Job Description P47768 Confidence 100.00% Date Tue Jul 17 17:05:10 BST 2012 Rank 5 Aligned Residues 998 % Identity 26% Template c3h0gN_ PDB info PDB header:transcription Chain: N: PDB Molecule:dna-directed rna polymerase ii subunit rpb2; PDBTitle: rna polymerase ii from schizosaccharomyces pombe Resolution 3.65 Å

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		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.											.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	Y	A	R	I	S	E	V	L	E	L	P	N	L	I	E	I	Q	T	K	S	Y	E	W	F	L	R	E	G	L	I	E	M	F	R	D	I	S	P	I	E	D	F	T	G	N	L	S	L	E	F	V	D	Y	R	L	G	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	D	L	E	E	S	K	N	R
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	C	W	T	V	I	S	S	F	F	E	E	T	S	L	A	R	Q	Q	L	F	S	F	D	E	F	V	Q	N	T	M	Q	E	I	V	D	D	D	S	T	L	T	.	.	.	.	.	.	.	I	N	F	G	Q	I	Y	L	S	R	P	T	M	T	E	A	D	G	S	T	T	T	M	F	P	Q	E	A	R	L	R
Template Known Secondary structure														T		T	T		S	S	S	S	S	S	S	S	S	T	T	T	T					S	S	T	T					.	.	.	.	.	.	.														B		T	T	S		B					T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.								.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	T	Y	A	A	P	L	R	V	K	V	R	L	I	I	K	E	T	G	E	V	K	E	Q	E	V	F	M	G	D	F	P	L	M	T	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	F	V	I	N	G	A	E	R	V	I	V	S	Q	L	V	R
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	T	Y	S	S	P	L	Y	V	D	M	R	K	E	D	E	E	P	.	.	.	.	.	S	K	V	F	I	G	K	I	P	I	M	L	R	S	T	F	C	I	L	N	G	V	S	D	S	E	L	Y	D	L	N	E	C	P	Y	D	Q	G	G	Y	F	I	I	N	G	S	E	K	V	I	I	A	Q	E	R	S
Template Known Secondary structure																		S	S		.	.	.	.	.												S	S	S	T	T	S	S	S	S	S									T	T			T	T						B		G	G	G	S		B				B
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.						.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.			.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.											.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.		.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query SS confidence																								.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query Sequence		S	P	S	V	Y	F	N	E	K	I	D	K	N	G	R	E	N	Y	D	A	T	I	.	.	I	P	N	R	G	A	W	L	E	Y	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	K	D	V	V	Y	V	R	I	D	R	T	R	.	K	L	P	L	T	V	L	L	R	A	L	G	F	S	S	D	Q	E	I
Query Conservation																								.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Alig confidence																								.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	N	I	V	Q	V	F	K	K	A	A	P	S	P	I	A	Y	V	A	E	I	R	S	A	L	E	R	G	S	R	L	I	S	S	M	Q	I	K	L	M	A	R	N	T	E	N	S	G	Q	T	I	R	A	T	L	P	Y	I	R	S	D	I	P	I	V	I	V	F	R	A	L	G	V	V	P	D	R	D	I
Template Known Secondary structure				S										S	S	S													S	S	S															T	T	S		S								T	T	S		S				S					T	T	T	T			S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260			.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		V	D	L	L	G	D	N	E	Y	L	R	N	T	L	E	K	D	G	T	E	N	T	E	Q	A	L	L	E	I	Y	E	R	L	R	P	G	E	P	P	T	V	E	N	A	K	S	L	L	Y	S	R	F	F	.	.	D	P	K	R	Y	D	L	A	S	V	G	R	Y	K	T	N	K	K	L	H	L	K	H	R	L
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	H	I	C	Y	D	P	N	D	F	Q	M	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	M	K	P	C	I	E	E	A	F	V	I	Q	D	K	D	I	A	L	D	Y	I	G	K	R	G	S	T	T	G	V	T	R	E	K	R	L	R	Y	A	H	D	I	L	Q	K	E	L	L	P	H	I	T	T
Template Known Secondary structure								S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T							T	T	S	S			S	S						T	T				S	S	S																	T	T	T	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.												.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	N	Q	K	L	A	E	P	I	V	N	T	E	T	G	E	I	V	V	E	E	G	T	V	L	D	R	R	K	I	D	E	I	M	D	V	L	E	S	N	A	N	S	E	V	F	E	L	H	G	S	V	I	D	E	P	V	E	I	Q	S	I	K	V	Y	V	P	N	D	D	E	G	R	T	T	T	V	I	G	N
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.			.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.
Query SS confidence																																																																										.	.
Query Sequence		A	F	P	D	S	E	V	K	C	I	T	P	A	D	I	I	A	S	M	S	Y	F	F	N	L	L	S	G	I	G	Y	T	D	D	I	D	H	L	G	N	R	R	L	R	S	V	G	E	L	L	Q	N	Q	F	R	I	G	L	S	R	M	E	R	V	V	R	E	R	M	S	I	Q	.	.	D	T	E	S	I	T
Query Conservation																																																																										.	.
Alig confidence		.	.	.																																																																						.	.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	M	E	G	F	E	T	R	K	A	F	F	L	G	Y	M	I	H	R	M	L	L	C	A	L	E	R	R	E	P	D	D	R	D	H	F	G	K	K	R	L	D	L	A	G	P	L	L	A	S	L	F	R	M	L	F	R	K	M	T	R	D	V	Y	K	Y	M	Q	K	C	V	E	T	N	R	E	F	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	S	S	S			S	S																	T	T	S	S					T	T		S	S	S																																		T	T			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.														.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	Q	Q	L	I	N	I	R	P	V	I	A	S	I	K	E	F	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	S	Q	L	S	Q	F	M	D	Q	A	N	P	L	A	E	L	T	H	K	R	R	L	S	A	L	G	P	G	G	L	T	R	E	R	A	Q	M	E	V	R	D	V	H	Y	S	H	Y
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.
Template Sequence		L	T	L	A	V	K	S	N	I	I	T	N	G	L	R	Y	S	L	A	T	G	N	W	G	D	Q	K	R	S	M	V	N	R	V	G	V	S	Q	V	L	N	R	Y	T	F	A	S	T	L	S	H	L	R	R	T	N	.	.	.	.	T	P	I	G	R	D	G	K	L	A	K	P	R	Q	L	H	N	T	H	W
Template Known Secondary structure			T	T	S	S		S	T	T	T	S								S	S	S		S	S	T	T	S	S			S					S			B				S	S								T	T	B	B		.	.	.	.		S			S	S			S	S	S	S	S	S			G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.					.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.				.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.
Query SS confidence																																																																									.	.	.
Query Sequence		G	R	M	C	P	I	E	T	P	E	G	P	N	I	G	L	I	N	S	L	S	S	Y	A	R	V	N	E	F	G	F	I	E	T	P	Y	R	K	V	D	L	D	T	H	A	I	T	D	Q	I	D	Y	L	T	A	D	E	E	D	S	Y	V	V	A	Q	A	N	S	K	L	D	.	.	.	E	N	G	R	F	M
Query Conservation																																																																									.	.	.
Alig confidence																													.																							.																					.	.	.
Template Conservation																													.																							.
Template Sequence		G	M	V	C	P	A	E	T	P	E	G	Q	A	C	G	L	V	K	N	L	S	L	M	S	Y	V	S	.	V	G	S	P	S	A	P	I	I	E	F	L	E	E	W	G	L	E	T	L	E	D	.	Y	N	P	S	A	S	P	N	A	T	K	V	F	V	N	G	V	W	L	G	V	H	R	D	P	A	H	L	T
Template Known Secondary structure		T	T				S				S	S	S	S	T	T	T	S		B			S	S			B		.					S	S								S	S	S					S		.			S	S	S	S	S	S	S					S	T	T							S
Template Predicted Secondary structure																													.																							.
Template SS confidence
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.		.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.		.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.		.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640		.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660
Predicted Secondary structure																																									.															.																					.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.															.																					.	.	.	.	.
Query Sequence		D	D	E	V	V	C	R	F	R	G	N	N	T	V	M	A	K	E	K	M	D	Y	M	D	V	S	P	K	Q	V	V	S	A	A	T	A	C	I	P	.	F	L	E	N	D	D	S	N	R	A	L	M	G	A	.	N	M	Q	R	Q	A	V	P	L	M	N	P	E	A	P	F	V	G	T	G	.	.	.	.	.
Query Conservation																																									.															.																					.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.															.																					.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	L	R	S	L	R	R	R	L	D	I	S	A	E	V	S	I	V	R	D	I	R	E	K	E	L	R	L	F	T	D	A	G	R	I	C	R	P	L	F	I	V	D	N	N	P	N	S	E	R	R	G	E	L	C	I	R	K	E	H	I	Q	Q	L	I	E	D	K	D	R	Y	D	I	D	P	E	Q	R	F
Template Known Secondary structure									T	T	T	S	S		T	T							T	T	T								S	S			B										S	S		S	S	S	S				S	S													T				S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		584	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.
												661	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	E	H	V	A	A	R	D	S	G	A	A	I	T	A	K	H	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	V	E	H	V	E	S	N	E	I	L	V	R	R	L	V	E	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	W	T	A	L	V	S	S	G	L	I	E	Y	L	D	A	E	E	E	E	T	V	M	I	A	M	S	P	E	D	L	E	A	S	R	Q	M	Q	A	G	Y	E	V	K	E	E	L	D	P	A	Q	R	V	K	P	A	P	N	P	H	V	H	A	W	T	H	C	E	I	H	P	A	M	I	L	G	I	L	A	S
Template Known Secondary structure		S	S	T	T	T	T	T	T	T	S						T	T	T	G	G	G					S												T	T							S	S			S	S						S			S			S		S				S		G	G	G	S	S		S	S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		664	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.
		698	.	700				.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.			720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.				750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.																				.	.																															.	.	.
Query SS confidence					.	.	.																				.	.																															.	.	.
Query Sequence		N	G	V	.	.	.	E	H	E	G	E	L	D	R	Y	P	L	A	K	F	K	R	S	N	S	.	.	G	T	C	Y	N	Q	R	P	I	V	A	V	G	D	V	V	E	Y	N	E	I	L	A	D	G	P	S	M	E	L	.	.	.	G	E	M	A	L	G	R	N	V	V	V	G	F	M	T	W	D	G	Y	N
Query Conservation					.	.	.																				.	.																															.	.	.
Alig confidence					.	.	.																				.	.																															.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	I	P	F	P	D	H	N	Q	S	P	R	N	T	Y	Q	S	A	M	G	K	Q	A	M	G	V	Y	L	T	N	Y	Q	V	R	M	D	T	M	A	N	I	L	Y	Y	P	Q	K	P	L	A	T	T	R	S	M	E	Y	L	K	F	R	E	L	P	A	G	Q	N	A	I	V	A	I	L	C	Y	S	G	Y	N
Template Known Secondary structure		T	S	S	S	S	T	T	S		S											T	T			S				T	T	T	T	T	S			S	S					S	S					S	S	B		T	T	S	T	T	T	T		T	T	S		S						B						S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		744	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.
		770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.		.	.	.	.	.	810	.	.	.	.					.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.											.	.	.	.
Query SS confidence																																					.											.	.	.	.
Query Sequence		Y	E	D	A	V	I	M	S	E	R	L	V	K	D	D	V	Y	T	S	I	H	I	E	E	Y	E	S	E	A	R	D	T	K	L	G	.	P	E	E	I	T	R	D	I	P	N	.	.	.	.	V	S	E	S	A	L	K	N	L	D	D	R	G	I	V	Y	I	G	A	E	V	K	D	G	D	I	L	V	G	K
Query Conservation																																					.											.	.	.	.
Alig confidence																																					.											.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	E	D	S	I	I	M	N	Q	A	S	I	D	R	G	L	F	R	S	I	F	Y	R	T	Y	T	D	Q	E	K	K	I	G	M	T	V	M	E	E	F	E	R	P	V	R	S	T	T	L	R	M	K	H	G	T	Y	D	K	L	E	D	D	G	L	I	A	P	G	T	R	V	S	G	E	D	I	I	I	G	K
Template Known Secondary structure			S	S										T	T	T	T	T																S	S	S										T	T	S						S			G	G	G			T	T	S	S			T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		824	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.
		845	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	P	K	G	V	T	E	L	T	A	E	E	R	L	L	H	A	I	F	G	E	K	A	R	E	V	R	D	T	S	L	R	V	P	H	G	A	G	G	I	V	L	D	V	K	V	F	N	R	E	E	G	D	D	T	L	S	P	G	V	N	Q	L	V	R	V	Y	I	V	Q	K	R	K	I	H	V	G	D	K
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	P	I	Q	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	R	D	V	S	T	P	L	R	S	T	E	S	G	I	V	D	Q	V	M	V	T	T	N	Q	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	F	V	K	V	R	M	R	S	T	R	I	P	Q	I	G	D	K
Template Known Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T														S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	S											B				T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		904	.	.	.	.	.	910																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.									.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.
		925	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	C	G	R	H	G	N	K	G	V	I	S	K	I	V	P	E	E	D	M	P	Y	L	P	D	G	R	P	I	D	I	M	L	N	P	L	G	V	P	S	R	M	N	I	G	Q	V	L	E	L	H	L	G	M	A	A	K	N	L	G	I	H	V	A	S	P	V	F	D	G	A	N	D	D	D	V	W	S	T	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		F	A	S	R	H	G	Q	K	G	T	I	G	M	T	Y	R	H	E	D	M	P	F	S	A	Q	G	I	V	P	D	I	I	I	N	P	H	A	I	P	S	R	M	T	V	A	H	L	V	E	C	Q	L	S	K	V	S	A	L	S	G	F	E	G	D	A	T	P	F	T	D	V	T	V	E	A	V	S	K	L	L
Template Known Secondary structure					T	T												T	T	T	S			B	T	T	T	B			S					G	G	G	S	T	T	S															S	S	S	S					B			S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		969	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.
		1005	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	A	G	M	A	R	D	G	K	T	V	L	Y	D	G	R	T	G	E	P	F	D	N	R	I	S	V	G	V	M	Y	M	L	K	L	A	H	M	V	D	D	K	L	H	A	R	S	T	G	P	Y	S	L	V	T	Q	Q	P	L	G	G	K	A	Q	F	G	G	Q	R	F	G	E	M	E	V	W	A	L	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	S	H	G	F	Q	S	R	G	F	E	V	M	Y	H	G	H	T	G	R	K	L	V	A	Q	V	F	L	G	P	T	Y	Y	Q	R	L	K	H	L	V	D	D	K	I	H	A	R	A	R	G	P	V	Q	I	L	T	R	Q	P	V	E	G	R	S	R	D	G	G	L	R	F	G	E	M	E	R	D	C	Q	I
Template Known Secondary structure			T	T	T	S		T	T	S		B			B		S	S	S			B		S	S		B											S			S	T	T	T					S	S			B		S	S	S		S	B			S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1049	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.
		1085	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.					.	.	.	.	.	.	.													.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	Y	G	A	A	Y	T	L	Q	E	I	L	T	Y	K	S	D	.	.	.	.	D	T	V	G	R	V	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	E	A	I	V	K	G	E	N	I	S	R	P	S	V	P	E	S	F	R	V	L	M	K	E	L	Q	S	L	G	L	D	V	K	V	M	D	E	Q
Query Conservation																			.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	H	G	C	S	S	V	L	R	E	R	L	F	D	C	S	D	A	Y	R	V	I	V	C	D	I	C	G	L	I	A	I	A	S	Y	K	K	D	S	Y	E	C	R	S	C	Q	N	R	T	R	F	S	Q	V	Y	L	P	Y	A	A	K	L	L	F	Q	E	L	M	S	M	N	I	A	P	R	L	F	T	K	N
Template Known Secondary structure				T											T	T	T	T								S	S	S								S	S	S						T	T	T			S	S																				T	T	T								S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1129	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.
		1149	1150
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		H	K
Template Known Secondary structure		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1209	1210