HHsearch 1.5 NAME c9b7wE_ FAM FILE c9b7wE_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9b7wE_.a3m DATE Sat Apr 5 09:23:22 2025 LENG 118 match states, 118 columns in multiple alignment FILT 3 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4009 -0.8375 SEQ >ss_pred CCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEECCCHHHHHHHCCCCCCHHHHHHCCCCHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 9854455222338987517899999998336688888730588630011135664105467613310003657770457874101111233325544333 321100024746521249 >Consensus VPFHssyAhsQsLdrLmNPLiDQYLYylsxTxnxSgxtxqxlkFsxagasnxaxQxrNwlpGpxyRqQritxeeeixttnpvatexygxvxtnxqxxxxq axtxxvxxqgxlpgmvwq >c9b7wE_ VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSKTINGSGQNQQTLKFSVAGPSNMAVQGRNYIPGPSYRQQRITNEEEIKTTNPVATESYGQVATNHQSAQAQ AQTGWVQNQGILPGMVWQ >UniRef50_P03135(216-403:504) Probable coat protein 3 n=269 Tax=Dependovirus RepID=COA3_AAV2 E=2e-48 s/c=1.03 id=70% cov=101% VPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLSRTNTPSGTTTQSrLQFSQAGASDIRDQSRNWLPGPCYRQQRvsktsadnnnseyswtgatkyhlngrdslv npamashkddeekffpqsgvlifgkqgsektnvniekvmITDEEEIGTTNPVATEQYGSVSTNLQRGNRQAATADVNTQGVLPGMVWQ >UniRef50_Q2VJ47(286-353:605) VP2 capsid n=2 Tax=Rat adeno-associated virus 1 RepID=Q2VJ47_9VIRU E=7e-09 s/c=0.91 id=41% cov=58% VPFHTGFAPCQNLFKLSNPLVDQYLYRFQGTDNSSSSTPGVVKFEKCVAHNYAQQYKNWLTGAFQRNQ-------------------------------- ------------------ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * V 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 1 0 * * * * * * 1639 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1639 0 0 F 3 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1639 0 0 H 4 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1639 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 701 1378 * * * 5 0 * * * * * * 1639 0 0 S 6 * * * * * 1378 * * * * * * * * * 701 * * * * 6 0 * * * * * * 1639 0 0 Y 7 * * * * 1378 * * * * * * * * * * * * * * 701 7 0 * * * * * * 1639 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1639 0 0 H 9 * * * * * * 701 * * * * * 1378 * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1639 0 0 S 10 * 1378 * * * * * * * * * * * * * 701 * * * * 10 0 * * * * * * 1639 0 0 Q 11 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1639 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * 1378 * * * 701 * * * * 12 0 * * * * * * 1639 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1639 0 0 D 14 * * 701 * 1378 * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1639 0 0 R 15 * * * * * * * * 1378 * * * * * 701 * * * * * 15 0 * * * * * * 1639 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1639 0 0 M 17 * * * * * * * * * * 701 * * * * 1378 * * * * 17 0 * * * * * * 1639 0 0 N 18 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1639 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1639 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1639 0 0 I 21 * * * * * * * 701 * * * * * * * * * 1378 * * 21 0 * * * * * * 1639 0 0 D 22 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1639 0 0 Q 23 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1639 0 0 Y 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 24 0 * * * * * * 1639 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1639 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1639 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * 1378 * * * * 701 27 0 * * * * * * 1639 0 0 L 28 * * * * 1378 * * * * 701 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1639 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * 1378 * 701 * * * * 29 0 * * * * * * 1639 0 0 K 30 * * * * * 1378 * * 1701 * * * * * 1701 * * * * * 30 0 * * * * * * 1639 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1639 0 0 I 32 * * 1378 * * * * 1701 * * * 1701 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1639 0 0 N 33 * * * * * * * * * * * 530 * * * * 1701 * * * 33 0 * * * * * * 1639 0 0 G 34 * * * * * 1701 * * * * * * 1701 * * 1378 * * * * 34 0 * * * * * * 1639 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1639 0 0 G 36 * * * * * 701 * * * * * * * * * 1378 * * * * 36 0 * * * * * * 1639 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 1701 * 1378 1701 * * * 37 0 * * * * * * 1639 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 1701 * * * * 530 * * * 38 0 * * * * * * 1639 0 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * 1378 1701 * * 1701 * * * 39 0 * * * * * * 1639 0 0 Q 40 * * * * * 1378 * * * * * * * 701 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1639 0 0 T 41 * * * * * * * * * * * * * * * 1701 1701 1378 * * 41 530 1701 * 0 * * * 1639 1000 0 L 42 * * * * * * * * * 701 * * * * * * * 1378 * * 42 0 * * * * * * 1639 0 0 K 43 * * * * * * * * 530 * * * * 1701 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1639 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1639 0 0 S 45 * * * 1378 * * * * * * * * * * * 701 * * * * 45 0 * * * * * * 1639 0 0 V 46 * * * * * * * * 1378 * * * * 1701 * * * 1701 * * 46 0 * * * * * * 1639 0 0 A 47 701 1378 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1639 0 0 G 48 * * * * * 701 * * * * * * * * * * * 1378 * * 48 0 * * * * * * 1639 0 0 P 49 530 * * * * * * * * * * * 1701 * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1639 0 0 S 50 * * * * * * 1378 * * * * * * * * 701 * * * * 50 0 * * * * * * 1639 0 0 N 51 * * 1701 * * * * * * * * 530 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1639 0 0 M 52 * * * * * * * 1701 * * 1701 * * * * * * * * 1378 52 0 * * * * * * 1639 0 0 A 53 530 * * * * * * * * * * * * * 1701 * * * * * 53 0 * * * * * * 1639 0 0 V 54 * * 1701 * * * * * * * * * * 1378 * * * 1701 * * 54 0 * * * * * * 1639 0 0 Q 55 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1639 0 0 G 56 * * * * * 1701 * * * * * * * * * 1701 * * * 1378 56 0 * * * * * * 1639 0 0 R 57 * * * * * * * * 1378 * * * * * 701 * * * * * 57 0 * * * * * * 1639 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1639 0 0 Y 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 530 1701 59 0 * * * * * * 1639 0 0 I 60 * * * * * * * 1701 * 530 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1639 0 0 P 61 * * * * * * * * * * * * 701 * * * 1378 * * * 61 0 * * * * * * 1639 0 0 G 62 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1639 0 0 P 63 1378 * * * * * * * * * * * 701 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1639 0 0 S 64 * 1701 * * 1378 * * * * * * * * * * 1701 * * * * 64 0 * * * * * * 1639 0 0 Y 65 * * * * * * * * * * * * * 1378 * * * * * 701 65 0 * * * * * * 1639 0 0 R 66 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 66 0 * * * * * * 1639 0 0 Q 67 * * * * * * * * * * * 1378 * 701 * * * * * * 67 0 * * * * * * 1639 0 0 Q 68 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1639 0 0 R 69 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 69 1000 1000 * 6109 21 * * 1228 1000 0 I 70 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1228 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * * * * * 1228 0 0 N 72 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1228 0 0 E 73 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1228 0 0 E 74 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1228 0 0 E 75 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1228 0 0 I 76 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1228 0 0 K 77 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1228 0 0 T 78 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 78 0 * * * * * * 1228 0 0 T 79 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 79 0 * * * * * * 1228 0 0 N 80 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1228 0 0 P 81 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1228 0 0 V 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 82 0 * * * * * * 1228 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1228 0 0 T 84 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 84 0 * * * * * * 1228 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1228 0 0 S 86 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 86 0 * * * * * * 1228 0 0 Y 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 87 0 * * * * * * 1228 0 0 G 88 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1228 0 0 Q 89 * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * 89 0 * * * * * * 1228 0 0 V 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 90 0 * * * * * * 1228 0 0 A 91 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 91 0 * * * * * * 1228 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 92 0 * * * * * * 1228 0 0 N 93 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1228 0 0 H 94 * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1228 0 0 Q 95 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1228 0 0 S 96 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 96 0 * * * * * * 1228 0 0 A 97 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1228 0 0 Q 98 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 98 0 * * * * * * 1228 0 0 A 99 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 99 0 * * * * * * 1228 0 0 Q 100 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1228 0 0 A 101 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1228 0 0 Q 102 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 102 0 * * * * * * 1228 0 0 T 103 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 103 0 * * * * * * 1228 0 0 G 104 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1228 0 0 W 105 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 105 0 * * * * * * 1228 0 0 V 106 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 106 0 * * * * * * 1228 0 0 Q 107 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 107 0 * * * * * * 1228 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 108 0 * * * * * * 1228 0 0 Q 109 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1228 0 0 G 110 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1228 0 0 I 111 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 111 0 * * * * * * 1228 0 0 L 112 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1228 0 0 P 113 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1228 0 0 G 114 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1228 0 0 M 115 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1228 0 0 V 116 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 116 0 * * * * * * 1228 0 0 W 117 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 117 0 * * * * * * 1228 0 0 Q 118 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 118 0 * * 0 * * * 1228 0 0 //