HHsearch 1.5 NAME c9cytH_ FAM FILE c9cytH_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9cytH_.a3m DATE Sat Dec 21 11:46:24 2024 LENG 42 match states, 42 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.5052 3.7508 SEQ >ss_pred CCCCCCEEEEEEEEECCCEECCCCCCCCCCCCEEECCCCCCC >ss_conf 986001456777430587441554333322530242823359 >Consensus mgnassivqxxnixgdgnxfxpsaetsssavpslslxpgxln >c9cytH_ MGNASSIVQTINVTGDGNVFKPSAETSSTAVPSLSLSPGMLN >UniRef50_Q5IW26(1-42:676) Structural protein muB n=18 Tax=Avian orthoreovirus RepID=Q5IW26_9REOV E=3e-15 s/c=1.97 id=70% cov=102% MGNATSVVQNFNIQGDGNHFAPSAETTSSAVPSLSLNPGLLN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1219 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1219 0 0 N 3 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1219 0 0 A 4 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1219 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 5 0 * * * * * * 1219 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1219 0 0 I 7 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 7 0 * * * * * * 1219 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1219 0 0 Q 9 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1219 0 0 T 10 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 10 0 * * * * * * 1219 0 0 I 11 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1219 0 0 N 12 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1219 0 0 V 13 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 13 0 * * * * * * 1219 0 0 T 14 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 14 0 * * * * * * 1219 0 0 G 15 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1219 0 0 D 16 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1219 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1219 0 0 N 18 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1219 0 0 V 19 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * 19 0 * * * * * * 1219 0 0 F 20 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1219 0 0 K 21 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1219 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1219 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 23 0 * * * * * * 1219 0 0 A 24 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1219 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1219 0 0 T 26 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 26 0 * * * * * * 1219 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 27 0 * * * * * * 1219 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 28 0 * * * * * * 1219 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 29 0 * * * * * * 1219 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1219 0 0 V 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 31 0 * * * * * * 1219 0 0 P 32 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1219 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1219 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1219 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1219 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1219 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 37 0 * * * * * * 1219 0 0 P 38 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1219 0 0 G 39 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1219 0 0 M 40 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1219 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1219 0 0 N 42 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 42 0 * * 0 * * * 1219 0 0 //