HHsearch 1.5 NAME c1ezjA_ FAM FILE c1ezjA_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c1ezjA_.a3m DATE Wed Mar 10 16:10:52 2010 LENG 114 match states, 114 columns in multiple alignment FILT 2 out of 6 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4217 -0.4290 SEQ >ss_dssp CCHHHHHHHHHHHHHTTSSSCHHHHTTCCCHHHHHHHHHHTCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHGGGGCSSCC >sa_dssp EDDECBEEDBEECCEEEEBEDDEDACECECDBCCCCCDCCDCEDEEDCDEADDBDEEBDEECDDEEEDEEDDEEDEEEEDDDDEDDEEDEDCEDDEDDED EEEDEDDEEEEEEE >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHHHHCCCHHEECC >ss_conf 9710189999999987757647875532227899999986215766878988899997657778766765999999999999889999999998875566 78850100111049 >Consensus exxssxxemaxllxslgvxxsxxefexsrxasxvfaxrxlksanyxemtfnxcgxxxsxeksxxxkvxenxxllkqiqexixsxrdxxkrfseyqkeqns lxmxnlstlhiitd >c1ezjA_ ENTSSMKEMATLLTSLGVIQSAQEFESSRDASYVFARRALKSANYAEMTFNVCGLILSAEKSSARKVDENKQLLKQIQESVESFRDIYKRFSEYQKEQNS LLMSNLSTLHIITD >UniRef50_P28054(321-433:568) Phosphoprotein n=21 Tax=Respirovirus RepID=PHOSP_PI1HC E=1e-43 s/c=1.56 id=68% cov=100% -SNTSVDEMAKLLVSLGVMKSQHEFELSRSASHVFAKRMLKSANYKEMTFNLCGMLISVEKSLENKVEENRTLLKQIQEEINSSRDLHKRFSEYQKEQNS LMMANLSTLHIITD # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * E 1 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 2 0 * * * * * * 1247 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 3 0 * * * * * * 1247 0 0 S 4 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 4 0 * * * * * * 1247 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1247 0 0 M 6 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * 6 0 * * * * * * 1247 0 0 K 7 * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1247 0 0 E 8 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1247 0 0 M 9 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1247 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1247 0 0 T 11 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 11 0 * * * * * * 1247 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1247 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1247 0 0 T 14 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * 14 0 * * * * * * 1247 0 0 S 15 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 15 0 * * * * * * 1247 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1247 0 0 G 17 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1247 0 0 V 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 18 0 * * * * * * 1247 0 0 I 19 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1247 0 0 Q 20 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 20 0 * * * * * * 1247 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1247 0 0 A 22 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 22 0 * * * * * * 1247 0 0 Q 23 * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * 23 0 * * * * * * 1247 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1247 0 0 F 25 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1247 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1247 0 0 S 27 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 27 0 * * * * * * 1247 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 28 0 * * * * * * 1247 0 0 R 29 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 29 0 * * * * * * 1247 0 0 D 30 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 30 0 * * * * * * 1247 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1247 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1247 0 0 Y 33 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 33 0 * * * * * * 1247 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1247 0 0 F 35 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1247 0 0 A 36 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1247 0 0 R 37 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 37 0 * * * * * * 1247 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1247 0 0 A 39 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1247 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1247 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1247 0 0 S 42 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 42 0 * * * * * * 1247 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1247 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1247 0 0 Y 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 45 0 * * * * * * 1247 0 0 A 46 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1247 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1247 0 0 M 48 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1247 0 0 T 49 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 49 0 * * * * * * 1247 0 0 F 50 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1247 0 0 N 51 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1247 0 0 V 52 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 52 0 * * * * * * 1247 0 0 C 53 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1247 0 0 G 54 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1247 0 0 L 55 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1247 0 0 I 56 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1247 0 0 L 57 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1247 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1247 0 0 A 59 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 59 0 * * * * * * 1247 0 0 E 60 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1247 0 0 K 61 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1247 0 0 S 62 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 62 0 * * * * * * 1247 0 0 S 63 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 63 0 * * * * * * 1247 0 0 A 64 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1247 0 0 R 65 * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * 65 0 * * * * * * 1247 0 0 K 66 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1247 0 0 V 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 67 0 * * * * * * 1247 0 0 D 68 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1247 0 0 E 69 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1247 0 0 N 70 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1247 0 0 K 71 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 71 0 * * * * * * 1247 0 0 Q 72 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * 72 0 * * * * * * 1247 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1247 0 0 L 74 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1247 0 0 K 75 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1247 0 0 Q 76 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 76 0 * * * * * * 1247 0 0 I 77 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1247 0 0 Q 78 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 78 0 * * * * * * 1247 0 0 E 79 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1247 0 0 S 80 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 80 0 * * * * * * 1247 0 0 V 81 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 81 0 * * * * * * 1247 0 0 E 82 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 82 0 * * * * * * 1247 0 0 S 83 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 83 0 * * * * * * 1247 0 0 F 84 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * 84 0 * * * * * * 1247 0 0 R 85 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 85 0 * * * * * * 1247 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1247 0 0 I 87 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1247 0 0 Y 88 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 88 0 * * * * * * 1247 0 0 K 89 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1247 0 0 R 90 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 90 0 * * * * * * 1247 0 0 F 91 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1247 0 0 S 92 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 92 0 * * * * * * 1247 0 0 E 93 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 93 0 * * * * * * 1247 0 0 Y 94 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 94 0 * * * * * * 1247 0 0 Q 95 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 95 0 * * * * * * 1247 0 0 K 96 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1247 0 0 E 97 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1247 0 0 Q 98 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 98 0 * * * * * * 1247 0 0 N 99 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1247 0 0 S 100 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 100 0 * * * * * * 1247 0 0 L 101 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1247 0 0 L 102 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 102 0 * * * * * * 1247 0 0 M 103 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1247 0 0 S 104 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 104 0 * * * * * * 1247 0 0 N 105 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 105 0 * * * * * * 1247 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1247 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 107 0 * * * * * * 1247 0 0 T 108 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 108 0 * * * * * * 1247 0 0 L 109 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1247 0 0 H 110 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1247 0 0 I 111 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1247 0 0 I 112 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1247 0 0 T 113 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 113 0 * * * * * * 1247 0 0 D 114 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * 0 * * * 1247 0 0 //