Job Description O07325 Confidence 99.90% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 23 Aligned Residues 287 % Identity 20% Template c2p9lA_ PDB info PDB header:structural protein Chain: A: PDB Molecule:actin-like protein 3; PDBTitle: crystal structure of bovine arp2/3 complex Resolution 2.65 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	H	Y	Y	V	S	I	D	I	G	S	S	S	V	K	T	I	V	G	E	K	F	H	N	G	I	N	V	I	G	T	G	Q	T	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	I	K	N	G	L	I	D	D	F	D	I	A	R	Q	A	I	K
Query Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	P	A	C	V	V	D	C	G	T	G	Y	T	K	L	G	Y	A	G	N	T	E	P	Q	F	I	I	P	S	C	I	A	I	K	E	V	M	K	G	V	D	D	L	D	F	F	I	G	D	E	A	I	E	K	P	T	Y	A	T	K	W	P	I	R	H	G	I	V	E	D	W	D	L	M	E	R	F	M	E
Template Known Secondary structure		S	S									S	S							T	T		S	S		S					S										S	S	G	G	G					G	G	G	G	T	S		T	T						S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		58	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	I	K	K	A	S	I	A	S	G	V	D	I	K	E	V	F	L	K	L	P	I	I	G	T	E	V	Y	D	E	S	N	E	I	D	F	Y	E	D	T	E	I	N	G	S	H	I	E	K	V	L	E	G	I	R	E	K	N	D	V	Q	E	T	E	V	I	N	V	F	P	I	R	F	I	V	D	K	E	N
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	V	I	F	K	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	A	E	P	E	D	H	Y	F	L	L	T	E	P	P	L	N	T	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				G	G	G									S	S			.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		95	.	.	.	.	100																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.		.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.				.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.																									.	.	.
Query SS confidence																																					.																									.	.	.
Query Sequence		E	V	S	D	P	K	E	L	I	A	R	H	S	L	K	V	E	A	G	V	I	A	I	Q	K	S	I	L	I	N	M	I	K	C	V	.	E	A	C	G	V	D	V	L	D	V	Y	S	D	A	Y	N	Y	G	S	I	L	T	A	T	.	.	.	E	K	E	L	G	A	C	V	I	D	I	G	E	D	V	T	Q
Query Conservation																																					.																									.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.																									.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	N	R	E	Y	T	A	E	I	M	F	E	S	F	N	V	P	G	L	Y	I	A	V	Q	A	V	L	A	L	A	A	S	W	T	S	Q	V	G	E	R	T	L	T	G	T	V	I	D	S	G	D	G	V	T	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	S			S															G	G	G				S	S			S									S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																										120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.			.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.										.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.														.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	F	Y	E	R	G	E	L	V	D	.	.	A	D	S	I	E	M	A	G	R	D	I	T	D	D	I	A	Q	G	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	Y	E	T	A	E	K	V	K	H	Q	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	A	F	Y	D	S	A	S	D	Q	D
Query Conservation													.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	P	V	A	E	G	Y	V	I	G	S	C	I	K	H	I	P	I	A	G	R	D	I	T	Y	F	I	Q	Q	L	L	R	D	R	E	V	G	I	P	P	E	Q	S	L	E	T	A	K	A	V	K	E	R	Y	S	Y	V	C	P	D	L	V	K	E	F	N	K	Y	D	T	D	G	S	K	W	I	K	Q	Y
Template Known Secondary structure							T	T				G	G	G					S																T	T						G	G	G																	S												S	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.											.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.				.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Query Sequence		I	F	T	V	E	Q	V	D	S	D	E	T	V	Q	Y	T	Q	K	D	L	S	D	F	I	E	A	R	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	F	F	E	V	F	D	V	L	Q	D	L	G	L	T	.	.	.	K	V	N	G	G	F	I	V	T	G	G	S	A	N	L	L	G	V	K	E	L	L
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Alig confidence																						.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Template Conservation																						.
Template Sequence		T	G	I	N	A	I	S	K	K	E	F	S	I	D	V	G	Y	E	R	F	.	L	G	P	E	I	F	F	H	P	E	F	A	N	P	D	F	T	Q	P	I	S	E	V	V	D	E	V	I	Q	N	C	P	I	D	V	R	R	P	L	Y	K	N	I	V	L	S	G	G	S	T	M	F	R	D	F	G	R	R	L
Template Known Secondary structure						S	S	S										T				.					T	T	T		G	G	G	T		T	T																S																S	G	G	G		S	T	T
Template Predicted Secondary structure																						.
Template SS confidence
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.		.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		337	.	.	340														.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	D	M	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	K	V	R	I	H	T	P	S	Q	M	G	I	R	K	P	E	F	S	S	A	I	S	T	I	S	S	S
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	R	D	L	K	R	T	V	D	A	R	L	K	L	S	E	E	L	S	K	P	K	P	I	D	V	Q	V	I	T	H	H	M	Q	R	Y	A	V	W	F	G	G	S	M	L	A
Template Known Secondary structure																			T														T	T	G	G	G										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.

No model constructed - rank, confidence too low