HHsearch 1.5 NAME c9b7xE_ FAM FILE c9b7xE_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9b7xE_.a3m DATE Sat Apr 5 10:23:53 2025 LENG 172 match states, 172 columns in multiple alignment FILT 3 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4043 -1.2307 SEQ >ss_pred CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEEECCCHHHHHHCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCEEECCCCCCCCCEEEECCC CCCHHHHCCCCCCEEEEECCEEEEECHHHHCCCCCCCCCCCEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHCC >ss_conf 9744555221228887517888899876145578877720589842022014553115356610013210145304676404722776311200010148 760222013685205652681898337761244763343200001022234652223343234326412039 >Consensus VPFHsxyAxxQsLxrLxNPLiDQYLYxlsxTxnxSxxtxxxlkFsxxxaxnxaxQxrNwlxGxxxRqQxxsxtsxxnNxsxxxwxGaxxxxLNxrxslxx xxPaMxsHxegexxxxxlsxsLIiTxEeEixttNxxaxexxGxvxtNxQxxxxqAxTxxvnxqGxlPxxVWq >c9b7xE_ VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRVSTTVTQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMN PGPAMASHKEGEDRFFPLSGSLIITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQAQTGWVQNQGILPGMVWQ >UniRef50_P03135(216-403:504) Probable coat protein 3 n=269 Tax=Dependovirus RepID=COA3_AAV2 E=7e-56 s/c=1.16 id=68% cov=99% VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTNTPSGTTTQSrLQFSQAGASDIRDQSRNWLPGPCYRQQRVSKTSADNNNSEYSWTGATKYHLNGRDSLV N--PAMASHKDDEEKFFPQSGVLIfgkqgsektnvniekvmITDEEEIGTTNPVATEQYGSVSTNLQRGNRQAATADVNTQGVLPGMVWQ >UniRef50_Q2VJ47(286-477:605) VP2 capsid n=2 Tax=Rat adeno-associated virus 1 RepID=Q2VJ47_9VIRU E=2e-10 s/c=0.35 id=32% cov=98% VPFHTGFAPCQNLFKLSNPLVDQYLYRFQGTDNSSSSTPGVVKFEKCVAHNYAQQYKNWLTGAFQRNQDYNYVSGTSNYKGVV--GSNQNNLqrieNVQF AIAPDVPSMCNHLEGTN-MIALDNSLifrdvstapgdttqyninqvIVTSEAETQSVNAYSGDTCGRIVNNSQNSGTNAGTTGINYKGTMPSSVW- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * V 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 1 0 * * * * * * 1777 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1777 0 0 F 3 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1777 0 0 H 4 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1777 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 710 1363 * * * 5 0 * * * * * * 1777 0 0 S 6 * * * * * 1363 * * * * * * * * * 710 * * * * 6 0 * * * * * * 1777 0 0 Y 7 * * * * 1363 * * * * * * * * * * * * * * 710 7 0 * * * * * * 1777 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1777 0 0 H 9 * * * * * * 710 * * * * * 1363 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1777 0 0 S 10 * 1363 * * * * * * * * * * * * * 710 * * * * 10 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 11 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1777 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * 1363 * * * 710 * * * * 12 0 * * * * * * 1777 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1777 0 0 D 14 * * 710 * 1363 * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1777 0 0 R 15 * * * * * * * * 1363 * * * * * 710 * * * * * 15 0 * * * * * * 1777 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1777 0 0 M 17 * * * * * * * * * * 710 * * * * 1363 * * * * 17 0 * * * * * * 1777 0 0 N 18 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1777 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1777 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1777 0 0 I 21 * * * * * * * 710 * * * * * * * * * 1363 * * 21 0 * * * * * * 1777 0 0 D 22 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1777 0 0 Y 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 24 0 * * * * * * 1777 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1777 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1777 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * 1363 * * * * 710 27 0 * * * * * * 1777 0 0 L 28 * * * * 1363 * * * * 710 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1777 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * 1363 * 710 * * * * 29 0 * * * * * * 1777 0 0 K 30 * * * * * 1363 * * 1704 * * * * * 1717 * * * * * 30 0 * * * * * * 1777 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1777 0 0 I 32 * * 1363 * * * * 1704 * * * 1717 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1777 0 0 N 33 * * * * * * * * * * * 523 * * * * 1717 * * * 33 0 * * * * * * 1777 0 0 G 34 * * * * * 1704 * * * * * * 1717 * * 1363 * * * * 34 0 * * * * * * 1777 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1777 0 0 G 36 * * * * * 710 * * * * * * * * * 1363 * * * * 36 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 1704 * 1363 1717 * * * 37 0 * * * * * * 1777 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 1704 * * * * 529 * * * 38 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * 1363 1704 * * 1717 * * * 39 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 40 * * * * * 1363 * * * * * * * 710 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1777 0 0 T 41 * * * * * * * * * * * * * * * 1717 1704 1363 * * 41 523 1717 * 0 * * * 1777 1000 0 L 42 * * * * * * * * * 710 * * * * * * * 1363 * * 42 0 * * * * * * 1777 0 0 K 43 * * * * * * * * 523 * * * * 1717 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1777 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1777 0 0 S 45 * * * 1363 * * * * * * * * * * * 710 * * * * 45 0 * * * * * * 1777 0 0 V 46 * * * * * * * * 1363 * * * * 1717 * * * 1704 * * 46 0 * * * * * * 1777 0 0 A 47 710 1363 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1777 0 0 G 48 * * * * * 710 * * * * * * * * * * * 1363 * * 48 0 * * * * * * 1777 0 0 P 49 529 * * * * * * * * * * * 1704 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1777 0 0 S 50 * * * * * * 1363 * * * * * * * * 710 * * * * 50 0 * * * * * * 1777 0 0 N 51 * * 1717 * * * * * * * * 523 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1777 0 0 M 52 * * * * * * * 1717 * * 1704 * * * * * * * * 1363 52 0 * * * * * * 1777 0 0 A 53 523 * * * * * * * * * * * * * 1717 * * * * * 53 0 * * * * * * 1777 0 0 V 54 * * 1717 * * * * * * * * * * 1363 * * * 1704 * * 54 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 55 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1777 0 0 G 56 * * * * * 1704 * * * * * * * * * 1717 * * * 1363 56 0 * * * * * * 1777 0 0 R 57 * * * * * * * * 1363 * * * * * 710 * * * * * 57 0 * * * * * * 1777 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1777 0 0 Y 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 529 1704 59 0 * * * * * * 1777 0 0 I 60 * * * * * * * 1704 * 529 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1777 0 0 P 61 * * * * * * * * * * * * 710 * * * 1363 * * * 61 0 * * * * * * 1777 0 0 G 62 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1777 0 0 P 63 1363 * * * * * * * * * * * 710 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1777 0 0 S 64 * 1717 * * 1363 * * * * * * * * * * 1704 * * * * 64 0 * * * * * * 1777 0 0 Y 65 * * * * * * * * * * * * * 1363 * * * * * 710 65 0 * * * * * * 1777 0 0 R 66 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 66 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 67 * * * * * * * * * * * 1363 * 710 * * * * * * 67 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 68 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1777 0 0 R 69 * * 1363 * * * * * * * * * * * 710 * * * * * 69 0 * * * * * * 1777 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 710 * 1363 70 0 * * * * * * 1777 0 0 S 71 * * * * * * * * * * * 1363 * * * 710 * * * * 71 0 * * * * * * 1777 0 0 T 72 * * * * * * * * 1717 * * * * * * * 1704 * * 1363 72 0 * * * * * * 1777 0 0 T 73 * * * * * * * * * * * * * * * * 710 1363 * * 73 0 * * * * * * 1777 0 0 V 74 * * * * * * * * * * * * * * * 529 * 1704 * * 74 0 * * * * * * 1777 0 0 T 75 1717 * * * * 1363 * * * * * * * * * * 1704 * * * 75 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 76 * * 1717 * * * * * * * * * * 1704 * * 1363 * * * 76 0 * * * * * * 1777 0 0 N 77 * * * * * * * * * * * 710 * * * 1363 * * * * 77 0 * * * * * * 1777 0 0 N 78 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1777 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 710 * * * * * * * 1363 79 0 * * * * * * 1777 0 0 S 80 * * * * * * * * 1363 * * * * * * 710 * * * * 80 0 * * * * * * 1777 0 0 E 81 * * * 710 * 1363 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1777 0 0 F 82 * * * * 1704 * * * * * * * * * * * * 1363 * 1717 82 0 * * * * * * 1777 0 0 A 83 1704 * * * * * * * * * * * * * * 1717 * 1363 * * 83 710 * 1363 * * * * 1777 0 0 W 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 84 0 * * * * * 0 1243 0 1000 P 85 * * * * * * * * * * * * 983 * * * 1017 * * * 85 0 * * * * 0 * 1243 0 1000 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1777 0 0 A 87 710 * * * * * * * * * * * * * * 1363 * * * * 87 0 * * * * * * 1777 0 0 S 88 * * * * * * * * * * * 1363 * * * 1704 1717 * * * 88 0 * * * * * * 1777 0 0 S 89 * * * * * * * * 1717 * * * * 1363 * 1704 * * * * 89 0 * * * * * * 1777 0 0 W 90 * * * * * * * * * * * 1363 * * * * * * 1704 1717 90 0 * * * * * * 1777 0 0 A 91 1704 * * * * * 1717 * * * * 1363 * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1777 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 710 1363 * 2000 415 * * 1777 1000 0 N 93 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1777 0 0 G 94 * * * * * 710 * * * * * * * * * * * 1363 * * 94 0 * * * * * * 1777 0 0 R 95 * * * * * * * * * * * * * 1363 710 * * * * * 95 0 * * * * * * 1777 0 0 N 96 * * 1717 * 1363 * * * * * * 1704 * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1777 0 0 S 97 1363 * * * * * * * * * * * * * * 710 * * * * 97 0 * * * * * * 1777 0 0 L 98 * * * * * * * 1363 * 710 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1777 0 0 M 99 1363 * * * * * * * * * 1704 * * * * * * 1717 * * 99 0 * * * * * * 1777 0 0 N 100 * * * * * * * * * * * 710 1363 * * * * * * * 100 523 * 1717 * * * * 1777 0 0 P 101 * * 1026 * * * * * * * * * 975 * * * * * * * 101 0 * * * * * 0 1587 0 1000 G 102 * * * * * 975 * * * * * * * * * * * 1026 * * 102 0 * * * * 0 * 1587 0 1000 P 103 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1777 0 0 A 104 710 * * * * * * * * * * * * * * 1363 * * * * 104 0 * * * * * * 1777 0 0 M 105 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1777 0 0 A 106 710 1363 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1777 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * 1363 * * * 710 * * * * 107 0 * * * * * * 1777 0 0 H 108 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1777 0 0 K 109 * * * * * * * * 710 1363 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1777 0 0 E 110 * * 1717 523 * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1777 0 0 G 111 * * 1717 * * 523 * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1777 0 0 E 112 * * * 710 * * * * * * * * * * * * 1363 * * * 112 0 * * * * * * 1777 0 0 D 113 * * 1704 1717 * * * * * * * 1363 * * * * * * * * 113 710 * 1363 * * * * 1777 0 0 R 114 * * * * * * * * 1017 * * * * * 983 * * * * * 114 0 * * * * 0 * 1243 0 1000 F 115 * * * * 710 * * * * * 1363 * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1777 0 0 F 116 * * * * 710 * * 1363 * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1777 0 0 P 117 1363 * * * * * * * * * * * 710 * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1777 0 0 L 118 * * * * * * * * * 523 * * * 1717 * * * * * * 118 0 * * * * * * 1777 0 0 S 119 * * 1363 * * * * * * * * * * * * 710 * * * * 119 0 * * * * * * 1777 0 0 G 120 * * * * * 710 * * * * * 1363 * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1777 0 0 S 121 * * * * * * * * * * * * * * * 523 * 1717 * * 121 0 * * * * * * 1777 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 710 1363 * 4322 74 * * 1777 1000 0 I 123 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 123 523 1717 * 4087 87 * * 1777 1000 0 I 124 * * * * * * * 710 * * * * * * * * * 1363 * * 124 0 * * * * * * 1777 0 0 T 125 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 125 0 * * * * * * 1777 0 0 N 126 * * 1717 * * * * * * * * 1704 * * * 1363 * * * * 126 0 * * * * * * 1777 0 0 E 127 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1777 0 0 E 128 1363 * * 710 * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1777 0 0 E 129 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1777 0 0 I 130 * * * * * * * 710 * * * * * * * * 1363 * * * 130 0 * * * * * * 1777 0 0 K 131 * * * * * 1717 * * 1704 * * * * 1363 * * * * * * 131 0 * * * * * * 1777 0 0 T 132 * * * * * * * * * * * * * * * 1363 710 * * * 132 0 * * * * * * 1777 0 0 T 133 * * * * * * * * * * * * * * * * 710 1363 * * 133 0 * * * * * * 1777 0 0 N 134 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1777 0 0 P 135 1363 * * * * * * * * * * * 710 * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1777 0 0 V 136 * * * * * * * * * * * * * * * * * 710 * 1363 136 0 * * * * * * 1777 0 0 A 137 710 * * * * * * * * * * * * * * 1363 * * * * 137 0 * * * * * * 1777 0 0 T 138 * * * * * 1363 * * * * * * * * * * 710 * * * 138 0 * * * * * * 1777 0 0 E 139 * * 1363 710 * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1777 0 0 S 140 * * * * * * * * * * * * * 1717 * 1704 1363 * * * 140 0 * * * * * * 1777 0 0 Y 141 * 1363 * * * * * * * * * * * * * * * * * 710 141 0 * * * * * * 1777 0 0 G 142 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 143 * * * * * * * * * * * * * 1704 1363 1717 * * * * 143 0 * * * * * * 1777 0 0 V 144 * * * * * * * 1363 * * * * * * * * * 710 * * 144 0 * * * * * * 1777 0 0 A 145 1704 * * * * * * * * * * * * * * 1717 * 1363 * * 145 0 * * * * * * 1777 0 0 T 146 * * * * * * * * * * * 1363 * * * * 710 * * * 146 0 * * * * * * 1777 0 0 N 147 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1777 0 0 H 148 * * * * * * 1704 * * 1717 * * * * * 1363 * * * * 148 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 149 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 149 0 * * * * * * 1777 0 0 S 150 * * * * * * * * * * * 1363 * * 1717 1704 * * * * 150 0 * * * * * * 1777 0 0 A 151 1704 * * * * 1717 * * * * * * * * * 1363 * * * * 151 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 152 * * * * * 1363 * * * * * 1717 * 1704 * * * * * * 152 0 * * * * * * 1777 0 0 A 153 1704 * * * * * * * * * * * * * 1717 * 1363 * * * 153 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 154 * * * * * * * * * * * 1363 * 710 * * * * * * 154 0 * * * * * * 1777 0 0 A 155 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 156 1717 * * * * 1363 * * * * * * * 1704 * * * * * * 156 0 * * * * * * 1777 0 0 T 157 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 157 0 * * * * * * 1777 0 0 G 158 1717 * * * * 1704 * * * * * * * * * * 1363 * * * 158 0 * * * * * * 1777 0 0 W 159 * * 1717 * * 1363 * * * * * * * * * * * * 1704 * 159 0 * * * * * * 1777 0 0 V 160 * * * * * * * 1363 * * * * * * * * * 710 * * 160 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 161 * * * * * * * * * * * 529 * 1704 * * * * * * 161 0 * * * * * * 1777 0 0 N 162 * * * * * * * * * * * 1704 * * * * 1717 * * 1363 162 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 163 * * * * * * * * 1363 * * * * 710 * * * * * * 163 0 * * * * * * 1777 0 0 G 164 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1777 0 0 I 165 * * * * * * * 1704 * * * * * * * * 1363 1717 * * 165 0 * * * * * * 1777 0 0 L 166 * * * * * * * * * 710 1363 * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1777 0 0 P 167 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1777 0 0 G 168 * * * * * 710 * * * * * * * * * 1363 * * * * 168 0 * * * * * * 1777 0 0 M 169 * * * * * * * * * * 710 * * * * 1363 * * * * 169 0 * * * * * * 1777 0 0 V 170 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 170 0 * * * * * * 1777 0 0 W 171 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 171 0 * * * * * * 1777 0 0 Q 172 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 172 0 * * 0 * * * 1243 0 0 //