Job Description O05204 Confidence 99.94% Date Tue Jul 17 17:05:01 BST 2012 Rank 92 Aligned Residues 226 % Identity 28% Template c3uoyB_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:otemo; PDBTitle: crystal structure of otemo complex with fad and nadp (form 1) Resolution 2.00 Å

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		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.			.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	P	Y	D	V	L	I	V	G	G	G	P	A	S	G	S	A	A	I	Y	T	A	R	K	G	L	R	T	G	I	V	A	D	R	.	.	I	G	G	Q	V	N	D	T	A	G	I	E	N	F	I	T	V	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.								.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.
Template Sequence		P	A	L	D	A	V	V	I	G	A	G	V	T	G	I	Y	Q	A	F	L	I	N	Q	A	G	M	K	V	L	G	I	E	A	G	E	D	V	G	G	T	W	Y	W	.	.	.	.	N	R	Y	P	G	C	R	L	D	T	E	S	Y	A	Y	G	Y	F	A	L	K	G	I	I	P	E	W	E	W	S	E	N	F
Template Known Secondary structure			S									S													T	T								S	S	S	S	S		T					.	.	.	.				T	T		B		S	S											T	T	S	S	T	T				S	B	S	S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50					.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.			.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.			.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.			.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure																					.	.												.	.																													.	.
Query SS confidence																					.	.												.	.																													.	.
Query Sequence		T	T	G	S	E	F	S	S	N	L	A	A	H	I	D	Q	Y	D	I	.	.	D	A	M	T	G	I	R	A	T	D	I	.	.	E	K	T	D	E	A	I	K	V	T	L	E	N	G	A	V	L	E	S	K	T	V	I	I	A	T	G	A	.	.	G	W	R	K	L	N	I	P	G	E	E	Q	L	I	N	K
Query Conservation																					.	.												.	.																													.	.
Alig confidence																					.	.												.	.																													.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	S	Q	P	E	M	L	R	Y	V	N	R	A	A	D	A	M	D	V	R	K	H	Y	R	F	N	T	R	V	T	A	A	R	Y	V	E	N	D	R	L	W	E	V	T	L	D	N	E	E	V	V	T	C	R	F	L	I	S	A	T	G	P	L	S	A	S	R	M	P	D	I	K	G	I	D	S	F	K	G	E
Template Known Secondary structure			B																T		G	G	G				S										T	T	T	T							T	T	T														S	S		S	B						T	T	G	G	G			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.							.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	A	F	C	P	H	C	D	G	P	L	F	.	.	.	.	.	.	E	N	K	D	V	A	V	I	G	G	G	N	S	G	V	E	A	A	I	D	L	A	G	I	V	N	H	V	T	L	F	E	F	A	S	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	H	S	S	R	W	P	T	D	A	G	A	P	K	G	V	D	F	T	G	K	R	V	G	V	I	G	T	G	A	T	G	V	Q	I	I	P	I	A	A	E	T	A	K	E	L	Y	V	F	Q	R	T	P	N	W	C	T	P	L	G	N	S	P	M	S	K	E	K	M	D	S	L	R	N	R	Y	P	T	I
Template Known Secondary structure					G	G	G			B					B		S				B	T									S														B	S							S	S											B												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	Y	V	K	S	T	D	T	A	F	P	Y	H	R	D	P	R	K	G	T	D	V	S	E	S	E	R	D	A	F	F	E	E	L	Y	R	Q	P	G	Y	G	I	W	L	S	G	F	R	D	L	L	L	N	K	E	S	N	K	F	L	A	D	F	V	A	K	K	I	R	Q	R	V	K	D	P	V	V	A	E
Template Known Secondary structure						T	T	S	S	S	S	S	S				B	S	S		T	T	S	S															S	S	S	T					T	S	B	T	T	T	T	T																					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
															381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400			.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	D	N	V	L	Q	D	R	L	R	S	L	S	N	V	D	I	K	T	.	.	N	A	K	T	T	E	V	V	G	E	D	H	V	T	G	I	R	Y	E	D	M	N	T	G	E	E	H	L	L	N	L	D	G	I	F	V	Q	I	G	L	L	P	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.											.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	I	P	K	D	H	P	F	G	A	K	R	V	P	M	E	T	N	Y	Y	E	T	Y	N	R	D	N	V	H	L	V	D	I	R	E	A	P	I	Q	E	V	T	P	E	.	.	.	.	G	I	K	T	A	D	A	A	.	.	.	.	.	.	Y	D	L	D	V	I	I	Y	A	T	G	F	D	A	G
Template Known Secondary structure			T	S		S	S	S		T	T	S	S						S	S					T	T	S	T	T						T	T	T	S							S	S	.	.	.	.					S	S			.	.	.	.	.	.				S								B
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.					370	.	.	.	.	.	.	.							.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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