Job Description P47768 Confidence 100.00% Date Tue Jul 17 17:05:10 BST 2012 Rank 4 Aligned Residues 998 % Identity 29% Template c2pmzB_ PDB info PDB header:translation, transferase Chain: B: PDB Molecule:dna-directed rna polymerase subunit b; PDBTitle: archaeal rna polymerase from sulfolobus solfataricus Resolution 3.40 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.											.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	K	R	R	N	Y	A	R	I	S	E	V	L	E	L	P	N	L	I	E	I	Q	T	K	S	Y	E	W	F	L	R	E	G	L	I	E	M	F	R	D	I	S	P	I	E	D	F	T	G	N	L	S	L	E	F	V	D	Y	R	L	G	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	D	L	E	E	S
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	I	D	E	R	W	R	V	I	E	A	Y	F	K	S	K	G	L	V	R	Q	H	L	D	S	Y	N	D	F	V	R	N	K	L	Q	E	I	I	D	E	Q	G	E	I	P	T	E	I	P	G	L	K	V	R	L	G	K	I	R	I	G	K	P	R	V	R	E	S	D	R	G	E	R	E	I	S	P	M	E	A
Template Known Secondary structure			S												T	T	S		T	T		T	T										T	S	S	T	T	T	T		S		S	B					T	T	T																		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	N	R	D	A	T	Y	A	A	P	L	R	V	K	V	R	L	I	I	K	E	T	G	E	V	K	E	Q	E	V	F	M	G	D	F	P	L	M	T	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	F	V	I	N	G	A	E	R	V	I	V	S	Q
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.
Template Sequence		R	L	R	N	L	T	Y	A	A	P	L	W	L	T	M	I	P	V	E	N	N	I	.	E	A	E	P	E	E	V	Y	I	G	D	L	P	I	M	L	K	S	A	I	D	P	I	S	Q	Y	T	L	D	K	L	I	E	I	G	E	D	P	K	D	P	G	G	Y	F	I	V	N	G	S	E	R	V	I	V	T	Q
Template Known Secondary structure		T	T	T	T						B				B					S	S	S		.		S				B					B					T	T		T	T	S	G	G	G	G										T	S		T	T								G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																								.
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.		.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		138	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.				170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.		.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.																				.
Query SS confidence																																		.	.	.																				.
Query Sequence		L	V	R	S	P	S	V	Y	F	N	E	K	I	D	K	N	G	R	E	N	Y	D	A	T	I	I	P	N	R	G	A	W	.	.	.	L	E	Y	E	T	D	A	K	D	V	V	Y	V	R	I	D	R	T	R	.	K	L	P	L	T	V	L	L	R	A	L	G	F	S	S	D	Q	E	I	V	D	L	L	G	D
Query Conservation																																		.	.	.																				.
Alig confidence																																		.	.	.																				.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	L	A	P	N	R	V	L	V	D	T	G	K	T	G	S	N	I	T	H	T	A	K	I	I	S	S	T	A	G	Y	R	V	P	V	T	I	E	R	L	K	D	G	T	F	H	V	S	F	P	A	V	P	G	K	I	P	F	V	I	L	M	R	A	L	G	I	L	T	D	R	D	I	V	Y	A	V	S	L
Template Known Secondary structure						S										S		S	S	S											S	S	S											T	T	T	T					S	S	S		S											T	T			S										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.		.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.
Query SS confidence																																																						.
Query Sequence		N	E	Y	L	R	N	T	L	E	K	D	G	T	E	N	T	E	Q	A	L	L	E	I	Y	E	R	L	R	P	G	E	P	P	T	V	E	N	A	K	S	L	L	Y	S	R	F	F	D	P	K	R	Y	.	D	L	A	S	V	G	R	Y	K	T	N	K	K	L	H	L	K	H	R	L	F	N	Q	K	L	A	E
Query Conservation																																																						.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	P	E	V	Q	N	E	L	F	P	S	L	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	S	I	A	N	V	D	D	A	L	D	F	I	G	S	R	V	A	I	G	Q	K	R	E	N	R	I	E	K	A	Q	Q	I	I	D	K	Y	F	L	P	H	L	G	T	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S		S	T	T	G	G	G	S	T	G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S	S	T	T	T					T	T	S	S	T	T	S		G	G	G	T	T									S	S	S			S	S			.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.															.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	I	V	N	T	E	T	G	E	I	V	V	E	E	G	T	V	L	D	R	R	K	I	D	E	I	M	D	V	L	E	S	N	A	N	S	E	V	F	E	L	H	G	S	V	I	D	E	P	V	E	I	Q	S	I	K	V	Y	V	P	N	D	D	E	G	R	T	T	T	V	I	G	N	A	F	P	D	S	E	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	E	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																														304	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.			.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure																																																																.	.
Query SS confidence																																																																.	.
Query Sequence		K	C	I	T	P	A	D	I	I	A	S	M	S	Y	F	F	N	L	L	S	G	I	G	Y	T	D	D	I	D	H	L	G	N	R	R	L	R	S	V	G	E	L	L	Q	N	Q	F	R	I	G	L	S	R	M	E	R	V	V	R	E	R	M	.	.	S	I	Q	D	T	E	S	I	T	P	Q	Q	L	I	N	I
Query Conservation																																																																.	.
Alig confidence																																																																.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	K	K	K	A	Y	Y	L	A	Y	A	I	S	K	V	I	E	L	Y	L	G	R	R	E	P	D	D	K	D	H	Y	A	N	K	R	L	R	L	A	G	D	L	F	A	S	L	F	R	V	A	F	K	A	F	V	K	D	L	T	Y	Q	L	E	K	S	K	V	R	G	R	K	L	A	L	K	A	L	V	R	P
Template Known Secondary structure		S	G	G	G												T	T	T	T	T		S	S					T	T		T	T	S																																		S	S	S	S				G	G	G	T	S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.								.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	V	I	A	S	I	K	E	F	F	.	.	.	.	.	.	.	G	S	S	Q	L	S	Q	F	M	D	Q	A	N	P	L	A	E	L	T	H	K	R	R	L	S	A	L	G	P	G	G	L	T	R	E	R	A	Q	M	E	V	R	D	V	H	Y	S	H	Y	G	R	M	C	P	I	E	T	P	E	G	P	N
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.
Template Sequence		D	I	V	T	E	R	I	R	H	A	L	A	T	G	N	W	V	G	G	R	T	G	V	S	Q	L	L	D	R	T	N	W	L	S	M	L	S	H	L	R	R	V	I	S	.	.	.	.	S	L	A	R	G	Q	P	N	F	E	A	R	D	L	H	G	T	Q	W	G	R	M	C	P	F	E	T	P	E	G	P	N
Template Known Secondary structure		T	T	T	T					T	T	T	S	S				S	S	S			S								S												B			.	.	.	.	S	S				S				T	T	S	S			S	S		T	T	T	B		S	S				S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.					.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.				.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.
Query Sequence		I	G	L	I	N	S	L	S	S	Y	A	R	V	N	E	F	G	F	I	E	T	P	Y	R	K	V	D	L	D	T	H	A	I	T	D	Q	I	D	Y	L	T	A	D	E	E	D	S	Y	V	V	A	Q	A	N	S	K	L	D	E	N	G	R	.	.	.	F	M	D	D	E	V	V	C	R	F	R	G	N	N	T
Query Conservation																																																																.	.	.
Alig confidence																.																.	.	.	.	.																												.	.	.
Template Conservation																.																.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	L	V	K	N	L	A	L	M	A	Q	I	A	.	V	G	I	N	E	R	I	V	E	K	T	L	Y	E	M	.	.	.	.	.	G	V	V	P	V	E	E	V	I	L	K	W	S	K	V	I	L	N	G	R	L	I	G	Y	Y	Q	D	G	G	E	L	A	N	K	I	R	E	R	R	R	K	G	E	I	S
Template Known Secondary structure		T	T	T	S	B		B		S	S					.					S	T	T	T						T	T	.	.	.	.	.	T				S	T	T											S	S		B					S			T	T									T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																.																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.		.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.						.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
		601	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.			.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.
Query SS confidence													.	.
Query Sequence		V	M	A	K	E	K	M	D	Y	M	D	.	.	V	S	P	K	Q	V	V	S	A	A	T	A	C	I	P	F	L	E	N	D	D	S	N	R	A	L	M	G	A	N	M	Q	R	Q	A	V	P	L	M	N	P	E	A	P	F	V	G	T	G	M	E	H	V	A	A	R	D	S	G	A	A	I	T	A	K	H	R
Query Conservation													.	.
Alig confidence													.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	E	V	N	V	G	H	I	V	T	D	F	I	N	E	V	H	V	N	C	D	S	G	R	V	R	R	P	L	I	I	V	S	N	G	N	P	L	V	T	I	E	D	I	E	K	L	E	S	G	A	I	T	F	D	D	L	V	R	Q	G	K	I	E	Y	L	D	A	E	E	E	E	N	A	Y	V	A	L	E	P
Template Known Secondary structure		T	T									S	S																			B		S	S	S					T						T	T	S		S	S		S							T	T	S						S	T	T	G	G	G			B		S	S	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630
		679	680	.					.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700				.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.																				.	.	.																																																	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.																				.	.	.																																																	.	.	.
Query Sequence		G	R	V	.	.	.	.	E	H	V	E	S	N	E	I	L	V	R	R	L	V	E	E	N	G	V	.	.	.	E	H	E	G	E	L	D	R	Y	P	L	A	K	F	K	R	S	N	S	G	T	C	Y	N	Q	R	P	I	V	A	V	G	D	V	V	E	Y	N	E	I	L	A	D	G	P	S	M	E	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.																				.	.	.																																																	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.																				.	.	.																														.	.	.																	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.
Template Sequence		N	D	L	T	P	D	H	T	H	L	E	I	W	S	P	A	I	L	G	I	T	A	S	I	I	P	Y	P	E	H	N	Q	S	P	R	N	T	Y	Q	S	A	M	A	K	Q	A	L	G	L	Y	A	A	N	Y	Q	L	R	T	.	.	.	D	T	R	A	H	L	L	H	Y	P	Q	R	P	L	V	Q	T	R	A
Template Known Secondary structure		G	G	G		S			S	B			S		T	T	T	T	S		S	G	G	G	S		S	S		T	T	B												G	G	G	B		S				T	T	T	T	T			.	.	.		S	S					S	S					S	S	B		S	T
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.
Template SS confidence
		631	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.				.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.
							749	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.		.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.					.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																									.												.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																																									.												.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	L	G	E	M	A	L	G	R	N	V	V	V	G	F	M	T	W	D	G	Y	N	Y	E	D	A	V	I	M	S	E	R	L	V	K	D	D	V	Y	T	S	I	H	I	E	E	Y	E	S	E	A	R	D	T	K	L	G	.	P	E	E	I	T	R	D	I	P	N	V	.	.	.	.	S	E	S
Query Conservation		.	.	.	.	.																																																									.												.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																									.												.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	I	I	G	Y	T	N	R	P	A	G	N	N	A	I	L	A	V	M	S	F	T	G	Y	N	M	E	D	S	I	I	M	N	R	S	S	V	E	R	G	M	Y	R	S	T	F	F	R	L	Y	S	T	E	E	V	K	Y	P	G	G	Q	E	D	K	I	V	M	P	E	A	G	V	R	G	Y	K	G	K	E
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	S	G	G	G	S		S						B	B		S			T	T		S	T	T	T		B		B	B	S					T	T	T	T												S			S	S	S	S						S				S	S	S	S	B		S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		708	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.
		819	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	K	N	L	D	D	R	G	I	V	Y	I	G	A	E	V	K	D	G	D	I	L	V	G	K	V	T	P	K	G	V	T	E	L	T	A	E	E	R	L	L	H	A	I	F	G	E	K	A	R	E	V	R	D	T	S	L	R	V	P	H	G	A	G	G	I	V	L	D	V	K	V	F	N	R	E	E	G	D
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Sequence		Y	Y	R	L	L	E	D	N	G	V	V	S	P	E	V	E	V	K	G	G	D	V	L	I	G	K	V	S	P	P	R	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	T	S	I	V	T	R	H	G	E	M	G	I	V	D	L	V	L	I	T	E	T	A	E	G	.
Template Known Secondary structure			G	G	G	S		T	T	S	B			S	S					T	T								B						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B								T	T														T	T		.
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template SS confidence
		788	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.
		899	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	L	S	P	G	V	N	Q	L	V	R	V	Y	I	V	Q	K	R	K	I	H	V	G	D	K	M	C	G	R	H	G	N	K	G	V	I	S	K	I	V	P	E	E	D	M	P	Y	L	P	D	G	R	P	I	D	I	M	L	N	P	L	G	V	P	S	R	M	N	I	G	Q	V	L	E	L	H	L	G	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	N	K	L	V	K	V	R	V	R	D	L	R	I	P	T	I	G	D	K	F	A	S	R	H	G	Q	K	G	V	I	G	M	L	I	P	Q	V	D	M	P	Y	T	V	K	G	V	V	P	D	I	I	L	N	P	H	A	L	P	S	R	M	T	L	G	Q	I	M	E	G	I	A	G	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																T	T		B				T	T	S				B	B				B		T	T	T	S				T	T	S				S	B				G	G	G	S	G	G	G		B	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									859	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.
		979	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	K	N	L	G	I	H	V	A	S	P	V	F	D	G	A	N	D	D	D	V	W	S	T	I	E	E	A	G	M	A	R	D	G	K	T	V	L	Y	D	G	R	T	G	E	P	F	D	N	R	I	S	V	G	V	M	Y	M	L	K	L	A	H	M	V	D	D	K	L	H	A	R	S	T	G	P	Y	S	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	A	A	L	S	G	N	I	V	D	A	T	P	F	Y	K	T	P	I	E	Q	L	Q	N	E	I	L	R	Y	G	Y	L	P	D	A	T	E	V	V	Y	D	G	R	T	G	Q	K	I	K	S	R	I	Y	F	G	V	V	Y	Y	Q	K	L	H	H	M	V	A	D	K	L	H	A	R	A	R	G	P	V	Q	I
Template Known Secondary structure					S	S	S	S			B			T	T		S	S												T	T	S		T	T		B						T	T	T	T				S	S			B	B								B	S			G	G	G						S	S			B		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		932	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.
		1059	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.					.	.	.	.	.	.													.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	T	Q	Q	P	L	G	G	K	A	Q	F	G	G	Q	R	F	G	E	M	E	V	W	A	L	E	A	Y	G	A	A	Y	T	L	Q	E	I	L	T	Y	K	S	D	D	.	.	.	.	T	V	G	R	V	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	E	A	I	V	K	G	E	N	I	S	R	P
Query Conservation																																														.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																														.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	R	Q	P	T	E	G	R	A	R	E	G	G	L	R	F	G	E	M	E	R	D	C	L	I	G	F	G	T	A	M	L	L	K	D	R	L	L	D	N	S	D	R	T	M	I	Y	V	C	D	Q	C	G	Y	I	G	W	Y	D	K	N	K	N	K	Y	V	C	P	I	H	G	D	K	S	N	L	F	P	V
Template Known Secondary structure		T	T			B			B	G	G	G	T	B						G	G	G	T					T	T	T		T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T									T	T	T			S						G	G	G					S	S		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1012	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.
		1123	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	V	P	E	S	F	R	V	L	M	K	E	L	Q	S	L	G	L	D	V	K	V	M	D	E	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	V	S	Y	A	F	K	L	L	I	Q	E	L	M	S	M	I	I	S	P	R	L	V	L	E	D
Template Known Secondary structure																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1092	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.