HHsearch 1.5 NAME c5lvyA_ FAM FILE c5lvyA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c5lvyA_.a3m DATE Sat Jul 29 08:20:15 2017 LENG 154 match states, 154 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4285 0.0075 SEQ >ss_dssp CCCCCEEECCSCEEECCSSSTTCCEEEEEEECCCHHHHTTTCEEECCCSCSSSSCEEEEETTEEEEECCCCCTTSSSSCCCSSCCCCCCTTCCCEEEEEE CCTTTCCCSEEEEEEECCEEECCCSCSSCCCGGGGGGTTTTSCCCCEEEEEEEC >sa_dssp EEBDACCDCEECCEAECEEDEDCDCADADACADEDEABBABAAAAACCDBEEEBBABACDEEDECDADACAACDDEEEECBCDCDCDADDECECACABAB ABCEECBEECEACADABAAAACDCEDEDEBDCECBEDEEEECCCDECEACADAD >ss_pred CCEEEEECCCCCEEEEEECCCCCEEEEEEECCCCCCHHCCCCEEEEEECCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEECCHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCHHHHHH EECCCCCCCCEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHCCCCCEECCCEEEEEC >ss_conf 9224653489854798304778627888831798102001645899732565631666438731699963030324431574024663245882121110 003556578617999888887257864688701100000233101022158969 >Consensus nscslsisspdpvtytiptdkgdkyinfkldvpdprckalggtvyfwgadtrdgklvmkkgqdkytlmttyggavqqqlgggygyyhvsqktppqtisgv vsknvgykpgqytveltgffslndnkqanptpssltskaagknivsstgtitis >c5lvyA_ NSCSLSISSPDPVTYTIPTDKGDKYINFKLDVPDPRCKALGGTVYFWGADTRDGKLVMKKGQDKYTLMTTYGGAVQQQLGGGYGYYHVSQKTPPQTISGV VSKNVGYKPGQYTVELTGFFSLNDNKQANPTPSSLTSKAAGKNIVSSTGTITIS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * N 1 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 S 2 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 C 3 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 S 9 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 P 10 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 D 11 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 P 12 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 T 14 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 15 0 * * * * * * 1000 0 0 T 16 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 I 17 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 P 18 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 T 19 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 D 20 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 D 23 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 K 24 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 25 0 * * * * * * 1000 0 0 I 26 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 F 28 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 D 31 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 V 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 D 34 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 R 36 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 C 37 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 K 38 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 A 39 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 G 41 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 T 43 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 V 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 45 0 * * * * * * 1000 0 0 F 46 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 W 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 D 50 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 T 51 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 D 53 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 K 55 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 V 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 M 58 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 K 59 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 K 60 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 G 61 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 62 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 D 63 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 K 64 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 65 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 65 0 * * * * * * 1000 0 0 T 66 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 M 68 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 T 69 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 T 70 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 71 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 71 0 * * * * * * 1000 0 0 G 72 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 G 73 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 A 74 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 76 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 77 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 78 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 L 79 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 G 80 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 G 81 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 G 82 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 83 0 * * * * * * 1000 0 0 G 84 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 85 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 86 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 86 0 * * * * * * 1000 0 0 H 87 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 V 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 90 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 K 91 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 P 93 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 P 94 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 95 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 G 99 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 V 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 V 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 S 102 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 V 105 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 G 106 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 107 0 * * * * * * 1000 0 0 K 108 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 P 109 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 G 110 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 111 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 112 0 * * * * * * 1000 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 V 114 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 E 115 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 L 116 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 T 117 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 G 118 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 F 119 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 F 120 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 S 121 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 N 123 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 D 124 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 N 125 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 K 126 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 127 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 A 128 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 N 129 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 P 130 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 P 132 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 S 133 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 S 134 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 L 135 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 T 136 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 S 137 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 K 138 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 A 139 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 A 140 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 G 141 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 K 142 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 N 143 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 I 144 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 V 145 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 S 146 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 S 147 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 T 148 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 G 149 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 T 150 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 I 151 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 T 152 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 I 153 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 S 154 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 154 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //