HHsearch 1.5 NAME c1q5zA_ FAM FILE c1q5zA_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c1q5zA_.a3m DATE Tue Mar 9 14:51:00 2010 LENG 145 match states, 145 columns in multiple alignment FILT 1 out of 5 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4506 1.2218 SEQ >ss_dssp CCTTCCBCTTTTGGGSCCHHHHTCTTCCHHHHHHHHHHHHTCBCTTSCHHHHHHHHHHHHHHSCSSHHHHHHHHHHHTTGGGCHHHHHHHHHHHHHHHTC TTHHHHHHHHHHHHHHHCTTTTGGGSCHHHHHHHHHHSTTCGGGC >sa_dssp ECEDCEBDEDCADECCBDDEDBEDEECEBBCCABCAACDAACBCEEADEECCEDADDBBCDABBEDEEEBDDBDEDBEDBEECEEBDDCADDACECACEB ECDEDABEBADCACEDCCBCEEEDEBCCABBBAACABBEEBDBCE >ss_pred CCCCCCCCCCHHHHHCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCC CCHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCC >ss_conf 9866411011034422101100121002688999999975187889882168875203443066401335555544210000842788999999997308 116789999999998627112136326799987755522764369 >Consensus pfsglkfkqnsflstvpsvtnmhsmhfdaretflgvirkalepdtstpfpvrrafdglraeilpndtiksaalkaqcsdidkhpelkakmetlkevithh pqkeklaeialqfareagltrlkgetdyvlsnvldgligdgswra >c1q5zA_ PFSGLKFKQNSFLSTVPSVTNMHSMHFDARETFLGVIRKALEPDTSTPFPVRRAFDGLRAEILPNDTIKSAALKAQCSDIDKHPELKAKMETLKEVITHH PQKEKLAEIALQFAREAGLTRLKGETDYVLSNVLDGLIGDGSWRA # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * P 1 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 F 2 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 S 3 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 G 4 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 K 8 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 9 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 F 12 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 S 14 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 T 15 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 S 18 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 V 19 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 N 21 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 M 22 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 H 23 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 S 24 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 M 25 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 H 26 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 A 29 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 R 30 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 T 32 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 F 33 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 G 35 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 I 37 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 K 39 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 P 43 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 D 44 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 S 46 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 T 47 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 F 49 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 P 50 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 V 51 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 F 55 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 D 56 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 L 58 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 R 59 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 E 61 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 L 63 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 P 64 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 N 65 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 D 66 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 K 69 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 S 70 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 A 71 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 K 74 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 A 75 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 76 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 C 77 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 S 78 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 D 79 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 I 80 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 D 81 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 K 82 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 H 83 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 P 84 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 E 85 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 L 86 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 K 87 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 A 88 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 K 89 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 M 90 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 E 91 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 T 92 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 L 93 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 K 94 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 V 96 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 T 98 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 H 99 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 H 100 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 P 101 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 102 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 K 103 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 E 104 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 K 105 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 A 107 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 E 108 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 I 109 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 A 110 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 L 111 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 112 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 F 113 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 A 114 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 R 115 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 E 116 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 A 117 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 G 118 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 L 119 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 T 120 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 R 121 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 L 122 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 K 123 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 123 0 * * * * * * 1000 0 0 G 124 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 E 125 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 T 126 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 D 127 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 128 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 128 0 * * * * * * 1000 0 0 V 129 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 L 130 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 S 131 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 N 132 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 V 133 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 L 134 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 D 135 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 G 136 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 L 137 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 I 138 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 G 139 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 D 140 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 G 141 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 S 142 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 W 143 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 R 144 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 A 145 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //