HHsearch 1.5 NAME c2lqxA_ FAM FILE c2lqxA_ COM /bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i c2lqxA_.a3m DATE Sat Jun 2 12:11:17 2012 LENG 41 match states, 41 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4485 0.6296 SEQ >ss_dssp CCSCTHHHHHHHHHHHTCSSCHHHHHHHHHHHHHTTSSCCC >sa_dssp EEDEDEECDDCBEEADEDEEEEEDCEECCEDBDEEDEEEEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 98617899999999975455489999999999999985219 >Consensus sekpqqeleecqnvcrmkrwstemvhrcekkceekferqqr >c2lqxA_ SEKPQQELEECQNVCRMKRWSTEMVHRCEKKCEEKFERQQR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * S 1 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 E 2 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 P 4 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 5 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 6 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 E 7 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 E 9 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 E 10 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 C 11 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 N 13 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 C 15 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 M 17 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 K 18 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 W 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 T 22 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 M 24 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 H 26 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 R 27 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 C 28 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 E 29 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 K 30 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 K 31 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 C 32 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 E 33 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 F 36 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 E 37 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 40 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //