Job Description O05204 Confidence 99.66% Date Tue Jul 17 17:05:01 BST 2012 Rank 147 Aligned Residues 284 % Identity 23% Template c1yq4A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:succinate dehydrogenase flavoprotein subunit; PDBTitle: avian respiratory complex ii with 3-nitropropionate and ubiquinone Resolution 2.33 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.				.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	E	F	E	N	K	E	P	Y	D	V	L	I	V	G	G	G	P	A	S	G	S	A	A	I	Y	T	A	R	K	G	L	R	T	G	I	V	A	D	R	.	.	.	I	G	G	Q	V	N	D	T	A	G	I	E	N	F	I	T	V	K	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	Q	Y	P	V	V	D	H	E	F	D	A	V	V	V	G	A	G	G	A	G	L	R	A	A	F	G	L	S	E	A	G	F	N	T	A	C	V	T	K	L	F	P	T	R	S	H	T	V	A	A	Q	G	G	I	N	A	A	L	G	N	M	E	D	D	N	W	R	W	H	F	Y	D	T	V	K	G	S	D	W
Template Known Secondary structure			S	S								S							S													T	T								S	S		G	G	G	S	G	G	G	G			S								S	S	S															T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																	258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	S	E	F	S	S	N	L	A	A	H	I	D	Q	Y	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	D	Q	D	A	I	H	Y	M	T	E	Q	A	P	A	A	V	I	E	L	E	N	Y	G	M	P	F	S	R	T	E	E	G	K	I	Y	Q	R	A	F	G	G	Q	S	L	Q	F	G	K	G	G	Q	A	H	R	C	C	C	V	A	D	R	T	G	H	S	L	L	H	T	L	Y	G	R	S	L	R	Y	D
Template Known Secondary structure			S																						T	T					B		T	T	S	S	B						T	T		B	S	G	G	G	T	S		B							S	T	T															T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.					.	.	.	.	.	300			.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.		.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.							.	.																.
Query SS confidence																						.	.	.	.							.	.																.
Query Sequence		I	D	A	M	T	G	I	R	A	T	D	I	E	K	T	D	E	A	I	K	.	.	.	.	V	T	L	E	N	G	.	.	A	V	L	E	S	K	T	V	I	I	A	T	G	A	G	.	W	R	K	L	N	I	P	G	E	E	Q	L	I	N	K	G	V	A	F	C	P	H	C	D	G	P	L	F	E	N	K	D
Query Conservation																						.	.	.	.							.	.																.
Alig confidence																						.	.	.	.							.	.																.
Template Conservation
Template Sequence		T	S	Y	F	V	E	Y	F	A	L	D	L	L	M	E	N	G	E	C	R	G	V	I	A	L	C	I	E	D	G	T	I	H	R	F	R	A	K	N	T	V	I	A	T	G	G	Y	G	R	T	Y	F	S	C	T	S	A	H	T	S	T	G	D	G	T	A	M	V	T	R	A	G	L	P	C	Q	D	L	E	F
Template Known Secondary structure							T										T	T										T	T	T	T								S										G	G	G	S	S	S	B	S	S		T	T													T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.													380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	V	I	G	G	G	N	S	G	V	E	A	A	I	D	L	A	G	I	V	N	H	V	T	L	F	E	F	A	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	A	D	N	V	L	Q	D	R	L	R	S	L	S	N	V	D	I	K	T	N	A	K	T	T	E	V	V	G	E	D	H	V	T	G
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	Q	F	H	P	T	G	I	Y	G	A	G	C	L	I	T	E	G	C	R	G	E	G	G	I	L	I	N	S	Q	G	E	R	F	M	E	R	Y	A	P	V	A	K	D	L	A	S	R	D	V	V	S	R	S	M	T	I	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	T	T			B			T					T	T						T	T	S			T					S	T	T	T	G	G	G	S													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.													.	.	450	.	.	.	.	.	.													.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Query Sequence		I	R	Y	E	D	M	N	T	G	E	E	H	L	L	N	L	D	G	I	F	V	Q	I	G	L	L	P	N	T	S	W	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	A	V	E	L	N	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	I	V	I	D	R	N	N	N	T	.	.	.	.
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	I	R	E	G	R	G	C	G	P	E	K	D	H	V	Y	L	Q	L	H	H	L	P	P	Q	Q	L	A	T	R	L	P	G	I	S	E	T	A	M	I	F	A	G	V	D	V	T	K	E	P	I	P	V	L	P	T	V	H	Y	N	M	G	G	I	P	T	N	Y	K	G	Q	V	I	T	H	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.			T	T	T		B	T	T	T	T		B						T	T	S																								T	T	T	S												S		B			B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
							468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.									.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	N	V	P	G	I	F	A	A	G	D	V	T	D	Q	K	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	I	I	S	M	G	A	G	A	N	A	A	L	N	A	F	D	Y	I	I	R	N
Query Conservation		.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	G	E	D	K	V	V	P	G	L	Y	A	C	G	E	A	A	S	A	S	V	H	G	A	N	R	L	G	A	N	S	L	L	D	L	V	V	F	G	R	A	C	A	L	T	I	A	E	T	C	K	P	G
Template Known Secondary structure		T	T												G	G	G				S	S	S	T	T	S			T	T	S																						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.