Job Description O05204 Confidence 99.68% Date Tue Jul 17 17:05:01 BST 2012 Rank 142 Aligned Residues 276 % Identity 24% Template c3vr8E_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: E: PDB Molecule:flavoprotein subunit of complex ii; PDBTitle: mitochondrial rhodoquinol-fumarate reductase from the parasitic2 nematode ascaris suum Resolution 2.81 Å

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		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.				.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	E	F	E	N	K	E	P	Y	D	V	L	I	V	G	G	G	P	A	S	G	S	A	A	I	Y	T	A	R	K	G	L	R	T	G	I	V	A	D	R	.	.	.	I	G	G	Q	V	N	D	T	A	G	I	E	N	F	I	T	V	K	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Q	Y	K	V	I	D	H	A	Y	D	V	V	I	I	G	A	G	G	A	G	L	R	A	A	M	G	L	G	E	A	G	F	K	T	A	V	V	T	K	M	F	P	T	R	S	H	T	T	A	A	Q	G	G	I	N	A	A	L	G	S	M	N	P	D	D	W	K	W	H	F	Y	D	T	A	K	G	S	D	W
Template Known Secondary structure																			S													T	T								S	S		G	G	G	S	G	G	G	G			S								S	S	S															T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
																																																																	258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	S	E	F	S	S	N	L	A	A	H	I	D	Q	Y	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	D	Q	N	A	M	H	Y	L	T	R	N	A	V	E	A	V	T	E	L	E	N	F	G	M	P	F	S	R	T	P	E	G	K	I	Y	Q	R	S	F	G	G	Q	S	N	N	Y	G	K	G	G	V	A	K	R	T	C	C	V	A	D	R	T	G	H	S	M	L	H	T	L	Y	G	N	S	L	R	C	H
Template Known Secondary structure			S											T											T	T					B		T	T	S	S	B						T	T		B	S	T	T	T	T	S		B							S	T	T																T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.							.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.																			.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.																			.
Query Sequence		I	D	A	M	T	G	I	R	A	T	D	I	E	K	T	D	E	A	I	K	V	T	L	.	.	.	.	.	.	E	N	G	A	V	L	E	S	K	T	V	I	I	A	T	G	A	G	.	W	R	K	L	N	I	P	G	E	E	Q	L	I	N	K	G	V	A	F	C	P	H	C	D	G	P	L	F	E	N	K	D
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.																			.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation
Template Sequence		C	T	F	F	I	E	Y	F	A	L	D	L	L	M	D	K	G	R	C	V	G	V	I	A	L	C	L	E	D	G	T	I	H	R	F	R	S	K	R	T	I	V	A	T	G	G	Y	G	R	A	Y	F	S	C	T	T	A	H	M	N	T	G	D	G	T	A	L	A	T	R	A	G	I	A	L	E	D	L	E	F
Template Known Secondary structure							S										T	T										T	T	T																			G	G	G	S	S	S	B	S	S		T	T												T	T			B	B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
		348	.	350	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.						.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	V	I	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	S	G	V	E	A	A	I	D	L	A	G	I	V	N	H	V	.	.	.	.	.	T	L	F	E	F	A	S	E	L	K
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	Q	F	H	P	T	G	I	Y	G	V	G	C	L	I	T	E	G	S	R	G	E	G	G	F	L	V	N	S	E	G	E	R	F	M	E	R	Y	A	P	K	A	K	D	L	A	S	R	D	V	V	S	R	A	E	T	I	E	I	M	E	G	R	G	V	G	P	E	K	D	H	I	Y	L	Q	L	H	H	L	P
Template Known Secondary structure										T	T	T			B									T						T	T				T						T	T	T	G	G	G	S															T	T	T			T	T	T	T		S						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
		382	.							.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	.	.	.	.	.	.	N	V	L	Q	D	R	L	R	S	L	S	N	V	D	I	K	T	N	A	K	T	T	E	V	V	G	E	D	H	V	T	G	I	R	Y	E	D	M	N	T	G	E	E	H	L	L	N	L	D	G	I	F	V	Q	I	G	L	L	P	N	T	S	W	L	N	D	A	V	E	L	N	E
Query Conservation				.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	E	Q	L	H	Q	R	L	P	G	I	S	E	T	A	K	I	F	A	G	V	D	V	T	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	I	P	V	I	P	T	V	H	Y	N	M	G	G	I	P	T	N	Y
Template Known Secondary structure									S															T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												S		B			B		T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
		456	.	.	.			460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.									.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	E	I	.	.	V	I	D	R	N	N	N	T	N	V	P	G	I	F	A	A	G	D	V	T	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	K	N	K	Q	I	I	I	S	M	G	A	G	A	N	A	A	L	N	A	F	D	Y	I	I	R	N
Query Conservation						.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	Q	V	I	K	Y	T	K	E	G	G	D	K	I	V	P	G	L	Y	A	C	G	E	C	A	C	H	S	V	H	G	A	N	R	L	G	A	N	S	L	L	D	A	V	V	F	G	R	A	C	S	I	N	I	K	E	E	L	K	P	D
Template Known Secondary structure		T								T	T	T												S	S	S			S		S	S	T	T	S			T	T																							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.