HHsearch 1.5 NAME c6kxsJ_ FAM FILE c6kxsJ_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c6kxsJ_.a3m DATE Sat Feb 8 08:22:36 2020 LENG 106 match states, 106 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.4427 1.2030 SEQ >ss_dssp CCCCSCCCSSSCCCCCCCEECCSSSSSCCEECCCCCCCCCSSSCSSSSCTTSCCCCCCCCCSSTTTCCCCSSCCSSSCCCCEECCCSSSCCCCEECCSSC SSCCCC >sa_dssp EDEDDBDCDCBCACAABCDCECEEEEEDDEECECDDCDDCEECDDEBDDDEBEDCEECDCEDEDBDEEECBBCCEEEDBDCDDEEEEEEEDEEDEDDCCE ECCEEE >ss_pred CCEEEECCCEEEEEEEEEEECCCCCCHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHCCEECCCEEECCEEEEEECCCEEEEEEECCC CCCCCC >ss_conf 9089962853699965101048778314576445269996156433456688741045120888756421201143000110102775833576642073 132789 >Consensus exxvlvdnkcqcvxitsrxixsxedpxediverniriivplxxrenisdpxspxrtxfxyxlsxlcketcytydrnkcytxxvplxxxgxxrxvxaaltp xscyxd >c6kxsJ_ ERIVLVDNKCKCARITSRIIRSSEDPNEDIVERNIRIIVPLNNRENISDPTSPLRTRFVYHLSDLCKETCYTYDRNKCYTAVVPLVYGGETKMVETALTP DACYPD >UniRef50_P23108(3-136:136) Immunoglobulin J chain n=1 Tax=Oryctolagus cuniculus RepID=IGJ_RABIT E=4e-36 s/c=1.13 id=74% cov=101% ESTVLVDNKCQCVRITSRIIRDPDNPSEDIVERNIRIIVPLNTRENISDPTSPLRTEFKYNLANLCKkcdpteieldnqvftasqsnicpdddysETCYT YDRNKCYTTLVPITHRGGTRMVKATLTPDSCYPD >UniRef50_UPI000194C419(30-160:160) PREDICTED: similar to putative immunoglobulin J polypeptide n=1 Tax=Taeniopygia guttata RepID=UPI000194C419 E=4e-38 s/c=1.21 id=61% cov=101% EEYVLVNNKCQCVTVTSKFVPSKEDPEEEVLERNIRIIVPLKARENISDPLSPPRTTFVYRLSELCRncepveidlggviyqaqqgnsceepQTCYTYDR NECYSSPVPLLYHGEVRQVPAALTPASCFTE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1432 0 0 R 2 * * * 1480 * * * * * * * * * * 1662 1619 * * * * 2 0 * * * * * * 1432 0 0 I 3 * * * * * * * 1662 * * * * * * * * 1619 * * 1480 3 0 * * * * * * 1432 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 4 0 * * * * * * 1432 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1432 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1432 0 0 D 7 * * 640 * * * * * * * * 1480 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1432 0 0 N 8 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1432 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1432 0 0 C 10 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1432 0 0 K 11 * * * * * * * * 1662 * * * * 548 * * * * * * 11 0 * * * * * * 1432 0 0 C 12 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1432 0 0 A 13 1662 * * * * * * * * * * * * * * * * 548 * * 13 0 * * * * * * 1432 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * * * * 640 * 1480 * * * 14 0 * * * * * * 1432 0 0 I 15 * * * * * * * 640 * * * * * * * * * 1480 * * 15 0 * * * * * * 1432 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1432 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1432 0 0 R 18 * * * * * * * * 1480 * * * * * 640 * * * * * 18 0 * * * * * * 1432 0 0 I 19 * * * * 1480 * * 640 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1432 0 0 I 20 * * * * * * * 640 * * * * * * * * * 1480 * * 20 0 * * * * * * 1432 0 0 R 21 * * * * * * * * * * * * 1480 * 640 * * * * * 21 0 * * * * * * 1432 0 0 S 22 * * 1619 * * * * * * * * * * * * 568 * * * * 22 0 * * * * * * 1432 0 0 S 23 * * * * * * * * 1480 * * * 1619 * * 1662 * * * * 23 0 * * * * * * 1432 0 0 E 24 * * 1619 568 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1432 0 0 D 25 * * 568 * * * * * * * * 1619 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1432 0 0 P 26 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1432 0 0 N 27 * * * 1480 * * * * * * * 1662 * * * 1619 * * * * 27 0 * * * * * * 1432 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1432 0 0 D 29 * * 640 1480 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1432 0 0 I 30 * * * * * * * 640 * * * * * * * * * 1480 * * 30 0 * * * * * * 1432 0 0 V 31 * * * * * * * * * 1480 * * * * * * * 640 * * 31 0 * * * * * * 1432 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1432 0 0 R 33 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 33 0 * * * * * * 1432 0 0 N 34 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1432 0 0 I 35 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1432 0 0 R 36 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 36 0 * * * * * * 1432 0 0 I 37 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1432 0 0 I 38 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1432 0 0 V 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 39 0 * * * * * * 1432 0 0 P 40 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1432 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1432 0 0 N 42 * * * * * * * * 1480 * * 640 * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1432 0 0 N 43 1480 * * * * * * * * * * 1662 * * * * 1619 * * * 43 0 * * * * * * 1432 0 0 R 44 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 44 0 * * * * * * 1432 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1432 0 0 N 46 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1432 0 0 I 47 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1432 0 0 S 48 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 48 0 * * * * * * 1432 0 0 D 49 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1432 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1432 0 0 T 51 * * * * * * * * * 1480 * * * * * * 640 * * * 51 0 * * * * * * 1432 0 0 S 52 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 52 0 * * * * * * 1432 0 0 P 53 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1432 0 0 L 54 * * * * * * * * * 640 * * 1480 * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1432 0 0 R 55 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 55 0 * * * * * * 1432 0 0 T 56 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 56 0 * * * * * * 1432 0 0 R 57 * * * 1619 * * * * * * * * * * 1662 * 1480 * * * 57 0 * * * * * * 1432 0 0 F 58 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1432 0 0 V 59 * * * * * * * * 1619 * * * * * * * * 568 * * 59 0 * * * * * * 1432 0 0 Y 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 60 0 * * * * * * 1432 0 0 H 61 * * * * * * 1662 * * * * 1619 * * 1480 * * * * * 61 0 * * * * * * 1432 0 0 L 62 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1432 0 0 S 63 1619 * * * * * * * * * * * * * * 568 * * * * 63 0 * * * * * * 1432 0 0 D 64 * * 1662 1480 * * * * * * * 1619 * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1432 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1432 0 0 C 66 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1432 0 0 K 67 * * * * * * * * 640 * * * * * 1480 * * * * * 67 1662 548 * 4724 56 * * 1432 1341 0 E 68 * * * 640 * * * * * * * * * 1480 * * * * * * 68 0 * * * * * * 1432 0 0 T 69 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 69 0 * * * * * * 1432 0 0 C 70 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1432 0 0 Y 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 71 0 * * * * * * 1432 0 0 T 72 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 72 0 * * * * * * 1432 0 0 Y 73 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 73 0 * * * * * * 1432 0 0 D 74 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1432 0 0 R 75 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 75 0 * * * * * * 1432 0 0 N 76 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1432 0 0 K 77 * * * 1480 * * * * 640 * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1432 0 0 C 78 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1432 0 0 Y 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 79 0 * * * * * * 1432 0 0 T 80 * * * * * * * * * * * * * * * 1480 640 * * * 80 0 * * * * * * 1432 0 0 A 81 1662 * * * * * * * * * * * * * * 1480 1619 * * * 81 0 * * * * * * 1432 0 0 V 82 * * * * * * * * * 1619 * * 1480 * * * * 1662 * * 82 0 * * * * * * 1432 0 0 V 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 83 0 * * * * * * 1432 0 0 P 84 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1432 0 0 L 85 * * * * * * * 1619 * 568 * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1432 0 0 V 86 * * * * * * * * * 1480 * * * * * * 1619 1662 * * 86 0 * * * * * * 1432 0 0 Y 87 * * * * * * 1619 * * * * * * * * * * * * 568 87 0 * * * * * * 1432 0 0 G 88 * * * * * 1662 1480 * * * * * * * 1619 * * * * * 88 0 * * * * * * 1432 0 0 G 89 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1432 0 0 E 90 * * * 568 * 1619 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1432 0 0 T 91 * * * * * * * * * * * * * * * * 640 1480 * * 91 0 * * * * * * 1432 0 0 K 92 * * * * * * * * 1662 * * * * * 548 * * * * * 92 0 * * * * * * 1432 0 0 M 93 * * * * * * * * * * 640 * * 1480 * * * * * * 93 0 * * * * * * 1432 0 0 V 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 94 0 * * * * * * 1432 0 0 E 95 * * * 1662 * * * * 1619 * * * 1480 * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1432 0 0 T 96 548 * * * * * * * * * * * * * * * 1662 * * * 96 0 * * * * * * 1432 0 0 A 97 568 * * * * * * * * * * * * * * * 1619 * * * 97 0 * * * * * * 1432 0 0 L 98 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1432 0 0 T 99 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 99 0 * * * * * * 1432 0 0 P 100 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1432 0 0 D 101 1480 * 640 * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1432 0 0 A 102 1662 * * * * * * * * * * * * * * 548 * * * * 102 0 * * * * * * 1432 0 0 C 103 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1432 0 0 Y 104 * * * * 1480 * * * * * * * * * * * * * * 640 104 0 * * * * * * 1432 0 0 P 105 * * * * * * * * * * * * 640 * * * 1480 * * * 105 0 * * * * * * 1432 0 0 D 106 * * 640 1480 * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * 0 * * * 1432 0 0 //