HHsearch 1.5 NAME c9fq3A_ FAM FILE c9fq3A_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9fq3A_.a3m DATE Sat May 17 16:32:42 2025 LENG 141 match states, 141 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4002 -1.5708 SEQ >ss_pred CCCEEECCCEEEEEEECCCCCCEEECCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEECCEEEEEEECCCCEEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCEEE CCCCCEEEEEEECCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEECC >ss_conf 9420211878999973221133030467675201221799865203211001343104666466777643047708986404751133047765560021 16664028999727887799997620136785311323109 >Consensus pxxxLRaxDVLxlsxTxAExxQxxxGsxtnpmyvsdTxxxxNxxTGxxAxAxSxDWsKxTxDGxxxxTixxxSxtFxxLPxxGKxsxWeaxxxxAGYxYx YNtTxxdxIxieNaaGxxVxxxxYTxxLGagptsisavgvl >c9fq3A_ PFSVLRANDVLWLSLTAAEYDQTTYGSSTNPMYVSDTVTFVNVATGAQAVARSLDWSKVTLDGRPLTTIQQYSKTFYVLPLRGKLSFWEASTTKAGYPYN YNTTASDQILIENAAGHRVAISTYTTSLGAGPTSISAVGVL >UniRef50_Q913Y7(407-536:606) Capsid protein n=4 Tax=Avian hepatitis E virus RepID=CAPSD_AHEV E=5e-05 s/c=0.38 id=39% cov=84% -LGTLRSGDVLRITgsmqyVTNAELlpqsvSQGYFGAGS-------TMMVHNLITGVRAPASSVDWTKATVDGVQVKTVDASSGSnrFAALPAFGKPAVW --GPQGAGYFYQYNSTHQEWIyFLQN--GSSVVWYAYTNMLG------------ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 F 2 * * * * 881 * * * * 1130 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1466 0 0 S 3 * * * * * 1130 * * * * * * * * * 881 * * * * 3 0 * * * * * * 1466 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 1130 881 * * 4 0 * * * * * * 1466 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1466 0 0 R 6 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 6 0 * * * * * * 1466 0 0 A 7 881 * * * * * * * * * * * * * * 1130 * * * * 7 0 * * * * * * 1466 0 0 N 8 * * * * * 1130 * * * * * 881 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1466 0 0 D 9 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1466 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1466 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1466 0 0 W 12 * * * * * * * * * * * * * * 1130 * * * 881 * 12 0 * * * * * * 1466 0 0 L 13 * * * * * * * 1130 * 881 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1466 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 881 1130 * * * 14 881 1130 * 2322 322 * * 1466 1000 0 L 15 * * * * * * * * * 881 * * * * * * * 1130 * * 15 0 * * * * * * 1466 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1466 0 0 A 17 881 * * * * * * * * * * 1130 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1466 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1466 0 0 E 19 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1466 0 0 Y 20 * * * * * * * * * 1130 * * * * * * * * * 881 20 881 1130 * 2322 322 * * 1466 1000 0 D 21 * * 881 * * * * * * * * * * * * 1130 * * * * 21 0 * * * * * * 1466 0 0 Q 22 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 22 0 * * * * * * 1466 0 0 T 23 * * * * * 1130 * * * * * * * * * * 881 * * * 23 0 * * * * * * 1466 0 0 T 24 * * * * * * * * * * * * * * * * 881 * * 1130 24 0 * * * * * * 1466 0 0 Y 25 * * * * 1130 * * * * * * * * * * * * * * 881 25 0 * * * * * * 1466 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1466 0 0 S 27 1130 * * * * * * * * * * * * * * 881 * * * * 27 0 * * * * * * 1466 0 0 S 28 * * * * * 1130 * * * * * * * * * 881 * * * * 28 0 * * * * * * 1466 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * 1130 881 * * * 29 881 * 1130 * * * * 1466 0 0 N 30 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 30 0 * * * * * 0 1000 0 1000 P 31 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 31 0 * * * * * 0 1000 0 1000 M 32 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 32 0 * * * * * 0 1000 0 1000 Y 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 33 0 * * * * * 0 1000 0 1000 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * 0 1000 0 1000 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * 0 1000 0 1000 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 37 0 * * * * * * 1466 0 0 V 38 * * * * * * * * * * 1130 * * * * * * 881 * * 38 0 * * * * * * 1466 0 0 T 39 * * * * * * * * * * 1130 * * * * * 881 * * * 39 0 * * * * * * 1466 0 0 F 40 * * * * 881 * * * * * * * * * * * * 1130 * * 40 0 * * * * * * 1466 0 0 V 41 * * * * * * 1130 * * * * * * * * * * 881 * * 41 0 * * * * * * 1466 0 0 N 42 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1466 0 0 V 43 * * * * * * * * * 1130 * * * * * * * 881 * * 43 0 * * * * * * 1466 0 0 A 44 881 * * * * * * 1130 * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1466 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1466 0 0 G 46 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1466 0 0 A 47 881 * * * * * * * * * * * * * * * * 1130 * * 47 0 * * * * * * 1466 0 0 Q 48 * * * * * * * * * * * * * 881 1130 * * * * * 48 0 * * * * * * 1466 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1466 0 0 V 50 * * * * * * * * * * * * 1130 * * * * 881 * * 50 0 * * * * * * 1466 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1466 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 881 1130 * * * * 52 0 * * * * * * 1466 0 0 S 53 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 53 0 * * * * * * 1466 0 0 L 54 * * * * * * * * * 881 * * * * * * * 1130 * * 54 0 * * * * * * 1466 0 0 D 55 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1466 0 0 W 56 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 56 0 * * * * * * 1466 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 881 1130 * * * 57 0 * * * * * * 1466 0 0 K 58 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1466 0 0 V 59 1130 * * * * * * * * * * * * * * * * 881 * * 59 0 * * * * * * 1466 0 0 T 60 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 60 0 * * * * * * 1466 0 0 L 61 * * * * * * * * * 881 * * * * * * * 1130 * * 61 0 * * * * * * 1466 0 0 D 62 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1466 0 0 G 63 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1466 0 0 R 64 * * * * * * * * * * * * * * 881 * * 1130 * * 64 0 * * * * * * 1466 0 0 P 65 * * * * * * * * * * * * 881 1130 * * * * * * 65 0 * * * * * * 1466 0 0 L 66 * * * * * * * * * 881 * * * * * * * 1130 * * 66 0 * * * * * * 1466 0 0 T 67 * * * * * * * * 1130 * * * * * * * 881 * * * 67 0 * * * * * * 1466 0 0 T 68 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 68 0 * * * * * * 1466 0 0 I 69 * * * * * * * 881 * * * * * * * * * 1130 * * 69 0 * * * * * * 1466 0 0 Q 70 * * 1130 * * * * * * * * * * 881 * * * * * * 70 0 * * * * * * 1466 0 0 Q 71 1130 * * * * * * * * * * * * 881 * * * * * * 71 0 * * * * * * 1466 0 0 Y 72 * * * * * * * * * * * * * * * 1130 * * * 881 72 0 * * * * * * 1466 0 0 S 73 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 73 0 * * * * * * 1466 0 0 K 74 * * * * * 1130 * * 881 * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1466 0 0 T 75 * * * * * * * * * * * * * * * 1130 881 * * * 75 881 1130 * 1000 1000 * * 1466 1000 0 F 76 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1466 0 0 Y 77 1130 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 881 77 0 * * * * * * 1466 0 0 V 78 1130 * * * * * * * * * * * * * * * * 881 * * 78 0 * * * * * * 1466 0 0 L 79 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1466 0 0 P 80 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1466 0 0 L 81 1130 * * * * * * * * 881 * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1466 0 0 R 82 * * * * 1130 * * * * * * * * * 881 * * * * * 82 0 * * * * * * 1466 0 0 G 83 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1466 0 0 K 84 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1466 0 0 L 85 * * * * * * * * * 881 * * 1130 * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1466 0 0 S 86 1130 * * * * * * * * * * * * * * 881 * * * * 86 0 * * * * * * 1466 0 0 F 87 * * * * 881 * * * * * * * * * * * * 1130 * * 87 0 * * * * * * 1466 0 0 W 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 88 881 * 1130 * * * * 1466 0 0 E 89 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * 0 1000 0 1000 A 90 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 S 91 * * * * * 1130 * * * * * * * * * 881 * * * * 91 0 * * * * * * 1466 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * 1130 * * * 881 * * * 92 0 * * * * * * 1466 0 0 T 93 * * * * * * * * * * * * * 1130 * * 881 * * * 93 0 * * * * * * 1466 0 0 K 94 * * * * * 1130 * * 881 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1466 0 0 A 95 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1466 0 0 G 96 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1466 0 0 Y 97 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 97 0 * * * * * * 1466 0 0 P 98 * * * * 1130 * * * * * * * 881 * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1466 0 0 Y 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 99 0 * * * * * * 1466 0 0 N 100 * * * * * * * * * * * 881 * 1130 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1466 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 101 0 * * * * * * 1466 0 0 N 102 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1466 0 0 T 103 * * * * * * * * * * * * * * * 1130 881 * * * 103 0 * * * * * * 1466 0 0 T 104 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 104 0 * * * * * * 1466 0 0 A 105 881 * * * * * 1130 * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1466 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * * * 1130 * 881 * * * * 106 0 * * * * * * 1466 0 0 D 107 * * 881 1130 * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1466 0 0 Q 108 * * * * * * * * * * * * * 881 * * * * 1130 * 108 0 * * * * * * 1466 0 0 I 109 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 109 881 1130 * 0 * * * 1466 1000 0 L 110 * * * * 1130 * * * * 881 * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1466 0 0 I 111 * * * * * * * 881 * 1130 * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1466 0 0 E 112 * * * 881 * * * * * * * * * 1130 * * * * * * 112 0 * * * * * * 1466 0 0 N 113 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 113 881 * 1130 * * * * 1466 0 0 A 114 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * 0 1000 0 1000 A 115 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 G 116 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1466 0 0 H 117 * * * * * * 881 * * * * * * * * 1130 * * * * 117 0 * * * * * * 1466 0 0 R 118 * * * * * * * * * * * * * * 881 1130 * * * * 118 0 * * * * * * 1466 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 119 0 * * * * * * 1466 0 0 A 120 881 * * * * * * * * * * * * * * * * 1130 * * 120 0 * * * * * * 1466 0 0 I 121 * * * * * * * 881 * * * * * * * * * * 1130 * 121 0 * * * * * * 1466 0 0 S 122 * * * * * * * * * * * * * * * 881 * * * 1130 122 0 * * * * * * 1466 0 0 T 123 1130 * * * * * * * * * * * * * * * 881 * * * 123 0 * * * * * * 1466 0 0 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 124 0 * * * * * * 1466 0 0 T 125 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 125 0 * * * * * * 1466 0 0 T 126 * * * * * * * * * * * 1130 * * * * 881 * * * 126 0 * * * * * * 1466 0 0 S 127 * * * * * * * * * * 1130 * * * * 881 * * * * 127 0 * * * * * * 1466 0 0 L 128 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1466 0 0 G 129 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1466 0 0 A 130 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 G 131 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 P 132 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 T 133 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 S 134 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 I 135 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 S 136 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 A 137 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 V 138 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 G 139 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 V 140 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 L 141 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 141 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //