HHsearch 1.5 NAME c8zufB_ FAM FILE c8zufB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c8zufB_.a3m DATE Sat Feb 15 10:51:26 2025 LENG 185 match states, 185 columns in multiple alignment FILT 4 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4283 0.3843 SEQ >ss_pred CCCCCCCCCCCCCCEEEEEHHHHHHHHEECCEECCEEEEEEEEEEEECCCEEEEEECCCCCEEEECCCCCEEEEEECCCEEEECCCCCEEEEEEEECCCC CCCCCCCCCEEHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEEECCEEECCCCCEEEEEECCCCCCCCCHHHHCCCEECCCCCCCCCCCEEEEEEC >ss_conf 9212589884300000211886642114133001047999987775125503542058531355025762699981033034455651432210101257 8788543411105566423878888873013310125427750468874264366788343213000005454334303888639 >Consensus kxxxgxvPxpynfxRlvyNltkLLSyfQvxsFsCnnISlTVDkFAipxsrksDLQpGsSGxLQxFNYKxxxxlxsxxxnlxxixpsnyxxltxcygcvdk dpanpwgdqicipefvtevepgfrpkpscarvgleghisgndtysaivtngeldstgdpiwrkgvaltkqpidssradlaffvsv >c8zufB_ KLFIGQVPQPYEFGRLVYNFTKLLSYFQVNTFQCQKVSLTVDWFAYRVEDKSDLLPGSSSDLQRFNYKPTYCLISAYTNLVGVNPTNYTTLTNCYGCVDK DPANPWGDQICIPEFVTEVEPGFRPKPSCARVGLEGHISGNDTYSAIVTNGELDSTGDPIWRKGVALTKQPIDSSRADLAFFVSV >UniRef50_A3EXD0(396-512:1352) Spike protein S2 n=12 Tax=root RepID=SPIKE_BCHK5 E=4e-33 s/c=1.21 id=49% cov=51% -MLTGTPPPIYNFKRLVftncnYNLTKLLSLFQVSEFSCHQVspsslatgcysSLTVDYFAYSTDMSSYLQPGSAGAIVQFNYKQDFsnptcrVLATVPQ NLTTITkPSNYAYLTECY---------------------------------------------------------------------------------- -------- >UniRef50_Q8BB25(341-448:1349) Spike protein S2 n=85 Tax=Betacoronavirus RepID=SPIKE_CVP67 E=5e-16 s/c=0.80 id=42% cov=28% -----------------FNMGRLMSFIQADSFGCNNIdasrlygmcfgSITIDKFAIPNSRKVDLQVGKSGYLQSFNYK--------------------- ------------------------------------------------------------------------------------------------ >UniRef50_Q02385(339-454:1376) Spike protein S2 n=160 Tax=Coronavirinae RepID=SPIKE_CVMJC E=3e-10 s/c=0.58 id=38% cov=34% ------VPSPLNWERRTfqncnFNLSSLLRYVQAESLSCNNIdaskvygmcfgSVSVDKFAIPRSRQIDLQIGNSGFLQTANYK---------------- ---------------------------------------------------------------------------------------------------- - # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * K 1 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 L 2 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1414 0 0 F 3 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1414 0 0 I 4 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 4 0 * * * * * * 1414 0 0 G 5 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1414 0 0 Q 6 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 6 0 * * * * * * 1414 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * 1644 * * * * 556 * * 7 0 * * * * * * 1768 0 0 P 8 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1768 0 0 Q 9 * * * * * * * * * * * * 1644 1681 * 1441 * * * * 9 0 * * * * * * 1768 0 0 P 10 * * * * * * * 1644 * * * * 556 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1768 0 0 Y 11 * * * * * * * * * 1441 * * * * * * * * * 663 11 0 * * * * * * 1768 0 0 E 12 * * * 1681 * * * * * * * 539 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1768 0 0 F 13 * * * * 663 * * * * * * * * * * * * * 1441 * 13 0 * * * * * * 1768 0 0 G 14 * * * 1441 * 1681 * * 1644 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1768 0 0 R 15 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 15 0 * * * * * * 1768 0 0 L 16 * * * * * * * * * 663 * * * * 1441 * * * * * 16 0 * * * * * * 1768 0 0 V 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 1441 663 * * 17 1681 539 * 2322 322 * * 1768 1557 0 Y 18 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 18 0 * * * * * * 1940 0 0 N 19 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1940 0 0 F 20 * * * * 2038 * * * * 972 2019 * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1940 0 0 T 21 * * * * * 2019 * * * * * * * * * 1981 1000 * * * 21 0 * * * * * * 1940 0 0 K 22 * * * * * * * * 1000 * * * * * 2019 1981 * * * * 22 0 * * * * * * 1940 0 0 L 23 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1940 0 0 L 24 * * * * * * * * * 409 2019 * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1940 0 0 S 25 * * * * * * * * * * * * * * 1981 421 * * * * 25 0 * * * * * * 1940 0 0 Y 26 * * * * 2019 * * * * 1963 * * * * * * * * * 1009 26 0 * * * * * * 1940 0 0 F 27 * * * * 1000 * * 2019 * * * * * * * * * 1981 * * 27 0 * * * * * * 1940 0 0 Q 28 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 28 0 * * * * * * 1940 0 0 V 29 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 29 0 * * * * * * 1940 0 0 N 30 * * 2019 1981 * * * * * * * 2038 * * * 1963 * * * * 30 0 * * * * * * 1940 0 0 T 31 * * * 1963 * * * * * * * * * * * 1000 2038 * * * 31 0 * * * * * * 1940 0 0 F 32 * * * * 421 * * * * 1981 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1940 0 0 Q 33 * * * * * 2019 * * * * * * * 2038 * 972 * * * * 33 0 * * * * * * 1940 0 0 C 34 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1940 0 0 Q 35 * * * * * * 1963 * * * * 1000 * 2038 * * * * * * 35 0 * * * * * * 1940 0 0 K 36 * * * * * * * * 2038 * * 1000 * 1963 * * * * * * 36 0 * * * * * * 1940 0 0 V 37 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 37 2038 403 * 3459 138 * * 1940 1770 0 S 38 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 38 0 * * * * * * 1940 0 0 L 39 * * * * * * * 2019 * 1000 * * * * * * * 1981 * * 39 0 * * * * * * 1940 0 0 T 40 * * * * * * * * * * * * * * * 1981 421 * * * 40 0 * * * * * * 1940 0 0 V 41 * * * * * * * 2019 * * * * * * * * * 409 * * 41 0 * * * * * * 1940 0 0 D 42 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1940 0 0 W 43 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 2038 1963 43 0 * * * * * * 1940 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1940 0 0 A 45 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1940 0 0 Y 46 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 46 0 * * * * * * 1940 0 0 R 47 * * * * * * * * * * * * 1000 * 2038 1963 * * * * 47 0 * * * * * * 1940 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * 2019 * * 1981 * 1963 2038 * * 48 0 * * * * * * 1940 0 0 E 49 * * 1963 2038 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 49 0 * * * * * * 1940 0 0 D 50 * * 2038 * * * * * * * 1963 * * * 1000 * * * * * 50 0 * * * * * * 1940 0 0 K 51 * * * * * * * * 1029 * * * * 1981 * 1963 * * * * 51 0 * * * * * * 1940 0 0 S 52 * * * * * * * 1981 * * * * * * * 1000 * 2019 * * 52 0 * * * * * * 1940 0 0 D 53 * * 428 * * * * * * * * * * * * * * * * 1963 53 0 * * * * * * 1940 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1940 0 0 L 55 * * * * * * * * * 2038 * * * 403 * * * * * * 55 0 * * * * * * 1940 0 0 P 56 * * * * * * * 1981 * * * * 1000 * * * * 2019 * * 56 0 * * * * * * 1940 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1940 0 0 S 58 * * * * * * * * 2019 * * 1981 * * * 1000 * * * * 58 0 * * * * * * 1940 0 0 S 59 1963 * * * * * * * * * * * * * * 428 * * * * 59 0 * * * * * * 1940 0 0 S 60 * * * * * 403 * * * * * * * * * 2038 * * * * 60 0 * * * * * * 1940 0 0 D 61 1963 * 2038 * 1981 * * * * * * * * * * * * * * 2019 61 0 * * * * * * 1940 0 0 L 62 * * * * * * * 1963 * 428 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1940 0 0 Q 63 * * * * * * * * * * * * * 428 * * * 1963 * * 63 0 * * * * * * 1940 0 0 R 64 * * * * * * * * * * * * * 1963 2038 2019 1981 * * * 64 0 * * * * * * 1940 0 0 F 65 1981 * * * 421 * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1940 0 0 N 66 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1940 0 0 Y 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 67 0 * * * * * * 1940 0 0 K 68 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1940 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * 69 0 * * * * * * 1414 0 0 T 70 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 70 0 * * * * * * 1414 0 0 Y 71 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 71 1000 1000 * 2585 263 * * 1414 1000 0 C 72 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 72 0 * * * * * * 1414 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1414 0 0 I 74 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1414 0 0 S 75 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 75 0 * * * * * * 1414 0 0 A 76 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 76 0 * * * * * * 1414 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 77 0 * * * * * * 1414 0 0 T 78 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 78 0 * * * * * * 1414 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1414 0 0 L 80 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1414 0 0 V 81 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 81 0 * * * * * * 1414 0 0 G 82 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * 82 0 * * * * * * 1414 0 0 V 83 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 83 0 * * * * * * 1414 0 0 N 84 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 84 1000 1000 * 0 * * * 1414 1000 0 P 85 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1414 0 0 T 86 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 86 0 * * * * * * 1414 0 0 N 87 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1414 0 0 Y 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 88 0 * * * * * * 1414 0 0 T 89 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 89 0 * * * * * * 1414 0 0 T 90 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 90 0 * * * * * * 1414 0 0 L 91 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1414 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 92 0 * * * * * * 1414 0 0 N 93 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1414 0 0 C 94 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1414 0 0 Y 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 95 0 * * * * * * 1414 0 0 G 96 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 C 97 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 V 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 D 99 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 K 100 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 D 101 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 P 102 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 A 103 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 P 105 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 W 106 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 G 107 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 D 108 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 109 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 I 110 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 C 111 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 I 112 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 P 113 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 E 114 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 F 115 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 V 116 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 T 117 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 E 118 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 E 120 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 P 121 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 G 122 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 F 123 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 R 124 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 P 125 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 K 126 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 P 127 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 C 129 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 A 130 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 R 131 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 V 132 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 G 133 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 L 134 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 E 135 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 G 136 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 H 137 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 I 138 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 S 139 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 G 140 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 N 141 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 D 142 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 T 143 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 144 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 144 0 * * * * * * 1000 0 0 S 145 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 A 146 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 I 147 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 V 148 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 T 149 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 N 150 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 G 151 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 E 152 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 L 153 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 D 154 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 S 155 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 T 156 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 G 157 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 D 158 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 P 159 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 I 160 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 W 161 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 R 162 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 K 163 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 G 164 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 V 165 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 A 166 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 L 167 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 T 168 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 K 169 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 170 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 P 171 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 I 172 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 D 173 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 S 174 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 S 175 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 R 176 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 A 177 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 D 178 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 178 0 * * * * * * 1000 0 0 L 179 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 179 0 * * * * * * 1000 0 0 A 180 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 180 0 * * * * * * 1000 0 0 F 181 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 181 0 * * * * * * 1000 0 0 F 182 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 182 0 * * * * * * 1000 0 0 V 183 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 183 0 * * * * * * 1000 0 0 S 184 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 184 0 * * * * * * 1000 0 0 V 185 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 185 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //