HHsearch 1.5 NAME c1s5lx_ FAM FILE c1s5lx_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c1s5lx_.a3m DATE Sun Mar 14 02:24:47 2010 LENG 40 match states, 40 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4806 1.9215 SEQ >ss_dssp CCCTHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHSCCCCCC >sa_dssp EEEEEDEDEEEDEEDDDEEEDEDEDDEEDEEEEEEEEEEE >ss_pred CCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 9661467899999885999999999999999999987519 >Consensus titpslkgffigllsgavvlgltfavliaisqidkvqrsl >c1s5lx_ TITPSLKGFFIGLLSGAVVLGLTFAVLIAISQIDKVQRSL # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * T 1 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 I 2 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 P 4 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 G 8 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 F 10 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 I 11 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 G 12 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 G 16 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 G 21 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 T 23 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 F 24 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 A 25 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 V 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 L 27 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 I 28 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 A 29 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 I 30 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 32 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 I 33 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 D 34 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //