HHsearch 1.5 NAME c8yrdD_ FAM FILE c8yrdD_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c8yrdD_.a3m DATE Sat Jun 28 13:13:28 2025 LENG 159 match states, 159 columns in multiple alignment FILT 5 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 2.2 EVD 0.4302 0.2932 SEQ >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHH HHHHHHHHHCCCCCCCHHHCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCHHHHHHHCCCEEEEEC >ss_conf 9226899999985532999999999998641663000101357789999999999999865421589987764157007998899999986226802456 54199997428987520110101579999999763622021737998741694387649 >Consensus nxxRxeWxxkiaxLxtvdxaxxxlqxfRxxxtxpfrxsyxldxdxxwIExkiEervavLkxexxxxadlxxktxxGeDaxxVxxxwxxkxxaaxxxxexe rixxxfRqxyKPPvmPvNxFlxxexxLxtxLmxlRxxdyyxtpleeLRkergvxvxhlq >c8yrdD_ NSTRTEWEGKIAKLNSVDQATKFIQDFRVAYSSPFRKSYDLDVDYQYIERKIEERLSVLKTEKLSVADLVTKATTGEDAAAVEAAWIAKMKAAESKYAAE RIHIEFRQLYKPPVLPVNVFLRTDAALGTILMELRNTDYYATPLEGLRKERGVKVLHLQ >UniRef50_P27355(10-168:169) Methane monooxygenase component A gamma chain n=5 Tax=Proteobacteria RepID=MEMG_METTR E=1e-77 s/c=1.82 id=87% cov=101% NSIRTEWEAKIAKLTSVDQATKFIQDFRLAYTSPFRKSYDIDVDYQYIERKIEEKLSVLKTEKLPVADLITKATTGEDRAAVEATWIAKIKAAKSKYEAD GIHIEFRQLYKPPVLPVNVFLRTDAALGTVLMEIRNTDYYGTPLEGLRKEPGVKVLHLQ >UniRef50_P11987(9-167:170) Methane monooxygenase component A gamma chain n=7 Tax=Proteobacteria RepID=MEMG_METCA E=9e-65 s/c=1.55 id=52% cov=101% NDTRDAWVNKIAQLNTLEKAAEMLKQFRMDHTTPFRNSYELDNDYLWIEAKLEEKVAVLKARAFNEVDFRHKTAFGEDAKSVLDGTVAKMNAAKDKWEAE KIHIGFRQAYKPPIMPVNYFLDGERQLGTRLMELRNLNYYDTPLEELRKQRGVRVVHLQ >UniRef50_Q5VJ87(11-168:168) Butane monooxygenase gamma subunit n=2 Tax=Betaproteobacteria RepID=Q5VJ87_9BURK E=5e-51 s/c=1.27 id=31% cov=99% --VRDEWLEKIAALRTVQEGIAMLQQFRKEHTGPDRLTYELKKEANWIESRIEMRVAQLHSEaTIANAALLEKTIDGRDPVEITEEWLKKAEDIDCPIEM QRLCTAYRKAWKPPMMPINYFAPVEKKLVSKLLKLRAPNYLTTPVEELRKLHNATLISVQ >UniRef50_D2K2D2(33-181:188) Putative soluble methane monooxygenase gamma subunit n=1 Tax=Mycobacterium chubuense RepID=D2K2D2_9MYCO E=8e-49 s/c=1.30 id=37% cov=94% -ALRSDWAARAESLSDLDDAVATLMNYRSD------RWGSEDQDSLWIEARLEERVAVLRLQSMTDEEFRTRTLTGEDARHVCTDVAGRVAAAGDDYGEi ERINDEFRSKYKPPVMPANLFLPTERDLSEKLMKTRTVDWYGKSLGELREERGVVV---- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * N 1 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1443 0 0 S 2 1738 * 1895 * * * * * * * * * * * * 1213 * * * * 2 0 * * * * * * 1818 0 0 T 3 * * * * * * * 2617 * 2130 * * * * * * 1523 1940 * * 3 0 * * * * * * 2212 0 0 R 4 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 4 0 * * * * * * 2212 0 0 T 5 * * 1149 * * * * * * * * * * * * 2130 1642 * * * 5 0 * * * * * * 2212 0 0 E 6 2393 * 2130 783 * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 2212 0 0 W 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 7 0 * * * * * * 2212 0 0 E 8 2130 * * 1642 * * * * * 1940 * * * * * * * 2393 * * 8 0 * * * * * * 2212 0 0 G 9 1353 * * 1940 * 2667 * * * * * 2393 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 2212 0 0 K 10 * * * * * * * * 374 * * * * * 2130 * * * * * 10 0 * * * * * * 2212 0 0 I 11 2130 * * * * * * 374 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 2212 0 0 A 12 374 * * 2130 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 2212 0 0 K 13 1940 * * * * * * * 1642 * * * * 2393 * 2130 * * * * 13 0 * * * * * * 2212 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 2212 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 1523 * * 1940 2130 2617 * * * 15 0 * * * * * * 2212 0 0 S 16 * * 2130 * * * * * * * * * * * * 1642 1149 * * * 16 0 * * * * * * 2212 0 0 V 17 * * * * * * * * * 1255 * * * * * * * 783 * * 17 0 * * * * * * 2212 0 0 D 18 * * 865 2393 * * * * * * * * * 1940 * * * * * * 18 0 * * * * * * 2212 0 0 Q 19 * * 2130 1940 * * * * 2393 * * * * 1642 * * * * * * 19 0 * * * * * * 2212 0 0 A 20 436 * * * * 1940 * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 2212 0 0 T 21 2393 * * * * * * 1940 * * * * * * * * 1642 2130 * * 21 0 * * * * * * 2212 0 0 K 22 1032 * * 2393 * * * * 1642 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 2212 0 0 F 23 * * * * 1642 * * * * * 1149 * * * * * 2130 * * * 23 0 * * * * * * 2212 0 0 I 24 * * * * * * * 1642 * 557 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 2212 0 0 Q 25 * * * * * * * * 2393 * 2130 * * 783 * * * * * * 25 0 * * * * * * 2212 0 0 D 26 * * 1642 * * * * * * * * 2130 * 1149 * * * * * * 26 0 * * * * * * 2212 0 0 F 27 * * * * 374 * * * * * * * * * * * * * * 2130 27 0 * * * * * * 2212 0 0 R 28 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 28 0 * * * * * * 2212 0 0 V 29 * * * * * * * * 1940 2617 2393 * * * * 2130 * 2667 * * 29 0 * * * * * * 2212 0 0 A 30 1642 * 1255 1940 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 374 * 2130 * * * * 2212 0 0 Y 31 * * * * * * 776 * * * * * * * * * * * * 1265 31 0 * * * * * 0 1900 0 1000 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 2287 331 * * * 32 0 * * * * * 0 1900 0 1000 S 33 * * * * * 1613 * * * * * * * * * 1265 1961 * * * 33 0 * * * * * 0 1900 0 1000 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * 0 1900 0 1000 F 35 * * 1613 * 571 * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * 0 1900 0 1000 R 36 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 36 0 * * * * 0 * 1900 0 1000 K 37 * * * * * * * * 1642 1940 * 2393 * * 2130 * * * * * 37 0 * * * * * * 2212 0 0 S 38 * * * * * * * * * * * * * * * 969 1940 * 2130 * 38 0 * * * * * * 2212 0 0 Y 39 * * * * * 2130 * * * * * * * * * * * * * 374 39 0 * * * * * * 2212 0 0 D 40 * * 1642 1149 * * * * * * * * * * * 2130 * * * * 40 0 * * * * * * 2212 0 0 L 41 * * * 2130 * * * 2617 * 717 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 2212 0 0 D 42 * * 436 * * * * * 1940 * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 2212 0 0 V 43 * * * * * * * * 1940 * * 2393 * 2130 * * * 1642 * * 43 0 * * * * * * 2212 0 0 D 44 * * 436 1940 * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 2212 0 0 Y 45 1940 * * * * * * * * * * * * * * 2130 * * * 969 45 0 * * * * * * 2212 0 0 Q 46 * * * * * * * * * 1255 * 1940 * 1642 * * * * * * 46 0 * * * * * * 2212 0 0 Y 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 557 1642 47 0 * * * * * * 2212 0 0 I 48 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 2212 0 0 E 49 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 2212 0 0 R 50 1255 * * * * * * * * * * * * * 1642 1940 * * * * 50 0 * * * * * * 2212 0 0 K 51 * * * * * * * * 969 * * * * * 1032 * * * * * 51 0 * * * * * * 2212 0 0 I 52 * * * * * * * 783 * 1255 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 2212 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 2212 0 0 E 54 * * * 436 * * * * * * 1940 * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 2212 0 0 R 55 * * * * * * * * 1500 * * * * * 629 * * * * * 55 0 * * * * * * 2212 0 0 L 56 * * * * * * * * * 1642 * * * * * * * 557 * * 56 0 * * * * * * 2212 0 0 S 57 557 * * * * * * * * * * * * * * 1642 * * * * 57 0 * * * * * * 2212 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * 1940 * * * 436 * * 58 0 * * * * * * 2212 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 2212 0 0 K 60 * * * * * * 1940 * 969 * * * * * 2130 * * * * * 60 0 * * * * * * 2212 0 0 T 61 2393 * * * * * * * * 2130 * * * * * 1940 1642 * * * 61 0 * * * * * * 2212 0 0 E 62 * * * 783 * * * * * * * * * 2130 2393 * * * * * 62 436 1940 * 0 * * * 2212 1000 0 K 63 2393 * * * * * * * 1642 * * * * * * 2130 1940 * * * 63 0 * * * * * * 2212 0 0 L 64 * * * * 2393 * * 1940 * 1642 2130 * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 2212 0 0 S 65 1940 * * * * * * * * * * 2393 2617 * * 2667 2130 * * * 65 0 * * * * * * 2212 0 0 V 66 * * 2130 2393 * * * * * * * 1940 * * * * * 1642 * * 66 0 * * * * * * 2212 0 0 A 67 783 * * 2130 * * * * * * * * * * * * * 2393 * * 67 0 * * * * * * 2212 0 0 D 68 1940 * 969 2130 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 2212 0 0 L 69 * * * * 1255 * * * * 783 * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 2212 0 0 V 70 * * * * * * * 2617 * 1940 * * * * 1255 * * 2667 * * 70 0 * * * * * * 2212 0 0 T 71 * * * 1940 * * 2393 * * * * * * * * * 865 * * * 71 0 * * * * * * 2212 0 0 K 72 * * * * * * * * 374 * * * * * 2130 * * * * * 72 0 * * * * * * 2212 0 0 A 73 1642 * * * * * * * * * * * * * * * 557 * * * 73 0 * * * * * * 2212 0 0 T 74 2393 * * * * * * 1940 * 2130 * * * * * * 1642 * * * 74 0 * * * * * * 2212 0 0 T 75 * * 1940 * 2393 * * * * * * * * * * * 865 * * * 75 0 * * * * * * 2212 0 0 G 76 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 2212 0 0 E 77 * * * 436 * * * * * * * * * * 1940 * * * * * 77 0 * * * * * * 2212 0 0 D 78 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 2212 0 0 A 79 795 * * * * * * * * * * * 1940 * 2617 * * * * * 79 0 * * * * * * 2212 0 0 A 80 1642 * * * * * * * 2393 * * * * * 2130 * * 1940 * * 80 0 * * * * * * 2212 0 0 A 81 1642 * * 1940 * * 2130 * * * * * * * * 2393 * * * * 81 0 * * * * * * 2212 0 0 V 82 * * * * * * * 1940 * * * * * * * * * 436 * * 82 0 * * * * * * 2212 0 0 E 83 * 2130 * 1642 * * * * * 2393 * * * * * * 1940 * * * 83 0 * * * * * * 2212 0 0 A 84 1642 * 2393 1940 * * * * * * * * * * * * 2130 * * * 84 0 * * * * * * 2212 0 0 A 85 2667 * 2130 1940 * 2393 * * * * * * * * * * 2617 * * * 85 0 * * * * * * 2212 0 0 W 86 * * * * * * * * * * * * * * * * 2393 2130 783 * 86 0 * * * * * * 2212 0 0 I 87 2130 * * * * * * 1642 * 1940 * * * * * * * 2393 * * 87 0 * * * * * * 2212 0 0 A 88 969 * * * * 2130 * * 1940 * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 2212 0 0 K 89 * * * * * * * * 374 * * * * * 2130 * * * * * 89 0 * * * * * * 2212 0 0 M 90 1940 * * * * * * 2617 * * 1523 * * * * * * 2130 * * 90 0 * * * * * * 2212 0 0 K 91 2130 * * 1940 * * * * 1642 * * 2393 * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 2212 0 0 A 92 436 * 1940 * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 2212 0 0 A 93 436 * * * * * * 1940 * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 2212 0 0 E 94 * * 1940 2667 * 2130 * * 1500 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 2212 0 0 S 95 * 1940 1255 * * * * * * * * * * * * 1642 * * * * 95 0 * * * * * * 2212 0 0 K 96 * * 2130 * * * * * 969 * * * 1940 * * * * * * * 96 0 * * * * * * 2212 0 0 Y 97 * * * * * * * 1940 * * * * * * * * * * 2393 865 97 0 * * * * * * 2212 0 0 A 98 2667 * * 703 * 2130 * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 2212 0 0 A 99 969 * * 2130 * * * * * * 1940 * * * * * * * * * 99 374 2130 * 0 * * * 2212 1000 0 E 100 * * 2617 795 * * * * * * * * * 1940 * * * * * * 100 0 * * * * * * 2212 0 0 R 101 * * * * * 2617 * * 2393 * * * * * 629 * * * * * 101 0 * * * * * * 2212 0 0 I 102 * * * * * * * 436 * 1940 * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 2212 0 0 H 103 * 1940 * * * * 969 * * * * 2130 * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 2212 0 0 I 104 * * 2130 * * * * 969 * * * * * * * * 1940 * * * 104 0 * * * * * * 2212 0 0 E 105 1940 * * 865 * 2393 * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 2212 0 0 F 106 * * * * 436 * * * * * * * * * * * * * * 1940 106 0 * * * * * * 2212 0 0 R 107 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 107 0 * * * * * * 2212 0 0 Q 108 * * * * * * * * 1940 * * * * 969 * 2130 * * * * 108 0 * * * * * * 2212 0 0 L 109 1149 * * * * * * * 2130 1642 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 2212 0 0 Y 110 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1940 436 110 0 * * * * * * 2212 0 0 K 111 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 2212 0 0 P 112 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 112 0 * * * * * * 2212 0 0 P 113 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 113 0 * * * * * * 2212 0 0 V 114 * * * * * * * 2393 * * 1940 * * * * * * 865 * * 114 0 * * * * * * 2212 0 0 L 115 * * * * * * * * * 1642 557 * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 2212 0 0 P 116 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 116 0 * * * * * * 2212 0 0 V 117 2130 * * * * * * 1940 * * * * * * * * * 969 * * 117 0 * * * * * * 2212 0 0 N 118 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 2212 0 0 V 119 * * * * * * * * * 2130 * * * * * * * 1642 * 1149 119 0 * * * * * * 2212 0 0 F 120 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 2212 0 0 L 121 1940 * * * * * * * * 436 * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 2212 0 0 R 122 * * 2393 * * * * * * * * * 1032 * 1642 * * * * * 122 0 * * * * * * 2212 0 0 T 123 * * * * * 2393 * * * * * * * * * * 865 1940 * * 123 0 * * * * * * 2212 0 0 D 124 * * 1642 557 * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 2212 0 0 A 125 1642 * * * * * * * 1940 * * * * * 1255 * * * * * 125 0 * * * * * * 2212 0 0 A 126 1642 * 2130 * * * * * 1940 * * * * 2393 * * * * * * 126 0 * * * * * * 2212 0 0 L 127 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 2212 0 0 G 128 * * * * * 969 * * * * * * * * * 2130 * 1940 * * 128 0 * * * * * * 2212 0 0 T 129 * * * 2130 * * * * * * * * * * * 1940 969 * * * 129 0 * * * * * * 2212 0 0 I 130 * * * * * * * 2667 1032 * * * * * 2393 * * 2617 * * 130 0 * * * * * * 2212 0 0 L 131 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 2212 0 0 M 132 * * * * * * * * * 1940 436 * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 2212 0 0 E 133 * * * 969 * * * * 1032 * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 2212 0 0 L 134 * * * * * * * 2617 * 717 * * * * * * 2130 * * * 134 0 * * * * * * 2212 0 0 R 135 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 135 0 * * * * * * 2212 0 0 N 136 1940 * * * * * * * * * * 969 * * * * 2130 * * * 136 0 * * * * * * 2212 0 0 T 137 * * * * * * * * * 2393 * * 1940 * * * 1642 2130 * * 137 0 * * * * * * 2212 0 0 D 138 * * 865 * * * * * * * * 1149 * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 2212 0 0 Y 139 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2130 374 139 0 * * * * * * 2212 0 0 Y 140 * * * * * * * * * 1940 * * * * * * * * * 436 140 0 * * * * * * 2212 0 0 A 141 2667 * 2393 * * 1353 * * * * * * * * * * 1940 * * * 141 0 * * * * * * 2212 0 0 T 142 * * * * * * * * 2130 * * * * * * * 374 * * * 142 0 * * * * * * 2212 0 0 P 143 * * * * * * * * * * * * 374 * * 2130 * * * * 143 0 * * * * * * 2212 0 0 L 144 * * * * * * * * * 436 * * * * * * * 1940 * * 144 0 * * * * * * 2212 0 0 E 145 * * * 374 * 2130 * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 2212 0 0 G 146 * * * 557 * 1642 * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 2212 0 0 L 147 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 2212 0 0 R 148 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 148 0 * * * * * * 2212 0 0 K 149 * * * 2130 * * * * 374 * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 2212 0 0 E 150 * * * 865 * * * * * 1940 * * * 2393 * * * * * * 150 0 * * * * * * 2212 0 0 R 151 * * * * * * 1940 * * * * * 2617 * 795 * * * * * 151 0 * * * * * * 2212 0 0 G 152 * * * * * 436 * * * * * 1940 * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 2212 0 0 V 153 1940 * * * * * * * * * * * * * * * * 436 * * 153 0 * * * * * * 2212 0 0 K 154 * * * * * * * * 1642 * * * * * 2393 * 1940 2130 * * 154 0 * * * * * * 2212 0 0 V 155 * * * * * * * * * 1940 * * * * * * * 436 * * 155 0 * * * * * * 2212 0 0 L 156 * * * * * * * 1613 * 1265 * * * * * * * 1961 * * 156 0 * * * * * * 1900 0 0 H 157 * * * * * * 571 * * * * * * * * 1613 * * * * 157 0 * * * * * * 1900 0 0 L 158 * * * * * * * * * 571 * * * * * * * 1613 * * 158 0 * * * * * * 1900 0 0 Q 159 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 159 0 * * 0 * * * 1900 0 0 //