Job Description O06446 Confidence 24.35% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 401 Aligned Residues 288 % Identity 14% Template c3u44B_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: B: PDB Molecule:atp-dependent helicase/deoxyribonuclease subunit b; PDBTitle: crystal structure of addab-dna complex Resolution 3.20 Å

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		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.			.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.
Query SS confidence																													.	.
Query Sequence		D	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	M	P	T	Y	L	N	A	L	A	G	R	.	.	G	V	H	V	I	T	V	N	E	Y	L	S	S	V	Q	S	E	E	M	A	E	L	Y	N	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	K	T	T	E	E	K	R	E	A	Y	A	Q	D	I	T
Query Conservation																													.	.
Alig confidence																													.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	F	L	V	G	R	S	G	S	G	K	T	K	L	I	I	N	S	I	Q	D	E	L	R	R	A	P	F	G	K	P	I	I	F	L	V	P	D	Q	M	T	F	L	M	E	Y	E	L	A	K	T	P	D	M	G	G	M	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	Q
Template Known Secondary structure								T	T	S	S																	T	T	S	S								G	G	G									T			S	S		S	S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.																				.	.	.
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.						220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	N	Y	S	E	D	R	V	M	R	P	L	H	F	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	.	.	.	.	.	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	E	A	E	K	S	T	S	L	Y	T	Q	A	N	V	F	A	K	M	L	K	Q	D	E
Query Conservation																																										.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	F	S	F	S	R	L	A	W	R	V	L	Q	H	T	G	G	M	S	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	T	S	T	G	V	Q	M	L	L	R	K	L	I	E	E	H	K	Q	E	F	K	V	Y	Q	K	A	S	D	K	S	G	F	T	A	Q	V	E	R	M	L	T	E	F	K	R	Y	C
Template Known Secondary structure																	S		T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B																	T	G	G	G		S	S	T	T	T	T	S	S	S	T																T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.											.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Y	K	Y	D	E	K	T	K	A	V	H	L	T	E	Q	G	A	D	K	A	E	R	M	F	K	V	E	N	L	Y	D	V	Q	N	V	D	V	I	S	H	I	N	T	A	L	R	A	H	V	T	L	Q	R	D	V	D	Y	M	V	V	D	G	E	V	L	I	V	D	Q	F	T	G	R	T	M	P	G	R	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	P	E	D	I	R	R	M	A	E	S	G	T	A	S	E	Y	R	G	E	R	V	L	S	E	K	L	H	D	L	S	I	L	Y	Q	Q	M	E	K	S	L	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	L	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	S	T	T	S			T	T																						S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	180	.	.
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.			.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.
Query SS confidence																																																											.	.
Query Sequence		F	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	S	K	T	M	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	N	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	.	.	N	M	T	V	T	Q	I	P	T	N	K	P	V	Q	R	N	D	K	S	D	L
Query Conservation																																																											.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	E	D	Y	L	T	L	L	A	E	H	I	P	L	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	K	G	A	H	I	Y	V	D	G	F	Y	Q	F	T	P	Q	E	F	R	V	L	E	Q	L	M	V	H	A	E	H	I	T	F	S	L	T	A	D	K	P	S	Y	E	R	E	P	H	E
Template Known Secondary structure		T	T										T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T							S		S																	S	S									S	S			S	S	S				T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.															.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		413																																																																				.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	I	S	Q	K	G	K	F	D	A	V	V
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	L	F	R	M	T	G	K	T	Y	Y	R	L	H	Q	K	A	K	E	L	N	L	D	I	T	Y	K	E	L	S	G	T	E	R	H	T	K	T	P	E	L	A	H	L	E	A	Q	Y	E	A	R	P	A	I	P	Y	A	E	K	Q	E	A	L	T	V	M	Q	A	A	N	R	R	A	E	L	E	G	I	A
Template Known Secondary structure		T	S	T	T																	T	T										S		S	T	T	T	T											S	S		S	S						S			S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.					.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.		.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.													.
Query SS confidence												.	.	.	.													.
Query Sequence		E	D	V	V	E	K	H	K	A	G	.	.	.	.	Q	P	V	L	L	G	T	V	A	V	E	T	.	S	E	Y	I	S	N	L	L	K	K	R	G	I	R	H	D	V
Query Conservation												.	.	.	.													.
Alig confidence												.	.	.	.													.
Template Conservation
Template Sequence		R	E	I	H	A	L	V	R	E	K	G	Y	R	Y	K	D	V	A	I	L	A	R	Q	P	E	D	Y	K	D	M	V	K	E	V	F	A	D	Y	E	I	P	Y	F	I
Template Known Secondary structure										T	S				G	G	G						S	S	G	G	G	T											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.