Job Description P47768 Confidence 100.00% Date Tue Jul 17 17:05:10 BST 2012 Rank 6 Aligned Residues 968 % Identity 25% Template d1twfb_ SCOP info beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase RNA-polymerase beta Resolution 2.30

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.											.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	R	N	Y	A	R	I	S	E	V	L	E	L	P	N	L	I	E	I	Q	T	K	S	Y	E	W	F	L	R	E	G	L	I	E	M	F	R	D	I	S	P	I	E	D	F	T	G	N	L	S	L	E	F	V	D	Y	R	L	G	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	D	L	E	E	S	K	N
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	D	S	W	A	V	I	S	A	F	F	R	E	K	G	L	V	S	Q	Q	L	D	S	F	N	Q	F	V	D	Y	T	L	Q	D	I	I	C	E	D	S	T	L	.	.	.	.	.	.	I	E	I	S	F	G	K	I	Y	V	T	K	P	M	V	N	E	S	D	G	V	T	H	A	L	Y	P	Q	E	A	R	L
Template Known Secondary structure		T														T	T														T								T	T		B		.	.	.	.	.	.																		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.							70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	D	A	T	Y	A	A	P	L	R	V	K	V	R	L	I	I	K	E	T	G	E	V	K	E	Q	E	V	F	M	G	D	F	P	L	M	T	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	F	V	I	N	G	A	E	R	V	I	V	S	Q	L	V
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	N	L	T	Y	S	S	G	L	F	V	D	V	K	K	R	T	Y	E	.	.	.	.	.	.	.	K	V	F	I	G	R	L	P	I	M	L	R	S	K	N	C	Y	L	S	E	A	T	E	S	D	L	Y	K	L	K	E	C	P	F	D	M	G	G	Y	F	I	I	N	G	S	E	K	V	L	I	A	Q	E	R
Template Known Secondary structure		T	T																		.	.	.	.	.	.	.											T	T	S	T	T	S	G	G	G	T									T	T			T	T					S				T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.								.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.												180	.	.	.	.	.	.	.	.		.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Query Sequence		R	S	P	S	V	Y	F	N	E	K	I	D	K	N	G	R	E	N	Y	D	A	T	I	I	P	N	R	G	A	W	L	E	Y	E	T	D	A	K	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	V	R	I	D	R	T	R	.	K	L	P	L	T	V	L	L	R	A	L	G	F	S	S	D	Q	E	I
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Conservation
Template Sequence		S	A	G	N	I	V	Q	V	F	K	K	A	A	P	S	P	I	S	H	V	A	E	I	R	S	A	L	E	K	G	S	R	F	I	S	T	L	Q	V	K	L	Y	G	R	E	G	S	S	A	R	T	I	K	A	T	L	P	Y	I	K	Q	D	I	P	I	V	I	I	F	R	A	L	G	I	I	P	D	G	E	I
Template Known Secondary structure				S	S									T	T	S	S												S	S	S													S		S	S		S	S								T	T		S	S											T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	D	L	L	G	D	N	E	Y	L	R	N	T	L	E	K	D	G	T	E	N	T	E	Q	A	L	L	E	I	Y	E	R	L	R	P	G	E	P	P	T	V	E	N	A	K	S	L	L	Y	S	R	F	F	D	P	K	R	Y	D	L	A	S	V	G	R	Y	K	T	N	K	K	L	H	L	K	H	R	L	F	N
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	H	I	C	Y	D	V	N	D	W	Q	M	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	L	K	P	C	V	E	D	G	F	V	I	Q	D	R	E	T	A	L	D	F	I	G	R	R	G	T	A	L	G	I	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	T			S											T	T	S		T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.												.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	K	L	A	E	P	I	V	N	T	E	T	G	E	I	V	V	E	E	G	T	V	L	D	R	R	K	I	D	E	I	M	D	V	L	E	S	N	A	N	S	E	V	F	E	L	H	G	S	V	I	D	E	P	V	E	I	Q	S	I	K	V	Y	V	P	N	D	D	E	G	R	T	T	T	V	I	G	N	A	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	K	R	I	Q	Y	A	K	D	I	L	Q	K	E	F	L	P	H	I	T	Q	L	E	G	F	E	S	R	K	A	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T	S	S	T	T	T			S	S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	D	S	E	V	K	C	I	T	P	A	D	I	I	A	S	M	S	Y	F	F	N	L	L	S	G	I	G	Y	T	D	D	I	D	H	L	G	N	R	R	L	R	S	V	G	E	L	L	Q	N	Q	F	R	I	G	L	S	R	M	E	R	V	V	R	E	R	M	S	I	Q	D	T	E	S	I	T	P	Q	Q	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	G	Y	M	I	N	R	L	L	L	C	A	L	D	R	K	D	Q	D	D	R	D	H	F	G	K	K	R	L	D	L	A	G	P	L	L	A	Q	L	F	K	T	L	F	K	K	L	T	K	D	I	F	R	Y	M	Q	R	.	.	.	.	.	.	T	V	E	L	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T	S	S					T	T		G	G	G																															S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.							.	.	.	.	.
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.					.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.
Query Sequence		I	N	I	R	P	V	I	A	S	I	K	E	F	F	G	S	.	.	.	.	S	Q	L	S	Q	F	M	D	Q	A	N	P	L	A	E	L	T	H	K	R	R	L	S	A	L	G	P	G	G	L	T	R	E	R	A	Q	M	E	V	R	D	V	H	Y	S	H	Y	G	R	M	C	P	I	E	T	P	E	G	P	N
Query Conservation																		.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	N	A	K	T	I	T	S	G	L	K	Y	A	L	A	T	G	N	W	G	A	G	V	S	Q	V	L	N	R	Y	T	Y	S	S	T	L	S	H	L	R	R	T	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	I	A	K	P	R	Q	L	H	N	T	H	W	G	L	V	C	P	A	E	T	P	E	G	Q	A
Template Known Secondary structure				T																											S	S									T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	S			G	G	G	T	T	T	B		S	S				S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.											.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.				.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.
Query Sequence		I	G	L	I	N	S	L	S	S	Y	A	R	V	N	E	F	G	F	I	E	T	P	Y	R	K	V	D	L	D	T	H	A	I	T	D	Q	I	D	Y	L	T	A	D	E	E	D	S	Y	V	V	A	Q	A	N	S	K	L	D	E	N	G	R	.	.	.	F	M	D	D	E	V	V	C	R	F	R	G	N	N	T
Query Conservation																																																																.	.	.
Alig confidence																	.																			.																												.	.	.
Template Conservation																	.																			.
Template Sequence		C	G	L	V	K	N	L	S	L	M	S	C	I	S	V	.	G	T	D	P	M	P	I	I	T	F	L	S	E	W	G	M	E	P	.	L	E	D	Y	V	P	H	Q	S	P	D	A	T	R	V	F	V	N	G	V	W	H	G	V	H	R	N	P	A	R	L	M	E	T	L	R	T	L	R	R	K	G	D	I	N
Template Known Secondary structure		B	T	T				B		T	T						.														T	T				.	G	G	G			G	G	G		T	T							T	T							S																T	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.																			.
Template SS confidence
		533	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.		.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.		.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
		601	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.		.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660										.	.	.	.	.	.	.	.	.	670
Predicted Secondary structure																												.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	M	A	K	E	K	M	D	Y	M	D	V	S	P	K	Q	V	V	S	A	A	T	A	C	I	P	.	F	L	E	N	D	D	S	N	R	A	L	M	G	A	N	M	Q	R	Q	A	V	P	L	M	N	P	E	A	P	F	V	G	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	E	H	V	A	A	R	D	S	G
Query Conservation																												.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	V	S	M	I	R	D	I	R	E	K	E	L	K	I	F	T	D	A	G	R	V	Y	R	P	L	F	I	V	E	D	D	E	S	L	G	H	K	E	L	K	V	R	K	G	H	I	A	K	L	M	A	T	E	Y	Q	D	E	Y	T	W	S	S	L	L	N	E	G	L	V	E	Y	I	D	A	E	E	E	E
Template Known Secondary structure		T	T							T	T	T	T								S															T	T	S	S				S																										T	T	S										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690
		671	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700				.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Query Sequence		A	A	I	T	A	K	H	R	G	R	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	H	V	E	S	N	E	I	L	V	R	R	L	V	E	E	N	G	V	.	.	.	E	H	E	G	E	L	D	R	Y	P	L	A	K	F	K	R	S	N	S	G	T	C	Y	N	Q	R	P	I
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	I	L	I	A	M	Q	P	E	D	L	E	P	D	V	D	P	A	K	R	I	R	V	S	H	H	A	T	T	F	T	H	C	E	I	H	P	S	M	I	L	G	V	A	A	S	I	I	P	F	P	D	H	N	Q	S	P	R	N	T	Y	Q	S	A	M	G	K	Q	A	M	G	V	F	L	T	N	Y	N	V	R
Template Known Secondary structure		T					S	S	G	G	G	G						T	T	S									S							S		G	G	G	G	S		T	T	G	G	G	S	S	S	G	G	G	S												G	G	G	B		B		S		T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		729	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.									.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	V	G	D	V	V	E	Y	N	E	I	L	A	D	G	P	S	M	E	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	E	M	A	L	G	R	N	V	V	V	G	F	M	T	W	D	G	Y	N	Y	E	D	A	V	I	M	S	E	R	L	V	K	D	D	V	Y	T	S	I	H	I	E	E	Y	E	S	E	A	R	D
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.
Template Sequence		M	.	.	.	D	T	M	A	N	I	L	Y	Y	P	Q	K	P	L	G	T	T	R	A	M	E	Y	L	K	F	R	E	L	P	A	G	Q	N	A	I	V	A	I	A	C	Y	S	G	Y	N	Q	E	D	S	M	I	M	N	Q	S	S	I	D	R	G	L	F	R	S	L	F	F	R	S	Y	M	D	Q	E	K	K
Template Known Secondary structure			.	.	.		S						S	S					S				T	T					T	T	T	T	S													S	S	S	T	T	T	T	T											T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.
Template SS confidence
		789				790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.
		801	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.						.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.
Query Sequence		T	K	L	G	P	E	E	I	T	R	D	I	P	N	.	.	.	.	.	V	S	E	S	A	L	K	N	L	D	D	R	G	I	V	Y	I	G	A	E	V	K	D	G	D	I	L	V	G	K	V	T	P	K	G	V	T	E	L	T	A	E	E	R	L	L	H	A	I	F	G	E	K	A	R	E	V	R	D	T	S
Query Conservation																.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	G	M	S	I	T	E	T	F	E	K	P	Q	R	T	N	T	L	R	M	K	H	G	T	Y	D	K	L	D	D	D	G	L	I	A	P	G	V	R	V	S	G	E	D	V	I	I	G	K	T	T	P	I	S	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	A	S
Template Known Secondary structure		S		T	T						S					S	S	S		B			S	S		G	G	G			T	T	S	B			T	T					T	T														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	B
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		866	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.																					.	.	.	.
		876	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	V	P	H	G	A	G	G	I	V	L	D	V	K	V	F	N	R	E	E	G	D	D	T	L	S	P	G	V	N	Q	L	V	R	V	Y	I	V	Q	K	R	K	I	H	V	G	D	K	M	C	G	R	H	G	N	K	G	V	I	S	K	I	V	P	E	E	D	M	P	Y	L	P	D	G	R	P	I	D	I
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	P	L	R	S	T	E	N	G	I	V	D	Q	V	L	V	T	T	N	Q	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	F	V	K	V	R	V	R	T	T	K	I	P	Q	I	G	D	K	F	A	S	R	H	G	Q	K	G	T	I	G	I	T	Y	R	R	E	D	M	P	F	T	A	E	G	I	V	P	D	L
Template Known Secondary structure						T	T														S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T						T	T	S											T	T	T	S				T	T	S				S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		939	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960									.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010
		956	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	L	N	P	L	G	V	P	S	R	M	N	I	G	Q	V	L	E	L	H	L	G	M	A	A	K	N	L	G	I	H	V	A	S	P	V	F	D	G	A	N	D	D	D	V	W	S	T	I	E	E	A	G	M	A	R	D	G	K	T	V	L	Y	D	G	R	T	G	E	P	F	D	N	R	I	S	V	G	V	M
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	I	N	P	H	A	I	P	S	R	M	T	V	A	H	L	I	E	C	L	L	S	K	V	A	A	L	S	G	N	E	G	D	A	S	P	F	T	D	I	T	V	E	G	I	S	K	L	L	R	E	H	G	Y	Q	S	R	G	F	E	V	M	Y	N	G	H	T	G	K	K	L	M	A	Q	I	F	F	G	P	T
Template Known Secondary structure					G	G	G	S	T	T	T	T																			S						S	S	S	S												T	T	T	S		T	T	S							T	T	T			B		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1011	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090
		1036	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.					.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.								.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.								.	.	.
Query Sequence		Y	M	L	K	L	A	H	M	V	D	D	K	L	H	A	R	S	T	G	P	Y	S	L	V	T	Q	Q	P	L	G	G	K	A	Q	F	G	G	Q	R	F	G	E	M	E	V	W	A	L	E	A	Y	G	A	A	Y	T	L	Q	E	I	L	T	Y	K	S	D	.	.	.	.	D	T	V	G	R	V	K	.	.	.
Query Conservation																																																																				.	.	.	.								.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.								.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Y	Q	R	L	R	H	M	V	D	D	K	I	H	A	R	A	R	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	R	F	G	E	M	E	R	D	C	M	I	A	H	G	A	A	S	F	L	K	E	R	L	M	E	A	S	D	A	F	R	V	H	I	C	G	I	C	G	L	M	T
Template Known Secondary structure						B	S	S		G	G	G	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T												S	S									S	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1091	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.
												1109	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	E	A	I	V	K	G	E	N	I	S	R	P	S	V	P	E	S	F	R	V	L	M	K	E	L	Q	S	L	G	L	D	V	K	V	M	D	E	Q	D	N	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	A	K	L	N	H	N	Q	F	E	C	K	G	C	D	N	K	I	D	I	Y	Q	I	H	I	P	Y	A	A	K	L	L	F	Q	E	L	M	A	M	N	I	T	P	R	L	Y	T	D	R	S	R	D
Template Known Secondary structure						T	T	T	T				B	T	T	T	T	B	S	S	S																				T	T							S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1171	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.