HHsearch 1.5 NAME c8uyvA_ FAM FILE c8uyvA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c8uyvA_.a3m DATE Sat Nov 23 10:11:49 2024 LENG 144 match states, 144 columns in multiple alignment FILT 3 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.3829 -2.2692 SEQ >ss_pred CCCCHHHHHCHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCEEHHEEEECCCHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHCCCCCCHHCCCC >ss_conf 9742066524154789640111216899998656799998611803377378999888987788999998863355671200001001210110367777 88889877542999999999755874088011689986010378 >Consensus mdidxykefgaxvellsflpsdffpsxrdlldtasalyrealespehcsphhtalrqaxlcwgelmtlxtwvxxnlxdpasrdlvvxyvnxnmglkxrqL LWxHxsCLxxGxxxVxxYixxxxxWixTPxxYRxxnAPxixaip >c8uyvA_ MDIDPYKEFGATVELLSFLPSDFFPSVRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMTLATWVGVNLEDPASRDLVVSYVNTNMGLKFRQL LWFHISCLTFGRETVIEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILSTLP >UniRef50_B6ULG2(30-142:263) Precore/core protein (Fragment) n=4 Tax=Hepatitis B virus RepID=B6ULG2_HBV E=5e-56 s/c=1.93 id=88% cov=77% MDIDHYKEFGASVELLSFLPSDFFPSIRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAFLCWGELMTLTTWVKSNLDDPASRDLVVNYVNVNMGLKIKQL LWFHISCLTF---------------------------------- >UniRef50_P03154(187-232:305) External core antigen n=51 Tax=Hepadnaviridae RepID=HBEAG_DHBV1 E=0.0006 s/c=0.99 id=36% cov=33% -------------------------------------------------------------------------------------------------RRL LWWHYNCLLWGEAQVTNYISRLRTWLSTPEKYRGRDAPTIEAI- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1079 0 0 D 2 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1079 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1079 0 0 D 4 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1079 0 0 P 5 * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1079 0 0 Y 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 6 0 * * * * * * 1079 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1079 0 0 E 8 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1079 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1079 0 0 G 10 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1079 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1079 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 12 0 * * * * * * 1079 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1079 0 0 E 14 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1079 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1079 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1079 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1079 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1079 0 0 L 19 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1079 0 0 P 20 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1079 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1079 0 0 D 22 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1079 0 0 F 23 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1079 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1079 0 0 P 25 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1079 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1079 0 0 V 27 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 27 0 * * * * * * 1079 0 0 R 28 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 28 0 * * * * * * 1079 0 0 D 29 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1079 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1079 0 0 L 31 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1079 0 0 D 32 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1079 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 33 0 * * * * * * 1079 0 0 A 34 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1079 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1079 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1079 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1079 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1079 0 0 R 39 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 39 0 * * * * * * 1079 0 0 E 40 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1079 0 0 A 41 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1079 0 0 L 42 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1079 0 0 E 43 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1079 0 0 S 44 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 44 0 * * * * * * 1079 0 0 P 45 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1079 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1079 0 0 H 47 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1079 0 0 C 48 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1079 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 49 0 * * * * * * 1079 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1079 0 0 H 51 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1079 0 0 H 52 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1079 0 0 T 53 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 53 0 * * * * * * 1079 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1079 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1079 0 0 R 56 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 56 0 * * * * * * 1079 0 0 Q 57 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 57 0 * * * * * * 1079 0 0 A 58 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1079 0 0 I 59 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1079 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1079 0 0 C 61 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1079 0 0 W 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 62 0 * * * * * * 1079 0 0 G 63 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1079 0 0 E 64 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1079 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1079 0 0 M 66 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1079 0 0 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 67 0 * * * * * * 1079 0 0 L 68 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1079 0 0 A 69 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 69 0 * * * * * * 1079 0 0 T 70 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 70 0 * * * * * * 1079 0 0 W 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 71 0 * * * * * * 1079 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 72 0 * * * * * * 1079 0 0 G 73 * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1079 0 0 V 74 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * 74 0 * * * * * * 1079 0 0 N 75 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1079 0 0 L 76 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1079 0 0 E 77 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1079 0 0 D 78 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1079 0 0 P 79 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1079 0 0 A 80 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1079 0 0 S 81 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 81 0 * * * * * * 1079 0 0 R 82 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 82 0 * * * * * * 1079 0 0 D 83 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1079 0 0 L 84 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1079 0 0 V 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 85 0 * * * * * * 1079 0 0 V 86 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 86 0 * * * * * * 1079 0 0 S 87 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 87 0 * * * * * * 1079 0 0 Y 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 88 0 * * * * * * 1079 0 0 V 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 89 0 * * * * * * 1079 0 0 N 90 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1079 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 91 0 * * * * * * 1079 0 0 N 92 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1079 0 0 M 93 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1079 0 0 G 94 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1079 0 0 L 95 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1079 0 0 K 96 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1079 0 0 F 97 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1079 0 0 R 98 * * * * * * * * 1700 * * * * * 531 * * * * * 98 0 * * * * * * 1432 0 0 Q 99 * * * * * * * * * * * * * 746 1308 * * * * * 99 0 * * * * * * 1432 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1432 0 0 L 101 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1432 0 0 W 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 102 0 * * * * * * 1432 0 0 F 103 * * * * 746 * * * * * * * * * * * * * 1308 * 103 0 * * * * * * 1432 0 0 H 104 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1432 0 0 I 105 * * * * * * * 746 * * * * * * * * * * * 1308 105 0 * * * * * * 1432 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * 1308 * * * 746 * * * * 106 0 * * * * * * 1432 0 0 C 107 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1432 0 0 L 108 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1432 0 0 T 109 * * * * * * * * * 1308 * * * * * * 746 * * * 109 0 * * * * * * 1432 0 0 F 110 * * * * 746 * * * * * * * * * * * * * 1308 * 110 0 * * * * * * 1432 0 0 G 111 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1548 0 0 R 112 * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 112 0 * * * * * * 1548 0 0 E 113 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1548 0 0 T 114 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 114 0 * * * * * * 1548 0 0 V 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 115 0 * * * * * * 1548 0 0 I 116 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 116 0 * * * * * * 1548 0 0 E 117 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1548 0 0 Y 118 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 118 0 * * * * * * 1548 0 0 L 119 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1548 0 0 V 120 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * 120 0 * * * * * * 1548 0 0 S 121 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 121 0 * * * * * * 1548 0 0 F 122 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1548 0 0 G 123 * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * 123 0 * * * * * * 1548 0 0 V 124 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 124 0 * * * * * * 1548 0 0 W 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 125 0 * * * * * * 1548 0 0 I 126 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1548 0 0 R 127 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 127 0 * * * * * * 1548 0 0 T 128 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 128 0 * * * * * * 1548 0 0 P 129 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1548 0 0 P 130 * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1548 0 0 A 131 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1548 0 0 Y 132 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 132 0 * * * * * * 1548 0 0 R 133 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 133 0 * * * * * * 1548 0 0 P 134 * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1548 0 0 P 135 * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * 135 0 * * * * * * 1548 0 0 N 136 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1548 0 0 A 137 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1548 0 0 P 138 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1548 0 0 I 139 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 139 0 * * * * * * 1548 0 0 L 140 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1548 0 0 S 141 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 141 0 * * * * * * 1548 0 0 T 142 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 142 0 * * * * * * 1548 0 0 L 143 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1548 0 0 P 144 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 144 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //