HHsearch 1.5 NAME c3kxyB_ FAM FILE c3kxyB_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3kxyB_.a3m DATE Sat Aug 28 16:07:37 2010 LENG 132 match states, 132 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4083 -0.7895 SEQ >ss_dssp CHHHHHHHHHHHHHHHHHTCSCCCCCTTSEEEEEETTTEEEEEEEETTTTEEEEEEEEEETTSCCSSHHHHHHHHHHHHGGGTCEEEEETTTTEEEEEEE EEGGGCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCC >sa_dssp EECCDCBCEBADDBBEEEEDEEBEBDEECDBEBECEEEACACACBCDEEECACACACBBBCEDCEEDADEDBEDCCEECEECEBDBCCCEEECDABACBD BDCEEBDBECACECBDDACEBADDBCEEBDEE >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCEEECHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEECCCEEEEEEEEEHHHEECHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEHHCCHHHHHHHH HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCC >ss_conf 9657889999999711028830344788877665402465699995066457754432001100515899998410257310447860100005667777 88987149999999999851378898643679 >Consensus MxxxxxvxxlLxxFAxxIGLPsLxLxExxxxSLxFDxxxxVxllxxxExxxLxLEAxvVGixvxxxxixRxxxsFNxHWxxxxLxFxxDxxxxxxxLxxx IxxxxLxxExFExxLAxLLxHaExWxxLLxxx >c3kxyB_ MDLTSKVNRLLAEFAGRIGLPSLSLDEEGMASLLFDEQVGVTLLLLAERERLLLEADVVGIDVLGEGIFRQLASFNRHWHRFDLHFGFDELTGKVQLYAQ ILAAQLTLECFEATLANLLDHAEFWQRLLPCA >UniRef50_D0VFJ1(1-128:148) VxsC n=9 Tax=Vibrio RepID=D0VFJ1_VIBAL E=5e-14 s/c=0.61 id=36% cov=98% MSARQTIDEILLKFAHQIGLPALHLTENEV-SLAFDDNLRVHIIFHPESTTLQLEAEIVGLQIVNSDLYRSFLAFNYHWPEHQLFFSLDNHRHVLCLNRL INIRRLDYEYFETALAELLTHSESWEALL--- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1554 0 0 D 2 * * 989 * * * * * * * * * * * * 1011 * * * * 2 0 * * * * * * 1554 0 0 L 3 1011 * * * * * * * * 989 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1554 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * 1011 * 989 * * * 4 0 * * * * * * 1554 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * 1011 * 989 * * * * 5 0 * * * * * * 1554 0 0 K 6 * * * * * * * * 989 * * * * * * * 1011 * * * 6 0 * * * * * * 1554 0 0 V 7 * * * * * * * 1011 * * * * * * * * * 989 * * 7 0 * * * * * * 1554 0 0 N 8 * * 1011 * * * * * * * * 989 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1554 0 0 R 9 * * * 1011 * * * * * * * * * * 989 * * * * * 9 0 * * * * * * 1554 0 0 L 10 * * * * * * * 1011 * 989 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1554 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1554 0 0 A 12 989 * * * * * * * * 1011 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1554 0 0 E 13 * * * 989 * * * * 1011 * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1554 0 0 F 14 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1554 0 0 A 15 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1554 0 0 G 16 * * * * * 989 1011 * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1554 0 0 R 17 * * * * * * * * * * * * * 1011 989 * * * * * 17 0 * * * * * * 1554 0 0 I 18 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1554 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1554 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1554 0 0 P 21 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1554 0 0 S 22 1011 * * * * * * * * * * * * * * 989 * * * * 22 0 * * * * * * 1554 0 0 L 23 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1554 0 0 S 24 * * * * * * 1011 * * * * * * * * 989 * * * * 24 0 * * * * * * 1554 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1554 0 0 D 26 * * 989 * * * * * * * * * * * * * 1011 * * * 26 0 * * * * * * 1554 0 0 E 27 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1554 0 0 E 28 * * * 989 * * * * * * * 1011 * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1554 0 0 G 29 * * * 1011 * 989 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1554 0 0 M 30 * * * * * * * * * * 989 * * * * * * 1011 * * 30 989 * 1011 * * * * 1554 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * 0 * 1000 0 1000 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1554 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1554 0 0 L 34 1011 * * * * * * * * 989 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1554 0 0 F 35 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1554 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1554 0 0 E 37 * * 1011 989 * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1554 0 0 Q 38 * * * * * * * * * * * 1011 * 989 * * * * * * 38 0 * * * * * * 1554 0 0 V 39 * * * * * * * * * 1011 * * * * * * * 989 * * 39 0 * * * * * * 1554 0 0 G 40 * * * * * 989 * * * * * * * * 1011 * * * * * 40 0 * * * * * * 1554 0 0 V 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 41 0 * * * * * * 1554 0 0 T 42 * * * * * * 1011 * * * * * * * * * 989 * * * 42 0 * * * * * * 1554 0 0 L 43 * * * * * * * 1011 * 989 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1554 0 0 L 44 * * * * * * * 1011 * 989 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1554 0 0 L 45 * * * * 1011 * * * * 989 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1554 0 0 L 46 * * * * * * 1011 * * 989 * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1554 0 0 A 47 989 * * * * * * * * * * * 1011 * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1554 0 0 E 48 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1554 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 989 1011 * * * * 49 0 * * * * * * 1554 0 0 E 50 * * * 989 * * * * * * * * * * * * 1011 * * * 50 0 * * * * * * 1554 0 0 R 51 * * * * * * * * * * * * * * 989 * 1011 * * * 51 0 * * * * * * 1554 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1554 0 0 L 53 * * * * * * * * * 989 * * * 1011 * * * * * * 53 0 * * * * * * 1554 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1554 0 0 E 55 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1554 0 0 A 56 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1554 0 0 D 57 * * 989 1011 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1554 0 0 V 58 * * * * * * * 1011 * * * * * * * * * 989 * * 58 0 * * * * * * 1554 0 0 V 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 59 0 * * * * * * 1554 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1554 0 0 I 61 * * * * * * * 989 * 1011 * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1554 0 0 D 62 * * 989 * * * * * * * * * * 1011 * * * * * * 62 0 * * * * * * 1554 0 0 V 63 * * * * * * * 1011 * * * * * * * * * 989 * * 63 0 * * * * * * 1554 0 0 L 64 * * * * * * * * * 989 * * * * * * * 1011 * * 64 0 * * * * * * 1554 0 0 G 65 * * * * * 989 * * * * * 1011 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1554 0 0 E 66 * * * 989 * * * * * * * * * * * 1011 * * * * 66 0 * * * * * * 1554 0 0 G 67 * * 1011 * * 989 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1554 0 0 I 68 * * * * * * * 989 * 1011 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1554 0 0 F 69 * * * * 989 * * * * * * * * * * * * * * 1011 69 0 * * * * * * 1554 0 0 R 70 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 70 0 * * * * * * 1554 0 0 Q 71 * * * * * * * * * * * * * 989 * 1011 * * * * 71 0 * * * * * * 1554 0 0 L 72 * * * * 1011 * * * * 989 * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1554 0 0 A 73 989 * * * * * * * * 1011 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1554 0 0 S 74 1011 * * * * * * * * * * * * * * 989 * * * * 74 0 * * * * * * 1554 0 0 F 75 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1554 0 0 N 76 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1554 0 0 R 77 * * * * * * * * * * * * * * 989 * * * * 1011 77 0 * * * * * * 1554 0 0 H 78 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1554 0 0 W 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 79 0 * * * * * * 1554 0 0 H 80 * * * * * * 989 * * * * * 1011 * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1554 0 0 R 81 * * * 1011 * * * * * * * * * * 989 * * * * * 81 0 * * * * * * 1554 0 0 F 82 * * * * 989 * 1011 * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1554 0 0 D 83 * * 989 * * * * * * * * * * 1011 * * * * * * 83 0 * * * * * * 1554 0 0 L 84 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1554 0 0 H 85 * * * * 1011 * 989 * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1554 0 0 F 86 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1554 0 0 G 87 * * * * * 989 * * * * * * * * * 1011 * * * * 87 0 * * * * * * 1554 0 0 F 88 * * * * 989 * * * * 1011 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1554 0 0 D 89 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1554 0 0 E 90 * * * 989 * * * * * * * 1011 * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1554 0 0 L 91 * * * * * * 1011 * * 989 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1554 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * 1011 * 989 * * * 92 0 * * * * * * 1554 0 0 G 93 * * * * * 989 1011 * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1554 0 0 K 94 * * * * * * * * 989 * * * * * * * * 1011 * * 94 0 * * * * * * 1554 0 0 V 95 * * * * * * * * * 1011 * * * * * * * 989 * * 95 0 * * * * * * 1554 0 0 Q 96 * 1011 * * * * * * * * * * * 989 * * * * * * 96 0 * * * * * * 1554 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1554 0 0 Y 98 * * * * * * * * * * * 1011 * * * * * * * 989 98 0 * * * * * * 1554 0 0 A 99 989 * * * * * * * * * * * * * 1011 * * * * * 99 0 * * * * * * 1554 0 0 Q 100 * * * * * * * * * 1011 * * * 989 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1554 0 0 I 101 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1554 0 0 L 102 * * * * * * * * * 989 * 1011 * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1554 0 0 A 103 989 * * * * * * 1011 * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1554 0 0 A 104 989 * * * * * * * * * * * * * 1011 * * * * * 104 0 * * * * * * 1554 0 0 Q 105 * * * * * * * * * * * * * 989 1011 * * * * * 105 0 * * * * * * 1554 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1554 0 0 T 107 * * 1011 * * * * * * * * * * * * * 989 * * * 107 0 * * * * * * 1554 0 0 L 108 * * * * * * * * * 989 * * * * * * * * * 1011 108 0 * * * * * * 1554 0 0 E 109 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1554 0 0 C 110 * 989 * * * * * * * * * * * * * * * * * 1011 110 0 * * * * * * 1554 0 0 F 111 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1554 0 0 E 112 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1554 0 0 A 113 989 * * * * * * * * * * * * * * * 1011 * * * 113 0 * * * * * * 1554 0 0 T 114 1011 * * * * * * * * * * * * * * * 989 * * * 114 0 * * * * * * 1554 0 0 L 115 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1554 0 0 A 116 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1554 0 0 N 117 * * * 1011 * * * * * * * 989 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1554 0 0 L 118 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1554 0 0 L 119 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1554 0 0 D 120 * * 989 * * * * * * * * * * * * * 1011 * * * 120 0 * * * * * * 1554 0 0 H 121 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1554 0 0 A 122 989 * * * * * * * * * * * * * * 1011 * * * * 122 0 * * * * * * 1554 0 0 E 123 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1554 0 0 F 124 * * * * 989 * * * * * * * * * * 1011 * * * * 124 0 * * * * * * 1554 0 0 W 125 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 125 0 * * * * * * 1554 0 0 Q 126 * * * 1011 * * * * * * * * * 989 * * * * * * 126 0 * * * * * * 1554 0 0 R 127 1011 * * * * * * * * * * * * * 989 * * * * * 127 0 * * * * * * 1554 0 0 L 128 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1554 0 0 L 129 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1554 0 0 P 130 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 C 131 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 A 132 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //