HHsearch 1.5 NAME c3h6qA_ FAM FILE c3h6qA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c3h6qA_.a3m DATE Sat Aug 28 17:07:31 2010 LENG 168 match states, 168 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.3942 -1.6448 SEQ >ss_dssp CCCCEEEEEEEECTTCCTTCCSSCCCEEECTTCTTSBCEEECCCTTCCCCEEEEECGGGCTTCEEEEECCSSSSCCCEEEBCSSCSSCBCEEECHHHHHH HTCBCCBEEEECTTCCTTEEEEEEEEETTEEEEEEEEEETTEEEEEEEEECCCTTCCCCEEEEEESCC >sa_dssp EBEDCCBBABCBDEEDECEDEEEECCCAABDDCCDDCABBBDEDEECEBDAEABDCEEDCEECBBABBECEDEDEDABAABBDEEDECBACABBDECBEE CECCCBACBDDAEEDDEBBCBABABEDEECBABABCCEDEEECBABADCBDEEEEDCBACABBDDEEE >ss_pred CCCCCEEEEEEEECCCCCCCCCCCCEECCCCCCCCCCEECCCCCCCCEEEEEEEECCCCCCCEEEEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCEEEEEEECCCC CCCEEEEEECCCCCCCCEEEEEEEEEEECCCCHHHHHHHHCCCEEEEEECCCCCCCCCCEEEEEEECC >ss_conf 9445216677530577887668752110356785244001678874315889840787777325678787347787631358533335546654210211 57237888500245667148787323542652677887619942686301446873223157753319 >Consensus gfedgfytilhlaegqhpnskipggmyasskdgkdvpvtaeplgpqskirwwiardpqagddmytitefridnsipgqwsrspvetevpvylydrikaee tgytcawriqpadhgadgvyhivgnvrigstdwadlreeygepqvymkpvpvipnvyiprwfilgyee >c3h6qA_ GFEDGFYTILHLAEGQHPNSKIPGGMYASSKDGKDVPVTAEPLGPQSKIRWWIARDPQAGDDMYTITEFRIDNSIPGQWSRSPVETEVPVYLYDRIKAEE TGYTCAWRIQPADHGADGVYHIVGNVRIGSTDWADLREEYGEPQVYMKPVPVIPNVYIPRWFILGYEE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 F 2 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 E 3 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 D 4 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 G 5 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 7 0 * * * * * * 1000 0 0 T 8 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 I 9 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 H 11 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 A 13 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 E 14 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 G 15 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 16 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 H 17 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 P 18 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 N 19 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 I 22 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 P 23 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 G 24 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 M 26 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 27 0 * * * * * * 1000 0 0 A 28 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 S 30 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 K 31 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 D 32 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 K 34 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 D 35 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 P 37 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 T 39 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 E 41 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 P 42 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 G 44 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 P 45 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 46 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 K 48 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 I 49 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 R 50 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 W 51 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 W 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 I 53 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 R 55 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 D 56 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 P 57 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 58 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 A 59 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 G 60 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 D 61 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 D 62 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 M 63 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 64 0 * * * * * * 1000 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 I 66 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 E 68 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 F 69 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 R 70 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 I 71 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 D 72 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 N 73 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 S 74 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 I 75 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 P 76 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 G 77 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 78 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 W 79 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 S 80 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 R 81 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 S 82 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 P 83 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 T 86 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 E 87 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 V 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 P 89 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 V 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 91 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 91 0 * * * * * * 1000 0 0 L 92 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 93 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 93 0 * * * * * * 1000 0 0 D 94 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 R 95 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 I 96 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 K 97 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 A 98 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 E 99 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 E 100 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 T 101 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 G 102 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 103 0 * * * * * * 1000 0 0 T 104 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 C 105 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 A 106 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 W 107 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 R 108 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 I 109 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 110 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 P 111 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 A 112 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 D 113 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 H 114 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 G 115 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 A 116 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 D 117 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 G 118 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 120 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 120 0 * * * * * * 1000 0 0 H 121 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 I 122 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 V 123 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 G 124 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 N 125 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 V 126 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 R 127 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 I 128 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 G 129 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 S 130 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 T 131 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 D 132 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 W 133 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 A 134 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 D 135 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 L 136 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 R 137 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 E 138 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 E 139 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 140 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 140 0 * * * * * * 1000 0 0 G 141 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 E 142 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 P 143 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 144 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 V 145 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 146 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 146 0 * * * * * * 1000 0 0 M 147 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 K 148 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 P 149 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 V 150 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 P 151 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 V 152 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 I 153 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 P 154 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 N 155 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 V 156 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 157 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 157 0 * * * * * * 1000 0 0 I 158 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 P 159 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 R 160 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 W 161 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 F 162 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 I 163 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 L 164 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 G 165 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 166 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 166 0 * * * * * * 1000 0 0 E 167 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 E 168 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 168 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //