HHsearch 1.5 NAME c3ks8D_ FAM FILE c3ks8D_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3ks8D_.a3m DATE Sat Aug 28 17:57:27 2010 LENG 124 match states, 124 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.5 EVD 0.4204 0.2667 SEQ >ss_dssp CCCCHHHHHHHHHHHCCSSSCHHHHHHHHHHHHHHHHTCHHHHHHHHHHHHHTTCCHHHHHHHHHHHSGGGGTSCCCEEECSSGGGSCHHHHTTEECCCS SCCGGGTEEEEEECTTSCEEEEEC >sa_dssp EECDCEEADDCACEDBEDEDCBCBCBACBABEBAEEDECBDDACECADDACEEECDCCCAACCABDDBECACECEACECECEDDEDBDECACECBDEDDE EBDACEBBBABBDBEEDEDCAACD >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHCCCCCEEEECCCCCCCHHHHHCCCCCCC CCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCC >ss_conf 9865799999988638888837999999999634763057899898998850388822100123311146508898558960536674245520346864 995553249999826682512219 >Consensus PxiSAKDLxximxxHLPGxxTxFHxLxQVixKiGKxxxxLDxxHaefqxxLaeGdsxQxALxxitkxxxxFxxvxPPvIxirsxxxiPRxxQKSLRxvPP sPxIDrGWVCvxxxqxGxTxxLKI >c3ks8D_ PYISAKDLKEIMYDHLPGFGTAFHQLVQVICKIGKDNNLLDTIHAEFQASLADGDSPQCALIQITKRVPIFQDVPPPIIHIRSRGDIPRACQKSLRPAPP SPKIDRGWVCLFKMQDGKTLGLKI >UniRef50_Q6V1Q9(217-340:340) Polymerase cofactor VP35 n=11 Tax=Ebola-like viruses RepID=VP35_EBOZ5 E=3e-61 s/c=1.90 id=87% cov=101% PDISAKDLRNIMYDHLPGFGTAFHQLVQVICKLGKDSNSLDIIHAEFQASLAEGDSPQCALIQITKRVPIFQDAAPPVIHIRSRGDIPRACQKSLRPVPP SPKIDRGWVCVFQLQDGKTLGLKI >UniRef50_P35259(206-329:329) Polymerase cofactor VP35 n=75 Tax=Lake Victoria marburgvirus RepID=VP35_MABVM E=7e-48 s/c=1.54 id=45% cov=98% PNLSAKDLALLLFTHLPGNNTPFHILAQVLSKIayksGKSGAFLDAFH----QILSEGENAQAALTRLSRTFDAFLGVVPPVIRVKNFQTVPRPSQKSLR AVPPNPTIDKGWVCVYSSEQGETRALKI # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1484 0 0 Y 2 * * 1722 * * * * * * * * 1359 * * * * * * * 1703 2 0 * * * * * * 1484 0 0 I 3 * * * * * * * 713 * 1359 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1484 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 4 0 * * * * * * 1484 0 0 A 5 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1484 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1484 0 0 D 7 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1484 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1484 0 0 K 9 1359 * * * * * * * 1703 * * * * * 1722 * * * * * 9 0 * * * * * * 1484 0 0 E 10 * * * 1703 * * * * * 1359 * 1722 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1484 0 0 I 11 * * * * * * * 713 * 1359 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1484 0 0 M 12 * * * * * * * * * 1359 713 * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1484 0 0 Y 13 * * * * 1359 * * * * * * * * * * * * * * 713 13 0 * * * * * * 1484 0 0 D 14 * * 713 * * * * * * * * * * * * * 1359 * * * 14 0 * * * * * * 1484 0 0 H 15 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1484 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1484 0 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1484 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1484 0 0 F 19 * * * * 713 * * * * * * 1359 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1484 0 0 G 20 * * * * * 713 * * * * * 1359 * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1484 0 0 T 21 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 21 0 * * * * * * 1484 0 0 A 22 713 * * * * * * * * * * * 1359 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1484 0 0 F 23 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1484 0 0 H 24 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1484 0 0 Q 25 * * * * * * * 1359 * * * * * 713 * * * * * * 25 0 * * * * * * 1484 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1484 0 0 V 27 1359 * * * * * * * * * * * * * * * * 713 * * 27 0 * * * * * * 1484 0 0 Q 28 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 28 0 * * * * * * 1484 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 29 0 * * * * * * 1484 0 0 I 30 * * * * * * * 713 * 1359 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1484 0 0 C 31 * 713 * * * * * * * * * * * * * 1359 * * * * 31 0 * * * * * * 1484 0 0 K 32 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1484 0 0 I 33 * * * * * * * 521 * 1722 * * * * * * * * * * 33 713 1359 * 2000 415 * * 1484 1000 0 G 34 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1484 0 0 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1484 0 0 D 36 * * 713 * * * * * * * * * * * * 1359 * * * * 36 0 * * * * * * 1484 0 0 N 37 * * * * * 1359 * * * * * 1703 * * * 1722 * * * * 37 0 * * * * * * 1484 0 0 N 38 1359 * * * * * * * * * * 713 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1484 0 0 L 39 * * * * 1359 * * * * 1703 * * * * * 1722 * * * * 39 0 * * * * * * 1484 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1484 0 0 D 41 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1484 0 0 T 42 1359 * * * * * * 1722 * * * * * * * * 1703 * * * 42 0 * * * * * * 1484 0 0 I 43 * * * * 1359 * * 713 * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1484 0 0 H 44 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 44 713 * 1359 * * * * 1484 0 0 A 45 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * 0 1087 0 1000 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * 0 1087 0 1000 F 47 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * 0 1087 0 1000 Q 48 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 48 0 * * * * 0 * 1087 0 1000 A 49 713 * * * * * * * * * * * * 1359 * * * * * * 49 0 * * * * * * 1484 0 0 S 50 * * * * * * * 1359 * * * * * * * 713 * * * * 50 0 * * * * * * 1484 0 0 L 51 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1484 0 0 A 52 713 * * * * * * * * * * * * * * 1359 * * * * 52 0 * * * * * * 1484 0 0 D 53 * * 1703 529 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1484 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1484 0 0 D 55 * * 713 1359 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1484 0 0 S 56 * * * * * * * * * * * 1359 * * * 713 * * * * 56 0 * * * * * * 1484 0 0 P 57 1359 * * * * * * * * * * * 713 * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1484 0 0 Q 58 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 58 0 * * * * * * 1484 0 0 C 59 1359 713 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1484 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1484 0 0 L 61 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1484 0 0 I 62 * * * * * * * 713 * * * * * * * * 1359 * * * 62 0 * * * * * * 1484 0 0 Q 63 * * * * * * * * * * * * * 713 1359 * * * * * 63 0 * * * * * * 1484 0 0 I 64 * * * * * * * 713 * 1359 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1484 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * 1359 713 * * * 65 0 * * * * * * 1484 0 0 K 66 * * * * * * * * 713 * * * * * 1359 * * * * * 66 0 * * * * * * 1484 0 0 R 67 * * * * * * * * * * * * * * 713 * 1359 * * * 67 0 * * * * * * 1484 0 0 V 68 * * * * 1359 * * * * * * * * * * * * 713 * * 68 0 * * * * * * 1484 0 0 P 69 * * 1359 * * * * * * * * * 713 * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1484 0 0 I 70 1359 * * * * * * 713 * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1484 0 0 F 71 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1484 0 0 Q 72 * * * * * * * * * 1359 * * * 713 * * * * * * 72 0 * * * * * * 1484 0 0 D 73 * * 713 * * 1359 * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1484 0 0 V 74 1722 * * * * * * * * * * * * * * * * 521 * * 74 0 * * * * * * 1484 0 0 P 75 1722 * * * * * * * * * * * 1703 * * * * 1359 * * 75 0 * * * * * * 1484 0 0 P 76 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1484 0 0 P 77 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1484 0 0 I 78 * * * * * * * 1703 * * * * * * * * * 529 * * 78 0 * * * * * * 1484 0 0 I 79 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1484 0 0 H 80 * * * * * * 713 * * * * * * * 1359 * * * * * 80 0 * * * * * * 1484 0 0 I 81 * * * * * * * 713 * * * * * * * * * 1359 * * 81 0 * * * * * * 1484 0 0 R 82 * * * * * * * * 1359 * * * * * 713 * * * * * 82 0 * * * * * * 1484 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * 1359 * * * 713 * * * * 83 0 * * * * * * 1484 0 0 R 84 * * * * 1359 * * * * * * * * * 713 * * * * * 84 0 * * * * * * 1484 0 0 G 85 * * * * * 713 * * * * * * * 1359 * * * * * * 85 0 * * * * * * 1484 0 0 D 86 * * 713 * * * * * * * * * * * * * 1359 * * * 86 0 * * * * * * 1484 0 0 I 87 * * * * * * * 713 * * * * * * * * * 1359 * * 87 0 * * * * * * 1484 0 0 P 88 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1484 0 0 R 89 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 89 0 * * * * * * 1484 0 0 A 90 713 * * * * * * * * * * * 1359 * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1484 0 0 C 91 * 713 * * * * * * * * * * * * * 1359 * * * * 91 0 * * * * * * 1484 0 0 Q 92 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 92 0 * * * * * * 1484 0 0 K 93 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1484 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 94 0 * * * * * * 1484 0 0 L 95 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1484 0 0 R 96 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 96 0 * * * * * * 1484 0 0 P 97 1359 * * * * * * * * * * * 713 * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1484 0 0 A 98 1703 * * * * * * * * * * * * * * * * 529 * * 98 0 * * * * * * 1484 0 0 P 99 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1484 0 0 P 100 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1484 0 0 S 101 * * * * * * * * * * * 1359 * * * 713 * * * * 101 0 * * * * * * 1484 0 0 P 102 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1484 0 0 K 103 * * * * * * * * 713 * * * * * * * 1359 * * * 103 0 * * * * * * 1484 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1484 0 0 D 105 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1484 0 0 R 106 * * * * * * * * 1359 * * * * * 713 * * * * * 106 0 * * * * * * 1484 0 0 G 107 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1484 0 0 W 108 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 108 0 * * * * * * 1484 0 0 V 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 109 0 * * * * * * 1484 0 0 C 110 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1484 0 0 L 111 * * * * * * * * * 1703 * * * * * * * 529 * * 111 0 * * * * * * 1484 0 0 F 112 * * * * 713 * * * * * * * * * * * * * * 1359 112 0 * * * * * * 1484 0 0 K 113 * * * * * * * * 1703 * * * * 1722 * 1359 * * * * 113 0 * * * * * * 1484 0 0 M 114 * * * * * * * * * 1722 1703 * * * * 1359 * * * * 114 0 * * * * * * 1484 0 0 Q 115 * * * 1359 * * * * * * * * * 713 * * * * * * 115 0 * * * * * * 1484 0 0 D 116 * * 713 * * * * * * * * * * 1359 * * * * * * 116 0 * * * * * * 1484 0 0 G 117 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1484 0 0 K 118 * * * 1359 * * * * 713 * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1484 0 0 T 119 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 119 0 * * * * * * 1484 0 0 L 120 * * * * * * * * * 713 * * * * 1359 * * * * * 120 0 * * * * * * 1484 0 0 G 121 1359 * * * * 713 * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1484 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1484 0 0 K 123 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1484 0 0 I 124 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 124 0 * * 0 * * * 1484 0 0 //