YPYNYNTTASDQILIENAAGHRVCISTYTTNLGSGPVSVSAVGVLA >UniRef50_Q913Y7(402-536:606) Capsid protein n=4 Tax=Avian hepatitis E virus RepID=CAPSD_AHEV E=1e-41 s/c=1.26 id=40% cov=87% APKRALGTLRSGDVLRITgsmqyVTNAElLPQSV---SQGYFGAGSTMMVHNLITGVRAPASSVDWTKATVDGVQVKTVDASSGSnrFAALPAFGKPAVW --GPQGAGYFYQYNSTHQEWIyFLQN--GSSVVWYAYTNMLG------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * A 1 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1526 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1526 0 0 S 3 * * * * * * * * 1343 * * * * * * 723 * * * * 3 0 * * * * * * 1526 0 0 R 4 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 4 0 * * * * * * 1526 0 0 P 5 1343 * * * * * * * * * * * 723 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1526 0 0 F 6 * * * * 723 * * * * 1343 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1526 0 0 S 7 * * * * * 1343 * * * * * * * * * 723 * * * * 7 0 * * * * * * 1526 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * 1343 723 * * 8 0 * * * * * * 1526 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1526 0 0 R 10 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 10 0 * * * * * * 1526 0 0 A 11 723 * * * * * * * * * * * * * * 1343 * * * * 11 0 * * * * * * 1526 0 0 N 12 * * * * * 1343 * * * * * 723 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1526 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1526 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1526 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1526 0 0 W 16 * * * * * * * * * * * * * * 1343 * * * 723 * 16 0 * * * * * * 1526 0 0 L 17 * * * * * * * 1343 * 723 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1526 0 0 S 18 * * * * * * * * * * * * * * * 723 1343 * * * 18 723 1343 * 2322 322 * * 1526 1000 0 L 19 * * * * * * * * * 723 * * * * * * * 1343 * * 19 0 * * * * * * 1526 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1526 0 0 A 21 723 * * * * * * * * * * 1343 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1526 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1526 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 723 1343 * 0 * * * 1526 1000 0 Y 24 * * * * * * * * * 1343 * * * * * * * * * 723 24 0 * * * * * * 1526 0 0 D 25 * * 723 * * * * * * * * * 1343 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1526 0 0 Q 26 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1526 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * * * 526 1710 * * * 27 0 * * * * * * 1526 0 0 T 28 * * * * * * * * * * * * * * * * 723 1343 * * 28 723 * 1343 * * * * 1526 0 0 Y 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 29 0 * * * * * 0 1084 0 1000 G 30 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * 0 1084 0 1000 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * 0 * 1084 0 1000 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1526 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * 1343 * * 723 * * * 33 0 * * * * * * 1526 0 0 G 34 * * * * * 526 * * * * * 1710 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1526 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 723 * * * * * * 1343 35 0 * * * * * * 1526 0 0 V 36 * * * * 1343 * * * * * 1710 * * * * * * 1736 * * 36 0 * * * * * * 1526 0 0 Y 37 * * * * * 1343 * * * * * * * * * * * * * 723 37 0 * * * * * * 1526 0 0 V 38 1343 * * * * * * * * * * * * * * * * 723 * * 38 0 * * * * * * 1526 0 0 S 39 * * * * * 1343 * * * * * * * * * 723 * * * * 39 0 * * * * * * 1526 0 0 D 40 * * 723 * * * * * * * * * * * * 1343 * * * * 40 0 * * * * * * 1526 0 0 S 41 * * * * * * * * * * * * * * * 1736 515 * * * 41 0 * * * * * * 1526 0 0 V 42 * * * * * * * * * * 1343 * * * * * * 723 * * 42 0 * * * * * * 1526 0 0 T 43 * * * * * * * * * * 1343 * * * * * 723 * * * 43 0 * * * * * * 1526 0 0 L 44 * * * * 1710 * * * * 1736 * * * * * * * 1343 * * 44 0 * * * * * * 1526 0 0 V 45 * * * * * * 1343 * * * * * * * * * * 723 * * 45 0 * * * * * * 1526 0 0 N 46 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1526 0 0 V 47 * * * * * * * * * 1343 * * * * * * * 723 * * 47 0 * * * * * * 1526 0 0 A 48 723 * * * * * * 1343 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1526 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1526 0 0 G 50 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1526 0 0 A 51 723 * * * * * * * * * * * * * * * * 1343 * * 51 0 * * * * * * 1526 0 0 Q 52 * * * * * * * * * * * * * 723 1343 * * * * * 52 0 * * * * * * 1526 0 0 A 53 526 * * * * 1710 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1526 0 0 V 54 * * * * * * * * * * * * 1343 * * * * 723 * * 54 0 * * * * * * 1526 0 0 A 55 526 * * * * * * * * * * * * * * 1710 * * * * 55 0 * * * * * * 1526 0 0 R 56 * * * * * * * * * * * * * * 723 1343 * * * * 56 0 * * * * * * 1526 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1526 0 0 L 58 * * * * * * * * * 723 * * * * * * * 1343 * * 58 0 * * * * * * 1526 0 0 D 59 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1526 0 0 W 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 60 0 * * * * * * 1526 0 0 T 61 * * * * * * * * * * * * * * * 1710 526 * * * 61 0 * * * * * * 1526 0 0 K 62 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1526 0 0 V 63 1343 * * * * * * * * * * * * * * * * 723 * * 63 0 * * * * * * 1526 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 64 0 * * * * * * 1526 0 0 L 65 * * * * * * * * * 723 * * * * * * * 1343 * * 65 0 * * * * * * 1526 0 0 D 66 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1526 0 0 G 67 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1526 0 0 R 68 * * * * * * * * * * * * * * 723 * * 1343 * * 68 0 * * * * * * 1526 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 723 1343 * * * * * * 69 0 * * * * * * 1526 0 0 L 70 * * * * * * * * * 723 * * * * * * * 1343 * * 70 0 * * * * * * 1526 0 0 S 71 * * * * * * * * 1343 * * * * * * 1736 1710 * * * 71 0 * * * * * * 1526 0 0 T 72 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 72 0 * * * * * * 1526 0 0 I 73 * * * * * * * 723 * * * * * * * * * 1343 * * 73 0 * * * * * * 1526 0 0 Q 74 * * 1343 * * * * * * * * * * 723 * * * * * * 74 0 * * * * * * 1526 0 0 Q 75 1343 * * * * * * * * * * * * 723 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1526 0 0 Y 76 * * * * * * * * * * * * * * * 1343 * * * 723 76 0 * * * * * * 1526 0 0 S 77 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 77 0 * * * * * * 1526 0 0 K 78 * * * * * 1343 * * 723 * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1526 0 0 T 79 * * * * * * * * * * * * * * * 1343 723 * * * 79 723 1343 * 1000 1000 * * 1526 1000 0 F 80 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1526 0 0 F 81 1343 * * * 1736 * * * * * * * * * * * * * * 1710 81 0 * * * * * * 1526 0 0 V 82 1343 * * * * * * * * * * * * * * * * 723 * * 82 0 * * * * * * 1526 0 0 L 83 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1526 0 0 P 84 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1526 0 0 L 85 1343 * * * * * * * * 723 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1526 0 0 R 86 * * * * 1343 * * * * * * * * * 723 * * * * * 86 0 * * * * * * 1526 0 0 G 87 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1526 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1526 0 0 L 89 * * * * * * * * * 723 * * 1343 * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1526 0 0 S 90 1343 * * * * * * * * * * * * * * 723 * * * * 90 0 * * * * * * 1526 0 0 F 91 * * * * 723 * * * * * * * * * * * * 1343 * * 91 0 * * * * * * 1526 0 0 W 92 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 92 723 * 1343 * * * * 1526 0 0 E 93 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * 0 1084 0 1000 A 94 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * 0 * 1084 0 1000 G 95 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1526 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * 1343 * * * 723 * * * 96 0 * * * * * * 1526 0 0 T 97 * * * * * * * * * * * * * 1343 * * 723 * * * 97 0 * * * * * * 1526 0 0 K 98 * * * * * 1343 * * 723 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1526 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1526 0 0 G 100 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1526 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 101 0 * * * * * * 1526 0 0 P 102 * * * * 1343 * * * * * * * 723 * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1526 0 0 Y 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 103 0 * * * * * * 1526 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 723 * 1343 * * * * * * 104 0 * * * * * * 1526 0 0 Y 105 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 105 0 * * * * * * 1526 0 0 N 106 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1526 0 0 T 107 * * * * * * * * * * * * * * * 1343 723 * * * 107 0 * * * * * * 1526 0 0 T 108 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 108 0 * * * * * * 1526 0 0 A 109 723 * * * * * 1343 * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1526 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * * * 1343 * 723 * * * * 110 0 * * * * * * 1526 0 0 D 111 * * 723 1343 * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1526 0 0 Q 112 * * * * * * * * * * * * * 723 * * * * 1343 * 112 0 * * * * * * 1526 0 0 L 113 * * * * * * * 515 * 1736 * * * * * * * * * * 113 723 1343 * 0 * * * 1526 1000 0 L 114 * * * * 1343 * * * * 723 * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1526 0 0 V 115 * * * * * * * 1710 * 1343 * * * * * * * 1736 * * 115 0 * * * * * * 1526 0 0 E 116 * * * 723 * * * * * * * * * 1343 * * * * * * 116 0 * * * * * * 1526 0 0 N 117 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 117 723 * 1343 * * * * 1526 0 0 A 118 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * 0 1084 0 1000 A 119 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * 0 * 1084 0 1000 G 120 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1526 0 0 H 121 * * * * * * 723 * * * * * * * * 1343 * * * * 121 0 * * * * * * 1526 0 0 R 122 * * * * * * * * * * * * * * 723 1343 * * * * 122 0 * * * * * * 1526 0 0 V 123 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 123 0 * * * * * * 1526 0 0 A 124 1736 1710 * * * * * * * * * * * * * * * 1343 * * 124 0 * * * * * * 1526 0 0 I 125 * * * * * * * 723 * * * * * * * * * * 1343 * 125 0 * * * * * * 1526 0 0 S 126 * * * * * * * * * * * * * * * 723 * * * 1343 126 0 * * * * * * 1526 0 0 T 127 1343 * * * * * * * * * * * * * * * 723 * * * 127 0 * * * * * * 1526 0 0 Y 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 128 0 * * * * * * 1526 0 0 T 129 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 129 0 * * * * * * 1526 0 0 T 130 * * * * * * * * * * * 1343 * * * * 723 * * * 130 0 * * * * * * 1526 0 0 S 131 * * * * * * * * * * 1343 1710 * * * 1736 * * * * 131 0 * * * * * * 1526 0 0 L 132 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1526 0 0 G 133 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1526 0 0 A 134 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 134 0 * * * * * * 1084 0 0 G 135 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1084 0 0 P 136 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1084 0 0 V 137 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 137 0 * * * * * * 1084 0 0 S 138 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 138 0 * * * * * * 1084 0 0 I 139 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 139 0 * * * * * * 1084 0 0 S 140 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 140 0 * * * * * * 1084 0 0 A 141 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1084 0 0 V 142 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 142 0 * * * * * * 1084 0 0 A 143 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1084 0 0 V 144 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 144 0 * * * * * * 1084 0 0 L 145 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1084 0 0 A 146 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * 0 * * * 1084 0 0 //