Job Description O07325 Confidence 98.97% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 56 Aligned Residues 352 % Identity 13% Template c2d4wA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:glycerol kinase; PDBTitle: crystal structure of glycerol kinase from cellulomonas sp.2 nt3060 Resolution 2.30 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.		.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																																																																											.
Query SS confidence																																																																											.
Query Sequence		E	H	Y	Y	V	S	I	D	I	G	S	S	S	V	K	T	I	V	G	E	K	F	H	N	G	I	N	V	I	G	T	G	Q	T	Y	T	S	G	I	K	N	G	L	I	D	D	F	D	I	A	R	Q	A	I	K	D	T	I	K	K	A	S	I	A	S	G	V	D	I	K	E	V	F	.	L	K	L	P	I	I
Query Conservation																																																																											.
Alig confidence																																																																											.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	Y	V	L	A	I	D	Q	G	T	T	S	S	R	A	I	V	F	D	H	S	G	E	I	Y	S	T	G	Q	L	E	H	D	Q	I	F	P	R	A	G	W	V	E	H	N	P	E	Q	I	W	N	N	V	R	E	V	V	G	L	A	L	T	R	G	N	L	T	H	E	D	I	A	A	V	G	I	T	N	Q
Template Known Secondary structure												S	S									T	T	S													B		S	S	T	T																								T	T			G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.					.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.
Query Sequence		G	T	E	V	Y	D	E	S	N	E	I	D	F	Y	E	D	T	E	I	N	G	S	H	I	E	K	V	L	E	G	I	R	E	K	N	D	V	Q	E	T	E	V	I	N	.	.	.	.	V	F	P	I	R	F	I	V	D	K	E	N	E	V	S	D	P	K	E	L	I	A	R	H	S	L	K	V	E	A	G	V
Query Conservation																																														.	.	.	.
Alig confidence																																														.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	E	T	A	V	V	W	D	K	T	T	G	K	P	V	Y	N	A	I	V	W	Q	D	T	R	T	Q	K	I	V	D	E	L	G	G	D	E	G	A	E	K	Y	K	S	I	V	G	L	P	L	A	T	Y	F	S	G	P	K	I	K	W	I	L	D	N	V	E	G	A	R	E	K	A	E	K	G	D	L	L	F
Template Known Secondary structure		S	S		B					T	T	T			B	S	S					T	T			T	T										S	S		G	G	G	G					S			S		T	T	S												S	T	T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	A	I	Q	K	S	I	L	I	N	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	C	V	E	A	C	G	V	D	V	L	D	V	Y	S	D	A	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.
Template Sequence		G	N	T	D	T	W	V	L	W	N	M	T	G	G	T	E	G	G	V	H	V	T	D	V	T	N	A	S	R	T	M	L	M	D	L	D	T	L	S	W	R	E	D	I	A	A	D	M	G	I	P	.	L	S	M	L	P	D	I	R	S	S	S	E	V	Y	G	H	G	R	P	R	G	L	V	P	G	V	P	I
Template Known Secondary structure													T	T	T	T	T	T											T	T	T	T				T	T	T	T										T	T			.	G	G	G	S						S									T	T	S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																					.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.		.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
								188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	N	Y	G	S	I	L	T	A	T	E	K	E	L	G	A	C	V	I	D	I	G	E	D	V	T	Q	V	A	F	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	E	L	V	D	A	D	S	I	E	M	A	G	R	D	I	T	D	D	I	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation																																																																														.
Template Sequence		A	G	I	L	G	D	Q	Q	A	A	T	F	G	Q	A	C	F	E	V	G	Q	A	K	N	T	Y	G	T	G	N	F	L	L	L	N	T	G	T	E	K	V	M	S	K	N	G	L	L	T	T	V	C	Y	K	I	G	D	A	P	A	V	Y	A	L	E	G	S	I	A	V	T	G	S	L	V	Q	.	W	L	R
Template Known Secondary structure															T	T			S	T	T							S	S	S								T	T	S					S	S	S										T	T	S											S		S						.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.		.	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.																280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	G	L	N	T	S	Y	E	T	A	E	K	V	K	H	Q	Y	G	H	A	F	Y	D	S	A	S	D	Q	D	I	F	T	V	E	Q	V	D	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	V	Q	Y	T	Q	K	D	L	S	D	F	I	E	A	R	V	E	E	I	F	F	E	V	F
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.
Template Sequence		D	N	L	G	M	F	E	D	A	P	D	.	.	.	.	.	V	E	W	L	A	G	K	V	Q	D	N	G	G	A	Y	F	V	P	A	F	S	G	L	F	A	P	Y	W	R	P	D	A	R	G	A	L	V	G	L	T	R	Y	V	N	R	N	H	I	A	R	A	A	L	E	A	T	A	F	Q	S	R	E	V	V
Template Known Secondary structure			T	T		T	T	T	T		S		.	.	.	.	.	T					T	T	S	S	S		T	T						T	T				S	T	T	T					S									S	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330						.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	L	Q	D	L	G	L	T	K	V	N	G	G	F	I	V	T	G	G	S	A	N	L	L	G	V	K	E	L	L	S	D	M	V	S	E	K	V	R	I	H	T	P	S	Q	M	G	I	R	K	P	E	F	S	S	A	I	S	T	I	S	S	S	I
Query Conservation
Alig confidence									.																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	A	M	N	A	D	S	.	G	V	D	L	T	E	L	R	V	D	G	G	M	V	A	N	E	L	L	M	Q	F	Q	A	D	Q	L	G	V	D	V	V	R	P	K	V	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	A	L	G	A	A	Y	A	A	G
Template Known Secondary structure									.	S										S	G	G	G	G													T	S						S		S		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure									.																																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		395	.	.	.	.	400	.		.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.									440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450