HHsearch 1.5 NAME c1yq6A_ FAM FILE c1yq6A_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c1yq6A_.a3m DATE Wed Mar 10 20:29:42 2010 LENG 144 match states, 144 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.3950 -2.1752 SEQ >ss_dssp CCCSEEEEEEECTTTTSCSSBCTTCCCCCCCTTSEEEEEESSSEEECSSSEEECTTCCEEEEEEEEEECTTCCSSEEEEEEEETTEEEEEEEECCSSCCE EEEEEEEEECCCSCTTTSEEEEEEEESSSCBSSCEEEEEEEECC >sa_dssp EEDEABBCACABDECDCDEDBEDEDCECBDADDADDEEDDDEABDDCEDAACBDEECCBDADACACADAEEBDEDDACACACBEEDECEDDCECDEEDAB BDBDCEBEADBEEDEEDBBADAAAAACECDADEBDADADACBDE >ss_pred CCCCCEEEEEEECCCCCCCEEECCCCEEEECCCEEEEECCCCCCCCCCCCEEEEECCCCEEEEEEEEECCEEEECEEEEEEEECCCCEEEECCCCCCCCC CEEEEEEEEEECCEEEEEEEEEEEECCCCEEEEEEEEEEEEEEC >ss_conf 9642025777632689830021011100001212676200244211333117530576418999985256244130899998389645998134442358 53888888600111246457776414853010378987876309 >Consensus ggvtdalslxyststggpasiaanaltdfdlsgaltvnsvgtgltksaagiqlaagksglyqitxtvknntvttgnyllrvkygssdfvvacpassltag gtislliycnvlgvvsldvlkfslcndgaalsnyiinitaakin >c1yq6A_ GGVTDALSLXYSTSTGGPASIAANALTDFDLSGALTVNSVGTGLTKSAAGIQLAAGKSGLYQITXTVKNNTVTTGNYLLRVKYGSSDFVVACPASSLTAG GTISLLIYCNVLGVVSLDVLKFSLCNDGAALSNYIINITAAKIN # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 V 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 T 4 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 A 6 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 X 10 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 10 * * * * * * * 1000 0 0 Y 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 11 0 * * * * * * 1000 0 0 S 12 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 T 13 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 G 16 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 P 18 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 N 24 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 L 26 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 T 27 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 F 29 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 L 31 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 A 34 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 L 35 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 V 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 V 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 G 41 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 T 42 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 L 44 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 A 49 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 G 50 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 I 51 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 52 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 K 57 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 G 59 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 L 60 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 61 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 62 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 I 63 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 X 65 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 65 * * * * * * * 1000 0 0 T 66 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 V 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 K 68 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 N 69 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 N 70 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 V 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 T 73 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 T 74 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 N 76 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 77 0 * * * * * * 1000 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 L 79 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 R 80 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 V 81 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 K 82 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 83 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 83 0 * * * * * * 1000 0 0 G 84 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 S 85 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 S 86 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 D 87 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 F 88 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 V 89 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 V 90 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 A 91 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 C 92 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 P 93 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 A 94 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 S 95 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 S 96 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 L 97 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 T 98 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 A 99 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 G 100 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 T 102 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 I 103 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 S 104 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 L 105 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 I 107 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 108 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 108 0 * * * * * * 1000 0 0 C 109 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 N 110 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 V 111 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 L 112 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 G 113 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 V 114 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 V 115 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 S 116 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 L 117 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 D 118 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 V 119 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 L 120 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 K 121 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 F 122 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 S 123 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 L 124 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 C 125 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 N 126 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 D 127 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 G 128 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 A 129 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 A 130 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 L 131 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 S 132 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 N 133 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 134 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 134 0 * * * * * * 1000 0 0 I 135 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 I 136 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 N 137 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 I 138 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 T 139 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 A 140 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 A 141 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 K 142 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 I 143 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 N 144 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 144 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //