HHsearch 1.5 NAME c9cyyY_ FAM FILE c9cyyY_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9cyyY_.a3m DATE Sat Dec 21 12:11:07 2024 LENG 141 match states, 141 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4904 1.6074 SEQ >ss_pred CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEEEEEECCCCC CCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCC >ss_conf 9746410027776646876101677640700688886432024864236678734457643221001122222266777776321001200355324577 65545331178666788764721466766677776407789 >Consensus mkriprktxgksxxxxepgtxxxeqykxrpxxxxvqxatexaexpmxxndegxxdkkgntkgdxxnehxeaxxxaxxatkxqakdtdkxkaqvtyxdtgi nnanelsrsgnvdneggxnqkpmxtriaeatsaiiskhpar >c9cyyY_ MKRIPRKTKGKSPATTEPGTSNREQYKARPGIASVQRATESAEMPMKNNDEGTPDKKGNTKGDLVNEHSEAKDEADEATKKQAKDTDKSKAQVTYSDTGI NNANELSRSGNVDNEGGSNQKPMSTRIAEATSAIVSKHPAR >UniRef50_Q9WAB1(1-168:1275) Inner capsid protein lambda-1 n=16 Tax=Reoviridae RepID=LMBD1_REOVJ E=6e-53 s/c=1.23 id=75% cov=101% MKRIPRKTRGKSSGkgndsteraddgsaqlrdkqsskvtqnVKEPGTTLKEQYKTRPSLQTVQKATENAELPMQTNDEGAVDKKGNTKGDKTNEHVEAEV NAADATKRQAKDTDKQKAQVTYNDTGINNANELSRSGNVDNEGGDNQKPMTTRIAEATSAIISKHPAR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1182 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1182 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1182 0 0 I 4 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1182 0 0 P 5 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1182 0 0 R 6 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 6 0 * * * * * * 1182 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1182 0 0 T 8 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 8 0 * * * * * * 1182 0 0 K 9 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 9 0 * * * * * * 1182 0 0 G 10 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1182 0 0 K 11 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1182 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1182 0 0 P 13 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 13 0 * * * * * * 1182 0 0 A 14 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 14 1000 1000 * 4755 54 * * 1182 1000 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 15 0 * * * * * * 1182 0 0 T 16 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 16 0 * * * * * * 1182 0 0 E 17 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1182 0 0 P 18 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1182 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1182 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1182 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 21 0 * * * * * * 1182 0 0 N 22 * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1182 0 0 R 23 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 23 0 * * * * * * 1182 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1182 0 0 Q 25 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1182 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1182 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1182 0 0 A 28 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 28 0 * * * * * * 1182 0 0 R 29 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 29 0 * * * * * * 1182 0 0 P 30 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1182 0 0 G 31 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 31 0 * * * * * * 1182 0 0 I 32 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1182 0 0 A 33 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 33 0 * * * * * * 1182 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 34 0 * * * * * * 1182 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1182 0 0 Q 36 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1182 0 0 R 37 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 37 0 * * * * * * 1182 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1182 0 0 T 39 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 39 0 * * * * * * 1182 0 0 E 40 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1182 0 0 S 41 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 41 0 * * * * * * 1182 0 0 A 42 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1182 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1182 0 0 M 44 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1182 0 0 P 45 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1182 0 0 M 46 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1182 0 0 K 47 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 47 0 * * * * * * 1182 0 0 N 48 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 48 0 * * * * * * 1182 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1182 0 0 D 50 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1182 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1182 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1182 0 0 T 53 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 53 0 * * * * * * 1182 0 0 P 54 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * 54 0 * * * * * * 1182 0 0 D 55 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1182 0 0 K 56 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1182 0 0 K 57 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1182 0 0 G 58 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1182 0 0 N 59 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1182 0 0 T 60 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 60 0 * * * * * * 1182 0 0 K 61 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1182 0 0 G 62 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1182 0 0 D 63 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1182 0 0 L 64 * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1182 0 0 V 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 65 0 * * * * * * 1182 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1182 0 0 E 67 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1182 0 0 H 68 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1182 0 0 S 69 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * 69 0 * * * * * * 1182 0 0 E 70 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1182 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1182 0 0 K 72 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1182 0 0 D 73 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 73 0 * * * * * * 1182 0 0 E 74 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1182 0 0 A 75 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1182 0 0 D 76 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1182 0 0 E 77 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1182 0 0 A 78 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1182 0 0 T 79 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 79 0 * * * * * * 1182 0 0 K 80 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1182 0 0 K 81 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 81 0 * * * * * * 1182 0 0 Q 82 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 82 0 * * * * * * 1182 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1182 0 0 K 84 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1182 0 0 D 85 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1182 0 0 T 86 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 86 0 * * * * * * 1182 0 0 D 87 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1182 0 0 K 88 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1182 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 89 0 * * * * * * 1182 0 0 K 90 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1182 0 0 A 91 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1182 0 0 Q 92 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 92 0 * * * * * * 1182 0 0 V 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 93 0 * * * * * * 1182 0 0 T 94 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 94 0 * * * * * * 1182 0 0 Y 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 95 0 * * * * * * 1182 0 0 S 96 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 96 0 * * * * * * 1182 0 0 D 97 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1182 0 0 T 98 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 98 0 * * * * * * 1182 0 0 G 99 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1182 0 0 I 100 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1182 0 0 N 101 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1182 0 0 N 102 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1182 0 0 A 103 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1182 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1182 0 0 E 105 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1182 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1182 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 107 0 * * * * * * 1182 0 0 R 108 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 108 0 * * * * * * 1182 0 0 S 109 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 109 0 * * * * * * 1182 0 0 G 110 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1182 0 0 N 111 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1182 0 0 V 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 112 0 * * * * * * 1182 0 0 D 113 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1182 0 0 N 114 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1182 0 0 E 115 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1182 0 0 G 116 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1182 0 0 G 117 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1182 0 0 S 118 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 118 0 * * * * * * 1182 0 0 N 119 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1182 0 0 Q 120 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 120 0 * * * * * * 1182 0 0 K 121 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1182 0 0 P 122 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1182 0 0 M 123 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1182 0 0 S 124 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 124 0 * * * * * * 1182 0 0 T 125 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 125 0 * * * * * * 1182 0 0 R 126 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 126 0 * * * * * * 1182 0 0 I 127 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1182 0 0 A 128 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1182 0 0 E 129 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1182 0 0 A 130 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1182 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 131 0 * * * * * * 1182 0 0 S 132 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 132 0 * * * * * * 1182 0 0 A 133 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1182 0 0 I 134 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1182 0 0 V 135 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 135 0 * * * * * * 1182 0 0 S 136 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 136 0 * * * * * * 1182 0 0 K 137 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1182 0 0 H 138 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1182 0 0 P 139 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1182 0 0 A 140 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1182 0 0 R 141 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 141 0 * * 0 * * * 1182 0 0 //