HHsearch 1.5 NAME c5n9jG_ FAM FILE c5n9jG_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5n9jG_.a3m DATE Sat May 20 08:16:10 2017 LENG 163 match states, 163 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.4 EVD 0.3910 -2.0531 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCCCCCCCCCHHHH HHHHHHHHHHSCCCCCCHHHHHHCHHHHHHHHHSCTTCHHHHHHHHHCCCCCSCCCSSCCCCC >sa_dssp EDEECDECCEEBEDDCEECEEEEEDEEDCDDAEECBEDDDEECEDCDDEDDEDEEEEEEDDDDDEDDEDDDEEEEDDEEEEDEEEEEEEEEEEEEEEEED EDEDEEDEEEEEEEEDEDDDDBECEEBEEDCEEDEEEDEEBDECDEEEEEEEEEEEEEEEEEE >ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHH HHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 9546689999998666334330012889998799999999999999985321279999999998406200247999999999985023660131049999 997677654127899987899999999986420344201278763025433787888534579 >Consensus eyqraIxxiExCxNxxLrLSxExxxxxxLxxNWxSxxxxLxxxxSLIxxYxxGxELQxxIxxLLKxxxELDxxixxCMxExxxixxxxxPKtxKVxxxxL LxYGxKLsKFSSAPWPSEDQMRKTxLxQxsTxmvpNxSxxAxQxxxxxxKmnypasptfttqe >c5n9jG_ EYQRAIDSIEECLNKQLRLSSEKVDQYVLIENWTSLVGHLKTLHSLISNYTNGRELQNEISSLLKQDKELDLQIQDCMREMTSIYDTHLPKTQKVNAETL LDYGRKLSKFSSAPWPSEDQMRKTLLFQFSTSMVPNLSATASQLFSEQTKMNYPASPTFTTQE >UniRef50_B6JV90(5-172:247) Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4 n=1 Tax=Schizosaccharomyces japonicus yFS275 RepID=B6JV90_SCHJY E=2e-23 s/c=0.65 id=45% cov=89% ---KSIQDVEKCVNQHLKLSIEGASIETLMDNWQSTLKNLVQFKSLIEEYERGVELQKTIQKLLKEGEELDGKLESCMEELAVLHKGIEPKSilegkkRK VSLKMLLEYGAKLAKFSSAppgydpekgqegnapvhfPWPSEDQMRKTKLLQLATD---NSSLEAGQMVQDEEK------------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 2 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 2 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 3 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 R 4 * * * * * * * * 1030 * * * * * 971 * * * * * 4 0 * * * * * * 1451 0 0 A 5 971 * * * * * * * * * * * * * * 1030 * * * * 5 0 * * * * * * 1451 0 0 I 6 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1451 0 0 D 7 * * 971 * * * * * * * * * * 1030 * * * * * * 7 0 * * * * * * 1451 0 0 S 8 * * 1030 * * * * * * * * * * * * 971 * * * * 8 0 * * * * * * 1451 0 0 I 9 * * * * * * * 971 * * * * * * * * * 1030 * * 9 0 * * * * * * 1451 0 0 E 10 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1451 0 0 E 11 * * * 971 * * * * 1030 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1451 0 0 C 12 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1451 0 0 L 13 * * * * * * * * * 971 * * * * * * * 1030 * * 13 0 * * * * * * 1451 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1451 0 0 K 15 * * * * * * * * 971 * * * * 1030 * * * * * * 15 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 16 * * * * * * 1030 * * * * * * 971 * * * * * * 16 0 * * * * * * 1451 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1451 0 0 R 18 * * * * * * * * 1030 * * * * * 971 * * * * * 18 0 * * * * * * 1451 0 0 L 19 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1451 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1451 0 0 S 21 * * * * * * * 1030 * * * * * * * 971 * * * * 21 0 * * * * * * 1451 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1451 0 0 K 23 * * * * * 1030 * * 971 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1451 0 0 V 24 1030 * * * * * * * * * * * * * * * * 971 * * 24 0 * * * * * * 1451 0 0 D 25 * * 971 * * * * * * * * * * * * 1030 * * * * 25 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 26 * * * * * * * 1030 * * * * * 971 * * * * * * 26 0 * * * * * * 1451 0 0 Y 27 * * * 1030 * * * * * * * * * * * * * * * 971 27 0 * * * * * * 1451 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * 1030 971 * * 28 0 * * * * * * 1451 0 0 L 29 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1451 0 0 I 30 * * * * * * * 971 * * 1030 * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1451 0 0 E 31 * * 1030 971 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1451 0 0 N 32 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1451 0 0 W 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 33 0 * * * * * * 1451 0 0 T 34 * * * * * * * * * * * * * 1030 * * 971 * * * 34 0 * * * * * * 1451 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1451 0 0 L 36 * * * * * * * * * 971 * * * * * * 1030 * * * 36 0 * * * * * * 1451 0 0 V 37 * * * * * * * * * 1030 * * * * * * * 971 * * 37 0 * * * * * * 1451 0 0 G 38 * * * * * 971 * * 1030 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1451 0 0 H 39 * * * * * * 971 * * * * 1030 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1451 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1451 0 0 K 41 * * * * * * * * 971 * * * * * * * * 1030 * * 41 0 * * * * * * 1451 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * 1030 * * 971 * * * 42 0 * * * * * * 1451 0 0 L 43 * * * * 1030 * * * * 971 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1451 0 0 H 44 * * * * * * 971 * 1030 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1451 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1451 0 0 L 46 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1451 0 0 I 47 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1451 0 0 S 48 * * * 1030 * * * * * * * * * * * 971 * * * * 48 0 * * * * * * 1451 0 0 N 49 * * * 1030 * * * * * * * 971 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1451 0 0 Y 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 50 0 * * * * * * 1451 0 0 T 51 * * * 1030 * * * * * * * * * * * * 971 * * * 51 0 * * * * * * 1451 0 0 N 52 * * * * * * * * * * * 971 * * 1030 * * * * * 52 0 * * * * * * 1451 0 0 G 53 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1451 0 0 R 54 * * * * * * * * * * * * * * 971 * * 1030 * * 54 0 * * * * * * 1451 0 0 E 55 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1451 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 57 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 57 0 * * * * * * 1451 0 0 N 58 * * * * * * * * 1030 * * 971 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1451 0 0 E 59 * * * 971 * * * * * * * * * * * * 1030 * * * 59 0 * * * * * * 1451 0 0 I 60 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1451 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * * * 1030 * 971 * * * * 61 0 * * * * * * 1451 0 0 S 62 * * * * * * * * 1030 * * * * * * 971 * * * * 62 0 * * * * * * 1451 0 0 L 63 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1451 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1451 0 0 K 65 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 66 * * * 1030 * * * * * * * * * 971 * * * * * * 66 0 * * * * * * 1451 0 0 D 67 * * 971 * * 1030 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1451 0 0 K 68 * * * 1030 * * * * 971 * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1451 0 0 E 69 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1451 0 0 L 70 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1451 0 0 D 71 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1451 0 0 L 72 * * * * * 1030 * * * 971 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 73 * * * * * * * * 1030 * * * * 971 * * * * * * 73 0 * * * * * * 1451 0 0 I 74 * * * * * * * 971 * 1030 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 75 * * * 1030 * * * * * * * * * 971 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1451 0 0 D 76 * * 971 * * * * * * * * * * * * 1030 * * * * 76 0 * * * * * * 1451 0 0 C 77 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1451 0 0 M 78 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1451 0 0 R 79 * * * 1030 * * * * * * * * * * 971 * * * * * 79 0 * * * * * * 1451 0 0 E 80 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1451 0 0 M 81 * * * * * * * * * 1030 971 * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1451 0 0 T 82 1030 * * * * * * * * * * * * * * * 971 * * * 82 0 * * * * * * 1451 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 971 * 1030 * * 83 0 * * * * * * 1451 0 0 I 84 * * * * * * * 971 * 1030 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1451 0 0 Y 85 * * * * * * 1030 * * * * * * * * * * * * 971 85 0 * * * * * * 1451 0 0 D 86 * * 971 * * * * * 1030 * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1451 0 0 T 87 * * * * * 1030 * * * * * * * * * * 971 * * * 87 0 * * * * * * 1451 0 0 H 88 * * * * * * 971 1030 * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1451 0 0 L 89 * * * 1030 * * * * * 971 * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1451 0 0 P 90 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1451 0 0 K 91 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1451 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * 1030 971 * * * 92 971 1030 * 2585 263 * * 1451 1000 0 Q 93 * * * * * * * * * * * * * 971 1030 * * * * * 93 0 * * * * * * 1451 0 0 K 94 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1451 0 0 V 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 95 0 * * * * * * 1451 0 0 N 96 * * * * * * * * * * * 971 * * * 1030 * * * * 96 0 * * * * * * 1451 0 0 A 97 971 * * * * * * * * 1030 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1451 0 0 E 98 * * * 971 * * * * 1030 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1451 0 0 T 99 * * * * * * * * * * 1030 * * * * * 971 * * * 99 0 * * * * * * 1451 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1451 0 0 L 101 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1451 0 0 D 102 * * 971 1030 * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1451 0 0 Y 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 103 0 * * * * * * 1451 0 0 G 104 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1451 0 0 R 105 1030 * * * * * * * * * * * * * 971 * * * * * 105 0 * * * * * * 1451 0 0 K 106 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1451 0 0 L 107 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1451 0 0 S 108 1030 * * * * * * * * * * * * * * 971 * * * * 108 0 * * * * * * 1451 0 0 K 109 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1451 0 0 F 110 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1451 0 0 S 111 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 111 0 * * * * * * 1451 0 0 S 112 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 112 0 * * * * * * 1451 0 0 A 113 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 971 1030 * 4170 82 * * 1451 1000 0 P 114 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1451 0 0 W 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 115 0 * * * * * * 1451 0 0 P 116 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1451 0 0 S 117 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 117 0 * * * * * * 1451 0 0 E 118 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1451 0 0 D 119 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 120 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 120 0 * * * * * * 1451 0 0 M 121 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1451 0 0 R 122 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 122 0 * * * * * * 1451 0 0 K 123 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1451 0 0 T 124 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 124 0 * * * * * * 1451 0 0 L 125 * * * * * * * * 1030 971 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1451 0 0 L 126 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1451 0 0 F 127 * * * * 971 * * * * 1030 * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 128 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 128 0 * * * * * * 1451 0 0 F 129 * * * * 971 * * * * 1030 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1451 0 0 S 130 1030 * * * * * * * * * * * * * * 971 * * * * 130 0 * * * * * * 1451 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 131 0 * * * * * * 1451 0 0 S 132 * * 1030 * * * * * * * * * * * * 971 * * * * 132 971 * 1030 * * * * 1451 0 0 M 133 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 133 0 * * * * * 0 1000 0 1000 V 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 134 0 * * * * * 0 1000 0 1000 P 135 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 135 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 N 136 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1451 0 0 L 137 * * * * * * * * * 971 * * * * * 1030 * * * * 137 0 * * * * * * 1451 0 0 S 138 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 138 0 * * * * * * 1451 0 0 A 139 971 * * * * * * * * 1030 * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1451 0 0 T 140 * * * 1030 * * * * * * * * * * * * 971 * * * 140 0 * * * * * * 1451 0 0 A 141 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1451 0 0 S 142 * * * * * 1030 * * * * * * * * * 971 * * * * 142 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 143 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 143 0 * * * * * * 1451 0 0 L 144 * * * * * * * * * 971 1030 * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1451 0 0 F 145 * * * * 971 * * * * * * * * * * * * 1030 * * 145 0 * * * * * * 1451 0 0 S 146 * * * * * * * * * * * * * 1030 * 971 * * * * 146 0 * * * * * * 1451 0 0 E 147 * * 1030 971 * * * * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1451 0 0 Q 148 * * * 1030 * * * * * * * * * 971 * * * * * * 148 0 * * * * * * 1451 0 0 T 149 * * * 1030 * * * * * * * * * * * * 971 * * * 149 0 * * * * * * 1451 0 0 K 150 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1451 0 0 M 151 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 N 152 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 153 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 153 0 * * * * * * 1000 0 0 P 154 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 A 155 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 S 156 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 P 157 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 T 158 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 F 159 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 T 160 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 T 161 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 162 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 E 163 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 163 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //