Job Description O06446 Confidence 99.87% Date Tue Jul 17 17:05:02 BST 2012 Rank 29 Aligned Residues 421 % Identity 20% Template c3l9oA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase dob1; PDBTitle: crystal structure of mtr4, a co-factor of the nuclear exosome Resolution 3.39 Å

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		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.			.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.
Query SS confidence																								.	.
Query Sequence		R	V	F	N	M	T	P	Y	K	V	Q	I	M	G	G	I	A	I	H	K	G	D	.	.	I	A	E	M	R	T	G	E	G	K	T	L	T	A	T	M	P	T	Y	L	N	A	L	A	G	R	G	V	H	V	I	T	V	N	E	Y	L	S	S	V	Q	S	E	E	M	A	E	L	Y	N	F	L	G	L	T	V
Query Conservation																								.	.
Alig confidence																								.	.																																																			.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.
Template Sequence		R	T	Y	P	F	T	L	D	P	F	Q	D	T	A	I	S	C	I	D	R	G	E	S	V	L	V	S	A	H	T	S	A	G	K	T	V	V	A	E	Y	A	I	A	Q	S	L	K	N	K	Q	R	V	I	Y	T	S	P	I	K	A	L	S	N	Q	K	Y	R	E	L	L	A	E	F	G	.	.	.	.	D	V
Template Known Secondary structure		S			S	S														T	T	T									S	S	S																T	T								S	S															T	S	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.
Template SS confidence
		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.					.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	N	L	N	S	K	T	T	E	E	K	R	E	A	Y	A	Q	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	N	Y	S	E	D	R	V	M	R	P	L	H	F	A	I	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	E	A	E	K	S	T	S
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.						.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.						.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	M	T	G	D	I	T	I	N	P	.	.	.	.	.	D	A	G	C	L	V	M	T	T	E	I	L	.	.	.	.	.	.	R	S	M	L	Y	.	R	G	S	E	V	M	R	E	V	A	W	V	I	F	D	E	V	H	Y	M	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	E
Template Known Secondary structure						S	S		B				.	.	.	.	.	S		S										.	.	.	.	.	.						.			S	S												T	G	G	G	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.						.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230						.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.							.	.	.	.	.		.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	270	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Y	T	Q	A	N	V	F	A	K	M	L	K	Q	D	E	D	Y	K	Y	D	E	K	T	K	A	V	H	L	T	E	Q	G	A	D	K	A	E	R	M	F	K	V	E	N	L	Y	D	V	Q	N	V	D	V	I	S	H	I	N	T	A	L	R	A	H	V	T	L	Q	R	D	V	D	Y	M	V	V	D	G	E
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	V	V	W	E	E	T	I	I	L	L	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	R	Y	V	F	L	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	P	N	A	M	E	F	A	E	W	I	.	.	.	.	.	.	C	K	I	H	S	Q	P	C	H	I	V	Y	T	N	F	R
Template Known Secondary structure													S		T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S	S									.	.	.	.	.	.				T		S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.									.	.	.	.	290	.	.	.	.																.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.							.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	I	V	D	Q	F	T	G	R	T	M	P	G	R	R	F	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	V	Q	I	Q	N	E	S	K	T	M	A	S	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	N	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	M	T	V	T	Q	I
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	T	P	L	Q	H	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	F	P
Template Known Secondary structure		S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.																																																																							330	.	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.											.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	T	N	K	P	V	Q	R	N	D	K	S	D	L	I	Y	I	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	K	F	D	A	V	V	E	D	V	V	E	K	H	K	A	G	Q	P	V	L	L	G	T	V	A	V	E	T	S	E	Y	I	S	N	L	L	K	K	R	G	I	R	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.
Template Sequence		A	H	G	D	G	I	Y	L	V	V	D	E	K	S	T	F	R	E	E	N	F	Q	K	A	M	A	S	I	A	K	G	D	I	Y	K	I	V	K	M	I	W	K	.	.	K	K	Y	N	P	V	I	V	F	S	F	S	K	R	D	C	E	E	L	A	L	K	M	S	K	L	D	F	N	S	D	A	L	T	K	I
Template Known Secondary structure		T	T	S	S								T	T	T												T	T																.	.	T	T									S												T		S
Template Predicted Secondary structure																																												.	.
Template SS confidence
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.			.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
																														462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.			.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	D	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	E	I	V	A	G	A	G	Q	K	G	.	.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	E	E	L	G	G	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	N	N	A	I	A	L	L	P	E	T	D	R	E	L	P	Q	I	K	H	I	L	P	L	L	R	R	G	I	G	I	H	H	S	G	L	L	P	I	L	K	E	V	I	E	I	L	F	Q	E	G	F	L	K	V	L	F	A	T	E	T	F	S	I	G	L	N	M	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V
Template Known Secondary structure		G	G	G	S		T						T	T									T						T						S		S															T									S				S						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.										.	.
		512	.	.	.	.	.	.	.	520								.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.			.	.	.	540	.	.	.	.	.			.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.															.	.	560	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.																	.	.										.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.																	.	.										.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	V	I	G	T	E	R	H	E	.	.	.	.	.	.	.	S	R	R	I	D	D	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	.	.	D	K	G	D	S	R	F	Y	L	.	.	S	L	Q	D	E	L	M	I	R	F	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	L	Q	K	M	M	S	R
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.																	.	.										.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.																	.	.										.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	F	T	S	V	R	K	W	D	G	Q	Q	F	R	W	V	S	G	G	E	Y	I	Q	M	S	G	R	A	G	R	R	G	L	D	D	R	G	I	V	I	M	M	I	D	E	K	M	E	P	Q	V	A	K	G	M	V	K	G	Q	A	D	R	L	D	S	A	F	H	L	G	Y	N	M	I	L	N	L	M	R	V
Template Known Secondary structure				S		S				S	S	S																	S			S	S	S		S	S																																												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
		567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	L	D	D	S	T	P	I	E	S	K	M	V	S	R	A	V	E	S	A	Q	K	R	V	E	G	N	N	F	D	A	R	K	R	I	L	E	Y	D	E	V	L	R	K	Q	R	E	I	I	Y	N	E	R	N	S	I	I	D	E	E	D	S	S	Q	V	V	D	A	M	L	R	S	T	L	Q	R
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	G	I	S	P	E	F	M	L	E	H	S	F	F	Q	F	Q	N	V	I	S	V	P	V	M	E	K	K	L	A	E	L	K	K	D	F	D	G	I	E	V	E	D	E	E	N	V	K	E	Y	H	E	I	E	Q	A	I	K	G	Y	R	E	D	V	R	Q	V	V	T	H	P	A	N	A	L	S	F
Template Known Secondary structure		T	T										S	S																								T	T				T	T																											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.