HHsearch 1.5 NAME c4a4yA_ FAM FILE c4a4yA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c4a4yA_.a3m DATE Sat Jan 28 16:43:08 2012 LENG 128 match states, 128 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4415 1.1884 SEQ >ss_dssp CCTTSCCCCCCSSCEEEEEEEEECTTSCEEEEEEESEEEEEEEGGGGGGCCCCCSEEEEETTCSSCEEEEEEECTTCCEEEECTTSCEECCCSSSSEEEE TTEEEEEEECCCCCSSCEEETTEEECCC >sa_dssp EEEEDEEEDEEEBEEBDBDACAEBDEEDEDDCDACCCDAAAAABECDEECEEECDCDBDAEDBEBEBBACADADEEDECDABCDEEEDCECEEEEDBBEC EDACACBDEDEEDEEEBEEDEEDDDCEE >ss_pred CCCCCCCHHCCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCCEEECCEEEEEEEEEEEEECCCCCEEEECCCCCCCEEEEEECCCCEEEECCCCCCEEEECCCCCCEEE CCEEEEEHHHHHHHHCCHHHCCHHCCCC >ss_conf 9775210000147854034456510265553531555808997221100000744413401377775899997245405200446767650344253241 4434430111111100111000101379 >Consensus vprgshmseaknsnlapfrllvkltngvgdefplyygnnlivlgrtietleffpeniipvtdsksdgiiyltiskdnicqfsdekgeqidinsqfnsfey dgisfhlknmredksrghilngmyknhs >c4a4yA_ VPRGSHMSEAKNSNLAPFRLLVKLTNGVGDEFPLYYGNNLIVLGRTIETLEFFPENIIPVTDSKSDGIIYLTISKDNICQFSDEKGEQIDINSQFNSFEY DGISFHLKNMREDKSRGHILNGMYKNHS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * V 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 P 2 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 G 4 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 H 6 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 M 7 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 E 9 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 K 11 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 N 12 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 N 14 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 A 16 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 L 24 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 T 25 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 N 26 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 F 32 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 P 33 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 35 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 36 0 * * * * * * 1000 0 0 G 37 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 N 39 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 I 41 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 V 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 G 44 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 R 45 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 T 46 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 I 47 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 E 48 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 E 51 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 F 53 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 P 54 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 E 55 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 N 56 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 I 57 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 I 58 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 P 59 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 V 60 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 T 61 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 D 62 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 K 64 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 D 66 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 G 67 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 I 69 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 70 0 * * * * * * 1000 0 0 L 71 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 T 72 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 I 73 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 K 75 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 N 77 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 I 78 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 C 79 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 80 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 F 81 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 S 82 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 D 83 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 E 84 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 K 85 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 G 86 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 88 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 I 89 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 D 90 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 I 91 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 N 92 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 S 93 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 94 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 F 95 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 N 96 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 S 97 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 F 98 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 E 99 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 100 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 100 0 * * * * * * 1000 0 0 D 101 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 G 102 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 I 103 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 S 104 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 F 105 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 H 106 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 L 107 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 K 108 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 N 109 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 M 110 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 R 111 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 E 112 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 D 113 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 K 114 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 S 115 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 R 116 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 G 117 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 H 118 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 I 119 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 L 120 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 N 121 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 G 122 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 M 123 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 124 0 * * * * * * 1000 0 0 K 125 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 N 126 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 H 127 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 S 128 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 128 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //