HHsearch 1.5 NAME c1yq8A_ FAM FILE c1yq8A_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c1yq8A_.a3m DATE Wed Mar 10 14:17:18 2010 LENG 191 match states, 191 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.3922 -2.3172 SEQ >ss_dssp CCCCCCSSSCSTTTCCSSSSTTCCCCCCCCCCTTEEEEEETTEEEEEECCSEEEEEEEETTTTCCSSBCSSCCCCCCCSSSEEEEEESSSEEEETTEEEE CTTCCEEEEEEEEEECTTCCSSEEEEEEEETTEEEEEEEECCSTTCEEEEEEEEEECCCSCTTTSEEEEEEEETTBCBSSCEEEEEEEECC >sa_dssp EEDEEDEEEECCECDCDEEDEEDDDEDEDEDEECDDCDEDEEDDDEDEDDCBBBCACABDEBDCDEDBEDEDCECBDADDBDDEEDDEEABDDCEDAACB DEECCBDACACACBDAEEBCEDDACACACBEEDECEDDCECCEEEABBDBDCEBEAEBEDDEEDABADAAAAACECDADDADADADACBEE >ss_pred CEECCCCCCHHHHHHHCCCCCCEEEEEEECCCCCEEEEECCCEEEEEEECCEEEEEEEECCCCCCCEEECCCCEEEECCCEEEEECCCCCCCCCCCCEEE EECCCCEEEEEEEEECCEEEECEEEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCCCEEEEEEEECHHCEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEEEEEEC >ss_conf 7562265201156642248863368888328861388312764798641200143446416788300110111000013126761002442113331165 3057742999999825714404089999838864589813444235853888888600111245457766304852010368987876309 >Consensus vvvedsgasfgeslldttsepgkilvkrisggsgitvtdygdqveieasvtdalslmyststggpasiaanaltdfdlsgaltvnsvgtgltksaagiql aagksglyqitmtvknntvttgnyllrvkygssdfvvacpassltaggtislliycnvlgvvsldvlkfslcndgaalsnyiinitaakin >c1yq8A_ VVVEDSGASFGESLLDTTSEPGKILVKRISGGSGITVTDYGDQVEIEASVTDALSLMYSTSTGGPASIAANALTDFDLSGALTVNSVGTGLTKSAAGIQL AAGKSGLYQITMTVKNNTVTTGNYLLRVKYGSSDFVVACPASSLTAGGTISLLIYCNVLGVVSLDVLKFSLCNDGAALSNYIINITAAKIN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * V 1 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 V 2 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 V 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 G 7 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 S 9 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 F 10 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 G 11 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 E 12 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 D 16 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 T 18 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 E 20 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 P 21 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 I 24 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 V 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 R 28 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 S 30 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 S 33 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 G 34 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 I 35 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 V 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 T 38 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 D 39 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1000 0 0 G 41 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 D 42 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 43 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 V 44 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 E 45 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 I 46 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 V 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 T 51 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 D 52 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 L 56 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 M 57 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1000 0 0 S 59 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 T 60 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 T 62 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 G 63 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 G 64 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 P 65 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 A 66 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 S 67 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 A 69 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 A 70 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 N 71 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 T 74 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 D 75 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 F 76 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 D 77 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 S 79 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 G 80 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 A 81 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 L 82 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 T 83 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 V 84 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 N 85 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 S 86 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 V 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 G 88 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 T 89 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 G 90 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 L 91 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 K 93 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 A 95 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 A 96 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 G 97 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 I 98 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 99 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 A 101 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 A 102 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 G 103 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 K 104 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 S 105 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 G 106 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 L 107 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 108 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 108 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 109 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 I 110 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 T 111 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 M 112 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 V 114 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 K 115 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 N 116 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 N 117 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 T 118 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 T 120 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 T 121 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 G 122 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 N 123 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 124 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 124 0 * * * * * * 1000 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 L 126 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 R 127 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 V 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 K 129 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 130 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 130 0 * * * * * * 1000 0 0 G 131 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 S 132 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 S 133 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 D 134 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 F 135 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 V 136 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 V 137 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 A 138 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 C 139 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 P 140 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 A 141 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 S 142 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 S 143 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 L 144 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 T 145 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 A 146 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 G 147 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 G 148 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 T 149 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 I 150 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 S 151 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 L 152 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 L 153 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 I 154 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 155 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 155 0 * * * * * * 1000 0 0 C 156 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 N 157 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 V 158 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 L 159 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 G 160 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 V 161 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 V 162 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 S 163 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 L 164 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 D 165 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 V 166 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 L 167 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 K 168 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 F 169 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 S 170 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 L 171 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 C 172 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 N 173 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 D 174 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 G 175 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 A 176 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 A 177 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 L 178 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 178 0 * * * * * * 1000 0 0 S 179 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 179 0 * * * * * * 1000 0 0 N 180 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 180 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 181 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 181 0 * * * * * * 1000 0 0 I 182 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 182 0 * * * * * * 1000 0 0 I 183 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 183 0 * * * * * * 1000 0 0 N 184 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 184 0 * * * * * * 1000 0 0 I 185 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 185 0 * * * * * * 1000 0 0 T 186 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 186 0 * * * * * * 1000 0 0 A 187 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 187 0 * * * * * * 1000 0 0 A 188 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 188 0 * * * * * * 1000 0 0 K 189 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 189 0 * * * * * * 1000 0 0 I 190 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 190 0 * * * * * * 1000 0 0 N 191 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 191 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //