HHsearch 1.5 NAME c1dx0A_ FAM FILE c1dx0A_ COM /bmm/www/servers/phyre/brandnew/HH/hhmake -i c1dx0A_.a3m DATE Wed Mar 10 11:20:43 2010 LENG 104 match states, 104 columns in multiple alignment FILT 3 out of 7 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.8 EVD 0.4240 0.0006 SEQ >ss_dssp CCCSCEECCCCCCCCCCCSSHHHHHHHHHTGGGSCSSCEECCSSSSCCSHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHTTCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HHTC >sa_dssp ECEEBDDBEEBEECEBECEDEECCECADDDCEDABCDACADCBEECEDEEEBBECABEBBBDCCCEDBEEEEDEBEECADEAADEAACDAACCCCEEDCE EDEE >ss_pred CCHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCEEEECCHHHCCCCCCEEEEEEEEEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH HCCC >ss_conf 9305677876315212478830346666677537930243220004662102433455588887730256665512578999999999998899742223 2039 >Consensus xxxxYmlGxamsrmnxHFdspxExRyyxenxxryPnrVyYRpxxxyvxqdxFVxDCxNitVtEyxixpsxkgxnxtexdxkvxxkvireMCitqYrrxsx xxxx >c1dx0A_ GLGGYMLGSAMSRPLIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPVDQYSNQNNFVHDCVNITVKEHTVTTTTKGENFTETDIKMMERVVEQMCITQYQRESQ AYYQ >UniRef50_Q6GLY6(114-212:235) Major prion protein n=6 Tax=Xenopus RepID=Q6GLY6_XENLA E=1e-30 s/c=1.35 id=36% cov=91% ----YMLGNAVGRMNHHFDNPMESRYYNDYYNQMPDRV-YRPMyrsEEYVSEDRFVTDCYNMSVTEYIIKPSegKNGSDVNQLDTVVKSKIIREMCITEY RRGS----- >UniRef50_P27177(141-242:273) Major prion protein homolog n=19 Tax=Sauropsida RepID=PRIO_CHICK E=9e-29 s/c=1.25 id=42% cov=89% ----YAMGRVMSGMNYHFDSPDEYRWWSENSARYPNRVYYRDYSSPVPQDVFVADCFNITVTEYSIGPAAKkntseavaAANQTEVEMenKVVTKVIREM CVQQYR-------- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * G 1 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 L 2 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 G 3 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 G 4 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 5 0 * * * * * * 1844 0 0 M 6 1621 * * * * * * * * * 567 * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1844 0 0 L 7 * * * * * * * * * 567 1621 * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1844 0 0 G 8 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1844 0 0 S 9 * * * * * * * * * * * 1573 * * 1621 1562 * * * * 9 0 * * * * * * 1844 0 0 A 10 567 * * * * * * * * * * * * * * * * 1621 * * 10 0 * * * * * * 1844 0 0 M 11 * * * * * * * * * * 591 * * * * * * 1573 * * 11 0 * * * * * * 1844 0 0 S 12 * * * * * 1573 * * * * * * * * * 591 * * * * 12 0 * * * * * * 1844 0 0 R 13 * * * * * 1621 * * * * * * * * 567 * * * * * 13 0 * * * * * * 1844 0 0 P 14 * * * * * * * * * * 597 * 1562 * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1844 0 0 L 15 * * * * * * * * * 1562 * 597 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1844 0 0 I 16 * * * * * * 1573 1562 * * * * * * * * * * * 1621 16 0 * * * * * * 1844 0 0 H 17 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1844 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1844 0 0 G 19 * * 597 * * 1562 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1844 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * 1573 * * * 591 * * * * 20 0 * * * * * * 1844 0 0 D 21 * * 1562 * * * * * * * * * 597 * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1844 0 0 Y 22 * * 1621 * * * * * * * 1573 * * * * * * * * 1562 22 0 * * * * * * 1844 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1844 0 0 D 24 * * 1562 * * * * * * * * * * * * 1573 * * * 1621 24 0 * * * * * * 1844 0 0 R 25 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 25 0 * * * * * * 1844 0 0 Y 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1621 567 26 0 * * * * * * 1844 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 1621 567 27 0 * * * * * * 1844 0 0 R 28 * * * * * * * * * * * 1573 * * 1562 1621 * * * * 28 0 * * * * * * 1844 0 0 E 29 * * 1573 591 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1844 0 0 N 30 * * * * * * * * * * * 591 * * * * * * * 1573 30 0 * * * * * * 1844 0 0 M 31 * * * * * * * * * * 1562 * * * * 1621 * * * 1573 31 0 * * * * * * 1844 0 0 H 32 1621 * * * * * 1562 * * * * 1573 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1844 0 0 R 33 * * * * * * * * * * * * * 1573 591 * * * * * 33 0 * * * * * * 1844 0 0 Y 34 * * * * * * * * * * 1573 * * * * * * * * 591 34 0 * * * * * * 1844 0 0 P 35 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1844 0 0 N 36 * * 1573 * * * * * * * * 591 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1844 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 1562 597 * * * * * 37 0 * * * * * * 1844 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 591 * 1573 * * * * 1844 0 0 Y 39 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 39 0 * * * * 0 * 1491 0 1000 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1844 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1844 0 0 P 42 * * 1621 * * * * * * * * * 567 * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1844 0 0 V 43 * * * * * * * * * * 1573 * * * * * * 1562 * 1621 43 591 1573 * 1585 585 * * 1844 1000 0 D 44 * * 1562 1573 * * * * * * * * * * * 1621 * * * * 44 0 * * * * * * 1844 0 0 Q 45 * * * 1573 * * * * * * * * * 1562 * 1621 * * * * 45 0 * * * * * * 1844 0 0 Y 46 * * * * * * * * * * * * 1621 * * * * * * 567 46 0 * * * * * * 1844 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 1562 * 597 * * 47 0 * * * * * * 1844 0 0 N 48 * * * * * * * * * * * 1562 1621 * * 1573 * * * * 48 0 * * * * * * 1844 0 0 Q 49 * * * 1573 * * * * * * * * * 591 * * * * * * 49 0 * * * * * * 1844 0 0 N 50 * * 597 * * * * * * * * 1562 * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1844 0 0 N 51 * * * * * * * * * * * 1562 * * 1573 * * 1621 * * 51 0 * * * * * * 1844 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1844 0 0 V 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 53 0 * * * * * * 1844 0 0 H 54 1621 * * * * * 1562 * * * * * * * * * 1573 * * * 54 0 * * * * * * 1844 0 0 D 55 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1844 0 0 C 56 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1844 0 0 V 57 * * * * 1621 * * * * * * * * * * * * 1562 * 1573 57 0 * * * * * * 1844 0 0 N 58 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1844 0 0 I 59 * * * * * * * 591 * * 1573 * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1844 0 0 T 60 * * * * * * * * * * * * * * * 1573 591 * * * 60 0 * * * * * * 1844 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1844 0 0 K 62 * * * * * * * * 1562 * * * * * * * 597 * * * 62 0 * * * * * * 1844 0 0 E 63 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1844 0 0 H 64 * * * * * * 1562 * * * * * * * * * * * * 597 64 0 * * * * * * 1844 0 0 T 65 * * * * * * * 1573 * * * * * * * 1621 1562 * * * 65 0 * * * * * * 1844 0 0 V 66 * * * * * * * 597 * * * * * * * * * 1562 * * 66 0 * * * * * * 1844 0 0 T 67 * * * * * 1621 * * 1573 * * * * * * * 1562 * * * 67 0 * * * * * * 1844 0 0 T 68 * * * * * * * * * * * * 597 * * * 1562 * * * 68 0 * * * * * * 1844 0 0 T 69 1621 * * * * * * * * * * * * * * 1573 1562 * * * 69 591 1573 * 1000 1000 * * 1844 1000 0 T 70 1621 * * * * * * * 1573 * * * * * * * 1562 * * * 70 0 * * * * * * 1844 0 0 K 71 * * * * * * * * 591 * * 1573 * * * * * * * * 71 567 1621 * 3000 193 * * 1844 1000 0 G 72 1621 * * * * 567 * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1844 0 0 E 73 1621 * * 1562 * * * * * * * * * * * 1573 * * * * 73 0 * * * * * * 1844 0 0 N 74 * * 1573 * * * * * * * * 591 * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1844 0 0 F 75 * * * * 1562 * * * * * * * * 1621 * * * 1573 * * 75 0 * * * * * * 1844 0 0 T 76 * * * * * * * * * * * 1573 * * * * 591 * * * 76 0 * * * * * * 1844 0 0 E 77 * * * 591 * * * * * * * * * 1573 * * * * * * 77 0 * * * * * * 1844 0 0 T 78 * * * * * * * * * 1573 * * * * * * 1562 1621 * * 78 0 * * * * * * 1844 0 0 D 79 * * 567 1621 * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1844 0 0 I 80 * * * * * * * 1562 * * 1621 * * * * * 1573 * * * 80 567 1621 * 1000 1000 * * 1844 1000 0 K 81 * * * * * * * * 591 * * * * * * * * 1573 * * 81 0 * * * * * * 1844 0 0 M 82 * * * * * * * * * * 1562 * * * * * * 597 * * 82 0 * * * * * * 1844 0 0 M 83 * * * * * * * * 1573 * 1562 * * * * * * 1621 * * 83 0 * * * * * * 1844 0 0 E 84 * * * 1562 * * * * * * * * * * * 1573 1621 * * * 84 0 * * * * * * 1844 0 0 R 85 * * * * * * * * 597 * * * * * 1562 * * * * * 85 0 * * * * * * 1844 0 0 V 86 * * * * * * * 1573 * * * * * * * * * 591 * * 86 0 * * * * * * 1844 0 0 V 87 * * * * * * * 597 * * * * * * * * * 1562 * * 87 0 * * * * * * 1844 0 0 E 88 * * * 1562 * * * * * * * * * * 597 * * * * * 88 0 * * * * * * 1844 0 0 Q 89 * * * 597 * * * * * * * * * 1562 * * * * * * 89 0 * * * * * * 1844 0 0 M 90 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 90 0 * * * * * * 1844 0 0 C 91 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1844 0 0 I 92 * * * * * * * 567 * * * * * * * * * 1621 * * 92 0 * * * * * * 1844 0 0 T 93 * * * * * * * * * * * * * 1621 * * 567 * * * 93 0 * * * * * * 1844 0 0 Q 94 * * * 1573 * * * * * * * * * 591 * * * * * * 94 0 * * * * * * 1844 0 0 Y 95 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 95 0 * * * * * * 1844 0 0 Q 96 * * * * * * * * * * * * * 1562 597 * * * * * 96 0 * * * * * * 1844 0 0 R 97 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 97 0 * * * * * * 1549 0 0 E 98 * * * 985 * 1015 * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1549 0 0 S 99 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 99 0 * * * * * * 1549 0 0 Q 100 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 A 101 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 102 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 103 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 103 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 104 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 104 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //