HHsearch 1.5 NAME c1xu0A_ FAM FILE c1xu0A_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c1xu0A_.a3m DATE Wed Mar 10 21:58:22 2010 LENG 102 match states, 102 columns in multiple alignment FILT 4 out of 8 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4365 0.4612 SEQ >ss_dssp CCEEEEEEECCSCCCCCSSHHHHHHHHHGGGTSCSEEEEEECSSCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHTTTGGGGSCCCTTTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH CC >sa_dssp DDCEDECDDBEEBDCECEEEEBCEBACECCEEBAECACDBDCEEDEECDEDEBCDCACEBACDCBCEDCEEEEEDEEECDCCCDABCCAADBAADAADEE EE >ss_pred CCHHHHHHHHCCCEECCCCCHHHHHHHHHHHHCCHHHHCCCCCCCCCCCHHHEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHC CC >ss_conf 9135656653262000587204567767776458122047646743345012000022237788884045777752035788999999999997766631 79 >Consensus lGGYmlGxamxrmxxhFxspxExRyyxexxxrxPnrVYxxxyxxxeyvxqdxFVxDCxNitvteyxixpxxxknxsxxnqxdxxvxxkvireMCitqYrr gs >c1xu0A_ IGGYMLGNAVGRMSYQFNNPMESRYYNDYYNQMPNRVYRPMYRGEEYVSEDRFVRDCYNMSVTEYIIKPAEGKNNSELNQLDTTVKSQIIREMCITEYRR GS >UniRef50_Q6GLY6(11-235:235) Major prion protein n=6 Tax=Xenopus RepID=Q6GLY6_XENLA E=4e-84 s/c=0.79 id=86% cov=101% IGGYMLGNAVGRMNHHFDNPMESRYYNDYYNQMPDRVYRPMYRSEEYVSEDRFVTDCYNMSVTEYIIKPSEGKNGSDVNQLDTVVKSKIIREMCITEYRR GS >UniRef50_P27177(61-242:273) Major prion protein homolog n=19 Tax=Sauropsida RepID=PRIO_CHICK E=9e-57 s/c=0.85 id=45% cov=96% LGGYAMGRVMSGMNYHFDSPDEYRWWSENSARYPNRVYYRDYSSP--VPQDVFVADCFNITVTEYSIGPAAKKNTSEavaaANQteveMENKVVTKVIRE MCVQQYR--- >UniRef50_P04156(96-252:253) Major prion protein n=533 Tax=Amniota RepID=PRIO_HUMAN E=1e-17 s/c=0.47 id=33% cov=97% LGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPM--DEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTK--GENFTETDVKMMERVVEQMCITQyer esqayYQRGS # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * I 1 * * * * * * * 1200 * 824 * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1854 0 0 G 2 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1854 0 0 G 3 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 4 0 * * * * * * 1854 0 0 M 5 1924 * * * * * * * * * 441 * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1854 0 0 L 6 * * * * * * * * * 441 1924 * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1854 0 0 G 7 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1854 0 0 N 8 * * * * * * * * * * * 1200 * * 1924 1730 * * * * 8 0 * * * * * * 1854 0 0 A 9 441 * * * * * * * * * * * * * * * * 1924 * * 9 0 * * * * * * 1854 0 0 V 10 * * * * * * * * * * 824 * * * * * * 1200 * * 10 0 * * * * * * 1854 0 0 G 11 * * * * * 1200 * * * * * * * * * 824 * * * * 11 0 * * * * * * 1854 0 0 R 12 * * * * * 1924 * * * * * * * * 441 * * * * * 12 0 * * * * * * 1854 0 0 M 13 * * * * * * * * * * 517 * 1730 * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1854 0 0 S 14 * * * * * * * 1730 * * * 1062 * * * 2186 * * * * 14 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 15 * * * * * * 2214 1730 * * * * * * * * * * * 1049 15 0 * * * * * * 1854 0 0 Q 16 * * * * * * 358 * * * * * * 2186 * * * * * * 16 0 * * * * * * 1854 0 0 F 17 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1854 0 0 N 18 * * 1062 * * 1730 * * * * * 2186 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1854 0 0 N 19 * * * * * * * * * * * 1200 * * * 824 * * * * 19 0 * * * * * * 1854 0 0 P 20 * * 1730 * * * * * * * * * 517 * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1854 0 0 M 21 * * 1924 * * * * * * * 1200 * * * * * * * * 1730 21 0 * * * * * * 1854 0 0 E 22 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1854 0 0 S 23 * * 1730 * * * * * * * * * * * * 1200 * * * 1924 23 0 * * * * * * 1854 0 0 R 24 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 24 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1924 441 25 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1924 441 26 0 * * * * * * 1854 0 0 N 27 * * * * * * * * * * * 1200 * * 1730 1924 * * * * 27 0 * * * * * * 1854 0 0 D 28 * * 1200 824 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 29 * * * * * * * * * * * 824 * * * * * * * 1200 29 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 30 * * * * * * * * * * 1730 * * * * 1924 * * * 1200 30 0 * * * * * * 1854 0 0 N 31 1924 * * * * * 1730 * * * * 1200 * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1854 0 0 Q 32 * * * * * * * * * * * * * 1200 824 * * * * * 32 0 * * * * * * 1854 0 0 M 33 * * * * * * * * * * 1200 * * * * * * * * 824 33 0 * * * * * * 1854 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1854 0 0 N 35 * * 2214 * * * * * * * * 350 * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1854 0 0 R 36 * * * * * * * * * * * * * 1730 517 * * * * * 36 0 * * * * * * 1854 0 0 V 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 37 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1854 0 0 R 39 * * * * * * * * * * * * * * 1200 * * * * 824 39 0 * * * * * * 1854 0 0 P 40 * * * * * * * * * * * * 1200 * 824 * * * * * 40 0 * * * * * * 1854 0 0 M 41 * * 1924 * * * * * * * 1200 * 1730 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 42 * * * * * * * * * * 1730 * * * * * * * * 517 42 517 * 1731 * * * * 1854 0 0 R 43 * * * * * * * * * * * * * * 720 1347 * * * * 43 0 * * * * * 0 1488 0 1000 G 44 * * * * * 1714 * * * * * * * * * 524 * * * * 44 0 * * * * 0 * 1488 0 1000 E 45 * * 1730 1200 * * * * * * * * 1924 * * * * * * * 45 441 * 1924 * * * * 1854 0 0 E 46 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * 0 1613 0 1000 Y 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 47 0 * * * * 0 * 1613 0 1000 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * 1730 * 517 * * 48 0 * * * * * * 1854 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * 1730 1924 * * 1200 * * * * 49 0 * * * * * * 1854 0 0 E 50 * * * 1200 * * * * * * * * * 824 * * * * * * 50 0 * * * * * * 1854 0 0 D 51 * * 517 * * * * * * * * 1730 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1854 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * 1730 * * 1200 * * 1924 * * 52 0 * * * * * * 1854 0 0 F 53 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1854 0 0 V 54 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 54 0 * * * * * * 1854 0 0 R 55 1924 * * * * * 1730 * * * * * * * 2186 * 2214 * * * 55 0 * * * * * * 1854 0 0 D 56 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1854 0 0 C 57 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 58 * * * * 1924 * * * * * * * * * * * * 1730 * 1200 58 0 * * * * * * 1854 0 0 N 59 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1854 0 0 M 60 * * * * * * * 824 * * 1200 * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1854 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * * * * * 1200 824 * * * 61 0 * * * * * * 1854 0 0 V 62 * * * * * * * 1730 * * * * * * * * * 517 * * 62 0 * * * * * * 1854 0 0 T 63 * * * * * * * * 1730 * * * * * * * 517 * * * 63 0 * * * * * * 1854 0 0 E 64 * * * 517 * * * * * * * * * 1730 * * * * * * 64 0 * * * * * * 1854 0 0 Y 65 * * * * * * 1730 * * * * * * * * * * * * 517 65 0 * * * * * * 1854 0 0 I 66 * * * * * * * 1200 * * * * * * * 1924 1730 * * * 66 0 * * * * * * 1854 0 0 I 67 * * * * * * * 517 * * * * * * * * * 1730 * * 67 0 * * * * * * 1854 0 0 K 68 * * * * * 1924 * * 1200 * * * * * * * 1730 * * * 68 0 * * * * * * 1854 0 0 P 69 * * * * * * * * * * * * 517 * * * 1730 * * * 69 0 * * * * * * 1854 0 0 A 70 1049 * * * * * * * * * * * * * * 2214 1730 * * * 70 0 * * * * * * 1854 0 0 E 71 1924 * * 1200 * * * * * * * * * * * * 1730 * * * 71 0 * * * * * * 1854 0 0 G 72 * * * * * 1200 * * 824 * * * * * * * * * * * 72 517 * 1731 * * * * 1854 0 0 K 73 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * 0 1488 0 1000 N 74 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 74 0 * * * * 0 * 1488 0 1000 N 75 * * * * * 952 * * * * * 2186 * * * * 1924 * * * 75 0 * * * * * * 1854 0 0 S 76 * * * 1730 * * * * * * * * * * * 517 * * * * 76 0 * * * * * * 1854 0 0 E 77 * * 2214 1049 * * * * * * * 1730 * * * * * * * * 77 441 1924 * 2000 415 * * 1854 1000 0 L 78 1924 * * * 1730 * * * * 2186 * * * * * * * 2214 * * 78 0 * * * * * * 1854 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 517 * * * * 1730 * * * 79 0 * * * * * * 1854 0 0 Q 80 * * * 1730 * * * * * * * * * 517 * * * * * * 80 441 1924 * 2000 415 * * 1854 1000 0 L 81 * * * * * * * * * 1200 1924 * * * * * 1730 * * * 81 0 * * * * * * 1854 0 0 D 82 * * 441 1924 * * * * * * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1854 0 0 T 83 * * * * * * * * * * * 1924 * * * * 1200 1730 * * 83 0 * * * * * * 1854 0 0 T 84 * * * * * * * * 824 * * * * * * * 2186 2214 * * 84 0 * * * * * * 1854 0 0 V 85 * * * * * * * * * * 1730 * * * * * * 517 * * 85 0 * * * * * * 1854 0 0 K 86 * * * * * * * * 1200 * 1730 * * * * * * 1924 * * 86 0 * * * * * * 1854 0 0 S 87 * * * 1730 * * * * * * * * * * * 1200 1924 * * * 87 0 * * * * * * 1854 0 0 Q 88 * * * * * * * * 1062 * * * * 2186 1730 * * * * * 88 0 * * * * * * 1854 0 0 I 89 * * * * * * * 1200 * * * * * * * * * 824 * * 89 0 * * * * * * 1854 0 0 I 90 * * * * * * * 517 * * * * * * * * * 1730 * * 90 0 * * * * * * 1854 0 0 R 91 * * * 1730 * * * * * * * * * * 517 * * * * * 91 0 * * * * * * 1854 0 0 E 92 * * * 517 * * * * * * * * * 1730 * * * * * * 92 0 * * * * * * 1854 0 0 M 93 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1854 0 0 C 94 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1854 0 0 I 95 * * * * * * * 441 * * * * * * * * * 1924 * * 95 0 * * * * * * 1854 0 0 T 96 * * * * * * * * * * * * * 1924 * * 441 * * * 96 0 * * * * * * 1854 0 0 E 97 * * * 1200 * * * * * * * * * 824 * * * * * * 97 517 1731 * 3000 193 * * 1854 1000 0 Y 98 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 98 0 * * * * * * 1854 0 0 R 99 * * * * * * * * * * * * * 1730 517 * * * * * 99 0 * * * * * * 1854 0 0 R 100 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 100 0 * * * * * * 1613 0 0 G 101 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1613 0 0 S 102 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 102 0 * * 0 * * * 1613 0 0 //