HHsearch 1.5 NAME c3oqgA_ FAM FILE c3oqgA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3oqgA_.a3m DATE Thu Oct 28 12:50:50 2010 LENG 176 match states, 176 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.3871 -2.1546 SEQ >ss_dssp CCSCSSCCSSGGGCCCCSGGGGTTSCBGGGCTTGGGCEEEEEEEEETTTTEEEEEECSGGGTTCCCEEEEEEETTEEEEEEEESSCHHHHHHHHTTCCHH HHHHTCSCHHHHHHHHHHHHHTCCEEEEEECCCCCEEEETTEEEESSSCHHHHHHHHHHHHHHHHHSSCCTTCCCC >sa_dssp EEDCEDEDEDEBCCCCDCCECBEEDEDBEEBEEDEEBEDAACACBCDEECDADDDDDCEECBEDDCACAAABAEDCBCCECEBCCBADDCAEDACDACDE CCEEEEBDDDBCBBACAABEBEDDACACBDCDECEEBECEEEECEBCCDEEDCCDBCEBEDCCEDEEEDDEEDEED >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCEEEEEEECCEEEEECCCCHHHHHHHHCCCCCCEE EECCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEECCCCCCEEEECCHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCC >ss_conf 9335777532101234324444431252322288999999865368770266620002344566886999997032543045300377775304776136 4217853302699999987465453101115799715542101110100134445568989874168787664359 >Consensus hhhhefmakrksdiilksvddlkdeidykdfeykeyfnllcelvpnnslekleinaideknxkneglvyvfviqgkifkighsitpitkrvqsyncgkve yrkngtcsttnyfvlqsllkinkivqvyaffpeqptytlfgktyqdsfstskraenvilenfiknhnkkpigctqt >c3oqgA_ HHHHEFMAKRKSDIILKSVDDLKDEIDYKDFEYKEYFNLLCELVPNNSLEKLEINAIDEKNXKNEGLVYVFVIQGKIFKIGHSITPITKRVQSYNCGKVE YRKNGTCSTTNYFVLQSLLKINKIVQVYAFFPEQPTYTLFGKTYQDSFSTSKRAENVILENFIKNHNKKPIGCTQT # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * H 1 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 H 2 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 H 3 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 H 4 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 E 5 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 M 7 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 K 9 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 R 10 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 K 11 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 D 13 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 I 15 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 K 17 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 S 18 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 D 20 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 D 21 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 D 24 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 I 26 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 D 27 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 28 0 * * * * * * 1000 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 F 31 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 33 0 * * * * * * 1000 0 0 K 34 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 E 35 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 36 0 * * * * * * 1000 0 0 F 37 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 C 41 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 V 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 P 45 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 N 46 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 N 47 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 S 48 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 E 50 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 K 51 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 I 54 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 N 55 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 A 56 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 I 57 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 D 58 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 E 59 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 K 60 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 N 61 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 X 62 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 62 * * * * * * * 1000 0 0 K 63 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 N 64 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 E 65 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 G 66 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 V 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 69 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 69 0 * * * * * * 1000 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 F 71 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 I 73 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 74 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 K 76 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 I 77 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 F 78 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 K 79 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 I 80 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 G 81 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 H 82 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 I 84 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 T 85 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 P 86 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 I 87 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 T 88 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 K 89 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 R 90 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 V 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 92 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 S 93 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 94 0 * * * * * * 1000 0 0 N 95 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 C 96 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 G 97 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 K 98 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 V 99 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 E 100 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 101 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 101 0 * * * * * * 1000 0 0 R 102 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 N 104 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 G 105 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 T 106 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 C 107 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 T 109 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 T 110 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 N 111 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 112 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 112 0 * * * * * * 1000 0 0 F 113 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 V 114 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 L 115 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 116 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 S 117 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 L 118 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 L 119 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 K 120 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 I 121 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 N 122 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 K 123 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 I 124 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 V 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 126 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 V 127 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 128 0 * * * * * * 1000 0 0 A 129 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 F 130 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 F 131 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 P 132 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 E 133 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 134 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 P 135 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 T 136 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 137 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 137 0 * * * * * * 1000 0 0 T 138 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 L 139 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 F 140 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 G 141 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 K 142 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 T 143 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 144 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 144 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 145 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 D 146 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 S 147 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 F 148 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 S 149 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 T 150 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 S 151 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 K 152 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 R 153 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 A 154 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 E 155 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 N 156 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 V 157 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 I 158 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 L 159 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 E 160 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 N 161 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 F 162 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 I 163 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 K 164 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 N 165 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 H 166 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 N 167 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 K 168 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 K 169 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 P 170 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 I 171 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 G 172 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 C 173 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 T 174 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 175 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 T 176 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 176 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //