HHsearch 1.5 NAME c9exnF_ FAM FILE c9exnF_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9exnF_.a3m DATE Sat Nov 29 09:43:16 2025 LENG 153 match states, 153 columns in multiple alignment FILT 3 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.6 EVD 0.3802 -2.2123 SEQ >ss_pred CCCEEEEEEEEEECCCEEEEEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHEEEEECCCCCCCEEEECCEEEEEECCEEEEEEEEECCEEEEEEEECCCCEEEEEC CCEEEEEECCCCEEEEEEEECCEEECCCCEEEEEEEHHHCCCCEEEEEEEECC >ss_conf 9602368999997356488872165899999998756542501000111004755310140337999952202453454313577688632664058773 30478950568819999985463522787787774003328410345532039 >Consensus SsFxqxxyLxVtLxPhELtLDxrxNirxaVmreYLhkExxGxMatkIEixexxelPLGrIvNNxvvvxVPCxxTykYYrvGDxVxGTlniedEsnvxvxC gDLiCxlxkdsGtVsFCfxrngxvYxxGsxVtavLxEAxxgxesxfvfxaxxx >c9exnF_ SSFVTNGYLSVTLEPHELTLDIKTNIRNAVYKTYLHREISGKMAKKIEIREDVELPLGEIVNNSVVINVPCVITYAYYHVGDIVRGTLNIEDESNVTIQC GDLICKLSRDSGTVSFCFFRNGNAYDNGSEVTAVLMEAQQGIESSFVFLANIV >UniRef50_Q070D6(2-144:165) RNA polymerase subunit RPO18 n=1 Tax=Crocodilepox virus RepID=Q070D6_CPRV E=4e-33 s/c=0.99 id=48% cov=91% SSFSQKLFLDVELDPGELNLDVRQNIRRKVMREYLHKERAGIMCTKIEILEEYRLPLGRITNNVITVMVPCLATYKYYRIGDVVEGTMEINSESDIAVNC PDLVCHINKDDGTVSFadskyCFTKDRHVYNAGDTVTVTLKEA--------------- >UniRef50_Q6TVQ0(2-156:190) ORF070 RNA polymerase subunit RPO18 n=4 Tax=Parapoxvirus RepID=Q6TVQ0_ORFV E=5e-61 s/c=1.51 id=56% cov=99% STFRQTVYLAVTLQPHELTLDFRGNVAEAVMREYLYKEKGGLMATDIEVCLGNEMPLGRIVNNAVVVSVPCNVTFKYYRVGDTVSGTLNVEDETNVFVDC GDLICQLGKSSGGVTFneskyCLVRNGVVYEHGSRVSAVLREARSGRESAFVFSA--- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1653 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 573 1609 * * * 2 0 * * * * * * 1653 0 0 F 3 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1653 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * 1609 1524 * 1625 * * 4 0 * * * * * * 1653 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * 565 * * 1625 * * * 5 0 * * * * * * 1653 0 0 N 6 * * * * * * * * 1524 * * 1625 * * * * 1609 * * * 6 0 * * * * * * 1653 0 0 G 7 * * * * * 1625 * * * 1524 * * * * * * * 1609 * * 7 0 * * * * * * 1653 0 0 Y 8 * * * * 1524 * * * * * * * * * * * * * * 617 8 0 * * * * * * 1653 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1653 0 0 S 10 1609 * 1524 * * * * * * * * * * * * 1625 * * * * 10 0 * * * * * * 1653 0 0 V 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 11 0 * * * * * * 1653 0 0 T 12 * * * 1524 * * * * * * * * * * * * 617 * * * 12 0 * * * * * * 1653 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1653 0 0 E 14 * * 1524 1625 * * * * * * * * * 1609 * * * * * * 14 0 * * * * * * 1653 0 0 P 15 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1653 0 0 H 16 * * * * * 1524 617 * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1653 0 0 E 17 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1653 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1653 0 0 T 19 * * * * * * * * * * * 1524 * * * * 617 * * * 19 0 * * * * * * 1653 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1653 0 0 D 21 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1653 0 0 I 22 * * * * 1609 * * 1625 * * * * * * * * * 1524 * * 22 0 * * * * * * 1653 0 0 K 23 * * * * * * * * 1625 * * * * * 565 * * * * * 23 0 * * * * * * 1653 0 0 T 24 * * * * * 1609 * * * * * * * 1524 * * 1625 * * * 24 0 * * * * * * 1653 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1653 0 0 I 26 * * * * * * * 573 * * * * * * * * * 1609 * * 26 0 * * * * * * 1653 0 0 R 27 1609 * * * * * * * * * * * * * 573 * * * * * 27 0 * * * * * * 1653 0 0 N 28 * * * 1609 * * * * * * * 1625 * * 1524 * * * * * 28 0 * * * * * * 1653 0 0 A 29 617 * * * * * * * 1524 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1653 0 0 V 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 30 0 * * * * * * 1653 0 0 Y 31 * * * * * * * * * * 565 * * * * * * * * 1625 31 0 * * * * * * 1653 0 0 K 32 * * * * * * * * 1625 * * * * * 565 * * * * * 32 0 * * * * * * 1653 0 0 T 33 * * * 565 * * * * * * * * * * * * 1625 * * * 33 0 * * * * * * 1653 0 0 Y 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 34 0 * * * * * * 1653 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1653 0 0 H 36 * * * * * * 573 * * * * * * * * * * * * 1609 36 0 * * * * * * 1653 0 0 R 37 * * * * * * * * 565 * * * * * 1625 * * * * * 37 0 * * * * * * 1653 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1653 0 0 I 39 * * * * * * * 1625 1609 * * * * * 1524 * * * * * 39 0 * * * * * * 1653 0 0 S 40 1524 * * * * 1609 * * * * * * * * * 1625 * * * * 40 0 * * * * * * 1653 0 0 G 41 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1653 0 0 K 42 * * * * * * * 1524 1625 1609 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1653 0 0 M 43 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1653 0 0 A 44 617 1524 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1653 0 0 K 45 * * * * * * * * 1625 * * * * * * * 565 * * * 45 0 * * * * * * 1653 0 0 K 46 * * 1609 * * * * * 573 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1653 0 0 I 47 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1653 0 0 E 48 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1653 0 0 I 49 * * * * * * * 573 * * * * * * * * * 1609 * * 49 0 * * * * * * 1653 0 0 R 50 * 1609 * * * * * * * 1524 * * * * 1625 * * * * * 50 0 * * * * * * 1653 0 0 E 51 * * * 573 * * * * * 1609 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1653 0 0 D 52 * * 1625 1524 * 1609 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1653 0 0 V 53 * * * * * * * * * * * 1609 * * * * * 1625 * 1524 53 0 * * * * * * 1653 0 0 E 54 * * * 617 * * * * * * * * * * 1524 * * * * * 54 0 * * * * * * 1653 0 0 L 55 * * * * * * * * * 573 1609 * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1653 0 0 P 56 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1653 0 0 L 57 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1653 0 0 G 58 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1653 0 0 E 59 * * * 1625 * * * * * * * * * * 565 * * * * * 59 0 * * * * * * 1653 0 0 I 60 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1653 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * 1524 617 * * 61 0 * * * * * * 1653 0 0 N 62 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1653 0 0 N 63 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1653 0 0 S 64 1609 * * * * * * * * * * * * * * 1625 * 1524 * * 64 0 * * * * * * 1653 0 0 V 65 * * * * * * * 1524 * * * * * * * * * 617 * * 65 0 * * * * * * 1653 0 0 V 66 * * * * * * * * * * * * * * * * 1524 617 * * 66 0 * * * * * * 1653 0 0 I 67 * * * * * * * 1625 * * * * * * * * * 565 * * 67 0 * * * * * * 1653 0 0 N 68 * * * * * * * * * * 1524 1625 * * * 1609 * * * * 68 0 * * * * * * 1653 0 0 V 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 69 0 * * * * * * 1653 0 0 P 70 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1653 0 0 C 71 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1653 0 0 V 72 * * * * * * * * * 1524 * 1609 * * * * * 1625 * * 72 0 * * * * * * 1653 0 0 I 73 1524 * * * * * * 1625 * * * * * * * * * 1609 * * 73 0 * * * * * * 1653 0 0 T 74 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 74 0 * * * * * * 1653 0 0 Y 75 * * * * 1609 * * * * * * * * * * * * * * 573 75 0 * * * * * * 1653 0 0 A 76 1625 * * * * * * * 565 * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1653 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 77 0 * * * * * * 1653 0 0 Y 78 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 78 0 * * * * * * 1653 0 0 H 79 * * * * * * 1625 * * * * * * * 565 * * * * * 79 0 * * * * * * 1653 0 0 V 80 * * * * * * * 1524 * * * * * * * * * 617 * * 80 0 * * * * * * 1653 0 0 G 81 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1653 0 0 D 82 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1653 0 0 I 83 * * * * * * * 1625 * * * * * * * * 1609 1524 * * 83 0 * * * * * * 1653 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1653 0 0 R 85 * * * 1524 * * * * * * * * * * 1625 1609 * * * * 85 0 * * * * * * 1653 0 0 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1653 0 0 T 87 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 87 0 * * * * * * 1653 0 0 L 88 * * * * * * * * * 617 1524 * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1653 0 0 N 89 * * * 1524 * * * * * * * 617 * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1653 0 0 I 90 * * * * * * * 573 * * * * * * * * * 1609 * * 90 0 * * * * * * 1653 0 0 E 91 * * * 617 * * * * * * * 1524 * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1653 0 0 D 92 * * 617 * * * * * * * * * * * * 1524 * * * * 92 0 * * * * * * 1653 0 0 E 93 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1653 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 573 1609 * * * 94 0 * * * * * * 1653 0 0 N 95 * * 1524 * * * * * * * * 617 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1653 0 0 V 96 * * * * * * * 1524 * * * * * * * * * 617 * * 96 0 * * * * * * 1653 0 0 T 97 1524 * * * 1609 * * * * * * * * * * * 1625 * * * 97 0 * * * * * * 1653 0 0 I 98 * * * * * * * 1625 * * * * * * * * * 565 * * 98 0 * * * * * * 1653 0 0 Q 99 * * 1609 * * * * * * * * 1524 * 1625 * * * * * * 99 0 * * * * * * 1653 0 0 C 100 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1653 0 0 G 101 * * * * * 617 * * * * * * 1524 * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1653 0 0 D 102 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1653 0 0 L 103 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1653 0 0 I 104 * * * * * * * 617 * * * * * * * * * 1524 * * 104 0 * * * * * * 1653 0 0 C 105 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1653 0 0 K 106 * * * * * * 1524 * 1625 * * * * 1609 * * * * * * 106 0 * * * * * * 1653 0 0 L 107 * * * * * * * 1524 * 617 * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1653 0 0 S 108 * * * * * 1609 * * * * * 1524 * * * 1625 * * * * 108 0 * * * * * * 1653 0 0 R 109 * * * * * * * * 565 * * * * * 1625 * * * * * 109 0 * * * * * * 1653 0 0 D 110 * * 573 * * * * * * * * * * * * 1609 * * * * 110 0 * * * * * * 1653 0 0 S 111 * * 1524 * * * * * * * * * * * * 617 * * * * 111 0 * * * * * * 1653 0 0 G 112 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1653 0 0 T 113 * * * * * 1609 * * * * * * * * * * 573 * * * 113 0 * * * * * * 1653 0 0 V 114 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 114 0 * * * * * * 1653 0 0 S 115 * * * * * * * * * * * * * * * 573 1609 * * * 115 0 * * * * * * 1653 0 0 F 116 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 116 1625 565 * 2322 322 * * 1653 1443 0 C 117 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1653 0 0 F 118 * * * * 573 * * * * 1609 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1653 0 0 F 119 * * * * 1625 * * * * * * * * * * * 1524 1609 * * 119 0 * * * * * * 1653 0 0 R 120 * * * * * * * * 1524 * * * * * 617 * * * * * 120 0 * * * * * * 1653 0 0 N 121 * * 1524 * * * * * * * * 617 * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1653 0 0 G 122 * * * * * 617 * * * * * * * * 1524 * * * * * 122 0 * * * * * * 1653 0 0 N 123 * * * * * * 1524 * * * * 1625 * * * * * 1609 * * 123 0 * * * * * * 1653 0 0 A 124 1625 * * * * * * * * * * * * * * * * 565 * * 124 0 * * * * * * 1653 0 0 Y 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 125 0 * * * * * * 1653 0 0 D 126 * * 1625 1609 * * * * * * * 1524 * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1653 0 0 N 127 1524 * * * * * 1609 * * * * 1625 * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1653 0 0 G 128 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1653 0 0 S 129 * * 1524 * * * * * * * * * * * * 617 * * * * 129 0 * * * * * * 1653 0 0 E 130 * * * 1625 * * * * * * * * * * 1609 * 1524 * * * 130 0 * * * * * * 1653 0 0 V 131 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 131 0 * * * * * * 1653 0 0 T 132 * * * * * * * * * * * * * * * 1609 573 * * * 132 0 * * * * * * 1653 0 0 A 133 617 * * * * * * * * * * * * * * * * 1524 * * 133 0 * * * * * * 1653 0 0 V 134 * * * * * * * * * * * * * * * * 1524 617 * * 134 0 * * * * * * 1653 0 0 L 135 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1653 0 0 M 136 * * * * * * * * 1524 * 1625 * * * 1609 * * * * * 136 0 * * * * * * 1653 0 0 E 137 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1653 0 0 A 138 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1653 0 0 Q 139 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 139 0 * * * * * * 1350 0 0 Q 140 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 140 0 * * * * * * 1350 0 0 G 141 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1350 0 0 I 142 * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * 142 0 * * * * * * 1350 0 0 E 143 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1350 0 0 S 144 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 144 0 * * * * * * 1350 0 0 S 145 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 145 0 * * * * * * 1350 0 0 F 146 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1350 0 0 V 147 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 147 0 * * * * * * 1350 0 0 F 148 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1350 0 0 L 149 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 149 0 * * * * * * 1350 0 0 A 150 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1350 0 0 N 151 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 I 152 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 V 153 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 153 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //