HHsearch 1.5 NAME c9b7rA_ FAM FILE c9b7rA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c9b7rA_.a3m DATE Sat Apr 5 09:22:47 2025 LENG 115 match states, 115 columns in multiple alignment FILT 3 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4925 2.4549 SEQ >ss_pred CCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCEEECCCCHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEECCCCCCCCCEEEECCCCCCCCCCCHHHHCCCCCCCCCC CCCCCCCCHHHHCCC >ss_conf 9722433320012567678761232048601088874105879953776654842057755213322588506880554541002024430854124588 677653273421149 >Consensus YNNHLYKQISxxsxxxsxxxnxYFGYSTPWGQLPGsAxQYGYxTLNdxsqxvxRSSFyCLEYFpsxrtgNNfeFxxPfhsxxAxxxxxxlmnpgvqnqgp htdgnafnkdklnsf >c9b7rA_ YNNHLYKQISNSTSGGSSNDNAYFGYSTPWGQLPGSAHQYGYLTLNDGSQAVGRSSFYCLEYFSYRQQNNNSEFAWPGASSWALNGRNSLMNPGVQNQGP HTDGNAFNKDKLNSF >UniRef50_P03135(50-234:504) Probable coat protein 3 n=269 Tax=Dependovirus RepID=COA3_AAV2 E=6e-23 s/c=0.58 id=72% cov=80% YNNHLYKQISSQS--GASNDNHYFGYSTPWGyfdfnrfhchfsprdwqrlinnnwgfrpkrlnfklfniqvkevtqndgtttiannltstvqvftdseyQ LPyvlGSAHqgclppfpadvfmvpQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQmlRTGNNFTFSYtfedvPFHSSYAHSqSLDRLMNP------------- --------- >UniRef50_Q2VJ47(116-306:605) VP2 capsid n=2 Tax=Rat adeno-associated virus 1 RepID=Q2VJ47_9VIRU E=3e-07 s/c=0.29 id=57% cov=73% YNNHLYKQISDASGVHSLPGSRYFGYSTPWGyfdfnrfhchfsprdwqrlvnnhwgfrpkrlrvklfniqvkevtttdstttvsnnltstvqvftddeyQ LPyvcGNATegclppfppdvftlpQYGYATLNDSNNGnpTNRSSFFCLEYFPSKmlRTGNNFEFTFefedvPFHTGFA---------------------- ---------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * Y 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 1 0 * * * * * * 1397 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1397 0 0 N 3 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1397 0 0 H 4 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1397 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1397 0 0 Y 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 6 0 * * * * * * 1397 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1397 0 0 Q 8 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 8 0 * * * * * * 1397 0 0 I 9 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1397 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1397 0 0 N 11 * * 1476 * * * * * * * * 1576 * * * 1712 * * * * 11 0 * * * * * * 1397 0 0 S 12 1476 * * * * * * * * * * * * 1712 * 1576 * * * * 12 0 * * * * * * 1397 0 0 T 13 * * * * * * * * * * * * * * * 589 1576 * * * 13 525 * 1712 * * * * 1397 0 0 S 14 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * 14 0 * * * * * 0 1339 0 1000 G 15 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * 15 0 * * * * 0 * 1339 0 1000 G 16 * * * * * 643 1476 * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1397 0 0 S 17 1712 * * * * * * * * * * * * * * 525 * * * * 17 0 * * * * * * 1397 0 0 S 18 * * * * * * * * * 1476 * * * * * 643 * * * * 18 0 * * * * * * 1397 0 0 N 19 * * * * * * * * * * * 643 1476 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1397 0 0 D 20 * * 643 * * 1476 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1397 0 0 N 21 * * * * * * * * * * * 643 * * * 1476 * * * * 21 0 * * * * * * 1397 0 0 A 22 1576 * * * * * 1712 * * * * * * * 1476 * * * * * 22 0 * * * * * * 1397 0 0 Y 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 23 0 * * * * * * 1397 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1397 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1397 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 26 0 * * * * * * 1397 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 27 0 * * * * * * 1397 0 0 T 28 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 28 0 * * * * * * 1397 0 0 P 29 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1397 0 0 W 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 30 0 * * * * * * 1397 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 1576 589 * 6087 21 * * 1397 1253 0 Q 32 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 32 0 * * * * * * 1397 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1397 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 1576 589 * 1585 585 * * 1397 1253 0 G 35 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1397 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * 1476 * * * 643 * * * * 36 0 * * * * * * 1397 0 0 A 37 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1397 0 0 H 38 * * * * * * 643 * * * * * * * * * 1476 * * * 38 1576 589 * 3907 100 * * 1397 1253 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1397 0 0 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1397 0 0 G 41 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1397 0 0 Y 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 42 0 * * * * * * 1397 0 0 L 43 1476 * * * * * * * * 643 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1397 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 44 0 * * * * * * 1397 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1397 0 0 N 46 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1397 0 0 D 47 * * 525 * * * * * * * * 1712 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1397 0 0 G 48 * * * * * 643 * * * * * * * * * 1476 * * * * 48 0 * * * * * * 1397 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * 1476 * * * 643 * * * * 49 0 * * * * * * 1397 0 0 Q 50 * * * * * * * * * * * 1476 * 643 * * * * * * 50 0 * * * * * * 1397 0 0 A 51 643 * * * * 1476 * * * * * * * * * * * * * * 51 643 1476 * 1000 1000 * * 1397 1000 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * * * * 1476 643 * * 52 0 * * * * * * 1397 0 0 G 53 * * * * * 643 * * * * * 1476 * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1397 0 0 R 54 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 54 0 * * * * * * 1397 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1397 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 56 0 * * * * * * 1397 0 0 F 57 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1397 0 0 Y 58 * * * * 1476 * * * * * * * * * * * * * * 643 58 0 * * * * * * 1397 0 0 C 59 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1397 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1397 0 0 E 61 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1397 0 0 Y 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 62 0 * * * * * * 1397 0 0 F 63 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1397 0 0 S 64 * * * * * * * * * * * * 589 * * 1576 * * * * 64 0 * * * * * * 1397 0 0 Y 65 * * * * * * * * * * * * * * * 589 * * * 1576 65 0 * * * * * * 1397 0 0 R 66 * * * * * * * * 1476 * * * * 1712 1576 * * * * * 66 1576 589 * 1000 1000 * * 1397 1253 0 Q 67 * * * * * * * * * * * * * 1576 589 * * * * * 67 0 * * * * * * 1397 0 0 Q 68 * * * * * * * * * * * * * 1576 * * 589 * * * 68 0 * * * * * * 1397 0 0 N 69 * * * * * 589 * * * * * 1576 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1397 0 0 N 70 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1397 0 0 N 71 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1397 0 0 S 72 * * * * 589 * * * * * * * * * * 1576 * * * * 72 0 * * * * * * 1397 0 0 E 73 * * * 525 * * * * * * * * * * * * 1712 * * * 73 0 * * * * * * 1397 0 0 F 74 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1397 0 0 A 75 1576 * * * * * * * * * * * * * * 1712 1476 * * * 75 0 * * * * * * 1397 0 0 W 76 * * * * 1476 * * * * * * * * * * * * * 1576 1712 76 1576 589 * 2322 322 * * 1397 1253 0 P 77 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1397 0 0 G 78 * * * * 589 1576 * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1397 0 0 A 79 1576 * * * * * 589 * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1397 0 0 S 80 * * * * * * * * * * * * * * * 643 1476 * * * 80 0 * * * * * * 1397 0 0 S 81 * * * * * 1476 * * * * * * * * * 643 * * * * 81 0 * * * * * * 1397 0 0 W 82 * * * * 1476 * * * * * * * * * * * * * 1576 1712 82 0 * * * * * * 1397 0 0 A 83 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1397 0 0 L 84 * * * * * * 1031 * * 969 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1205 0 0 N 85 * * * * * * * * * * * 969 * * * 1031 * * * * 85 969 1031 * 0 * * * 1205 1000 0 G 86 * * * * * 969 * * * * * * * * * 1031 * * * * 86 0 * * * * * * 1205 0 0 R 87 * * * * * * * * * 1031 * * * * 969 * * * * * 87 0 * * * * * * 1205 0 0 N 88 * * 1031 * * * * * * * * 969 * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1205 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * 1031 969 * * * * 89 0 * * * * * * 1205 0 0 L 90 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1205 0 0 M 91 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1205 0 0 N 92 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1205 0 0 P 93 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1205 0 0 G 94 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 V 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 N 97 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 98 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 G 99 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 P 100 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 H 101 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 T 102 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 G 104 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 N 105 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 A 106 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 F 107 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 N 108 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 K 109 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 D 110 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 K 111 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 L 112 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 N 113 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 S 114 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 F 115 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //