Job Description Q45FX5 Confidence 100.00% Date Fri May 3 21:26:37 BST 2013 Rank 1 Aligned Residues 534 % Identity 34% Template c3ky9B_ PDB info PDB header:apoptosis Chain: B: PDB Molecule:proto-oncogene vav; PDBTitle: autoinhibited vav1 Resolution 2.73 Å Model Dimensions (Å) X:82.075 Y:69.711 Z:56.771

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		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.						.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	W	I	G	C	A	R	W	L	R	D	M	K	V	L	T	T	D	K	.	.	.	.	.	N	G	T	M	L	E	F	A	S	V	L	R	D	G	I	L	L	C	R	L	A	N	T	L	V	P	N	G	I	D	Q	K	K	I	M	R	T	N	Q	P	S	P	F	L	C	C	N	N	I	N	Y	F	A	M	F
Query Conservation																						.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	W	R	Q	C	T	H	W	L	I	Q	C	R	V	L	P	P	S	H	R	V	T	W	E	G	A	Q	V	C	E	L	A	Q	A	L	R	D	G	V	L	L	C	Q	L	L	N	N	L	L	P	H	A	I	N	L	R	E	V	N	L	R	P	Q	M	S	Q	F	L	C	L	K	N	I	R	T	F	L	S	T
Template Known Secondary structure														T	T		S		T	T	S	T	T	T	S	T	T											S	S	T											S	T	T	S	S		G	G	G	S		S	S		T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	K	T	Y	F	N	L	E	D	A	D	L	F	T	A	E	D	L	Y	Y	M	N	G	F	Q	K	V	L	K	T	L	S	F	L	S	H	T	K	E	S	L	S	R	G	V	D	P	F	P	D	T	D	N	N	Q	E	G	T	S	N	G	S	E	F	E	D	D	V	E	I	Y	Q	S	L	H	D	N	I	E	N
Query Conservation
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	C	E	K	F	G	L	K	R	S	E	L	F	E	A	F	D	L	F	D	V	Q	D	F	G	K	V	I	Y	T	L	S	A	L	S	W	T	P	I	A	Q	N	R	G	I	M	P	F	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	I	Y	S	G	L	S	D	Q	I	D	D
Template Known Secondary structure					T	T				T	T	S	S								T		S															S	T	T	T	G	G	G	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	D	P	N	R	T	I	Y	G	P	I	T	S	A	D	P	E	E	Q	Q	S	E	Q	L	Y	D	R	I	V	T	N	R	K	P	S	M	N	E	N	D	L	Q	N	T	P	T	L	K	R	N	R	C	I	R	E	L	Y	D	T	E	K	N	Y	V	A	Q	A	L	V	T	I	I	K	T	F	Y	E	P	L	K
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Sequence		E	D	L	Y	D	.	.	.	.	.	.	.	C	V	E	N	E	E	A	E	G	D	E	I	Y	E	D	L	M	R	S	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	E	Y	D	K	R	C	C	C	L	R	E	I	Q	Q	T	E	E	K	Y	T	D	T	.	L	G	S	I	Q	Q	H	F	L	K	P	L	Q
Template Known Secondary structure		T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	G	S			T	T															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T																					.								T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template SS confidence
		157	.	.	160	.								.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.												.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.		.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	I	P	T	S	D	Y	N	I	I	F	G	N	I	E	E	I	N	V	L	H	T	A	L	L	A	D	L	E	Y	P	V	K	V	A	L	G	L	S	D	A	T	P	P	R	P	I	S	L	N	E	C	V	P	Q	T	I	G	E	V	F	I	K	Y	R	D	Q	F	L	A	Y	G	K	Y	C	S	N	L	P
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	F	L	K	P	Q	D	I	E	I	I	F	I	N	I	E	D	L	L	R	V	H	T	H	F	L	K	E	M	K	E	A	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	G	A	A	N	L	Y	Q	V	F	I	K	Y	K	E	R	F	L	V	Y	G	R	Y	C	S	Q	V	E
Template Known Secondary structure		T	T	S		T	T	T	S																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	T	T		S								T	T	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.		.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure																															.
Query SS confidence																															.
Query Sequence		D	S	R	K	L	S	N	E	L	L	K	T	N	E	F	I	S	R	N	I	N	E	L	T	A	Q	G	N	C	.	K	F	G	M	N	D	L	L	C	V	P	F	Q	R	L	T	K	Y	P	L	L	L	K	E	L	Q	K	K	T	D	L	A	S	P	D	R	K	S	L	E	E	A	V	E	V	M	E	D	V	C
Query Conservation																															.
Alig confidence																															.																															.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		S	A	S	K	H	L	D	R	V	A	A	A	R	E	D	V	Q	M	K	L	E	E	C	S	Q	R	A	N	N	G	R	F	T	L	R	D	L	L	M	V	P	M	Q	R	V	L	K	Y	H	L	L	L	Q	E	L	V	K	H	T	Q	.	E	A	M	E	K	E	N	L	R	L	A	L	D	A	M	R	D	L	A
Template Known Secondary structure													T						T	T	T	T								T	T	S																											T			.
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	Y	I	N	E	E	S	R	D	T	N	A	I	K	V	I	D	E	I	E	Q	S	I	T	D	L	S	M	P	L	N	V	K	L	H	D	Y	G	R	V	N	L	D	G	E	V	K	M	A	E	S	T	L	T	Q	A	G	K	P	K	Q	R	Y	I	F	L	F	D	K	V	I	V	V	C	K	A	A	N	K	V
Query Conservation
Alig confidence																															.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.																						.	.
Template Conservation																															.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.																						.	.
Template Sequence		Q	C	V	N	E	V	K	R	D	N	E	T	L	R	Q	I	T	N	F	Q	L	S	I	E	N	L	D	Q	S	.	.	.	.	L	A	H	Y	G	R	P	K	I	D	G	E	L	K	I	T	S	V	.	.	.	.	.	.	E	R	M	D	R	Y	A	F	L	L	D	K	A	L	L	I	C	K	R	R	G	.	.
Template Known Secondary structure																										T			S		.	.	.	.	G	G	G	G														S	.	.	.	.	.	.											T	T									T	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.																						.	.
Template SS confidence
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.					.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.							.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.
		512	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	A	A	K	T	T	G	A	S	A	R	T	N	T	F	T	Y	K	N	A	Y	V	M	S	E	L	T	I	D	K	N	A	S	L	D	V	K	S	G	G	T	I	T	R	R	T	Q	Y	V	I	I	M	T	R	D	R	N	E	N	N	E	I	T	Q	L	T	F	Y	F	K	N	E	A	T	R	N	N	W	M	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	Y	D	L	K	D	F	V	N	L	H	S	F	Q	V	R	D	D	S	S	G	D	R	.	.	.	.	.	D	N	K	K	W	S	H	M	F	L	L	I	E	D	Q	.	.	.	.	G	A	Q	G	Y	E	L	F	F	K	T	R	E	L	K	K	K	W	M	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T										G	G	G								S	S	T	T	.	.	.	.	.	T	T		T	T									T	T	.	.	.	.	S	S								S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.																.	.	.	.
Template SS confidence
														439	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.						.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.					.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	L	L	S	K	S	N	V	S	P	T	D	Y	L	R	D	T	N	H	K	V	A	F	H	S	F	R	V	D	V	K	N	P	A	T	C	D	V	C	D	K	L	M	K	G	L	Q	Y	Q	G	Y	K	C	E	S	C	N	M	S	M	H	K	E	C	L	G	L	K	K	C	E	A
Query Conservation
Alig confidence																.													.	.	.	.
Template Conservation																.													.	.	.	.
Template Sequence		Q	F	E	M	A	I	S	N	I	Y	P	E	N	A	.	T	A	N	G	H	D	F	Q	M	F	S	F	.	.	.	.	E	E	T	T	S	C	K	A	C	Q	M	L	L	R	G	T	F	Y	Q	G	Y	R	C	H	R	C	R	A	S	A	H	K	E	C	L	G	R	V	P	P	C	G
Template Known Secondary structure											S		T	T	T	.	T	G	G	G									.	.	.	.	S	S			B		T	T	T		S	B			S	S	S							T	T	T						S	G	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																.													.	.	.	.
Template SS confidence
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.		.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.					.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.